OPENSEQ.org
FtsW-Pbp3

Genes: A B A+B
Length: 408 691 956
Sequences: 3314 3158 588
Seq/Len: 8.12 4.57 0.62
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.84
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.

Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.05 0.11
2 0.01 0.06 0.12
5 0.01 0.06 0.47
10 0.01 0.06 0.51
20 0.01 0.07 0.54
100 0.04 0.08 0.69
0.12 0.16 1.09
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!

GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution.
Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
303_L 37_V 2.04 0.91 0.45
299_L 45_I 1.63 0.72 0.19
353_T 36_L 1.53 0.65 0.14
66_L 45_I 1.46 0.60 0.12
347_I 36_L 1.45 0.59 0.11
302_G 40_L 1.44 0.58 0.11
290_F 40_L 1.42 0.56 0.10
242_D 222_V 1.36 0.52 0.09
78_F 651_I 1.34 0.50 0.08
256_N 58_D 1.31 0.48 0.07
299_L 41_G 1.28 0.45 0.06
311_F 457_A 1.23 0.41 0.05
286_T 376_M 1.22 0.40 0.05
88_L 644_D 1.22 0.40 0.05
357_T 449_S 1.21 0.40 0.05
38_Y 42_Y 1.20 0.39 0.05
120_S 374_G 1.18 0.37 0.04
132_S 372_K 1.18 0.37 0.04
72_S 402_G 1.17 0.37 0.04
64_R 644_D 1.17 0.36 0.04
94_Q 207_K 1.14 0.34 0.04
360_P 522_I 1.13 0.34 0.04
64_R 320_I 1.12 0.33 0.04
274_S 43_L 1.12 0.33 0.04
375_S 473_S 1.12 0.33 0.04
42_M 280_Y 1.12 0.33 0.04
120_S 293_Y 1.12 0.33 0.04
312_I 242_F 1.11 0.32 0.03
185_L 51_Y 1.11 0.32 0.03
122_I 521_S 1.10 0.32 0.03
162_L 637_I 1.10 0.32 0.03
369_S 650_S 1.10 0.31 0.03
266_V 45_I 1.09 0.31 0.03
332_C 332_L 1.09 0.31 0.03
352_A 505_G 1.09 0.30 0.03
357_T 429_S 1.09 0.30 0.03
360_P 525_Y 1.08 0.30 0.03
320_A 280_Y 1.07 0.29 0.03
271_L 610_D 1.07 0.29 0.03
182_G 505_G 1.07 0.29 0.03
240_L 491_L 1.07 0.29 0.03
139_I 38_L 1.06 0.29 0.03
87_L 365_L 1.06 0.29 0.03
27_I 372_K 1.05 0.28 0.03
138_A 312_R 1.04 0.27 0.03
348_G 637_I 1.03 0.27 0.03
281_L 371_N 1.03 0.27 0.03
45_A 647_L 1.03 0.27 0.03
281_L 651_I 1.02 0.26 0.02
132_S 289_K 1.02 0.26 0.02
319_F 204_V 1.01 0.26 0.02
185_L 312_R 1.01 0.26 0.02
90_N 446_M 1.01 0.26 0.02
286_T 533_L 1.01 0.25 0.02
274_S 438_T 1.01 0.25 0.02
294_C 439_I 1.00 0.25 0.02
369_S 404_Q 1.00 0.25 0.02
90_N 428_R 1.00 0.25 0.02
359_V 482_L 1.00 0.25 0.02
40_A 316_L 0.99 0.24 0.02
348_G 36_L 0.99 0.24 0.02
29_L 233_P 0.99 0.24 0.02
134_L 326_K 0.99 0.24 0.02
291_A 383_T 0.99 0.24 0.02
73_F 362_I 0.99 0.24 0.02
369_S 482_L 0.99 0.24 0.02
266_V 212_V 0.98 0.23 0.02
141_L 336_I 0.97 0.23 0.02
341_S 406_K 0.97 0.23 0.02
314_Y 503_T 0.97 0.23 0.02
182_G 449_S 0.96 0.23 0.02
350_I 435_G 0.96 0.23 0.02
299_L 601_D 0.96 0.23 0.02
286_T 648_A 0.96 0.22 0.02
306_I 638_G 0.96 0.22 0.02
361_L 489_V 0.96 0.22 0.02
339_F 208_E 0.96 0.22 0.02
166_V 316_L 0.95 0.22 0.02
129_L 633_N 0.95 0.22 0.02
241_T 309_P 0.95 0.22 0.02
140_I 589_I 0.95 0.22 0.02
162_L 647_L 0.95 0.22 0.02
66_L 80_L 0.94 0.22 0.02
263_N 524_Q 0.94 0.21 0.02
385_G 457_A 0.94 0.21 0.02
22_L 81_V 0.94 0.21 0.02
290_F 496_G 0.94 0.21 0.02
138_A 552_G 0.94 0.21 0.02
376_I 521_S 0.94 0.21 0.02
179_K 93_R 0.93 0.21 0.02
38_Y 579_V 0.93 0.21 0.02
27_I 551_I 0.93 0.21 0.02
200_I 330_A 0.93 0.21 0.02
182_G 376_M 0.93 0.21 0.02
331_V 65_E 0.93 0.21 0.02
107_L 316_L 0.93 0.21 0.02
332_C 39_R 0.92 0.20 0.02
288_F 44_Q 0.92 0.20 0.02
180_D 87_M 0.92 0.20 0.02
209_G 569_K 0.92 0.20 0.02
369_S 335_Q 0.92 0.20 0.02
300_I 37_V 0.92 0.20 0.02
197_Y 219_L 0.92 0.20 0.02
386_K 80_L 0.92 0.20 0.02
291_A 245_V 0.92 0.20 0.01
136_K 286_G 0.92 0.20 0.01
196_F 283_V 0.92 0.20 0.01
307_T 30_V 0.92 0.20 0.01
182_G 87_M 0.92 0.20 0.01
100_T 242_F 0.91 0.20 0.01
134_L 413_T 0.91 0.20 0.01
334_G 114_K 0.91 0.20 0.01
149_K 403_Y 0.91 0.20 0.01
262_G 456_T 0.91 0.20 0.01
299_L 48_G 0.91 0.20 0.01
315_R 408_I 0.91 0.20 0.01
143_I 208_E 0.91 0.20 0.01
378_M 294_T 0.91 0.20 0.01
382_L 381_I 0.91 0.20 0.01
305_V 211_A 0.91 0.20 0.01
285_H 516_N 0.91 0.20 0.01
353_T 507_I 0.91 0.20 0.01
354_I 274_S 0.91 0.20 0.01
384_V 644_D 0.90 0.19 0.01
353_T 35_V 0.90 0.19 0.01
289_I 371_N 0.90 0.19 0.01
335_I 573_G 0.90 0.19 0.01
381_L 231_K 0.90 0.19 0.01
253_H 450_N 0.90 0.19 0.01
261_I 43_L 0.90 0.19 0.01
356_L 505_G 0.90 0.19 0.01
83_M 350_A 0.90 0.19 0.01
67_A 443_Q 0.90 0.19 0.01
107_L 672_V 0.89 0.19 0.01
83_M 353_V 0.89 0.19 0.01
196_F 362_I 0.89 0.19 0.01
77_F 524_Q 0.89 0.19 0.01
284_P 458_L 0.89 0.19 0.01
132_S 362_I 0.89 0.19 0.01
293_I 298_S 0.89 0.19 0.01
340_G 521_S 0.89 0.19 0.01
140_I 315_D 0.89 0.19 0.01
199_G 21_R 0.89 0.19 0.01
330_L 509_P 0.89 0.18 0.01
131_A 622_A 0.89 0.18 0.01
328_Y 496_G 0.89 0.18 0.01
24_V 320_I 0.88 0.18 0.01
331_V 601_D 0.88 0.18 0.01
169_L 36_L 0.88 0.18 0.01
169_L 97_T 0.88 0.18 0.01
175_V 589_I 0.88 0.18 0.01
98_I 46_A 0.88 0.18 0.01
306_I 36_L 0.88 0.18 0.01
209_G 591_E 0.88 0.18 0.01
137_I 80_L 0.88 0.18 0.01
370_S 20_K 0.88 0.18 0.01
271_L 22_I 0.88 0.18 0.01
124_L 540_I 0.88 0.18 0.01
168_A 320_I 0.87 0.18 0.01
72_S 114_K 0.87 0.18 0.01
335_I 315_D 0.87 0.18 0.01
35_V 440_N 0.87 0.18 0.01
40_A 209_Y 0.87 0.18 0.01
27_I 403_Y 0.87 0.18 0.01
58_G 459_K 0.87 0.18 0.01
120_S 652_V 0.87 0.18 0.01
343_T 402_G 0.87 0.18 0.01
124_L 365_L 0.86 0.17 0.01
323_T 588_Q 0.86 0.17 0.01
178_Q 373_S 0.86 0.17 0.01
276_M 55_I 0.86 0.17 0.01
354_I 350_A 0.86 0.17 0.01
33_G 24_F 0.86 0.17 0.01
60_Y 276_L 0.86 0.17 0.01
332_C 651_I 0.86 0.17 0.01
347_I 222_V 0.85 0.17 0.01
190_I 25_I 0.85 0.17 0.01
105_L 222_V 0.85 0.17 0.01
285_H 513_N 0.85 0.17 0.01
347_I 551_I 0.85 0.17 0.01
24_V 384_F 0.85 0.17 0.01
174_L 286_G 0.85 0.17 0.01
328_Y 355_Q 0.85 0.17 0.01
124_L 615_T 0.85 0.17 0.01
179_K 332_L 0.85 0.17 0.01
263_N 436_H 0.85 0.17 0.01
356_L 430_Y 0.85 0.17 0.01
340_G 29_I 0.85 0.17 0.01
291_A 443_Q 0.85 0.17 0.01
316_A 489_V 0.85 0.17 0.01
71_M 287_K 0.84 0.17 0.01
22_L 300_K 0.84 0.17 0.01
336_A 333_D 0.84 0.17 0.01
364_I 353_V 0.84 0.17 0.01
182_G 492_G 0.84 0.17 0.01
138_A 538_S 0.84 0.17 0.01
204_K 604_G 0.84 0.17 0.01
304_L 610_D 0.84 0.16 0.01
122_I 540_I 0.84 0.16 0.01
182_G 512_N 0.84 0.16 0.01
308_L 320_I 0.84 0.16 0.01
40_A 382_G 0.84 0.16 0.01
265_G 549_P 0.84 0.16 0.01
340_G 393_S 0.84 0.16 0.01
335_I 107_E 0.83 0.16 0.01
140_I 491_L 0.83 0.16 0.01
384_V 440_N 0.83 0.16 0.01
357_T 453_M 0.83 0.16 0.01
205_V 239_R 0.83 0.16 0.01
83_M 557_E 0.83 0.16 0.01
38_Y 357_P 0.83 0.16 0.01
174_L 353_V 0.83 0.16 0.01
305_V 380_D 0.83 0.16 0.01
171_C 540_I 0.83 0.16 0.01
291_A 509_P 0.83 0.16 0.01
344_F 32_I 0.83 0.16 0.01
120_S 386_S 0.83 0.16 0.01
228_W 371_N 0.83 0.16 0.01
306_I 356_N 0.83 0.16 0.01
71_M 276_L 0.83 0.16 0.01
386_K 517_Y 0.83 0.16 0.01
129_L 371_N 0.82 0.16 0.01
120_S 634_S 0.82 0.16 0.01
274_S 522_I 0.82 0.16 0.01
370_S 320_I 0.82 0.16 0.01
251_G 505_G 0.82 0.16 0.01
299_L 574_T 0.82 0.16 0.01
71_M 567_L 0.82 0.15 0.01
311_F 29_I 0.82 0.15 0.01
66_L 317_K 0.82 0.15 0.01
307_T 362_I 0.82 0.15 0.01
283_E 435_G 0.82 0.15 0.01
242_D 646_K 0.82 0.15 0.01
32_I 331_L 0.82 0.15 0.01
372_I 129_W 0.82 0.15 0.01
360_P 294_T 0.82 0.15 0.01
161_I 362_I 0.82 0.15 0.01
41_S 613_V 0.82 0.15 0.01
369_S 533_L 0.81 0.15 0.01
369_S 379_Y 0.81 0.15 0.01
313_V 36_L 0.81 0.15 0.01
299_L 331_L 0.81 0.15 0.01
123_N 224_T 0.81 0.15 0.01
198_S 588_Q 0.81 0.15 0.01
292_I 393_S 0.81 0.15 0.01
250_T 222_V 0.81 0.15 0.01
174_L 44_Q 0.81 0.15 0.01
245_Q 589_I 0.81 0.15 0.01
118_S 622_A 0.81 0.15 0.01
237_F 590_Q 0.81 0.15 0.01
206_L 31_F 0.81 0.15 0.01
225_M 477_S 0.81 0.15 0.01
199_G 44_Q 0.81 0.15 0.01
244_F 367_G 0.81 0.15 0.01
179_K 533_L 0.81 0.15 0.01
162_L 30_V 0.80 0.15 0.01
85_V 491_L 0.80 0.15 0.01
363_F 309_P 0.80 0.15 0.01
148_S 573_G 0.80 0.15 0.01
40_A 317_K 0.80 0.15 0.01
348_G 338_K 0.80 0.15 0.01
242_D 371_N 0.80 0.15 0.01
59_T 604_G 0.80 0.15 0.01
360_P 400_L 0.80 0.14 0.01
317_F 597_F 0.80 0.14 0.01
289_I 310_G 0.80 0.14 0.01
255_S 221_G 0.80 0.14 0.01
278_L 353_V 0.80 0.14 0.01
370_S 229_D 0.80 0.14 0.01
46_T 43_L 0.80 0.14 0.01
176_F 672_V 0.80 0.14 0.01
141_L 616_A 0.80 0.14 0.01
79_I 555_I 0.80 0.14 0.01
335_I 231_K 0.79 0.14 0.01
138_A 406_K 0.79 0.14 0.01
180_D 376_M 0.79 0.14 0.01
120_S 382_G 0.79 0.14 0.01
371_M 318_L 0.79 0.14 0.01
384_V 613_V 0.79 0.14 0.01
73_F 555_I 0.79 0.14 0.01
238_S 551_I 0.79 0.14 0.01
291_A 568_K 0.79 0.14 0.01
61_F 245_V 0.79 0.14 0.01
118_S 637_I 0.79 0.14 0.01
259_L 633_N 0.79 0.14 0.01
136_K 313_G 0.79 0.14 0.01
364_I 40_L 0.78 0.14 0.01
313_V 211_A 0.78 0.14 0.01
263_N 659_P 0.78 0.14 0.01
253_H 227_D 0.78 0.14 0.01
345_V 590_Q 0.78 0.14 0.01
106_L 409_K 0.78 0.14 0.01
335_I 526_D 0.78 0.14 0.01
371_M 482_L 0.78 0.14 0.01
32_I 204_V 0.78 0.14 0.01
214_L 36_L 0.78 0.14 0.01
357_T 447_H 0.78 0.14 0.01
102_V 37_V 0.78 0.14 0.01
265_G 329_E 0.78 0.14 0.01
154_V 204_V 0.78 0.14 0.01
259_L 219_L 0.78 0.14 0.01
353_T 45_I 0.78 0.14 0.01
356_L 453_M 0.78 0.14 0.01
195_I 359_N 0.78 0.14 0.01
294_C 456_T 0.78 0.14 0.01
380_L 115_M 0.78 0.14 0.01
132_S 437_V 0.78 0.14 0.01
175_V 43_L 0.78 0.14 0.01
292_I 500_P 0.78 0.14 0.01
213_V 199_I 0.77 0.14 0.01
202_V 340_R 0.77 0.14 0.01
118_S 510_L 0.77 0.14 0.01
254_I 526_D 0.77 0.14 0.01
122_I 396_G 0.77 0.14 0.01
175_V 595_M 0.77 0.14 0.01
339_F 459_K 0.77 0.14 0.01
215_G 350_A 0.77 0.14 0.01
106_L 362_I 0.77 0.13 0.01
297_L 509_P 0.77 0.13 0.01
383_I 245_V 0.77 0.13 0.01
285_H 520_L 0.77 0.13 0.01
312_I 482_L 0.77 0.13 0.01
176_F 403_Y 0.77 0.13 0.01
215_G 412_E 0.77 0.13 0.01
255_S 623_E 0.77 0.13 0.01
232_Y 616_A 0.77 0.13 0.01
308_L 373_S 0.77 0.13 0.01
209_G 42_Y 0.77 0.13 0.01
300_I 33_F 0.77 0.13 0.01
363_F 450_N 0.77 0.13 0.01
278_L 43_L 0.76 0.13 0.01
120_S 83_N 0.76 0.13 0.01
140_I 64_N 0.76 0.13 0.01
348_G 111_K 0.76 0.13 0.01
73_F 440_N 0.76 0.13 0.01
353_T 393_S 0.76 0.13 0.01
384_V 365_L 0.76 0.13 0.01
297_L 551_I 0.76 0.13 0.01
241_T 665_G 0.76 0.13 0.01
304_L 212_V 0.76 0.13 0.01
130_Q 277_E 0.76 0.13 0.01
259_L 429_S 0.76 0.13 0.01
377_A 446_M 0.76 0.13 0.01
84_N 439_I 0.76 0.13 0.01
340_G 61_I 0.76 0.13 0.01
328_Y 522_I 0.76 0.13 0.01
245_Q 604_G 0.76 0.13 0.01
297_L 330_A 0.76 0.13 0.01
156_S 45_I 0.76 0.13 0.01
67_A 539_T 0.76 0.13 0.01
304_L 616_A 0.76 0.13 0.01
307_T 574_T 0.76 0.13 0.01
182_G 444_A 0.76 0.13 0.01
363_F 116_D 0.76 0.13 0.01
181_V 622_A 0.76 0.13 0.01
356_L 492_G 0.76 0.13 0.01
309_E 457_A 0.76 0.13 0.01
167_L 362_I 0.76 0.13 0.01
300_I 319_T 0.76 0.13 0.01
106_L 197_Q 0.76 0.13 0.01
78_F 242_F 0.75 0.13 0.01
178_Q 33_F 0.75 0.13 0.01
144_P 79_V 0.75 0.13 0.01
331_V 43_L 0.75 0.13 0.01
294_C 44_Q 0.75 0.13 0.01
139_I 359_N 0.75 0.13 0.01
348_G 44_Q 0.75 0.13 0.01
67_A 47_Q 0.75 0.13 0.01
251_G 602_G 0.75 0.13 0.01
267_F 604_G 0.75 0.13 0.01
214_L 219_L 0.75 0.13 0.01
255_S 315_D 0.75 0.13 0.01
195_I 375_K 0.75 0.13 0.01
364_I 328_V 0.75 0.13 0.01
305_V 423_G 0.75 0.13 0.01
360_P 512_N 0.75 0.13 0.01
299_L 37_V 0.75 0.13 0.01
33_G 638_G 0.75 0.13 0.01
141_L 276_L 0.75 0.13 0.01
186_L 427_K 0.75 0.13 0.01
329_K 593_F 0.75 0.13 0.01
105_L 21_R 0.75 0.13 0.01
61_F 204_V 0.75 0.13 0.01
23_L 672_V 0.75 0.13 0.01
205_V 649_F 0.75 0.13 0.01
377_A 638_G 0.75 0.13 0.01
335_I 660_P 0.75 0.13 0.01
71_M 283_V 0.75 0.13 0.01
368_G 233_P 0.75 0.13 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)

Page generated in 0.0646 seconds.