May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
test
Genes: A B A+B
Length: 975 382 1186
Sequences: 2321 3496 1654
Seq/Len: 2.38 9.15 1.39
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.80
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.03 0.02 1.10
2 0.03 0.02 1.16
5 0.03 0.02 1.20
10 0.03 0.03 1.21
20 0.03 0.03 1.22
100 0.03 0.03 1.24
∞ 0.07 0.05 1.40
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
494_R 83_R 2.40 0.99 0.98
254_Q 57_Y 2.23 0.99 0.97
266_N 361_H 1.91 0.97 0.92
459_D 90_S 1.86 0.96 0.90
537_A 124_E 1.72 0.93 0.85
548_E 83_R 1.68 0.92 0.83
333_D 298_K 1.57 0.88 0.76
494_R 112_D 1.56 0.87 0.75
537_A 288_F 1.32 0.72 0.54
464_V 87_L 1.26 0.68 0.48
293_G 93_R 1.26 0.67 0.47
390_T 84_D 1.25 0.67 0.47
260_E 93_R 1.21 0.63 0.43
491_Q 18_R 1.07 0.49 0.28
502_L 141_A 1.04 0.46 0.25
752_L 65_T 1.03 0.45 0.25
752_L 79_G 1.02 0.45 0.24
464_V 88_I 1.00 0.42 0.22
293_G 91_N 1.00 0.42 0.22
767_I 224_S 0.99 0.41 0.21
778_I 336_T 0.98 0.41 0.21
825_L 127_A 0.98 0.40 0.20
498_A 81_V 0.97 0.39 0.19
471_R 87_L 0.96 0.38 0.19
336_M 335_G 0.96 0.38 0.19
958_V 276_A 0.95 0.37 0.18
225_N 304_V 0.94 0.36 0.17
258_D 37_T 0.93 0.36 0.17
225_N 106_N 0.93 0.35 0.17
352_I 35_S 0.92 0.34 0.16
583_V 310_Q 0.91 0.33 0.15
347_S 332_L 0.91 0.33 0.15
390_T 275_L 0.89 0.32 0.14
487_D 4_S 0.88 0.31 0.14
564_V 315_A 0.88 0.31 0.13
534_A 120_R 0.88 0.31 0.13
766_A 130_G 0.87 0.30 0.13
903_V 40_Q 0.86 0.29 0.12
218_M 57_Y 0.86 0.29 0.12
268_S 303_N 0.86 0.29 0.12
242_I 129_N 0.85 0.28 0.12
465_Q 84_D 0.85 0.28 0.12
515_K 113_I 0.85 0.28 0.12
921_G 306_M 0.84 0.28 0.11
284_V 295_H 0.84 0.27 0.11
550_E 120_R 0.84 0.27 0.11
186_E 372_E 0.83 0.27 0.11
253_A 57_Y 0.83 0.26 0.11
465_Q 59_H 0.82 0.26 0.10
576_I 5_A 0.81 0.25 0.10
562_I 237_F 0.81 0.25 0.10
261_Y 37_T 0.81 0.25 0.10
946_L 130_G 0.81 0.25 0.10
583_V 338_Q 0.81 0.25 0.10
271_V 101_Y 0.81 0.25 0.10
971_L 252_I 0.80 0.25 0.10
204_L 208_M 0.80 0.25 0.09
912_R 291_H 0.80 0.25 0.09
362_F 3_K 0.80 0.24 0.09
864_V 122_L 0.80 0.24 0.09
362_F 128_Q 0.79 0.24 0.09
253_A 37_T 0.79 0.24 0.09
233_S 57_Y 0.79 0.24 0.09
174_M 50_R 0.79 0.23 0.09
387_I 194_V 0.79 0.23 0.09
167_I 275_L 0.78 0.23 0.09
237_F 232_N 0.78 0.23 0.09
225_N 298_K 0.78 0.23 0.09
504_K 228_V 0.78 0.23 0.08
259_K 357_S 0.78 0.23 0.08
594_Y 21_G 0.78 0.23 0.08
521_D 226_E 0.77 0.23 0.08
271_V 346_P 0.77 0.22 0.08
581_C 331_S 0.77 0.22 0.08
226_D 158_L 0.76 0.22 0.08
333_D 303_N 0.76 0.22 0.08
357_T 286_M 0.76 0.22 0.08
947_L 374_I 0.76 0.21 0.08
521_D 265_V 0.76 0.21 0.07
585_A 237_F 0.76 0.21 0.07
282_S 291_H 0.76 0.21 0.07
750_V 113_I 0.75 0.21 0.07
548_E 107_I 0.75 0.21 0.07
494_R 236_I 0.75 0.21 0.07
695_V 276_A 0.75 0.21 0.07
697_A 110_I 0.75 0.21 0.07
768_C 65_T 0.75 0.21 0.07
231_V 84_D 0.75 0.21 0.07
436_I 129_N 0.75 0.21 0.07
371_N 81_V 0.75 0.21 0.07
538_T 214_C 0.74 0.20 0.07
599_V 347_A 0.74 0.20 0.07
562_I 347_A 0.74 0.20 0.07
970_E 232_N 0.74 0.20 0.07
875_A 253_T 0.74 0.20 0.07
272_L 333_F 0.73 0.20 0.07
257_T 63_V 0.73 0.20 0.07
767_I 164_T 0.73 0.20 0.07
836_E 227_D 0.73 0.20 0.07
185_R 305_V 0.73 0.20 0.07
262_Q 360_P 0.73 0.20 0.07
335_L 259_L 0.73 0.20 0.07
687_L 347_A 0.73 0.20 0.07
923_T 374_I 0.72 0.19 0.06
681_A 363_A 0.72 0.19 0.06
487_D 107_I 0.72 0.19 0.06
206_I 223_T 0.72 0.19 0.06
347_S 305_V 0.72 0.19 0.06
522_L 106_N 0.72 0.19 0.06
257_T 213_G 0.72 0.19 0.06
737_Y 109_A 0.72 0.19 0.06
516_L 206_L 0.72 0.19 0.06
328_V 25_S 0.72 0.19 0.06
903_V 346_P 0.71 0.18 0.06
720_L 221_A 0.71 0.18 0.06
395_L 111_A 0.71 0.18 0.06
674_D 43_L 0.71 0.18 0.06
262_Q 359_G 0.71 0.18 0.06
692_N 314_F 0.71 0.18 0.06
938_T 256_Q 0.71 0.18 0.06
260_E 91_N 0.70 0.18 0.06
227_N 332_L 0.70 0.18 0.06
237_F 206_L 0.70 0.18 0.06
227_N 92_F 0.70 0.18 0.06
546_T 52_I 0.70 0.18 0.06
804_E 375_E 0.70 0.18 0.06
681_A 94_N 0.70 0.18 0.06
809_M 369_H 0.70 0.18 0.06
839_L 132_I 0.70 0.18 0.06
630_V 122_L 0.70 0.18 0.06
682_V 122_L 0.70 0.18 0.06
816_L 165_A 0.70 0.18 0.06
708_I 304_V 0.70 0.18 0.06
662_I 247_P 0.70 0.18 0.06
840_I 304_V 0.70 0.17 0.05
676_E 300_V 0.70 0.17 0.05
888_Y 219_V 0.70 0.17 0.05
457_N 106_N 0.69 0.17 0.05
239_A 113_I 0.69 0.17 0.05
810_R 110_I 0.69 0.17 0.05
390_T 210_V 0.69 0.17 0.05
561_K 42_I 0.69 0.17 0.05
730_D 252_I 0.69 0.17 0.05
398_A 252_I 0.69 0.17 0.05
452_V 256_Q 0.69 0.17 0.05
767_I 298_K 0.69 0.17 0.05
867_R 210_V 0.69 0.17 0.05
489_L 278_A 0.69 0.17 0.05
562_I 335_G 0.69 0.17 0.05
261_Y 358_P 0.68 0.17 0.05
861_L 68_A 0.68 0.17 0.05
284_V 204_N 0.68 0.17 0.05
713_V 54_T 0.68 0.17 0.05
704_K 352_G 0.68 0.17 0.05
431_A 53_V 0.68 0.16 0.05
840_I 228_V 0.67 0.16 0.05
622_T 221_A 0.67 0.16 0.05
629_I 171_T 0.67 0.16 0.05
459_D 162_V 0.67 0.16 0.05
651_A 295_H 0.67 0.16 0.05
331_T 332_L 0.67 0.16 0.05
250_V 46_P 0.67 0.16 0.05
258_D 244_D 0.67 0.16 0.05
487_D 82_I 0.67 0.16 0.05
331_T 352_G 0.67 0.16 0.05
448_S 257_K 0.67 0.16 0.05
627_L 164_T 0.67 0.16 0.05
971_L 256_Q 0.67 0.16 0.05
731_E 275_L 0.66 0.16 0.04
561_K 92_F 0.66 0.16 0.04
842_V 119_T 0.66 0.16 0.04
445_A 346_P 0.66 0.15 0.04
456_T 151_P 0.66 0.15 0.04
613_S 228_V 0.66 0.15 0.04
345_P 332_L 0.66 0.15 0.04
409_F 14_Q 0.66 0.15 0.04
443_F 79_G 0.66 0.15 0.04
330_Y 201_A 0.66 0.15 0.04
534_A 328_T 0.66 0.15 0.04
712_L 20_I 0.66 0.15 0.04
325_K 291_H 0.66 0.15 0.04
649_K 342_R 0.66 0.15 0.04
167_I 199_F 0.66 0.15 0.04
640_V 195_V 0.66 0.15 0.04
657_A 256_Q 0.66 0.15 0.04
328_V 251_A 0.65 0.15 0.04
949_V 144_L 0.65 0.15 0.04
528_R 119_T 0.65 0.15 0.04
965_L 92_F 0.65 0.15 0.04
971_L 228_V 0.65 0.15 0.04
198_L 10_E 0.65 0.15 0.04
206_I 281_A 0.65 0.15 0.04
699_E 236_I 0.65 0.15 0.04
388_G 5_A 0.65 0.15 0.04
735_R 106_N 0.65 0.15 0.04
184_N 113_I 0.65 0.15 0.04
230_I 54_T 0.65 0.15 0.04
155_A 310_Q 0.65 0.15 0.04
768_C 373_L 0.65 0.15 0.04
188_F 313_G 0.65 0.15 0.04
740_T 14_Q 0.65 0.15 0.04
485_N 163_T 0.65 0.15 0.04
390_T 13_T 0.64 0.15 0.04
772_M 232_N 0.64 0.15 0.04
225_N 303_N 0.64 0.15 0.04
730_D 27_V 0.64 0.14 0.04
194_R 274_L 0.64 0.14 0.04
576_I 275_L 0.64 0.14 0.04
506_A 75_V 0.64 0.14 0.04
237_F 113_I 0.64 0.14 0.04
589_L 162_V 0.64 0.14 0.04
468_E 42_I 0.64 0.14 0.04
186_E 222_Q 0.64 0.14 0.04
392_Q 338_Q 0.64 0.14 0.04
207_D 276_A 0.64 0.14 0.04
394_S 251_A 0.64 0.14 0.04
450_D 95_T 0.64 0.14 0.04
466_I 196_A 0.64 0.14 0.04
237_F 342_R 0.64 0.14 0.04
680_H 10_E 0.64 0.14 0.04
686_K 160_K 0.64 0.14 0.04
467_E 316_V 0.64 0.14 0.04
276_G 352_G 0.64 0.14 0.04
198_L 15_F 0.64 0.14 0.04
271_V 288_F 0.64 0.14 0.04
504_K 163_T 0.64 0.14 0.04
293_G 69_D 0.64 0.14 0.04
960_L 276_A 0.63 0.14 0.04
266_N 110_I 0.63 0.14 0.04
536_F 295_H 0.63 0.14 0.04
465_Q 86_P 0.63 0.14 0.04
242_I 215_R 0.63 0.14 0.04
730_D 94_N 0.63 0.14 0.04
859_V 330_K 0.63 0.14 0.04
259_K 93_R 0.63 0.14 0.04
390_T 118_L 0.63 0.14 0.04
452_V 216_L 0.63 0.14 0.04
168_I 113_I 0.63 0.14 0.04
492_L 197_Y 0.63 0.14 0.04
905_P 293_G 0.63 0.14 0.04
352_I 36_M 0.63 0.14 0.04
628_E 163_T 0.63 0.14 0.04
560_E 372_E 0.63 0.14 0.04
439_I 256_Q 0.63 0.14 0.04
263_I 175_W 0.63 0.14 0.04
457_N 103_K 0.63 0.14 0.04
202_K 340_I 0.63 0.14 0.04
850_V 30_V 0.63 0.14 0.04
537_A 95_T 0.63 0.14 0.04
864_V 313_G 0.62 0.14 0.04
392_Q 275_L 0.62 0.14 0.04
710_Y 79_G 0.62 0.14 0.04
622_T 234_D 0.62 0.14 0.04
454_N 256_Q 0.62 0.14 0.04
629_I 288_F 0.62 0.14 0.04
756_L 118_L 0.62 0.14 0.04
292_N 122_L 0.62 0.14 0.04
807_D 226_E 0.62 0.14 0.04
767_I 214_C 0.62 0.14 0.04
561_K 33_N 0.62 0.14 0.04
456_T 163_T 0.62 0.14 0.04
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 1.2134 seconds.