OPENSEQ.org
FtsA - FtsW

Genes: A B A+B
Length: 440 403 740
Sequences: 1692 3305 675
Seq/Len: 3.85 8.2 0.91
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.73
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.

Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.00
2 0.00 0.01 0.02
5 0.00 0.01 0.63
10 0.00 0.01 0.79
20 0.00 0.01 0.80
100 0.00 0.04 0.95
0.03 0.12 1.20
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!

GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution.
Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
17_T 50_R 1.50 0.74 0.01
142_T 279_V 1.50 0.74 0.01
294_I 190_L 1.49 0.73 0.01
364_G 25_L 1.45 0.71 0.01
355_G 279_V 1.44 0.70 0.01
243_I 239_L 1.32 0.60 0.01
133_F 234_A 1.31 0.59 0.01
29_L 314_F 1.30 0.58 0.01
294_I 366_G 1.30 0.58 0.01
348_V 85_V 1.28 0.56 0.01
230_I 159_L 1.27 0.56 0.01
27_D 334_L 1.25 0.54 0.01
31_I 181_L 1.25 0.53 0.01
126_V 370_N 1.24 0.53 0.01
30_N 330_S 1.24 0.53 0.01
207_I 69_P 1.21 0.50 0.01
362_M 65_M 1.20 0.49 0.01
224_L 163_Q 1.20 0.49 0.01
225_T 51_Q 1.15 0.45 0.01
278_I 281_A 1.14 0.44 0.00
302_I 244_S 1.13 0.43 0.00
251_E 114_I 1.13 0.43 0.00
159_I 279_V 1.12 0.42 0.00
349_A 332_I 1.12 0.42 0.00
133_F 23_F 1.11 0.41 0.00
329_A 76_Q 1.11 0.41 0.00
374_N 366_G 1.11 0.41 0.00
368_I 278_A 1.10 0.41 0.00
370_F 350_F 1.10 0.41 0.00
133_F 286_I 1.10 0.41 0.00
302_I 248_I 1.09 0.39 0.00
273_F 331_F 1.08 0.39 0.00
31_I 350_F 1.08 0.39 0.00
329_A 376_K 1.08 0.38 0.00
219_F 276_I 1.08 0.38 0.00
260_G 116_P 1.07 0.38 0.00
299_V 29_Y 1.07 0.38 0.00
218_V 195_I 1.07 0.38 0.00
61_F 363_G 1.07 0.37 0.00
212_G 259_G 1.06 0.37 0.00
17_T 146_V 1.06 0.37 0.00
322_F 321_G 1.05 0.36 0.00
125_I 193_L 1.05 0.36 0.00
322_F 54_A 1.04 0.36 0.00
130_P 263_Q 1.04 0.35 0.00
237_I 317_L 1.04 0.35 0.00
120_P 51_Q 1.04 0.35 0.00
4_N 287_F 1.04 0.35 0.00
61_F 152_M 1.04 0.35 0.00
31_I 150_V 1.03 0.34 0.00
349_A 338_S 1.02 0.34 0.00
197_K 64_L 1.02 0.34 0.00
186_Q 263_Q 1.02 0.34 0.00
36_N 179_M 1.01 0.32 0.00
331_M 92_S 1.00 0.32 0.00
218_V 152_M 1.00 0.32 0.00
100_K 296_L 1.00 0.32 0.00
38_P 25_L 1.00 0.32 0.00
112_E 188_K 1.00 0.32 0.00
322_F 152_M 0.99 0.32 0.00
170_L 284_L 0.99 0.31 0.00
182_D 279_V 0.99 0.31 0.00
63_Q 26_V 0.99 0.31 0.00
191_G 304_F 0.99 0.31 0.00
344_N 64_L 0.99 0.31 0.00
159_I 365_M 0.99 0.31 0.00
23_E 110_G 0.98 0.31 0.00
18_K 99_V 0.98 0.31 0.00
31_I 191_V 0.98 0.31 0.00
336_S 366_G 0.98 0.30 0.00
61_F 128_L 0.98 0.30 0.00
303_L 103_A 0.98 0.30 0.00
272_I 253_I 0.97 0.30 0.00
42_L 229_D 0.97 0.30 0.00
56_S 281_A 0.97 0.29 0.00
312_S 166_F 0.97 0.29 0.00
32_I 92_S 0.97 0.29 0.00
257_K 54_A 0.96 0.29 0.00
260_G 29_Y 0.96 0.29 0.00
314_G 114_I 0.96 0.29 0.00
200_K 361_L 0.96 0.29 0.00
303_L 244_S 0.96 0.29 0.00
329_A 124_V 0.96 0.29 0.00
275_V 167_G 0.95 0.28 0.00
133_F 198_G 0.95 0.28 0.00
145_K 92_S 0.95 0.28 0.00
247_T 167_G 0.95 0.28 0.00
348_V 186_S 0.95 0.28 0.00
263_Y 109_I 0.94 0.28 0.00
324_L 279_V 0.94 0.28 0.00
65_E 190_L 0.94 0.27 0.00
133_F 87_V 0.94 0.27 0.00
200_K 325_M 0.94 0.27 0.00
344_N 116_P 0.94 0.27 0.00
135_V 132_Y 0.94 0.27 0.00
126_V 246_Y 0.94 0.27 0.00
107_V 199_I 0.93 0.27 0.00
369_Q 163_Q 0.93 0.27 0.00
82_N 276_I 0.92 0.26 0.00
207_I 243_N 0.92 0.26 0.00
214_T 205_S 0.92 0.26 0.00
61_F 177_T 0.92 0.26 0.00
142_T 48_F 0.92 0.26 0.00
128_V 50_R 0.92 0.26 0.00
344_N 170_M 0.91 0.26 0.00
229_V 120_V 0.91 0.26 0.00
317_D 84_L 0.91 0.26 0.00
241_I 278_A 0.91 0.25 0.00
364_G 278_A 0.91 0.25 0.00
273_F 64_L 0.91 0.25 0.00
100_K 359_V 0.91 0.25 0.00
133_F 25_L 0.91 0.25 0.00
173_V 267_Y 0.91 0.25 0.00
365_V 126_L 0.90 0.25 0.00
161_G 83_L 0.90 0.25 0.00
328_Q 56_I 0.90 0.25 0.00
341_V 129_A 0.90 0.25 0.00
304_E 278_A 0.90 0.25 0.00
223_H 52_L 0.90 0.25 0.00
79_V 46_F 0.90 0.24 0.00
32_I 226_S 0.89 0.24 0.00
108_R 218_E 0.89 0.24 0.00
6_L 296_L 0.89 0.24 0.00
302_I 75_H 0.89 0.24 0.00
24_M 174_L 0.89 0.24 0.00
235_E 103_A 0.89 0.24 0.00
57_I 28_V 0.89 0.24 0.00
197_K 287_F 0.89 0.24 0.00
221_N 57_A 0.88 0.24 0.00
306_V 318_L 0.88 0.24 0.00
237_I 29_Y 0.88 0.24 0.00
5_E 163_Q 0.88 0.24 0.00
356_V 28_V 0.88 0.23 0.00
126_V 374_F 0.88 0.23 0.00
45_G 223_R 0.88 0.23 0.00
79_V 181_L 0.88 0.23 0.00
337_L 117_G 0.88 0.23 0.00
131_K 246_Y 0.88 0.23 0.00
48_V 107_F 0.88 0.23 0.00
154_V 284_L 0.88 0.23 0.00
306_V 21_C 0.88 0.23 0.00
22_G 189_T 0.87 0.23 0.00
219_F 51_Q 0.87 0.23 0.00
175_R 59_G 0.87 0.23 0.00
330_A 132_Y 0.87 0.23 0.00
23_E 368_L 0.87 0.23 0.00
119_V 89_A 0.86 0.22 0.00
218_V 84_L 0.86 0.22 0.00
340_D 107_F 0.86 0.22 0.00
36_N 170_M 0.86 0.22 0.00
336_S 192_R 0.86 0.22 0.00
27_D 287_F 0.85 0.22 0.00
107_V 364_S 0.85 0.22 0.00
117_V 173_G 0.85 0.22 0.00
174_E 185_F 0.85 0.22 0.00
324_L 178_C 0.85 0.22 0.00
224_L 260_E 0.85 0.21 0.00
22_G 47_F 0.85 0.21 0.00
112_E 367_I 0.85 0.21 0.00
117_V 226_S 0.85 0.21 0.00
42_L 289_V 0.85 0.21 0.00
247_T 287_F 0.85 0.21 0.00
303_L 168_T 0.85 0.21 0.00
107_V 171_I 0.85 0.21 0.00
7_Y 107_F 0.85 0.21 0.00
243_I 318_L 0.85 0.21 0.00
104_V 323_S 0.84 0.21 0.00
331_M 35_T 0.84 0.21 0.00
369_Q 58_G 0.84 0.21 0.00
159_I 229_D 0.84 0.21 0.00
127_D 248_I 0.84 0.21 0.00
103_Q 326_I 0.84 0.21 0.00
31_I 108_K 0.84 0.21 0.00
129_I 181_L 0.84 0.21 0.00
178_I 261_S 0.84 0.21 0.00
205_A 314_F 0.84 0.21 0.00
38_P 48_F 0.83 0.20 0.00
30_N 368_L 0.83 0.20 0.00
191_G 152_M 0.83 0.20 0.00
247_T 200_V 0.83 0.20 0.00
161_G 124_V 0.83 0.20 0.00
320_G 116_P 0.83 0.20 0.00
297_A 295_L 0.83 0.20 0.00
373_R 303_G 0.83 0.20 0.00
31_I 77_K 0.83 0.20 0.00
179_E 57_A 0.83 0.20 0.00
306_V 84_L 0.83 0.20 0.00
349_A 48_F 0.83 0.20 0.00
340_D 36_A 0.82 0.20 0.00
51_D 276_I 0.82 0.20 0.00
169_L 218_E 0.82 0.20 0.00
22_G 256_L 0.82 0.20 0.00
93_V 31_S 0.82 0.20 0.00
254_R 28_V 0.82 0.20 0.00
324_L 301_I 0.82 0.20 0.00
5_E 47_F 0.82 0.20 0.00
75_A 279_V 0.82 0.19 0.00
299_V 357_S 0.81 0.19 0.00
324_L 277_M 0.81 0.19 0.00
193_A 360_L 0.81 0.19 0.00
235_E 256_L 0.81 0.19 0.00
29_L 132_Y 0.81 0.19 0.00
32_I 278_A 0.81 0.19 0.00
26_D 91_I 0.81 0.19 0.00
342_L 372_S 0.81 0.19 0.00
364_G 123_V 0.81 0.19 0.00
362_M 365_M 0.81 0.19 0.00
161_G 48_F 0.81 0.19 0.00
200_K 279_V 0.81 0.19 0.00
21_V 187_G 0.81 0.19 0.00
141_I 178_C 0.80 0.19 0.00
358_D 224_F 0.80 0.19 0.00
303_L 300_V 0.80 0.19 0.00
61_F 62_F 0.80 0.19 0.00
331_M 156_I 0.80 0.18 0.00
130_P 243_N 0.80 0.18 0.00
45_G 115_Q 0.80 0.18 0.00
77_V 281_A 0.80 0.18 0.00
201_N 109_I 0.80 0.18 0.00
318_L 362_L 0.80 0.18 0.00
77_V 276_I 0.80 0.18 0.00
342_L 67_L 0.80 0.18 0.00
105_E 280_I 0.79 0.18 0.00
368_I 13_L 0.79 0.18 0.00
176_A 250_S 0.79 0.18 0.00
3_N 174_L 0.79 0.18 0.00
257_K 91_I 0.79 0.18 0.00
230_I 320_I 0.79 0.18 0.00
190_A 232_K 0.79 0.18 0.00
159_I 332_I 0.79 0.18 0.00
244_G 246_Y 0.79 0.18 0.00
111_M 68_F 0.79 0.18 0.00
36_N 276_I 0.79 0.18 0.00
121_H 278_A 0.79 0.18 0.00
128_V 169_A 0.79 0.18 0.00
55_H 215_I 0.79 0.18 0.00
197_K 52_L 0.79 0.18 0.00
348_V 94_F 0.79 0.18 0.00
157_T 344_T 0.79 0.18 0.00
95_V 242_I 0.79 0.18 0.00
322_F 180_I 0.79 0.18 0.00
336_S 51_Q 0.79 0.18 0.00
283_K 331_F 0.79 0.18 0.00
221_N 150_V 0.78 0.18 0.00
223_H 300_V 0.78 0.18 0.00
358_D 329_Q 0.78 0.18 0.00
218_V 373_M 0.78 0.18 0.00
191_G 338_S 0.78 0.18 0.00
188_L 333_N 0.78 0.17 0.00
218_V 340_L 0.78 0.17 0.00
328_Q 69_P 0.78 0.17 0.00
306_V 276_I 0.78 0.17 0.00
273_F 179_M 0.78 0.17 0.00
341_V 324_S 0.78 0.17 0.00
40_E 114_I 0.78 0.17 0.00
242_S 351_I 0.78 0.17 0.00
7_Y 226_S 0.78 0.17 0.00
22_G 225_E 0.78 0.17 0.00
311_R 58_G 0.78 0.17 0.00
31_I 373_M 0.77 0.17 0.00
48_V 51_Q 0.77 0.17 0.00
21_V 201_F 0.77 0.17 0.00
131_K 344_T 0.77 0.17 0.00
9_S 238_G 0.77 0.17 0.00
361_Y 328_I 0.77 0.17 0.00
218_V 320_I 0.77 0.17 0.00
197_K 174_L 0.77 0.17 0.00
16_N 172_I 0.77 0.17 0.00
218_V 28_V 0.77 0.17 0.00
324_L 319_A 0.77 0.17 0.00
20_I 277_M 0.77 0.17 0.00
257_K 328_I 0.77 0.17 0.00
215_T 343_I 0.77 0.17 0.00
49_D 246_Y 0.77 0.17 0.00
304_E 96_F 0.77 0.17 0.00
322_F 237_S 0.77 0.17 0.00
228_R 49_M 0.77 0.17 0.00
310_L 113_S 0.77 0.17 0.00
198_D 50_R 0.77 0.17 0.00
122_E 55_L 0.77 0.17 0.00
260_G 188_K 0.77 0.17 0.00
126_V 146_V 0.76 0.17 0.00
274_E 119_F 0.76 0.17 0.00
102_I 68_F 0.76 0.17 0.00
259_L 361_L 0.76 0.17 0.00
133_F 224_F 0.76 0.17 0.00
363_T 326_I 0.76 0.17 0.00
270_D 226_S 0.76 0.17 0.00
44_K 227_L 0.76 0.17 0.00
169_L 64_L 0.76 0.17 0.00
132_Q 334_L 0.76 0.17 0.00
257_K 358_L 0.76 0.17 0.00
158_L 279_V 0.76 0.16 0.00
77_V 228_E 0.76 0.16 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)

ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
8111 0.91 FtsA - FtsW Δgene:(1, 20) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
8104 0.91 FtsA - FtsW Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
8097 0.91 FtsA - FtsW Δgene:(1, 20) A:(1E-06, 8) B:(1E-06, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.01 Done - Shared
8094 0.91 FtsA - FtsW Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.01 Done - Shared

Page generated in 0.0433 seconds.