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gavriel pilm and piln

Genes: A B A+B
Length: 371 268 627
Sequences: 2730 99 73
Seq/Len: 7.36 0.37 0.12
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.79
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.

Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.11
2 0.00 0.00 0.11
5 0.00 0.00 0.11
10 0.00 0.00 0.11
20 0.00 0.00 0.11
100 0.01 0.00 0.11
0.11 0.00 0.11
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!

GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution.
Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
28_V 260_L 1.84 0.38 0.00
75_N 118_E 1.64 0.28 0.00
9_L 97_Q 1.61 0.27 0.00
24_R 192_A 1.60 0.27 0.00
100_K 132_L 1.59 0.26 0.00
62_E 71_E 1.55 0.25 0.00
229_Y 90_E 1.53 0.24 0.00
176_I 222_P 1.43 0.20 0.00
245_R 4_L 1.39 0.19 0.00
213_V 73_Q 1.36 0.18 0.00
65_Q 11_D 1.35 0.18 0.00
64_A 84_V 1.33 0.17 0.00
10_S 60_N 1.33 0.17 0.00
282_V 90_E 1.33 0.17 0.00
65_Q 8_F 1.30 0.16 0.00
27_I 166_F 1.30 0.16 0.00
20_I 165_T 1.28 0.16 0.00
92_V 102_A 1.27 0.15 0.00
137_M 261_E 1.27 0.15 0.00
309_L 36_I 1.26 0.15 0.00
187_E 119_L 1.25 0.15 0.00
277_Q 167_D 1.24 0.15 0.00
324_F 6_I 1.22 0.14 0.00
63_M 137_E 1.20 0.14 0.00
339_V 75_G 1.20 0.14 0.00
321_L 192_A 1.20 0.14 0.00
367_M 75_G 1.19 0.13 0.00
192_L 225_V 1.19 0.13 0.00
324_F 122_R 1.18 0.13 0.00
290_L 11_D 1.17 0.13 0.00
295_D 166_F 1.16 0.13 0.00
21_A 158_E 1.16 0.13 0.00
14_N 182_F 1.16 0.13 0.00
258_N 55_V 1.15 0.12 0.00
187_E 222_P 1.15 0.12 0.00
100_K 31_Q 1.15 0.12 0.00
38_Q 109_V 1.15 0.12 0.00
92_V 221_L 1.14 0.12 0.00
109_E 67_L 1.14 0.12 0.00
91_G 126_G 1.13 0.12 0.00
287_G 199_V 1.13 0.12 0.00
167_A 171_D 1.13 0.12 0.00
98_V 137_E 1.12 0.12 0.00
263_T 60_N 1.12 0.12 0.00
8_F 237_L 1.12 0.12 0.00
79_I 193_T 1.12 0.12 0.00
9_L 232_T 1.12 0.12 0.00
8_F 97_Q 1.11 0.12 0.00
53_E 263_Q 1.11 0.12 0.00
34_G 45_A 1.11 0.12 0.00
240_N 187_T 1.10 0.11 0.00
173_I 261_E 1.10 0.11 0.00
203_I 243_A 1.10 0.11 0.00
294_I 41_A 1.09 0.11 0.00
156_V 24_T 1.09 0.11 0.00
53_E 29_R 1.09 0.11 0.00
318_I 108_S 1.09 0.11 0.00
169_L 227_Y 1.08 0.11 0.00
369_E 3_S 1.08 0.11 0.00
109_E 141_P 1.08 0.11 0.00
339_V 136_I 1.08 0.11 0.00
309_L 73_Q 1.08 0.11 0.00
110_Y 11_D 1.08 0.11 0.00
307_G 100_F 1.08 0.11 0.00
309_L 123_L 1.07 0.11 0.00
156_V 135_Q 1.07 0.11 0.00
244_S 262_Q 1.07 0.11 0.00
121_F 10_N 1.06 0.11 0.00
318_I 66_Q 1.06 0.10 0.00
85_A 260_L 1.05 0.10 0.00
28_V 266_I 1.05 0.10 0.00
316_A 117_Q 1.05 0.10 0.00
29_Q 187_T 1.05 0.10 0.00
156_V 43_V 1.05 0.10 0.00
279_I 10_N 1.04 0.10 0.00
215_D 74_S 1.04 0.10 0.00
362_V 42_G 1.03 0.10 0.00
177_S 73_Q 1.03 0.10 0.00
249_M 166_F 1.03 0.10 0.00
182_L 91_I 1.03 0.10 0.00
210_I 168_D 1.03 0.10 0.00
240_N 260_L 1.03 0.10 0.00
16_I 6_I 1.02 0.10 0.00
233_T 199_V 1.02 0.10 0.00
85_A 187_T 1.02 0.10 0.00
246_N 58_N 1.02 0.10 0.00
246_N 137_E 1.02 0.10 0.00
44_T 96_T 1.02 0.10 0.00
40_E 191_D 1.02 0.10 0.00
277_Q 243_A 1.02 0.10 0.00
278_A 97_Q 1.02 0.10 0.00
295_D 49_V 1.02 0.10 0.00
214_V 157_I 1.01 0.10 0.00
243_P 141_P 1.01 0.10 0.00
9_L 13_A 1.01 0.10 0.00
276_T 10_N 1.01 0.10 0.00
354_M 40_A 1.01 0.10 0.00
357_P 260_L 1.01 0.10 0.00
92_V 184_D 1.01 0.10 0.00
144_K 104_I 1.01 0.10 0.00
126_A 81_V 1.01 0.10 0.00
314_P 187_T 1.00 0.10 0.00
343_A 227_Y 1.00 0.09 0.00
299_N 35_L 1.00 0.09 0.00
336_V 154_K 1.00 0.09 0.00
5_F 192_A 1.00 0.09 0.00
9_L 37_G 0.99 0.09 0.00
366_A 97_Q 0.99 0.09 0.00
233_T 102_A 0.99 0.09 0.00
346_V 157_I 0.99 0.09 0.00
301_S 103_N 0.99 0.09 0.00
318_I 219_F 0.99 0.09 0.00
248_D 50_M 0.99 0.09 0.00
46_E 55_V 0.98 0.09 0.00
336_V 221_L 0.98 0.09 0.00
236_S 251_E 0.98 0.09 0.00
128_V 63_L 0.98 0.09 0.00
93_I 130_A 0.98 0.09 0.00
274_P 265_V 0.97 0.09 0.00
304_L 103_N 0.97 0.09 0.00
20_I 159_I 0.97 0.09 0.00
241_L 111_P 0.97 0.09 0.00
242_P 111_P 0.97 0.09 0.00
177_S 35_L 0.97 0.09 0.00
181_L 100_F 0.97 0.09 0.00
294_I 86_A 0.97 0.09 0.00
214_V 45_A 0.96 0.09 0.00
75_N 56_V 0.96 0.09 0.00
56_L 115_L 0.96 0.09 0.00
35_A 112_M 0.96 0.09 0.00
85_A 75_G 0.96 0.09 0.00
116_G 182_F 0.96 0.09 0.00
309_L 130_A 0.96 0.09 0.00
231_V 43_V 0.96 0.09 0.00
310_L 89_A 0.96 0.09 0.00
316_A 44_S 0.96 0.09 0.00
361_V 31_Q 0.96 0.09 0.00
361_V 17_P 0.96 0.09 0.00
154_K 133_N 0.96 0.09 0.00
133_L 38_G 0.95 0.09 0.00
193_P 121_D 0.95 0.09 0.00
47_V 84_V 0.95 0.09 0.00
326_N 223_Q 0.95 0.09 0.00
110_Y 168_D 0.95 0.09 0.00
64_A 257_I 0.95 0.09 0.00
16_I 50_M 0.95 0.09 0.00
90_E 191_D 0.95 0.09 0.00
37_Y 131_N 0.95 0.09 0.00
215_D 123_L 0.95 0.09 0.00
88_A 234_S 0.94 0.08 0.00
139_E 255_T 0.94 0.08 0.00
116_G 33_T 0.94 0.08 0.00
171_I 106_N 0.94 0.08 0.00
42_Y 244_D 0.94 0.08 0.00
171_I 44_S 0.94 0.08 0.00
171_I 247_R 0.94 0.08 0.00
356_R 181_F 0.94 0.08 0.00
11_K 243_A 0.94 0.08 0.00
116_G 243_A 0.94 0.08 0.00
280_I 140_P 0.94 0.08 0.00
321_L 135_Q 0.94 0.08 0.00
297_Y 134_H 0.93 0.08 0.00
290_L 8_F 0.93 0.08 0.00
254_T 37_G 0.93 0.08 0.00
109_E 138_Q 0.93 0.08 0.00
203_I 94_L 0.93 0.08 0.00
319_G 260_L 0.93 0.08 0.00
260_T 83_E 0.93 0.08 0.00
320_G 249_R 0.93 0.08 0.00
199_V 77_L 0.93 0.08 0.00
273_S 97_Q 0.93 0.08 0.00
109_E 203_C 0.93 0.08 0.00
18_L 42_G 0.92 0.08 0.00
18_L 95_N 0.92 0.08 0.00
10_S 33_T 0.92 0.08 0.00
348_E 87_I 0.92 0.08 0.00
20_I 57_N 0.92 0.08 0.00
295_D 63_L 0.92 0.08 0.00
180_A 89_A 0.92 0.08 0.00
95_I 218_D 0.92 0.08 0.00
353_L 72_S 0.92 0.08 0.00
82_V 245_L 0.92 0.08 0.00
225_P 134_H 0.92 0.08 0.00
280_I 6_I 0.92 0.08 0.00
18_L 49_V 0.92 0.08 0.00
355_Q 233_V 0.92 0.08 0.00
139_E 43_V 0.92 0.08 0.00
339_V 242_L 0.92 0.08 0.00
23_E 182_F 0.92 0.08 0.00
121_F 115_L 0.92 0.08 0.00
294_I 98_I 0.92 0.08 0.00
335_V 261_E 0.92 0.08 0.00
128_V 67_L 0.91 0.08 0.00
79_I 184_D 0.91 0.08 0.00
27_I 22_P 0.91 0.08 0.00
22_P 168_D 0.91 0.08 0.00
168_G 108_S 0.91 0.08 0.00
316_A 189_L 0.91 0.08 0.00
352_P 226_E 0.91 0.08 0.00
85_A 157_I 0.91 0.08 0.00
200_L 150_W 0.91 0.08 0.00
185_I 173_V 0.91 0.08 0.00
309_L 226_E 0.91 0.08 0.00
51_V 69_T 0.91 0.08 0.00
95_I 137_E 0.91 0.08 0.00
214_V 177_K 0.91 0.08 0.00
98_V 191_D 0.90 0.08 0.00
44_T 171_D 0.90 0.08 0.00
321_L 185_S 0.90 0.08 0.00
207_S 80_Q 0.90 0.08 0.00
280_I 184_D 0.90 0.08 0.00
92_V 6_I 0.90 0.08 0.00
92_V 189_L 0.90 0.08 0.00
319_G 187_T 0.90 0.08 0.00
95_I 54_F 0.90 0.08 0.00
103_N 177_K 0.90 0.08 0.00
345_E 51_G 0.90 0.08 0.00
46_E 103_N 0.90 0.08 0.00
228_T 77_L 0.90 0.08 0.00
151_A 8_F 0.90 0.08 0.00
37_Y 119_L 0.90 0.08 0.00
177_S 141_P 0.90 0.08 0.00
145_V 109_V 0.89 0.08 0.00
85_A 126_G 0.89 0.08 0.00
266_G 189_L 0.89 0.08 0.00
345_E 40_A 0.89 0.08 0.00
165_Q 133_N 0.89 0.08 0.00
362_V 167_D 0.89 0.08 0.00
108_R 120_R 0.89 0.08 0.00
334_L 141_P 0.89 0.08 0.00
165_Q 239_S 0.89 0.08 0.00
247_T 242_L 0.89 0.08 0.00
17_G 8_F 0.89 0.08 0.00
110_Y 228_N 0.89 0.08 0.00
51_V 240_E 0.89 0.07 0.00
122_P 170_N 0.89 0.07 0.00
210_I 98_I 0.89 0.07 0.00
324_F 169_V 0.89 0.07 0.00
355_Q 242_L 0.89 0.07 0.00
361_V 81_V 0.89 0.07 0.00
91_G 156_T 0.89 0.07 0.00
285_E 104_I 0.88 0.07 0.00
253_M 160_Q 0.88 0.07 0.00
154_K 51_G 0.88 0.07 0.00
221_S 8_F 0.88 0.07 0.00
217_I 69_T 0.88 0.07 0.00
42_Y 118_E 0.88 0.07 0.00
262_S 132_L 0.88 0.07 0.00
7_K 221_L 0.88 0.07 0.00
231_V 97_Q 0.88 0.07 0.00
230_Q 4_L 0.88 0.07 0.00
82_V 233_V 0.88 0.07 0.00
367_M 158_E 0.88 0.07 0.00
28_V 15_Y 0.88 0.07 0.00
332_L 104_I 0.88 0.07 0.00
171_I 72_S 0.88 0.07 0.00
171_I 127_V 0.88 0.07 0.00
51_V 86_A 0.88 0.07 0.00
125_E 124_P 0.88 0.07 0.00
8_F 160_Q 0.88 0.07 0.00
76_L 143_E 0.88 0.07 0.00
116_G 205_P 0.88 0.07 0.00
200_L 227_Y 0.88 0.07 0.00
82_V 83_E 0.87 0.07 0.00
266_G 237_L 0.87 0.07 0.00
192_L 89_A 0.87 0.07 0.00
60_P 118_E 0.87 0.07 0.00
12_G 186_Q 0.87 0.07 0.00
193_P 52_G 0.87 0.07 0.00
116_G 240_E 0.87 0.07 0.00
257_A 169_V 0.87 0.07 0.00
174_L 97_Q 0.87 0.07 0.00
63_M 155_Q 0.86 0.07 0.00
5_F 80_Q 0.86 0.07 0.00
278_A 177_K 0.86 0.07 0.00
47_V 129_V 0.86 0.07 0.00
236_S 160_Q 0.86 0.07 0.00
44_T 156_T 0.86 0.07 0.00
361_V 250_A 0.86 0.07 0.00
214_V 260_L 0.86 0.07 0.00
98_V 87_I 0.86 0.07 0.00
96_I 166_F 0.86 0.07 0.00
180_A 72_S 0.86 0.07 0.00
184_T 104_I 0.86 0.07 0.00
335_V 183_N 0.86 0.07 0.00
9_L 47_A 0.86 0.07 0.00
86_V 222_P 0.86 0.07 0.00
264_G 231_A 0.86 0.07 0.00
331_L 97_Q 0.85 0.07 0.00
165_Q 71_E 0.85 0.07 0.00
318_I 36_I 0.85 0.07 0.00
321_L 73_Q 0.85 0.07 0.00
27_I 63_L 0.85 0.07 0.00
303_G 236_V 0.85 0.07 0.00
121_F 228_N 0.85 0.07 0.00
109_E 96_T 0.85 0.07 0.00
75_N 77_L 0.85 0.07 0.00
82_V 192_A 0.85 0.07 0.00
322_D 97_Q 0.85 0.07 0.00
271_G 148_S 0.85 0.07 0.00
206_D 234_S 0.85 0.07 0.00
66_L 4_L 0.85 0.07 0.00
101_E 128_Q 0.85 0.07 0.00
306_V 141_P 0.85 0.07 0.00
193_P 46_I 0.85 0.07 0.00
156_V 148_S 0.85 0.07 0.00
18_L 72_S 0.85 0.07 0.00
28_V 173_V 0.85 0.07 0.00
254_T 110_K 0.84 0.07 0.00
171_I 66_Q 0.84 0.07 0.00
323_D 109_V 0.84 0.07 0.00
65_Q 263_Q 0.84 0.07 0.00
276_T 223_Q 0.84 0.07 0.00
347_D 71_E 0.84 0.07 0.00
230_Q 56_V 0.84 0.07 0.00
169_L 3_S 0.84 0.07 0.00
192_L 41_A 0.84 0.07 0.00
103_N 46_I 0.84 0.07 0.00
31_R 57_N 0.84 0.07 0.00
297_Y 253_L 0.84 0.07 0.00
210_I 222_P 0.84 0.07 0.00
53_E 54_F 0.84 0.07 0.00
333_S 192_A 0.84 0.07 0.00
93_I 123_L 0.84 0.07 0.00
58_A 152_K 0.84 0.07 0.00
8_F 54_F 0.83 0.07 0.00
4_F 69_T 0.83 0.07 0.00
92_V 9_L 0.83 0.07 0.00
339_V 50_M 0.83 0.07 0.00
74_H 156_T 0.83 0.07 0.00
89_R 8_F 0.83 0.07 0.00
263_T 217_T 0.83 0.07 0.00
346_V 167_D 0.83 0.07 0.00
210_I 243_A 0.83 0.07 0.00
233_T 160_Q 0.83 0.07 0.00
98_V 71_E 0.83 0.07 0.00
154_K 128_Q 0.83 0.07 0.00
81_R 190_I 0.83 0.07 0.00
96_I 159_I 0.83 0.07 0.00
29_Q 169_V 0.83 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)

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