OPENSEQ.org
RodA-Pbp1

Genes: A B A+B
Length: 400 744 951
Sequences: 3382 880 252
Seq/Len: 8.46 1.18 0.26
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.81
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.

Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.20 0.00
2 0.01 0.20 0.01
5 0.01 0.20 0.20
10 0.01 0.20 0.22
20 0.01 0.21 0.22
100 0.04 0.21 0.32
0.13 0.22 0.41
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!

GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution.
Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
244_D 161_I 1.57 0.42 0.00
358_I 582_L 1.47 0.36 0.00
61_A 360_P 1.45 0.35 0.00
49_F 178_S 1.44 0.34 0.00
130_I 239_D 1.41 0.33 0.00
290_S 553_A 1.40 0.32 0.00
313_F 406_A 1.39 0.31 0.00
34_L 277_T 1.36 0.30 0.00
242_W 394_F 1.36 0.30 0.00
268_L 153_I 1.35 0.30 0.00
134_A 214_L 1.31 0.27 0.00
193_S 275_A 1.29 0.26 0.00
131_L 511_E 1.28 0.26 0.00
379_I 454_N 1.28 0.26 0.00
177_G 294_G 1.26 0.25 0.00
255_H 166_E 1.24 0.24 0.00
193_S 484_K 1.24 0.24 0.00
311_L 181_I 1.24 0.24 0.00
265_S 79_D 1.24 0.24 0.00
37_N 310_Y 1.20 0.22 0.00
55_F 236_R 1.19 0.21 0.00
269_L 555_M 1.19 0.21 0.00
360_L 538_F 1.19 0.21 0.00
362_F 52_N 1.17 0.21 0.00
42_G 304_D 1.17 0.20 0.00
298_F 310_Y 1.17 0.20 0.00
290_S 625_V 1.16 0.20 0.00
34_L 128_L 1.16 0.20 0.00
285_T 294_G 1.16 0.20 0.00
49_F 335_K 1.15 0.20 0.00
338_L 26_F 1.15 0.20 0.00
78_Y 239_D 1.15 0.20 0.00
370_L 242_L 1.15 0.20 0.00
359_P 426_S 1.14 0.19 0.00
291_V 235_K 1.13 0.19 0.00
200_L 178_S 1.12 0.19 0.00
290_S 363_L 1.12 0.19 0.00
322_I 484_K 1.12 0.18 0.00
33_V 633_I 1.11 0.18 0.00
200_L 360_P 1.11 0.18 0.00
139_R 181_I 1.11 0.18 0.00
24_T 465_F 1.11 0.18 0.00
75_I 546_N 1.10 0.18 0.00
110_S 79_D 1.10 0.18 0.00
331_I 324_A 1.08 0.17 0.00
235_Q 517_A 1.08 0.17 0.00
70_I 268_L 1.07 0.17 0.00
187_A 109_T 1.07 0.17 0.00
23_A 449_K 1.07 0.17 0.00
174_N 88_V 1.07 0.17 0.00
153_L 134_F 1.07 0.17 0.00
319_A 493_V 1.07 0.17 0.00
261_K 535_F 1.07 0.17 0.00
305_I 557_L 1.07 0.17 0.00
236_M 569_G 1.07 0.17 0.00
171_L 577_I 1.06 0.17 0.00
130_I 546_N 1.06 0.17 0.00
119_I 416_L 1.06 0.17 0.00
189_V 121_P 1.06 0.16 0.00
137_V 174_G 1.06 0.16 0.00
334_F 564_E 1.05 0.16 0.00
31_F 199_V 1.05 0.16 0.00
253_G 160_G 1.05 0.16 0.00
304_L 412_W 1.05 0.16 0.00
172_L 440_A 1.05 0.16 0.00
173_Q 199_V 1.05 0.16 0.00
21_L 359_I 1.04 0.16 0.00
308_F 279_E 1.04 0.16 0.00
61_A 342_D 1.04 0.16 0.00
383_I 508_Y 1.04 0.16 0.00
165_V 349_S 1.04 0.16 0.00
189_V 551_V 1.04 0.15 0.00
306_L 480_D 1.03 0.15 0.00
298_F 38_I 1.03 0.15 0.00
49_F 574_F 1.03 0.15 0.00
119_I 47_L 1.03 0.15 0.00
61_A 264_Q 1.03 0.15 0.00
326_F 379_L 1.03 0.15 0.00
28_L 148_Q 1.03 0.15 0.00
133_L 149_D 1.02 0.15 0.00
174_N 222_G 1.02 0.15 0.00
84_F 465_F 1.02 0.15 0.00
197_W 470_K 1.02 0.15 0.00
203_I 284_S 1.02 0.15 0.00
128_I 236_R 1.02 0.15 0.00
349_T 355_G 1.02 0.15 0.00
298_F 444_D 1.01 0.15 0.00
369_A 361_M 1.01 0.15 0.00
69_F 157_N 1.01 0.15 0.00
110_S 216_Y 1.01 0.15 0.00
183_A 289_F 1.01 0.15 0.00
326_F 474_G 1.01 0.15 0.00
114_F 236_R 1.01 0.15 0.00
383_I 616_N 1.01 0.15 0.00
377_I 80_V 1.01 0.15 0.00
374_M 548_K 1.00 0.14 0.00
263_I 59_N 1.00 0.14 0.00
183_A 225_A 1.00 0.14 0.00
383_I 358_E 1.00 0.14 0.00
234_Y 432_V 1.00 0.14 0.00
311_L 148_Q 1.00 0.14 0.00
235_Q 275_A 1.00 0.14 0.00
346_I 32_R 1.00 0.14 0.00
176_L 517_A 1.00 0.14 0.00
377_I 399_K 1.00 0.14 0.00
101_I 82_R 1.00 0.14 0.00
359_P 421_S 0.99 0.14 0.00
253_G 311_E 0.99 0.14 0.00
280_I 89_I 0.99 0.14 0.00
132_A 414_N 0.99 0.14 0.00
59_L 45_Q 0.99 0.14 0.00
189_V 465_F 0.99 0.14 0.00
130_I 178_S 0.99 0.14 0.00
269_L 199_V 0.99 0.14 0.00
342_I 535_F 0.98 0.14 0.00
343_L 283_Y 0.98 0.14 0.00
66_I 126_K 0.98 0.14 0.00
114_F 619_A 0.98 0.14 0.00
304_L 302_A 0.98 0.14 0.00
123_E 348_I 0.98 0.14 0.00
342_I 536_V 0.98 0.14 0.00
271_K 257_D 0.98 0.14 0.00
285_T 82_R 0.98 0.14 0.00
318_L 31_L 0.98 0.14 0.00
130_I 563_Q 0.98 0.14 0.00
192_V 633_I 0.97 0.14 0.00
110_S 142_G 0.97 0.14 0.00
316_I 376_L 0.97 0.13 0.00
67_I 63_P 0.97 0.13 0.00
273_Y 531_P 0.97 0.13 0.00
26_A 611_Q 0.97 0.13 0.00
108_A 180_L 0.97 0.13 0.00
318_L 633_I 0.97 0.13 0.00
310_F 581_T 0.97 0.13 0.00
49_F 35_Y 0.96 0.13 0.00
269_L 290_N 0.96 0.13 0.00
311_L 542_A 0.96 0.13 0.00
256_L 427_T 0.96 0.13 0.00
256_L 290_N 0.96 0.13 0.00
320_A 204_D 0.96 0.13 0.00
254_Y 268_L 0.96 0.13 0.00
323_E 338_S 0.96 0.13 0.00
208_I 440_A 0.96 0.13 0.00
353_L 452_F 0.96 0.13 0.00
273_Y 22_F 0.96 0.13 0.00
131_L 52_N 0.96 0.13 0.00
204_F 483_E 0.96 0.13 0.00
50_G 422_S 0.95 0.13 0.00
101_I 315_T 0.95 0.13 0.00
49_F 145_L 0.95 0.13 0.00
194_G 37_M 0.95 0.13 0.00
254_Y 217_I 0.95 0.13 0.00
55_F 289_F 0.95 0.13 0.00
127_I 633_I 0.95 0.13 0.00
108_A 615_D 0.95 0.13 0.00
77_H 127_R 0.95 0.13 0.00
312_I 406_A 0.95 0.13 0.00
122_S 113_L 0.95 0.13 0.00
323_E 255_A 0.95 0.13 0.00
269_L 632_Q 0.95 0.13 0.00
174_N 37_M 0.94 0.13 0.00
59_L 111_K 0.94 0.13 0.00
158_K 236_R 0.94 0.12 0.00
312_I 251_F 0.94 0.12 0.00
340_F 577_I 0.94 0.12 0.00
134_A 121_P 0.94 0.12 0.00
347_G 29_L 0.94 0.12 0.00
107_G 535_F 0.93 0.12 0.00
303_I 360_P 0.93 0.12 0.00
219_L 545_K 0.93 0.12 0.00
66_I 280_I 0.93 0.12 0.00
302_V 30_V 0.93 0.12 0.00
379_I 306_Y 0.93 0.12 0.00
33_V 597_A 0.93 0.12 0.00
291_V 403_D 0.93 0.12 0.00
50_G 289_F 0.93 0.12 0.00
37_N 35_Y 0.93 0.12 0.00
256_L 263_Y 0.93 0.12 0.00
340_F 163_L 0.93 0.12 0.00
179_T 427_T 0.93 0.12 0.00
259_S 398_T 0.92 0.12 0.00
281_P 160_G 0.92 0.12 0.00
273_Y 32_R 0.92 0.12 0.00
173_Q 379_L 0.92 0.12 0.00
137_V 474_G 0.92 0.12 0.00
177_G 338_S 0.92 0.12 0.00
108_A 296_D 0.92 0.12 0.00
314_H 77_A 0.92 0.12 0.00
49_F 50_K 0.92 0.12 0.00
142_Q 459_P 0.92 0.12 0.00
380_V 234_P 0.92 0.12 0.00
174_N 304_D 0.92 0.12 0.00
119_I 535_F 0.92 0.12 0.00
201_A 76_L 0.92 0.12 0.00
254_Y 533_P 0.92 0.12 0.00
164_L 29_L 0.91 0.12 0.00
351_Q 408_G 0.91 0.12 0.00
58_I 585_L 0.91 0.12 0.00
124_F 250_V 0.91 0.12 0.00
353_L 197_L 0.91 0.12 0.00
235_Q 234_P 0.91 0.12 0.00
110_S 552_Y 0.91 0.12 0.00
360_L 392_F 0.91 0.12 0.00
273_Y 15_A 0.91 0.12 0.00
343_L 588_G 0.91 0.12 0.00
313_F 32_R 0.91 0.12 0.00
46_S 277_T 0.91 0.12 0.00
301_S 586_N 0.91 0.12 0.00
304_L 45_Q 0.91 0.12 0.00
83_Y 577_I 0.91 0.12 0.00
269_L 379_L 0.90 0.12 0.00
39_A 607_G 0.90 0.12 0.00
129_L 612_K 0.90 0.12 0.00
54_I 44_G 0.90 0.12 0.00
175_D 88_V 0.90 0.12 0.00
304_L 609_D 0.90 0.12 0.00
310_F 644_V 0.90 0.12 0.00
138_S 435_L 0.90 0.12 0.00
172_L 75_V 0.90 0.11 0.00
31_F 166_E 0.90 0.11 0.00
110_S 554_G 0.90 0.11 0.00
70_I 50_K 0.90 0.11 0.00
134_A 551_V 0.90 0.11 0.00
74_K 241_H 0.90 0.11 0.00
176_L 216_Y 0.90 0.11 0.00
247_T 504_R 0.90 0.11 0.00
273_Y 505_I 0.90 0.11 0.00
49_F 551_V 0.89 0.11 0.00
52_R 510_V 0.89 0.11 0.00
362_F 626_T 0.89 0.11 0.00
137_V 554_G 0.89 0.11 0.00
29_A 241_H 0.89 0.11 0.00
207_G 343_I 0.89 0.11 0.00
28_L 157_N 0.89 0.11 0.00
360_L 512_G 0.89 0.11 0.00
290_S 157_N 0.89 0.11 0.00
74_K 577_I 0.89 0.11 0.00
346_I 213_S 0.89 0.11 0.00
129_L 358_E 0.89 0.11 0.00
252_D 631_T 0.89 0.11 0.00
293_G 482_A 0.89 0.11 0.00
50_G 127_R 0.89 0.11 0.00
65_G 577_I 0.89 0.11 0.00
70_I 612_K 0.89 0.11 0.00
52_R 582_L 0.89 0.11 0.00
376_G 452_F 0.89 0.11 0.00
25_I 84_K 0.89 0.11 0.00
203_I 471_Q 0.89 0.11 0.00
70_I 28_I 0.88 0.11 0.00
49_F 63_P 0.88 0.11 0.00
299_I 244_I 0.88 0.11 0.00
26_A 319_Y 0.88 0.11 0.00
124_F 322_A 0.88 0.11 0.00
168_I 449_K 0.88 0.11 0.00
49_F 361_M 0.88 0.11 0.00
200_L 396_K 0.88 0.11 0.00
159_I 610_K 0.88 0.11 0.00
69_F 46_D 0.88 0.11 0.00
59_L 452_F 0.88 0.11 0.00
26_A 323_A 0.88 0.11 0.00
327_N 401_M 0.88 0.11 0.00
28_L 341_R 0.88 0.11 0.00
46_S 288_T 0.88 0.11 0.00
139_R 18_L 0.88 0.11 0.00
33_V 178_S 0.88 0.11 0.00
37_N 234_P 0.88 0.11 0.00
65_G 442_F 0.88 0.11 0.00
172_L 319_Y 0.87 0.11 0.00
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76_K 407_P 0.81 0.09 0.00
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189_V 448_L 0.81 0.09 0.00
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279_Y 505_I 0.81 0.09 0.00
165_V 23_G 0.81 0.09 0.00
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168_I 152_K 0.80 0.09 0.00
193_S 491_L 0.80 0.09 0.00
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284_H 563_Q 0.80 0.09 0.00
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304_L 599_Y 0.80 0.09 0.00
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353_L 463_R 0.80 0.09 0.00
263_I 482_A 0.80 0.09 0.00
34_L 30_V 0.80 0.09 0.00
121_P 272_V 0.80 0.09 0.00
208_I 387_S 0.80 0.09 0.00
310_F 376_L 0.80 0.09 0.00
144_T 58_K 0.80 0.09 0.00
193_S 326_Q 0.80 0.09 0.00
137_V 539_M 0.80 0.09 0.00
107_G 503_Y 0.80 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)

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