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OPENSEQ.org
S2SLF1_S3RNase_10JHfull
Genes: A B A+B
Length: 389 222 571
Sequences: 5774 1915 51
Seq/Len: 14.84 8.63 0.09
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.25
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.19 0.01 0.04
2 0.22 0.01 0.06
5 0.25 0.01 0.06
10 0.27 0.01 0.06
20 0.28 0.01 0.08
100 0.30 0.01 0.14
∞ 0.33 0.01 0.25
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
17_I 116_G 1.56 0.21 0.00
29_F 152_P 1.52 0.20 0.00
18_L 129_F 1.46 0.18 0.00
203_W 118_C 1.45 0.17 0.00
299_W 128_Y 1.44 0.17 0.00
346_D 24_F 1.43 0.17 0.00
373_L 44_I 1.43 0.17 0.00
17_I 129_F 1.40 0.16 0.00
18_L 34_P 1.40 0.16 0.00
28_R 152_P 1.35 0.15 0.00
121_L 54_I 1.33 0.14 0.00
132_P 128_Y 1.32 0.14 0.00
203_W 59_P 1.29 0.14 0.00
204_R 111_E 1.29 0.14 0.00
143_S 119_S 1.28 0.13 0.00
368_V 111_E 1.28 0.13 0.00
198_L 87_L 1.21 0.12 0.00
56_T 204_D 1.20 0.12 0.00
9_L 111_E 1.19 0.11 0.00
300_V 157_T 1.18 0.11 0.00
334_L 26_Y 1.18 0.11 0.00
196_C 87_L 1.17 0.11 0.00
132_P 114_K 1.17 0.11 0.00
310_W 91_W 1.17 0.11 0.00
310_W 115_H 1.17 0.11 0.00
310_W 178_C 1.17 0.11 0.00
310_W 194_C 1.17 0.11 0.00
36_W 118_C 1.16 0.11 0.00
31_C 190_E 1.16 0.11 0.00
40_I 128_Y 1.16 0.11 0.00
202_S 190_E 1.15 0.11 0.00
226_E 108_W 1.15 0.11 0.00
28_R 87_L 1.15 0.10 0.00
203_W 91_W 1.14 0.10 0.00
203_W 115_H 1.14 0.10 0.00
203_W 178_C 1.14 0.10 0.00
203_W 194_C 1.14 0.10 0.00
280_I 119_S 1.13 0.10 0.00
32_I 132_A 1.13 0.10 0.00
303_E 87_L 1.13 0.10 0.00
204_R 66_L 1.12 0.10 0.00
134_T 152_P 1.11 0.10 0.00
250_F 152_P 1.11 0.10 0.00
135_R 176_L 1.10 0.10 0.00
275_E 180_E 1.10 0.10 0.00
355_L 84_V 1.10 0.10 0.00
171_V 53_T 1.10 0.10 0.00
270_L 132_A 1.10 0.10 0.00
38_I 94_M 1.09 0.10 0.00
335_L 135_L 1.09 0.10 0.00
18_L 38_C 1.08 0.09 0.00
38_I 136_K 1.07 0.09 0.00
140_L 132_A 1.07 0.09 0.00
131_N 91_W 1.07 0.09 0.00
131_N 115_H 1.07 0.09 0.00
131_N 178_C 1.07 0.09 0.00
131_N 194_C 1.07 0.09 0.00
187_G 166_K 1.07 0.09 0.00
330_N 135_L 1.07 0.09 0.00
18_L 116_G 1.07 0.09 0.00
318_P 93_Q 1.07 0.09 0.00
255_M 169_T 1.06 0.09 0.00
311_I 190_E 1.05 0.09 0.00
243_F 108_W 1.05 0.09 0.00
301_M 190_E 1.04 0.09 0.00
26_L 116_G 1.04 0.09 0.00
135_R 128_Y 1.04 0.09 0.00
335_L 195_F 1.04 0.09 0.00
273_L 125_Q 1.03 0.09 0.00
132_P 91_W 1.03 0.09 0.00
132_P 115_H 1.03 0.09 0.00
132_P 178_C 1.03 0.09 0.00
132_P 194_C 1.03 0.09 0.00
310_W 116_G 1.02 0.09 0.00
46_I 60_E 1.02 0.08 0.00
117_G 112_Y 1.02 0.08 0.00
196_C 190_E 1.01 0.08 0.00
310_W 38_C 1.01 0.08 0.00
310_W 108_W 1.01 0.08 0.00
346_D 102_K 1.01 0.08 0.00
310_W 56_G 1.01 0.08 0.00
112_I 147_T 1.01 0.08 0.00
279_L 26_Y 1.01 0.08 0.00
240_I 132_A 1.00 0.08 0.00
357_L 66_L 1.00 0.08 0.00
371_E 77_F 1.00 0.08 0.00
310_W 55_H 1.00 0.08 0.00
310_W 58_W 1.00 0.08 0.00
12_D 57_L 0.99 0.08 0.00
229_H 108_W 0.99 0.08 0.00
140_L 128_Y 0.99 0.08 0.00
160_F 152_P 0.99 0.08 0.00
373_L 54_I 0.98 0.08 0.00
137_F 66_L 0.98 0.08 0.00
36_W 59_P 0.98 0.08 0.00
203_W 116_G 0.98 0.08 0.00
18_L 54_I 0.98 0.08 0.00
317_R 47_R 0.98 0.08 0.00
243_F 188_L 0.97 0.08 0.00
310_W 174_P 0.97 0.08 0.00
346_D 27_I 0.97 0.08 0.00
131_N 190_E 0.97 0.08 0.00
34_K 188_L 0.97 0.08 0.00
121_L 129_F 0.97 0.08 0.00
32_I 133_M 0.97 0.08 0.00
203_W 38_C 0.97 0.08 0.00
203_W 108_W 0.97 0.08 0.00
17_I 91_W 0.97 0.08 0.00
17_I 115_H 0.97 0.08 0.00
17_I 178_C 0.97 0.08 0.00
17_I 194_C 0.97 0.08 0.00
203_W 56_G 0.96 0.08 0.00
144_P 176_L 0.96 0.08 0.00
299_W 135_L 0.96 0.08 0.00
77_I 31_L 0.96 0.08 0.00
277_F 94_M 0.96 0.08 0.00
310_W 188_L 0.96 0.08 0.00
277_F 171_N 0.96 0.08 0.00
43_T 130_L 0.96 0.07 0.00
203_W 55_H 0.95 0.07 0.00
203_W 58_W 0.95 0.07 0.00
163_D 188_L 0.95 0.07 0.00
226_E 205_C 0.95 0.07 0.00
118_L 36_S 0.95 0.07 0.00
279_L 119_S 0.95 0.07 0.00
124_T 32_T 0.94 0.07 0.00
301_M 202_F 0.94 0.07 0.00
34_K 25_D 0.94 0.07 0.00
21_F 174_P 0.94 0.07 0.00
203_W 92_V 0.94 0.07 0.00
282_Y 151_T 0.94 0.07 0.00
230_W 108_W 0.94 0.07 0.00
170_K 129_F 0.94 0.07 0.00
204_R 149_G 0.94 0.07 0.00
301_M 161_I 0.93 0.07 0.00
160_F 97_D 0.93 0.07 0.00
98_S 93_Q 0.93 0.07 0.00
203_W 174_P 0.93 0.07 0.00
335_L 191_V 0.93 0.07 0.00
129_V 190_E 0.92 0.07 0.00
338_R 36_S 0.92 0.07 0.00
310_W 205_C 0.92 0.07 0.00
203_W 188_L 0.92 0.07 0.00
131_N 116_G 0.92 0.07 0.00
195_V 163_K 0.92 0.07 0.00
46_I 135_L 0.91 0.07 0.00
36_W 91_W 0.91 0.07 0.00
36_W 115_H 0.91 0.07 0.00
36_W 178_C 0.91 0.07 0.00
36_W 194_C 0.91 0.07 0.00
95_M 44_I 0.91 0.07 0.00
43_T 26_Y 0.91 0.07 0.00
131_N 108_W 0.91 0.07 0.00
369_Y 87_L 0.91 0.07 0.00
131_N 56_G 0.91 0.07 0.00
131_N 38_C 0.91 0.07 0.00
79_S 185_V 0.90 0.07 0.00
131_N 128_Y 0.90 0.07 0.00
12_D 145_L 0.90 0.07 0.00
30_K 163_K 0.90 0.07 0.00
198_L 119_S 0.90 0.07 0.00
344_S 176_L 0.89 0.07 0.00
117_G 129_F 0.89 0.07 0.00
131_N 55_H 0.89 0.07 0.00
131_N 58_W 0.89 0.07 0.00
116_D 53_T 0.89 0.07 0.00
244_D 114_K 0.89 0.07 0.00
141_P 91_W 0.89 0.07 0.00
141_P 115_H 0.89 0.07 0.00
141_P 178_C 0.89 0.07 0.00
141_P 194_C 0.89 0.07 0.00
204_R 93_Q 0.89 0.07 0.00
283_S 76_S 0.89 0.07 0.00
352_A 197_P 0.88 0.07 0.00
117_G 91_W 0.88 0.07 0.00
117_G 115_H 0.88 0.07 0.00
117_G 178_C 0.88 0.07 0.00
117_G 194_C 0.88 0.07 0.00
12_D 117_I 0.88 0.07 0.00
159_G 169_T 0.88 0.07 0.00
196_C 188_L 0.88 0.07 0.00
33_S 35_A 0.88 0.07 0.00
310_W 165_I 0.88 0.07 0.00
113_G 93_Q 0.88 0.07 0.00
42_S 73_K 0.88 0.07 0.00
358_H 155_K 0.88 0.07 0.00
203_W 111_E 0.88 0.07 0.00
176_E 144_T 0.88 0.07 0.00
36_W 53_T 0.88 0.07 0.00
134_T 45_C 0.87 0.07 0.00
203_W 205_C 0.87 0.07 0.00
313_K 60_E 0.87 0.06 0.00
123_D 135_L 0.87 0.06 0.00
114_P 31_L 0.87 0.06 0.00
241_L 163_K 0.87 0.06 0.00
204_R 24_F 0.87 0.06 0.00
131_N 174_P 0.87 0.06 0.00
226_E 144_T 0.87 0.06 0.00
33_S 135_L 0.87 0.06 0.00
163_D 174_P 0.87 0.06 0.00
129_V 43_N 0.86 0.06 0.00
196_C 112_Y 0.86 0.06 0.00
32_I 187_E 0.86 0.06 0.00
28_R 188_L 0.86 0.06 0.00
316_I 85_N 0.86 0.06 0.00
313_K 87_L 0.86 0.06 0.00
42_S 165_I 0.86 0.06 0.00
369_Y 174_P 0.86 0.06 0.00
26_L 87_L 0.86 0.06 0.00
195_V 61_K 0.85 0.06 0.00
131_N 188_L 0.85 0.06 0.00
257_D 30_V 0.85 0.06 0.00
33_S 94_M 0.85 0.06 0.00
32_I 199_A 0.85 0.06 0.00
140_L 70_D 0.85 0.06 0.00
12_D 139_F 0.85 0.06 0.00
132_P 108_W 0.85 0.06 0.00
134_T 93_Q 0.85 0.06 0.00
40_I 160_E 0.85 0.06 0.00
132_P 56_G 0.85 0.06 0.00
254_K 156_H 0.85 0.06 0.00
244_D 108_W 0.85 0.06 0.00
132_P 116_G 0.85 0.06 0.00
26_L 188_L 0.84 0.06 0.00
277_F 158_F 0.84 0.06 0.00
351_E 146_R 0.84 0.06 0.00
170_K 140_D 0.84 0.06 0.00
328_W 156_H 0.84 0.06 0.00
308_E 131_L 0.84 0.06 0.00
201_D 119_S 0.84 0.06 0.00
201_D 190_E 0.84 0.06 0.00
310_W 33_W 0.84 0.06 0.00
220_A 155_K 0.84 0.06 0.00
244_D 188_L 0.84 0.06 0.00
141_P 190_E 0.84 0.06 0.00
132_P 38_C 0.84 0.06 0.00
172_V 169_T 0.84 0.06 0.00
237_S 193_I 0.84 0.06 0.00
137_F 47_R 0.84 0.06 0.00
110_P 196_T 0.84 0.06 0.00
226_E 118_C 0.84 0.06 0.00
13_L 119_S 0.84 0.06 0.00
310_W 112_Y 0.84 0.06 0.00
23_V 148_H 0.83 0.06 0.00
118_L 54_I 0.83 0.06 0.00
150_G 44_I 0.83 0.06 0.00
310_W 59_P 0.83 0.06 0.00
310_W 118_C 0.83 0.06 0.00
19_L 128_Y 0.83 0.06 0.00
310_W 57_L 0.83 0.06 0.00
46_I 24_F 0.83 0.06 0.00
310_W 129_F 0.83 0.06 0.00
47_N 141_L 0.83 0.06 0.00
132_P 55_H 0.83 0.06 0.00
132_P 58_W 0.83 0.06 0.00
95_M 119_S 0.83 0.06 0.00
275_E 107_L 0.83 0.06 0.00
230_W 164_A 0.83 0.06 0.00
245_M 136_K 0.83 0.06 0.00
42_S 119_S 0.82 0.06 0.00
170_K 112_Y 0.82 0.06 0.00
162_L 213_E 0.82 0.06 0.00
121_L 34_P 0.82 0.06 0.00
170_K 116_G 0.82 0.06 0.00
32_I 33_W 0.82 0.06 0.00
119_I 24_F 0.82 0.06 0.00
371_E 111_E 0.82 0.06 0.00
17_I 128_Y 0.82 0.06 0.00
42_S 163_K 0.82 0.06 0.00
211_L 193_I 0.82 0.06 0.00
249_M 20_V 0.82 0.06 0.00
101_T 39_Y 0.82 0.06 0.00
313_K 150_I 0.82 0.06 0.00
39_L 57_L 0.82 0.06 0.00
134_T 132_A 0.82 0.06 0.00
10_P 29_L 0.82 0.06 0.00
168_Y 141_L 0.82 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
7848 0.26 S2SLF1_S3RNase Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (r132) 0.00 Done - Shared
7847 0.09 S2SLF1_S3RNase_10JHfull Δgene:(1, 20) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: Jackhmmer (r132) 0.00 Done - Shared
7841 0.07 S2SLF1_S3RNase_4 Δgene:(1, 100) A:(1E-04, 8) B:(1E-10, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
7838 0.07 S2SLF1_S3RNase_10 Δgene:(1, 100) A:(1E-10, 8) B:(1E-10, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
7837 0.09 S2SLF1_S3RNase Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (r132) 0.00 Done - Shared
7833 0.05 S2SLF1_S3RNase Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
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