OPENSEQ.org
Ian

Genes: A B A+B
Length: 163 358 516
Sequences: 26603 174 163
Seq/Len: 163.21 0.49 0.32
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.84
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.

Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.30
2 0.01 0.00 0.30
5 0.04 0.00 0.30
10 0.06 0.00 0.30
20 0.10 0.00 0.31
100 0.18 0.00 0.32
0.24 0.04 0.33
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!

GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution.
Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
114_R 65_Y 1.63 0.52 0.00
127_Y 191_P 1.58 0.49 0.00
130_A 218_Y 1.51 0.44 0.00
33_Q 188_F 1.51 0.44 0.00
34_E 321_G 1.49 0.42 0.00
35_T 334_K 1.46 0.41 0.00
158_R 345_V 1.46 0.41 0.00
35_T 324_V 1.43 0.38 0.00
126_N 139_G 1.41 0.37 0.00
43_I 60_K 1.41 0.37 0.00
53_P 239_V 1.40 0.37 0.00
65_D 331_G 1.40 0.37 0.00
55_L 248_T 1.39 0.36 0.00
55_L 158_G 1.38 0.36 0.00
106_M 82_T 1.38 0.35 0.00
69_K 126_V 1.33 0.32 0.00
117_L 64_A 1.31 0.31 0.00
54_W 248_T 1.30 0.31 0.00
114_R 87_P 1.30 0.31 0.00
140_N 244_N 1.30 0.30 0.00
56_F 144_F 1.29 0.30 0.00
58_V 329_V 1.28 0.29 0.00
30_D 262_G 1.25 0.28 0.00
127_Y 220_S 1.25 0.28 0.00
106_M 72_L 1.24 0.27 0.00
17_F 248_T 1.23 0.27 0.00
29_E 69_K 1.23 0.27 0.00
121_Y 249_E 1.21 0.26 0.00
55_L 328_V 1.19 0.25 0.00
34_E 245_A 1.19 0.24 0.00
58_V 246_I 1.18 0.24 0.00
125_L 72_L 1.17 0.24 0.00
101_V 189_T 1.17 0.23 0.00
113_Y 63_L 1.16 0.23 0.00
127_Y 263_Y 1.16 0.23 0.00
142_K 331_G 1.16 0.23 0.00
35_T 328_V 1.15 0.23 0.00
148_A 191_P 1.14 0.22 0.00
148_A 250_K 1.12 0.21 0.00
149_R 331_G 1.12 0.21 0.00
78_D 336_I 1.11 0.21 0.00
54_W 243_W 1.11 0.21 0.00
126_N 9_R 1.10 0.20 0.00
14_V 246_I 1.10 0.20 0.00
18_L 248_T 1.10 0.20 0.00
24_D 57_E 1.10 0.20 0.00
127_Y 247_E 1.09 0.20 0.00
117_L 261_L 1.08 0.20 0.00
106_M 226_P 1.08 0.20 0.00
157_N 65_Y 1.08 0.20 0.00
122_L 344_S 1.08 0.19 0.00
56_F 79_V 1.08 0.19 0.00
34_E 344_S 1.07 0.19 0.00
158_R 219_L 1.07 0.19 0.00
139_A 232_N 1.07 0.19 0.00
17_F 282_G 1.06 0.18 0.00
125_L 79_V 1.05 0.18 0.00
131_S 65_Y 1.05 0.18 0.00
30_D 67_K 1.05 0.18 0.00
89_V 350_V 1.05 0.18 0.00
121_Y 203_E 1.05 0.18 0.00
29_E 214_V 1.05 0.18 0.00
69_K 220_S 1.05 0.18 0.00
56_F 328_V 1.05 0.18 0.00
113_Y 215_S 1.04 0.18 0.00
131_S 226_P 1.03 0.17 0.00
115_E 119_L 1.03 0.17 0.00
55_L 63_L 1.03 0.17 0.00
124_E 71_Y 1.03 0.17 0.00
58_V 318_E 1.02 0.17 0.00
117_L 226_P 1.02 0.17 0.00
151_R 317_V 1.02 0.17 0.00
60_R 211_E 1.02 0.17 0.00
96_V 353_V 1.01 0.17 0.00
13_D 289_L 1.01 0.17 0.00
15_Y 217_V 1.01 0.17 0.00
114_R 202_A 1.00 0.16 0.00
31_L 242_L 1.00 0.16 0.00
102_L 189_T 0.99 0.16 0.00
119_L 330_T 0.99 0.16 0.00
31_L 358_W 0.99 0.16 0.00
14_V 125_L 0.99 0.16 0.00
94_H 178_D 0.99 0.16 0.00
69_K 346_K 0.99 0.16 0.00
64_I 336_I 0.98 0.16 0.00
119_L 290_K 0.98 0.15 0.00
36_F 166_Y 0.98 0.15 0.00
18_L 148_K 0.98 0.15 0.00
137_S 349_N 0.97 0.15 0.00
125_L 142_T 0.97 0.15 0.00
38_R 62_I 0.97 0.15 0.00
25_K 150_I 0.97 0.15 0.00
13_D 282_G 0.97 0.15 0.00
100_E 61_A 0.97 0.15 0.00
57_Q 155_A 0.97 0.15 0.00
36_F 173_A 0.97 0.15 0.00
72_K 72_L 0.96 0.15 0.00
18_L 262_G 0.96 0.15 0.00
53_P 136_K 0.96 0.15 0.00
79_D 242_L 0.96 0.15 0.00
117_L 224_A 0.96 0.15 0.00
56_F 213_T 0.95 0.15 0.00
135_N 82_T 0.95 0.15 0.00
49_S 289_L 0.95 0.15 0.00
126_N 65_Y 0.95 0.15 0.00
11_M 65_Y 0.95 0.15 0.00
55_L 144_F 0.95 0.14 0.00
31_L 179_L 0.95 0.14 0.00
65_D 248_T 0.94 0.14 0.00
147_R 326_G 0.94 0.14 0.00
158_R 76_V 0.94 0.14 0.00
109_L 326_G 0.94 0.14 0.00
43_I 242_L 0.94 0.14 0.00
35_T 263_Y 0.94 0.14 0.00
133_I 71_Y 0.94 0.14 0.00
61_N 191_P 0.94 0.14 0.00
54_W 122_P 0.94 0.14 0.00
36_F 316_Y 0.94 0.14 0.00
3_I 345_V 0.93 0.14 0.00
7_Y 321_G 0.93 0.14 0.00
100_E 83_L 0.93 0.14 0.00
121_Y 332_P 0.93 0.14 0.00
36_F 320_N 0.93 0.14 0.00
34_E 343_K 0.93 0.14 0.00
59_A 18_M 0.93 0.14 0.00
23_K 151_G 0.93 0.14 0.00
15_Y 151_G 0.93 0.14 0.00
114_R 130_G 0.92 0.14 0.00
14_V 215_S 0.92 0.13 0.00
59_A 328_V 0.92 0.13 0.00
32_L 57_E 0.92 0.13 0.00
120_Y 36_Y 0.91 0.13 0.00
117_L 294_K 0.91 0.13 0.00
80_L 88_L 0.91 0.13 0.00
130_A 36_Y 0.91 0.13 0.00
63_F 213_T 0.91 0.13 0.00
121_Y 271_L 0.91 0.13 0.00
141_F 220_S 0.91 0.13 0.00
14_V 160_E 0.91 0.13 0.00
115_E 80_I 0.91 0.13 0.00
47_D 221_Y 0.91 0.13 0.00
3_I 217_V 0.90 0.13 0.00
52_K 218_Y 0.90 0.13 0.00
149_R 6_F 0.90 0.13 0.00
122_L 115_V 0.90 0.13 0.00
137_S 308_L 0.89 0.13 0.00
149_R 229_D 0.89 0.13 0.00
53_P 150_I 0.89 0.13 0.00
118_T 242_L 0.89 0.13 0.00
45_S 70_S 0.89 0.13 0.00
126_N 102_K 0.89 0.13 0.00
10_Y 139_G 0.89 0.13 0.00
57_Q 128_T 0.89 0.13 0.00
145_L 331_G 0.89 0.13 0.00
33_Q 328_V 0.89 0.13 0.00
150_Q 294_K 0.89 0.12 0.00
109_L 316_Y 0.89 0.12 0.00
31_L 152_T 0.89 0.12 0.00
53_P 149_Q 0.89 0.12 0.00
31_L 356_W 0.89 0.12 0.00
106_M 143_E 0.88 0.12 0.00
117_L 343_K 0.88 0.12 0.00
114_R 137_L 0.88 0.12 0.00
106_M 38_E 0.88 0.12 0.00
117_L 236_G 0.88 0.12 0.00
99_K 73_R 0.88 0.12 0.00
80_L 329_V 0.88 0.12 0.00
38_R 208_T 0.87 0.12 0.00
40_Y 59_Q 0.87 0.12 0.00
117_L 199_T 0.87 0.12 0.00
106_M 260_P 0.87 0.12 0.00
100_E 138_F 0.87 0.12 0.00
103_T 234_F 0.87 0.12 0.00
38_R 75_S 0.87 0.12 0.00
34_E 151_G 0.87 0.12 0.00
153_K 282_G 0.87 0.12 0.00
55_L 220_S 0.87 0.12 0.00
130_A 271_L 0.87 0.12 0.00
22_T 348_A 0.87 0.12 0.00
136_I 288_A 0.87 0.12 0.00
24_D 84_M 0.87 0.12 0.00
155_L 108_E 0.87 0.12 0.00
125_L 188_F 0.87 0.12 0.00
10_Y 186_H 0.86 0.12 0.00
56_F 126_V 0.86 0.12 0.00
116_A 36_Y 0.86 0.12 0.00
40_Y 245_A 0.86 0.12 0.00
148_A 81_S 0.86 0.12 0.00
31_L 16_G 0.86 0.12 0.00
152_L 154_T 0.86 0.12 0.00
70_H 234_F 0.86 0.12 0.00
121_Y 357_N 0.86 0.12 0.00
161_N 53_S 0.86 0.12 0.00
129_E 188_F 0.86 0.12 0.00
69_K 232_N 0.86 0.12 0.00
146_F 155_A 0.86 0.12 0.00
125_L 269_K 0.86 0.12 0.00
63_F 219_L 0.85 0.12 0.00
44_H 247_E 0.85 0.12 0.00
140_N 75_S 0.85 0.12 0.00
60_R 250_K 0.85 0.12 0.00
64_I 226_P 0.85 0.12 0.00
121_Y 68_R 0.85 0.12 0.00
60_R 321_G 0.85 0.12 0.00
31_L 237_Y 0.85 0.12 0.00
37_M 247_E 0.85 0.12 0.00
53_P 180_E 0.85 0.11 0.00
152_L 27_E 0.85 0.11 0.00
102_L 51_D 0.85 0.11 0.00
130_A 299_A 0.85 0.11 0.00
35_T 220_S 0.85 0.11 0.00
35_T 292_M 0.85 0.11 0.00
147_R 339_M 0.85 0.11 0.00
54_W 263_Y 0.85 0.11 0.00
62_A 313_R 0.84 0.11 0.00
160_V 15_N 0.84 0.11 0.00
20_S 170_K 0.84 0.11 0.00
17_F 81_S 0.84 0.11 0.00
6_I 82_T 0.84 0.11 0.00
59_A 339_M 0.84 0.11 0.00
121_Y 356_W 0.84 0.11 0.00
142_K 317_V 0.84 0.11 0.00
61_N 189_T 0.84 0.11 0.00
125_L 91_L 0.84 0.11 0.00
33_Q 18_M 0.84 0.11 0.00
120_Y 35_V 0.84 0.11 0.00
157_N 223_R 0.84 0.11 0.00
35_T 247_E 0.84 0.11 0.00
41_I 74_I 0.84 0.11 0.00
140_N 321_G 0.84 0.11 0.00
139_A 345_V 0.84 0.11 0.00
149_R 246_I 0.84 0.11 0.00
157_N 74_I 0.84 0.11 0.00
137_S 230_V 0.84 0.11 0.00
22_T 201_K 0.83 0.11 0.00
107_S 223_R 0.83 0.11 0.00
47_D 12_Q 0.83 0.11 0.00
14_V 344_S 0.83 0.11 0.00
72_K 306_K 0.83 0.11 0.00
39_A 316_Y 0.83 0.11 0.00
126_N 287_N 0.83 0.11 0.00
53_P 66_G 0.83 0.11 0.00
64_I 313_R 0.83 0.11 0.00
63_F 177_Y 0.83 0.11 0.00
128_K 159_N 0.83 0.11 0.00
22_T 140_M 0.83 0.11 0.00
117_L 181_V 0.82 0.11 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)

Page generated in 0.056 seconds.