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OPENSEQ.org
FliFFliG
Genes: A B A+B
Length: 560 331 861
Sequences: 1365 1146 1107
Seq/Len: 2.44 3.46 1.29
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.53
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 1.23
2 0.00 0.00 1.24
5 0.00 0.00 1.28
10 0.00 0.00 1.29
20 0.00 0.00 1.32
100 0.01 0.01 1.34
∞ 0.03 0.05 1.35
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
552_R 33_E 1.66 0.90 0.35
548_A 25_V 1.65 0.90 0.34
245_I 115_P 1.53 0.85 0.27
212_L 42_A 1.44 0.79 0.21
551_I 29_L 1.40 0.76 0.18
249_I 178_V 1.27 0.66 0.13
469_L 255_D 1.26 0.65 0.12
178_V 272_E 1.23 0.63 0.11
187_D 27_K 1.22 0.62 0.11
46_A 25_V 1.19 0.59 0.10
150_V 13_L 1.17 0.57 0.09
395_T 156_D 1.17 0.56 0.09
201_A 287_R 1.15 0.55 0.09
51_Y 308_I 1.15 0.55 0.09
270_L 8_D 1.14 0.54 0.08
171_S 37_L 1.14 0.54 0.08
303_Q 25_V 1.13 0.53 0.08
301_S 229_I 1.13 0.53 0.08
363_T 23_A 1.11 0.51 0.08
386_S 96_D 1.11 0.51 0.07
168_E 47_I 1.10 0.50 0.07
61_Q 16_T 1.10 0.50 0.07
467_L 151_E 1.09 0.49 0.07
51_Y 142_A 1.08 0.48 0.07
169_Q 191_S 1.08 0.48 0.07
407_D 250_L 1.08 0.47 0.07
77_Y 251_L 1.07 0.47 0.07
367_E 143_A 1.07 0.47 0.07
128_E 110_L 1.06 0.46 0.06
430_L 270_L 1.06 0.46 0.06
221_T 317_E 1.06 0.46 0.06
541_D 24_E 1.05 0.45 0.06
100_L 18_G 1.05 0.45 0.06
143_T 317_E 1.05 0.45 0.06
93_V 167_V 1.05 0.45 0.06
75_I 310_L 1.04 0.44 0.06
143_T 120_D 1.04 0.44 0.06
541_D 21_R 1.04 0.44 0.06
170_K 290_L 1.04 0.44 0.06
275_K 20_D 1.03 0.43 0.06
558_D 240_V 1.03 0.43 0.06
551_I 145_I 1.03 0.43 0.06
386_S 313_R 1.02 0.42 0.05
368_V 206_M 1.01 0.41 0.05
536_I 4_L 1.01 0.41 0.05
205_L 29_L 1.00 0.41 0.05
301_S 26_F 1.00 0.40 0.05
178_V 63_A 1.00 0.40 0.05
325_E 20_D 1.00 0.40 0.05
71_T 297_R 1.00 0.40 0.05
245_I 218_V 1.00 0.40 0.05
249_I 47_I 1.00 0.40 0.05
64_G 271_R 1.00 0.40 0.05
90_A 290_L 0.99 0.40 0.05
58_L 288_D 0.99 0.40 0.05
124_S 26_F 0.99 0.40 0.05
56_S 79_S 0.99 0.39 0.05
390_V 247_I 0.99 0.39 0.05
135_A 130_I 0.99 0.39 0.05
190_Q 56_L 0.99 0.39 0.05
355_P 324_G 0.99 0.39 0.05
93_V 75_E 0.99 0.39 0.05
547_V 196_V 0.98 0.39 0.05
191_I 17_I 0.98 0.38 0.05
106_P 80_V 0.98 0.38 0.05
205_L 140_S 0.98 0.38 0.05
231_N 146_L 0.97 0.37 0.04
112_G 110_L 0.97 0.37 0.04
384_R 248_Q 0.97 0.37 0.04
387_V 163_T 0.97 0.37 0.04
548_A 34_V 0.96 0.36 0.04
56_S 280_Q 0.95 0.36 0.04
406_A 88_E 0.95 0.36 0.04
550_V 23_A 0.95 0.35 0.04
480_V 274_F 0.95 0.35 0.04
392_N 182_L 0.95 0.35 0.04
57_N 264_K 0.95 0.35 0.04
157_L 32_R 0.95 0.35 0.04
470_V 53_T 0.95 0.35 0.04
49_P 244_D 0.95 0.35 0.04
432_V 183_L 0.94 0.35 0.04
426_R 110_L 0.94 0.35 0.04
547_V 282_A 0.94 0.35 0.04
25_R 161_I 0.94 0.35 0.04
202_V 199_A 0.94 0.35 0.04
422_F 275_L 0.94 0.35 0.04
239_N 232_E 0.94 0.34 0.04
165_F 146_L 0.94 0.34 0.04
55_F 271_R 0.94 0.34 0.04
539_M 263_L 0.93 0.34 0.04
417_R 172_L 0.93 0.34 0.04
279_E 265_G 0.93 0.34 0.04
430_L 242_V 0.93 0.34 0.04
25_R 75_E 0.93 0.34 0.04
417_R 94_L 0.93 0.34 0.04
38_I 149_F 0.93 0.34 0.04
49_P 143_A 0.93 0.33 0.04
44_L 93_L 0.92 0.33 0.04
177_T 203_I 0.92 0.33 0.04
536_I 60_E 0.92 0.33 0.04
126_F 110_L 0.92 0.33 0.04
180_L 150_D 0.92 0.33 0.04
373_R 94_L 0.92 0.33 0.04
231_N 139_R 0.92 0.33 0.04
178_V 69_L 0.92 0.32 0.04
54_L 47_I 0.91 0.32 0.04
271_D 17_I 0.91 0.32 0.04
28_L 206_M 0.91 0.32 0.04
194_V 257_E 0.91 0.32 0.04
151_K 271_R 0.91 0.32 0.04
418_E 134_L 0.91 0.32 0.04
431_N 18_G 0.91 0.32 0.04
316_L 174_E 0.91 0.32 0.04
76_P 5_S 0.91 0.32 0.04
382_I 44_V 0.91 0.31 0.03
99_R 268_P 0.90 0.31 0.03
98_L 172_L 0.90 0.31 0.03
36_V 25_V 0.90 0.31 0.03
29_I 47_I 0.90 0.31 0.03
57_N 157_V 0.90 0.31 0.03
176_V 222_D 0.90 0.31 0.03
382_I 299_S 0.90 0.31 0.03
271_D 201_E 0.90 0.31 0.03
66_I 134_L 0.90 0.31 0.03
210_V 23_A 0.89 0.30 0.03
146_T 25_V 0.89 0.30 0.03
257_V 198_T 0.89 0.30 0.03
172_P 17_I 0.89 0.30 0.03
33_S 93_L 0.89 0.30 0.03
221_T 308_I 0.89 0.30 0.03
209_N 15_M 0.89 0.30 0.03
147_L 235_L 0.89 0.30 0.03
212_L 151_E 0.89 0.30 0.03
166_V 174_E 0.88 0.29 0.03
260_G 139_R 0.88 0.29 0.03
369_D 289_D 0.88 0.29 0.03
271_D 126_H 0.88 0.29 0.03
409_M 323_I 0.88 0.29 0.03
241_V 108_E 0.88 0.29 0.03
482_P 55_V 0.88 0.29 0.03
377_M 20_D 0.88 0.29 0.03
142_R 229_I 0.88 0.29 0.03
532_M 57_S 0.87 0.29 0.03
382_I 218_V 0.87 0.29 0.03
242_E 87_E 0.87 0.29 0.03
175_S 110_L 0.87 0.29 0.03
75_I 299_S 0.87 0.29 0.03
540_S 21_R 0.87 0.29 0.03
377_M 26_F 0.87 0.28 0.03
192_S 242_V 0.87 0.28 0.03
280_E 92_S 0.87 0.28 0.03
62_D 261_I 0.87 0.28 0.03
121_F 206_M 0.87 0.28 0.03
42_M 14_L 0.87 0.28 0.03
153_A 85_L 0.87 0.28 0.03
202_V 166_G 0.86 0.28 0.03
262_V 159_L 0.86 0.28 0.03
181_E 276_R 0.86 0.28 0.03
205_L 278_M 0.86 0.28 0.03
260_G 40_A 0.86 0.28 0.03
105_L 152_R 0.86 0.28 0.03
158_A 145_I 0.86 0.28 0.03
199_S 198_T 0.86 0.28 0.03
262_V 130_I 0.86 0.28 0.03
174_A 146_L 0.86 0.28 0.03
193_A 157_V 0.86 0.28 0.03
31_A 203_I 0.86 0.28 0.03
550_V 112_F 0.86 0.28 0.03
392_N 45_R 0.86 0.28 0.03
140_L 118_A 0.86 0.27 0.03
205_L 321_M 0.85 0.27 0.03
550_V 40_A 0.85 0.27 0.03
423_S 54_D 0.85 0.27 0.03
144_I 199_A 0.85 0.27 0.03
220_L 202_I 0.85 0.27 0.03
105_L 227_Q 0.85 0.27 0.03
39_V 47_I 0.85 0.27 0.03
384_R 286_L 0.85 0.27 0.03
126_F 198_T 0.84 0.27 0.03
484_L 113_M 0.84 0.27 0.03
550_V 174_E 0.84 0.27 0.03
173_S 240_V 0.84 0.27 0.03
412_I 326_G 0.84 0.27 0.03
251_A 14_L 0.84 0.26 0.03
384_R 282_A 0.84 0.26 0.03
199_S 119_A 0.84 0.26 0.03
258_G 289_D 0.84 0.26 0.03
542_N 242_V 0.84 0.26 0.03
552_R 14_L 0.84 0.26 0.03
431_N 298_L 0.84 0.26 0.03
176_V 224_E 0.84 0.26 0.03
442_N 276_R 0.84 0.26 0.03
96_L 254_V 0.84 0.26 0.03
202_V 250_L 0.84 0.26 0.03
42_M 203_I 0.83 0.26 0.03
459_L 327_E 0.83 0.26 0.03
534_Q 13_L 0.83 0.26 0.03
408_Q 78_R 0.83 0.26 0.03
409_M 14_L 0.83 0.26 0.03
467_L 203_I 0.83 0.26 0.03
193_A 115_P 0.83 0.26 0.03
387_V 218_V 0.83 0.26 0.03
399_G 271_R 0.83 0.25 0.03
245_I 133_I 0.83 0.25 0.03
365_N 277_N 0.83 0.25 0.03
202_V 129_I 0.83 0.25 0.03
30_V 26_F 0.83 0.25 0.03
218_H 146_L 0.83 0.25 0.03
552_R 211_E 0.83 0.25 0.03
313_P 164_F 0.83 0.25 0.03
67_V 228_K 0.83 0.25 0.03
539_M 175_L 0.83 0.25 0.03
470_V 153_L 0.83 0.25 0.03
191_I 311_I 0.83 0.25 0.03
552_R 233_M 0.82 0.25 0.02
473_W 150_D 0.82 0.25 0.02
275_K 170_A 0.82 0.25 0.02
166_V 122_I 0.82 0.25 0.02
391_V 34_V 0.82 0.25 0.02
285_N 83_K 0.82 0.25 0.02
468_V 89_R 0.82 0.25 0.02
253_L 56_L 0.82 0.25 0.02
44_L 44_V 0.82 0.25 0.02
201_A 270_L 0.82 0.25 0.02
83_S 136_H 0.82 0.25 0.02
124_S 182_L 0.82 0.25 0.02
279_E 8_D 0.82 0.25 0.02
183_G 142_A 0.82 0.25 0.02
265_Q 199_A 0.82 0.25 0.02
80_A 175_L 0.82 0.25 0.02
327_P 149_F 0.82 0.24 0.02
116_L 124_D 0.82 0.24 0.02
528_G 311_I 0.82 0.24 0.02
469_L 25_V 0.82 0.24 0.02
43_V 53_T 0.81 0.24 0.02
256_I 26_F 0.81 0.24 0.02
282_Y 88_E 0.81 0.24 0.02
56_S 269_P 0.81 0.24 0.02
420_M 145_I 0.81 0.24 0.02
299_N 188_L 0.81 0.24 0.02
431_N 290_L 0.81 0.24 0.02
135_A 203_I 0.81 0.24 0.02
188_E 268_P 0.81 0.24 0.02
423_S 216_T 0.81 0.24 0.02
484_L 27_K 0.81 0.24 0.02
191_I 50_K 0.81 0.24 0.02
429_T 151_E 0.80 0.23 0.02
536_I 157_V 0.80 0.23 0.02
369_D 97_I 0.80 0.23 0.02
314_G 254_V 0.80 0.23 0.02
546_V 317_E 0.80 0.23 0.02
536_I 322_V 0.80 0.23 0.02
62_D 135_V 0.80 0.23 0.02
80_A 299_S 0.80 0.23 0.02
316_L 175_L 0.80 0.23 0.02
420_M 308_I 0.80 0.23 0.02
58_L 6_G 0.80 0.23 0.02
238_A 78_R 0.80 0.23 0.02
542_N 215_I 0.80 0.23 0.02
236_K 55_V 0.80 0.23 0.02
480_V 77_L 0.80 0.23 0.02
182_P 143_A 0.80 0.23 0.02
118_Q 288_D 0.80 0.23 0.02
369_D 175_L 0.80 0.23 0.02
28_L 3_N 0.80 0.23 0.02
370_R 108_E 0.80 0.23 0.02
313_P 133_I 0.79 0.23 0.02
436_P 23_A 0.79 0.23 0.02
90_A 150_D 0.79 0.23 0.02
330_T 95_E 0.79 0.23 0.02
96_L 222_D 0.79 0.23 0.02
416_T 163_T 0.79 0.23 0.02
420_M 230_I 0.79 0.23 0.02
547_V 84_A 0.79 0.22 0.02
44_L 139_R 0.79 0.22 0.02
432_V 265_G 0.79 0.22 0.02
428_D 12_I 0.79 0.22 0.02
173_S 147_A 0.79 0.22 0.02
332_P 146_L 0.79 0.22 0.02
42_M 142_A 0.79 0.22 0.02
177_T 173_A 0.79 0.22 0.02
217_G 185_G 0.79 0.22 0.02
368_V 58_E 0.79 0.22 0.02
410_K 9_K 0.79 0.22 0.02
353_A 161_I 0.78 0.22 0.02
78_R 165_G 0.78 0.22 0.02
246_Q 29_L 0.78 0.22 0.02
148_G 149_F 0.78 0.22 0.02
540_S 107_I 0.78 0.22 0.02
193_A 313_R 0.78 0.22 0.02
183_G 22_A 0.78 0.22 0.02
173_S 298_L 0.78 0.22 0.02
280_E 19_E 0.78 0.22 0.02
143_T 199_A 0.78 0.22 0.02
201_A 319_G 0.78 0.22 0.02
213_V 145_I 0.78 0.22 0.02
551_I 13_L 0.78 0.22 0.02
189_G 114_E 0.78 0.22 0.02
208_G 118_A 0.78 0.22 0.02
39_V 94_L 0.78 0.22 0.02
386_S 47_I 0.78 0.22 0.02
204_G 179_L 0.78 0.22 0.02
202_V 240_V 0.78 0.22 0.02
406_A 130_I 0.78 0.21 0.02
423_S 219_R 0.78 0.21 0.02
422_F 250_L 0.77 0.21 0.02
249_I 57_S 0.77 0.21 0.02
210_V 226_A 0.77 0.21 0.02
234_Q 172_L 0.77 0.21 0.02
161_K 229_I 0.77 0.21 0.02
235_L 201_E 0.77 0.21 0.02
169_Q 254_V 0.77 0.21 0.02
530_E 10_S 0.77 0.21 0.02
205_L 157_V 0.77 0.21 0.02
471_V 193_M 0.77 0.21 0.02
443_T 7_T 0.77 0.21 0.02
311_G 308_I 0.77 0.21 0.02
184_R 171_A 0.77 0.21 0.02
488_V 250_L 0.77 0.21 0.02
467_L 141_Q 0.77 0.21 0.02
115_L 27_K 0.77 0.21 0.02
373_R 242_V 0.77 0.21 0.02
248_R 33_E 0.77 0.21 0.02
314_G 86_G 0.77 0.21 0.02
479_A 23_A 0.77 0.21 0.02
196_H 145_I 0.77 0.21 0.02
30_V 9_K 0.77 0.21 0.02
114_E 320_E 0.77 0.21 0.02
250_E 157_V 0.77 0.21 0.02
264_A 199_A 0.77 0.21 0.02
545_R 172_L 0.77 0.21 0.02
150_V 187_N 0.77 0.21 0.02
311_G 229_I 0.76 0.21 0.02
476_W 41_M 0.76 0.21 0.02
71_T 146_L 0.76 0.21 0.02
550_V 132_T 0.76 0.21 0.02
416_T 150_D 0.76 0.21 0.02
211_T 9_K 0.76 0.21 0.02
98_L 268_P 0.76 0.21 0.02
318_N 280_Q 0.76 0.20 0.02
68_A 288_D 0.76 0.20 0.02
546_V 242_V 0.76 0.20 0.02
196_H 124_D 0.76 0.20 0.02
314_G 169_P 0.76 0.20 0.02
197_L 323_I 0.76 0.20 0.02
270_L 61_Q 0.76 0.20 0.02
29_I 312_V 0.76 0.20 0.02
242_E 259_L 0.76 0.20 0.02
442_N 152_R 0.76 0.20 0.02
399_G 274_F 0.76 0.20 0.02
428_D 110_L 0.76 0.20 0.02
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
8961 1.37 FliFFliG Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.62 Done
8020 1.29 FliFFliG Δgene:(1, 2) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.35 Done - Shared
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