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OPENSEQ.org
eg
Genes: A B A+B
Length: 171 350 489
Sequences: 243 613 220
Seq/Len: 1.42 1.75 0.45
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.85
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.02
2 0.00 0.00 0.42
5 0.00 0.00 0.44
10 0.00 0.00 0.43
20 0.00 0.00 0.45
100 0.01 0.01 0.46
∞ 0.04 0.05 0.48
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
162_V 27_F 1.81 0.74 0.01
153_M 205_F 1.45 0.50 0.01
95_E 317_W 1.44 0.49 0.01
49_L 49_R 1.42 0.47 0.01
80_A 57_L 1.37 0.43 0.01
47_R 128_R 1.34 0.41 0.01
79_P 302_P 1.31 0.39 0.01
34_R 245_W 1.30 0.39 0.00
79_P 130_L 1.28 0.37 0.00
41_L 267_L 1.27 0.36 0.00
109_I 283_Y 1.27 0.36 0.00
150_Q 102_I 1.25 0.35 0.00
78_L 207_L 1.25 0.35 0.00
37_S 211_I 1.25 0.35 0.00
68_P 158_L 1.24 0.34 0.00
117_R 25_Y 1.22 0.33 0.00
96_A 237_D 1.22 0.33 0.00
74_V 55_L 1.21 0.32 0.00
47_R 134_Y 1.21 0.32 0.00
82_A 137_W 1.21 0.32 0.00
116_V 205_F 1.20 0.31 0.00
20_T 105_Y 1.19 0.31 0.00
78_L 216_G 1.18 0.30 0.00
42_K 291_D 1.17 0.30 0.00
68_P 224_R 1.16 0.29 0.00
145_L 147_D 1.16 0.29 0.00
40_Q 98_L 1.15 0.29 0.00
80_A 84_L 1.15 0.28 0.00
64_T 211_I 1.15 0.28 0.00
60_E 211_I 1.14 0.28 0.00
37_S 227_V 1.14 0.28 0.00
154_D 256_G 1.14 0.28 0.00
130_L 285_G 1.14 0.28 0.00
76_Y 284_L 1.13 0.27 0.00
128_N 217_Q 1.12 0.27 0.00
109_I 68_A 1.12 0.27 0.00
80_A 319_G 1.12 0.26 0.00
76_Y 184_S 1.11 0.26 0.00
20_T 97_P 1.11 0.26 0.00
65_L 259_K 1.11 0.26 0.00
84_Y 263_Y 1.11 0.26 0.00
86_A 283_Y 1.11 0.26 0.00
153_M 247_R 1.11 0.26 0.00
114_L 18_M 1.11 0.26 0.00
158_G 317_W 1.10 0.26 0.00
82_A 283_Y 1.10 0.26 0.00
120_T 118_S 1.10 0.26 0.00
115_R 164_R 1.10 0.25 0.00
144_P 56_R 1.10 0.25 0.00
74_V 265_G 1.09 0.25 0.00
102_I 223_E 1.09 0.25 0.00
109_I 228_G 1.09 0.25 0.00
47_R 104_E 1.08 0.24 0.00
130_L 213_E 1.08 0.24 0.00
111_R 243_H 1.07 0.24 0.00
78_L 245_W 1.06 0.23 0.00
76_Y 230_Q 1.06 0.23 0.00
160_V 28_F 1.06 0.23 0.00
132_F 39_P 1.06 0.23 0.00
157_S 124_V 1.06 0.23 0.00
45_V 138_A 1.05 0.23 0.00
136_G 30_A 1.05 0.23 0.00
72_S 101_H 1.05 0.23 0.00
134_I 21_E 1.05 0.23 0.00
55_T 133_F 1.05 0.23 0.00
98_I 323_S 1.04 0.22 0.00
155_L 248_Q 1.03 0.22 0.00
14_S 131_S 1.03 0.22 0.00
42_K 176_A 1.03 0.22 0.00
51_W 105_Y 1.03 0.22 0.00
142_P 250_K 1.03 0.21 0.00
29_E 196_G 1.02 0.21 0.00
137_D 202_S 1.02 0.21 0.00
21_D 109_R 1.02 0.21 0.00
18_R 302_P 1.02 0.21 0.00
13_P 252_R 1.02 0.21 0.00
36_L 34_I 1.02 0.21 0.00
29_E 65_F 1.02 0.21 0.00
118_A 114_A 1.01 0.21 0.00
53_L 116_S 1.01 0.21 0.00
76_Y 161_L 1.01 0.21 0.00
162_V 29_Q 1.01 0.20 0.00
37_S 125_F 1.01 0.20 0.00
42_K 108_E 1.00 0.20 0.00
143_M 141_R 1.00 0.20 0.00
92_P 316_T 0.99 0.20 0.00
146_R 189_A 0.99 0.20 0.00
102_I 36_C 0.99 0.20 0.00
68_P 31_L 0.99 0.20 0.00
16_L 179_A 0.98 0.19 0.00
130_L 87_F 0.98 0.19 0.00
46_L 165_G 0.98 0.19 0.00
13_P 115_D 0.98 0.19 0.00
24_P 109_R 0.98 0.19 0.00
57_S 64_S 0.97 0.19 0.00
50_A 140_A 0.97 0.19 0.00
82_A 101_H 0.97 0.19 0.00
97_L 201_I 0.97 0.19 0.00
82_A 322_G 0.95 0.18 0.00
49_L 164_R 0.95 0.18 0.00
155_L 127_H 0.95 0.18 0.00
72_S 103_T 0.95 0.18 0.00
22_D 240_L 0.95 0.18 0.00
98_I 206_G 0.94 0.18 0.00
29_E 208_P 0.94 0.17 0.00
144_P 101_H 0.94 0.17 0.00
133_E 279_W 0.94 0.17 0.00
96_A 74_T 0.94 0.17 0.00
145_L 57_L 0.94 0.17 0.00
74_V 30_A 0.94 0.17 0.00
105_F 45_G 0.94 0.17 0.00
116_V 266_M 0.93 0.17 0.00
135_E 248_Q 0.93 0.17 0.00
74_V 185_G 0.93 0.17 0.00
68_P 27_F 0.93 0.17 0.00
94_L 232_H 0.93 0.17 0.00
105_F 94_P 0.93 0.17 0.00
134_I 234_L 0.93 0.17 0.00
109_I 250_K 0.92 0.17 0.00
86_A 275_E 0.92 0.17 0.00
41_L 46_H 0.92 0.17 0.00
76_Y 160_A 0.91 0.16 0.00
141_Q 152_D 0.91 0.16 0.00
107_P 53_D 0.91 0.16 0.00
41_L 142_P 0.91 0.16 0.00
45_V 166_M 0.91 0.16 0.00
53_L 25_Y 0.91 0.16 0.00
94_L 131_S 0.91 0.16 0.00
96_A 274_Q 0.91 0.16 0.00
157_S 276_L 0.91 0.16 0.00
63_A 92_G 0.90 0.16 0.00
136_G 307_N 0.90 0.16 0.00
55_T 68_A 0.90 0.16 0.00
154_D 59_Q 0.90 0.16 0.00
85_S 301_V 0.90 0.16 0.00
110_L 280_A 0.90 0.16 0.00
114_L 214_Y 0.90 0.16 0.00
21_D 134_Y 0.89 0.15 0.00
24_P 265_G 0.89 0.15 0.00
134_I 295_V 0.89 0.15 0.00
107_P 45_G 0.89 0.15 0.00
76_Y 170_L 0.89 0.15 0.00
92_P 259_K 0.88 0.15 0.00
162_V 288_L 0.88 0.15 0.00
145_L 33_R 0.88 0.15 0.00
13_P 228_G 0.88 0.15 0.00
24_P 252_R 0.88 0.15 0.00
147_L 102_I 0.88 0.15 0.00
18_R 65_F 0.88 0.15 0.00
109_I 95_N 0.88 0.15 0.00
15_L 122_L 0.88 0.15 0.00
76_Y 204_Y 0.88 0.15 0.00
75_N 101_H 0.88 0.15 0.00
86_A 253_I 0.87 0.15 0.00
79_P 248_Q 0.87 0.15 0.00
76_Y 42_P 0.87 0.15 0.00
83_G 67_P 0.87 0.15 0.00
74_V 326_K 0.87 0.15 0.00
23_E 292_L 0.87 0.15 0.00
158_G 59_Q 0.87 0.15 0.00
81_L 191_T 0.87 0.15 0.00
70_G 55_L 0.87 0.14 0.00
65_L 261_D 0.87 0.14 0.00
121_A 243_H 0.87 0.14 0.00
10_R 30_A 0.87 0.14 0.00
43_A 183_Y 0.86 0.14 0.00
145_L 67_P 0.86 0.14 0.00
156_E 157_R 0.86 0.14 0.00
144_P 109_R 0.86 0.14 0.00
77_G 99_P 0.86 0.14 0.00
77_G 241_G 0.86 0.14 0.00
108_R 99_P 0.86 0.14 0.00
108_R 241_G 0.86 0.14 0.00
83_G 97_P 0.86 0.14 0.00
23_E 210_Q 0.86 0.14 0.00
75_N 45_G 0.86 0.14 0.00
13_P 120_R 0.86 0.14 0.00
83_G 263_Y 0.85 0.14 0.00
78_L 168_S 0.85 0.14 0.00
151_T 193_Y 0.85 0.14 0.00
96_A 322_G 0.85 0.14 0.00
105_F 317_W 0.85 0.14 0.00
41_L 310_Q 0.85 0.14 0.00
37_S 209_V 0.85 0.14 0.00
150_Q 97_P 0.85 0.14 0.00
120_T 21_E 0.85 0.14 0.00
109_I 86_Q 0.85 0.14 0.00
133_E 308_G 0.85 0.14 0.00
154_D 317_W 0.85 0.14 0.00
12_Q 267_L 0.85 0.14 0.00
163_V 124_V 0.85 0.14 0.00
42_K 307_N 0.84 0.14 0.00
140_A 69_T 0.84 0.14 0.00
81_L 287_E 0.84 0.14 0.00
30_S 78_D 0.84 0.14 0.00
151_T 167_P 0.84 0.14 0.00
80_A 131_S 0.84 0.14 0.00
66_H 150_D 0.84 0.14 0.00
162_V 51_A 0.84 0.14 0.00
98_I 227_V 0.84 0.14 0.00
92_P 98_L 0.84 0.14 0.00
49_L 217_Q 0.84 0.13 0.00
87_S 219_L 0.84 0.13 0.00
10_R 42_P 0.83 0.13 0.00
20_T 118_S 0.83 0.13 0.00
157_S 151_D 0.83 0.13 0.00
116_V 197_L 0.83 0.13 0.00
144_P 117_T 0.83 0.13 0.00
149_L 190_Q 0.83 0.13 0.00
134_I 235_G 0.83 0.13 0.00
156_E 126_H 0.83 0.13 0.00
13_P 109_R 0.83 0.13 0.00
23_E 206_G 0.82 0.13 0.00
107_P 135_R 0.82 0.13 0.00
18_R 94_P 0.82 0.13 0.00
72_S 90_G 0.82 0.13 0.00
144_P 94_P 0.82 0.13 0.00
78_L 130_L 0.82 0.13 0.00
129_A 152_D 0.82 0.13 0.00
29_E 248_Q 0.82 0.13 0.00
81_L 61_A 0.82 0.13 0.00
149_L 102_I 0.82 0.13 0.00
69_A 266_M 0.82 0.13 0.00
95_E 66_A 0.82 0.13 0.00
128_N 125_F 0.82 0.13 0.00
51_W 69_T 0.82 0.13 0.00
36_L 307_N 0.82 0.13 0.00
98_I 16_T 0.81 0.13 0.00
69_A 139_E 0.81 0.13 0.00
25_G 323_S 0.81 0.13 0.00
146_R 160_A 0.81 0.13 0.00
114_L 30_A 0.81 0.12 0.00
93_A 141_R 0.81 0.12 0.00
80_A 88_F 0.81 0.12 0.00
113_T 152_D 0.81 0.12 0.00
115_R 62_D 0.81 0.12 0.00
155_L 317_W 0.81 0.12 0.00
71_T 226_R 0.81 0.12 0.00
10_R 177_D 0.81 0.12 0.00
33_K 162_S 0.81 0.12 0.00
149_L 330_L 0.81 0.12 0.00
142_P 215_V 0.81 0.12 0.00
76_Y 308_G 0.81 0.12 0.00
109_I 145_S 0.81 0.12 0.00
127_H 279_W 0.81 0.12 0.00
134_I 161_L 0.81 0.12 0.00
10_R 83_R 0.81 0.12 0.00
143_M 66_A 0.81 0.12 0.00
116_V 209_V 0.80 0.12 0.00
139_W 173_G 0.80 0.12 0.00
124_E 234_L 0.80 0.12 0.00
47_R 302_P 0.80 0.12 0.00
149_L 24_E 0.80 0.12 0.00
43_A 52_D 0.80 0.12 0.00
62_D 69_T 0.80 0.12 0.00
74_V 34_I 0.80 0.12 0.00
149_L 101_H 0.80 0.12 0.00
101_A 198_R 0.80 0.12 0.00
16_L 283_Y 0.80 0.12 0.00
134_I 24_E 0.80 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
0984 0.45 eg Δgene:(1, 2) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) 0.01 Done - Shared
0981 0.02 eg Δgene:(1, 1) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) Killed
0980 0.48 eg Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2014_03) 0.01 Done - Shared
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