OPENSEQ.org
PilN (protein A) vs PilO (Protein B)

Genes: A B A+B
Length: 295 257 517
Sequences: 87 82 77
Seq/Len: 0.29 0.32 0.15
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.89
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.

Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.14
2 0.00 0.00 0.14
5 0.00 0.00 0.14
10 0.00 0.00 0.14
20 0.00 0.00 0.14
100 0.00 0.00 0.14
0.00 0.00 0.14
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!

GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution.
Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
49_G 247_A 1.80 0.41 0.00
204_Q 44_G 1.74 0.38 0.00
103_V 164_L 1.74 0.38 0.00
73_L 48_L 1.74 0.38 0.00
204_Q 138_L 1.70 0.36 0.00
209_L 127_A 1.65 0.34 0.00
202_T 49_W 1.63 0.33 0.00
39_A 162_N 1.57 0.30 0.00
73_L 63_L 1.49 0.26 0.00
83_V 197_N 1.48 0.26 0.00
89_Q 95_Q 1.46 0.25 0.00
176_P 248_A 1.45 0.24 0.00
216_L 44_G 1.45 0.24 0.00
116_D 112_D 1.44 0.24 0.00
6_V 227_R 1.41 0.23 0.00
289_D 171_V 1.39 0.22 0.00
53_F 106_A 1.39 0.22 0.00
99_A 163_Q 1.37 0.21 0.00
207_P 245_A 1.37 0.21 0.00
127_I 198_N 1.37 0.21 0.00
216_L 94_A 1.33 0.20 0.00
79_Q 36_A 1.33 0.20 0.00
70_D 70_K 1.32 0.19 0.00
65_R 63_L 1.30 0.19 0.00
256_I 188_E 1.26 0.17 0.00
89_Q 107_T 1.26 0.17 0.00
88_Q 7_F 1.25 0.17 0.00
100_L 101_V 1.24 0.17 0.00
212_Q 171_V 1.24 0.17 0.00
95_A 36_A 1.23 0.17 0.00
96_Q 162_N 1.23 0.16 0.00
287_L 167_R 1.23 0.16 0.00
266_S 238_K 1.22 0.16 0.00
192_S 114_L 1.22 0.16 0.00
48_T 58_D 1.22 0.16 0.00
33_P 157_G 1.20 0.16 0.00
70_D 69_A 1.20 0.16 0.00
269_L 199_L 1.20 0.15 0.00
125_V 185_R 1.19 0.15 0.00
69_L 189_R 1.19 0.15 0.00
278_V 37_L 1.19 0.15 0.00
33_P 153_D 1.19 0.15 0.00
40_V 58_D 1.19 0.15 0.00
204_Q 51_N 1.19 0.15 0.00
211_G 67_I 1.18 0.15 0.00
209_L 58_D 1.18 0.15 0.00
111_S 145_P 1.17 0.15 0.00
120_R 179_Q 1.17 0.14 0.00
3_S 185_R 1.16 0.14 0.00
125_V 188_E 1.16 0.14 0.00
252_V 141_F 1.15 0.14 0.00
204_Q 40_A 1.15 0.14 0.00
8_F 188_E 1.14 0.14 0.00
119_S 176_S 1.14 0.14 0.00
40_V 16_E 1.14 0.14 0.00
48_T 48_L 1.13 0.14 0.00
281_A 38_A 1.13 0.14 0.00
96_Q 101_V 1.13 0.14 0.00
90_V 151_V 1.13 0.14 0.00
69_L 74_L 1.12 0.13 0.00
254_Y 193_L 1.12 0.13 0.00
176_P 247_A 1.12 0.13 0.00
192_S 187_I 1.12 0.13 0.00
116_D 187_I 1.12 0.13 0.00
34_I 81_Q 1.12 0.13 0.00
110_W 104_L 1.12 0.13 0.00
108_R 6_D 1.11 0.13 0.00
268_L 180_T 1.11 0.13 0.00
101_A 38_A 1.11 0.13 0.00
83_V 31_T 1.11 0.13 0.00
271_D 162_N 1.10 0.13 0.00
6_V 247_A 1.10 0.13 0.00
106_Q 156_L 1.10 0.13 0.00
251_V 43_V 1.09 0.13 0.00
68_E 62_Q 1.09 0.12 0.00
100_L 156_L 1.09 0.12 0.00
66_S 23_V 1.08 0.12 0.00
229_E 40_A 1.07 0.12 0.00
99_A 161_N 1.07 0.12 0.00
120_R 51_N 1.07 0.12 0.00
280_L 101_V 1.07 0.12 0.00
101_A 58_D 1.07 0.12 0.00
49_G 168_V 1.07 0.12 0.00
100_L 175_G 1.06 0.12 0.00
113_V 87_A 1.06 0.12 0.00
73_L 70_K 1.06 0.12 0.00
261_T 164_L 1.06 0.12 0.00
219_S 42_A 1.06 0.12 0.00
285_Q 102_L 1.06 0.12 0.00
120_R 112_D 1.06 0.12 0.00
216_L 229_T 1.06 0.12 0.00
48_T 43_V 1.06 0.12 0.00
37_G 34_G 1.06 0.12 0.00
51_A 244_G 1.05 0.12 0.00
180_P 187_I 1.05 0.12 0.00
83_V 245_A 1.05 0.12 0.00
280_L 45_A 1.05 0.12 0.00
268_L 177_F 1.05 0.12 0.00
100_L 153_D 1.04 0.12 0.00
7_N 34_G 1.04 0.12 0.00
100_L 27_S 1.04 0.12 0.00
281_A 74_L 1.04 0.12 0.00
272_L 232_F 1.04 0.12 0.00
257_E 171_V 1.04 0.12 0.00
11_D 164_L 1.04 0.11 0.00
41_G 51_N 1.04 0.11 0.00
95_A 23_V 1.03 0.11 0.00
96_Q 240_V 1.03 0.11 0.00
290_R 6_D 1.03 0.11 0.00
209_L 192_P 1.03 0.11 0.00
265_A 140_R 1.03 0.11 0.00
126_Q 22_K 1.03 0.11 0.00
208_F 94_A 1.03 0.11 0.00
274_R 181_Q 1.03 0.11 0.00
129_E 37_L 1.03 0.11 0.00
67_A 125_V 1.02 0.11 0.00
209_L 89_E 1.02 0.11 0.00
117_I 170_D 1.02 0.11 0.00
71_N 70_K 1.02 0.11 0.00
280_L 175_G 1.02 0.11 0.00
194_N 149_G 1.02 0.11 0.00
200_V 42_A 1.02 0.11 0.00
263_L 97_L 1.02 0.11 0.00
104_F 114_L 1.02 0.11 0.00
5_D 37_L 1.02 0.11 0.00
77_K 70_K 1.01 0.11 0.00
288_R 95_Q 1.01 0.11 0.00
28_R 228_V 1.01 0.11 0.00
265_A 105_F 1.00 0.11 0.00
276_L 26_V 1.00 0.11 0.00
121_V 121_R 1.00 0.10 0.00
250_Q 196_V 1.00 0.10 0.00
78_V 17_G 1.00 0.10 0.00
69_L 141_F 1.00 0.10 0.00
259_D 36_A 1.00 0.10 0.00
256_I 189_R 0.99 0.10 0.00
281_A 189_R 0.99 0.10 0.00
254_Y 172_E 0.99 0.10 0.00
138_P 65_S 0.99 0.10 0.00
130_I 227_R 0.98 0.10 0.00
187_T 39_V 0.98 0.10 0.00
118_R 182_S 0.98 0.10 0.00
192_S 101_V 0.98 0.10 0.00
46_A 73_E 0.98 0.10 0.00
252_V 84_I 0.98 0.10 0.00
92_A 141_F 0.98 0.10 0.00
109_P 113_T 0.98 0.10 0.00
34_I 82_Q 0.98 0.10 0.00
280_L 239_P 0.98 0.10 0.00
55_L 181_Q 0.97 0.10 0.00
108_R 199_L 0.97 0.10 0.00
52_W 251_P 0.97 0.10 0.00
62_L 6_D 0.97 0.10 0.00
205_R 179_Q 0.97 0.10 0.00
40_V 89_E 0.97 0.10 0.00
184_V 174_Q 0.97 0.10 0.00
207_P 177_F 0.97 0.10 0.00
269_L 15_L 0.97 0.10 0.00
184_V 207_T 0.97 0.10 0.00
110_W 95_Q 0.97 0.10 0.00
211_G 74_L 0.96 0.10 0.00
139_V 27_S 0.96 0.10 0.00
261_T 100_D 0.96 0.10 0.00
216_L 224_P 0.96 0.10 0.00
93_I 80_A 0.96 0.10 0.00
202_T 5_G 0.96 0.10 0.00
101_A 18_P 0.96 0.10 0.00
117_I 121_R 0.96 0.10 0.00
103_V 157_G 0.96 0.10 0.00
122_P 165_E 0.96 0.10 0.00
218_G 13_R 0.95 0.10 0.00
132_Q 157_G 0.95 0.10 0.00
119_S 83_Q 0.95 0.10 0.00
291_G 76_G 0.95 0.10 0.00
283_R 113_T 0.95 0.10 0.00
248_L 3_V 0.95 0.10 0.00
124_N 102_L 0.95 0.10 0.00
28_R 195_V 0.95 0.10 0.00
88_Q 99_A 0.95 0.10 0.00
34_I 135_R 0.95 0.10 0.00
65_R 147_A 0.95 0.10 0.00
79_Q 15_L 0.95 0.10 0.00
41_G 139_S 0.95 0.09 0.00
105_D 186_N 0.95 0.09 0.00
36_I 228_V 0.95 0.09 0.00
100_L 105_F 0.94 0.09 0.00
120_R 97_L 0.94 0.09 0.00
132_Q 153_D 0.94 0.09 0.00
205_R 178_P 0.94 0.09 0.00
248_L 118_V 0.94 0.09 0.00
195_D 119_N 0.94 0.09 0.00
32_R 162_N 0.94 0.09 0.00
65_R 67_I 0.94 0.09 0.00
43_A 236_A 0.94 0.09 0.00
265_A 179_Q 0.94 0.09 0.00
288_R 181_Q 0.94 0.09 0.00
39_A 195_V 0.94 0.09 0.00
260_L 51_N 0.94 0.09 0.00
61_T 202_T 0.94 0.09 0.00
34_I 49_W 0.94 0.09 0.00
288_R 237_L 0.93 0.09 0.00
269_L 100_D 0.93 0.09 0.00
228_V 158_S 0.93 0.09 0.00
204_Q 42_A 0.93 0.09 0.00
95_A 28_L 0.93 0.09 0.00
87_N 7_F 0.93 0.09 0.00
89_Q 42_A 0.93 0.09 0.00
261_T 230_T 0.93 0.09 0.00
65_R 107_T 0.93 0.09 0.00
47_L 43_V 0.93 0.09 0.00
200_V 43_V 0.93 0.09 0.00
3_S 124_S 0.93 0.09 0.00
88_Q 26_V 0.93 0.09 0.00
99_A 160_V 0.93 0.09 0.00
60_R 43_V 0.92 0.09 0.00
82_E 199_L 0.92 0.09 0.00
99_A 1_M 0.92 0.09 0.00
258_S 129_I 0.92 0.09 0.00
42_L 23_V 0.92 0.09 0.00
184_V 177_F 0.92 0.09 0.00
92_A 197_N 0.92 0.09 0.00
216_L 231_T 0.92 0.09 0.00
257_E 187_I 0.92 0.09 0.00
293_L 10_T 0.92 0.09 0.00
8_F 164_L 0.92 0.09 0.00
186_I 39_V 0.92 0.09 0.00
124_N 58_D 0.92 0.09 0.00
254_Y 185_R 0.92 0.09 0.00
6_V 42_A 0.92 0.09 0.00
210_N 178_P 0.92 0.09 0.00
184_V 228_V 0.91 0.09 0.00
50_G 188_E 0.91 0.09 0.00
63_A 231_T 0.91 0.09 0.00
277_S 217_Q 0.91 0.09 0.00
250_Q 158_S 0.91 0.09 0.00
49_G 35_I 0.91 0.09 0.00
193_F 75_A 0.91 0.09 0.00
42_L 152_T 0.91 0.09 0.00
82_E 38_A 0.91 0.09 0.00
193_F 138_L 0.91 0.09 0.00
269_L 109_E 0.91 0.09 0.00
4_L 202_T 0.90 0.09 0.00
178_P 48_L 0.90 0.09 0.00
177_P 151_V 0.90 0.09 0.00
127_I 183_I 0.90 0.09 0.00
63_A 118_V 0.90 0.09 0.00
51_A 196_V 0.90 0.09 0.00
177_P 154_G 0.90 0.09 0.00
44_L 125_V 0.90 0.09 0.00
135_P 23_V 0.90 0.09 0.00
190_A 91_L 0.90 0.09 0.00
269_L 141_F 0.90 0.09 0.00
255_T 90_R 0.90 0.09 0.00
233_Q 110_S 0.90 0.09 0.00
2_Y 34_G 0.90 0.09 0.00
194_N 119_N 0.90 0.09 0.00
125_V 230_T 0.90 0.09 0.00
250_Q 15_L 0.90 0.09 0.00
39_A 42_A 0.90 0.09 0.00
60_R 141_F 0.90 0.09 0.00
40_V 3_V 0.89 0.09 0.00
27_V 171_V 0.89 0.09 0.00
202_T 124_S 0.89 0.09 0.00
258_S 195_V 0.89 0.09 0.00
255_T 151_V 0.89 0.09 0.00
214_V 28_L 0.89 0.09 0.00
100_L 199_L 0.89 0.09 0.00
250_Q 198_N 0.89 0.09 0.00
55_L 182_S 0.89 0.08 0.00
93_I 230_T 0.89 0.08 0.00
273_E 139_S 0.89 0.08 0.00
122_P 20_Y 0.89 0.08 0.00
47_L 52_L 0.89 0.08 0.00
118_R 185_R 0.89 0.08 0.00
91_Q 118_V 0.89 0.08 0.00
15_R 96_Q 0.89 0.08 0.00
69_L 188_E 0.89 0.08 0.00
45_L 56_T 0.89 0.08 0.00
187_T 138_L 0.88 0.08 0.00
101_A 224_P 0.88 0.08 0.00
256_I 105_F 0.88 0.08 0.00
103_V 237_L 0.88 0.08 0.00
213_D 228_V 0.88 0.08 0.00
87_N 192_P 0.88 0.08 0.00
5_D 130_Q 0.88 0.08 0.00
60_R 250_P 0.88 0.08 0.00
85_S 37_L 0.88 0.08 0.00
277_S 139_S 0.88 0.08 0.00
215_R 98_Q 0.88 0.08 0.00
193_F 171_V 0.88 0.08 0.00
103_V 153_D 0.88 0.08 0.00
270_R 77_L 0.88 0.08 0.00
266_S 101_V 0.88 0.08 0.00
173_A 253_A 0.87 0.08 0.00
5_D 192_P 0.87 0.08 0.00
264_P 138_L 0.87 0.08 0.00
127_I 220_P 0.87 0.08 0.00
116_D 58_D 0.87 0.08 0.00
125_V 175_G 0.87 0.08 0.00
262_S 177_F 0.87 0.08 0.00
4_L 3_V 0.87 0.08 0.00
102_T 249_T 0.87 0.08 0.00
217_V 32_V 0.87 0.08 0.00
101_A 147_A 0.87 0.08 0.00
131_E 140_R 0.87 0.08 0.00
80_Q 238_K 0.87 0.08 0.00
178_P 50_S 0.87 0.08 0.00
209_L 67_I 0.87 0.08 0.00
86_I 69_A 0.87 0.08 0.00
70_D 48_L 0.87 0.08 0.00
276_L 47_L 0.87 0.08 0.00
67_A 230_T 0.86 0.08 0.00
258_S 204_D 0.86 0.08 0.00
64_Q 168_V 0.86 0.08 0.00
95_A 147_A 0.86 0.08 0.00
105_D 70_K 0.86 0.08 0.00
280_L 30_P 0.86 0.08 0.00
102_T 105_F 0.86 0.08 0.00
113_V 238_K 0.86 0.08 0.00
184_V 47_L 0.86 0.08 0.00
117_I 7_F 0.86 0.08 0.00
131_E 185_R 0.86 0.08 0.00
208_F 33_G 0.86 0.08 0.00
275_T 77_L 0.86 0.08 0.00
130_I 199_L 0.86 0.08 0.00
196_V 6_D 0.85 0.08 0.00
9_L 41_G 0.85 0.08 0.00
257_E 107_T 0.85 0.08 0.00
284_I 141_F 0.85 0.08 0.00
248_L 97_L 0.85 0.08 0.00
43_A 43_V 0.85 0.08 0.00
52_W 149_G 0.85 0.08 0.00
103_V 105_F 0.85 0.08 0.00
88_Q 150_P 0.85 0.08 0.00
65_R 184_V 0.85 0.08 0.00
81_G 207_T 0.85 0.08 0.00
118_R 187_I 0.85 0.08 0.00
83_V 86_Q 0.85 0.08 0.00
63_A 46_F 0.85 0.08 0.00
208_F 229_T 0.85 0.08 0.00
275_T 163_Q 0.85 0.08 0.00
271_D 183_I 0.85 0.08 0.00
8_F 55_P 0.85 0.08 0.00
125_V 234_L 0.85 0.08 0.00
44_L 44_G 0.85 0.08 0.00
36_I 253_A 0.85 0.08 0.00
38_A 232_F 0.85 0.08 0.00
59_N 234_L 0.85 0.08 0.00
74_A 206_S 0.85 0.08 0.00
243_Q 69_A 0.85 0.08 0.00
64_Q 75_A 0.85 0.08 0.00
107_I 164_L 0.85 0.08 0.00
200_V 91_L 0.85 0.08 0.00
277_S 144_V 0.84 0.08 0.00
210_N 82_Q 0.84 0.08 0.00
106_Q 26_V 0.84 0.08 0.00
258_S 191_Q 0.84 0.08 0.00
60_R 81_Q 0.84 0.08 0.00
218_G 15_L 0.84 0.08 0.00
26_V 43_V 0.84 0.08 0.00
196_V 48_L 0.84 0.08 0.00
260_L 163_Q 0.84 0.08 0.00
87_N 87_A 0.84 0.08 0.00
103_V 230_T 0.84 0.08 0.00
91_Q 198_N 0.84 0.08 0.00
93_I 240_V 0.84 0.08 0.00
289_D 241_D 0.84 0.08 0.00
270_R 31_T 0.84 0.08 0.00
130_I 249_T 0.84 0.08 0.00
69_L 77_L 0.84 0.08 0.00
205_R 237_L 0.84 0.08 0.00
264_P 111_L 0.84 0.07 0.00
184_V 111_L 0.84 0.07 0.00
177_P 171_V 0.83 0.07 0.00
113_V 77_L 0.83 0.07 0.00
45_L 190_L 0.83 0.07 0.00
251_V 22_K 0.83 0.07 0.00
108_R 45_A 0.83 0.07 0.00
215_R 162_N 0.83 0.07 0.00
216_L 5_G 0.83 0.07 0.00
292_V 161_N 0.83 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)

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