May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
2zu0_D_B
Genes: A B A+B
Length: 267 423 624
Sequences: 79352 1541 1312
Seq/Len: 297.2 3.64 2.1
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.74
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.14 0.00 1.55
2 0.15 0.00 1.88
5 0.18 0.00 1.89
10 0.22 0.00 1.89
20 0.27 0.00 1.90
100 0.36 0.00 1.94
∞ 0.38 0.01 1.99
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
201_K 386_Q 1.50 0.92 0.47
201_K 295_C 1.39 0.87 0.39
156_L 334_N 1.36 0.86 0.36
92_E 376_R 1.27 0.80 0.29
220_V 270_I 1.19 0.73 0.23
88_A 372_I 1.13 0.68 0.19
96_G 381_N 1.11 0.66 0.18
220_V 314_N 1.05 0.59 0.15
226_I 130_T 1.04 0.58 0.14
73_E 404_E 1.03 0.58 0.14
67_A 272_S 1.03 0.57 0.14
36_L 305_V 1.02 0.56 0.13
180_V 261_L 1.02 0.56 0.13
201_K 311_A 0.99 0.53 0.12
176_L 331_T 0.99 0.53 0.12
156_L 249_G 0.97 0.50 0.11
191_S 350_E 0.97 0.50 0.11
201_K 247_L 0.95 0.48 0.10
67_A 373_F 0.92 0.44 0.09
152_M 220_F 0.91 0.44 0.09
143_M 397_L 0.91 0.43 0.09
186_C 150_K 0.91 0.43 0.09
201_K 201_A 0.90 0.43 0.09
102_A 377_S 0.89 0.42 0.08
160_S 217_K 0.87 0.40 0.08
201_K 288_L 0.87 0.39 0.07
219_I 344_D 0.87 0.39 0.07
258_Q 278_K 0.87 0.39 0.07
91_P 373_F 0.86 0.38 0.07
65_T 389_I 0.86 0.38 0.07
109_I 295_C 0.86 0.38 0.07
204_A 304_I 0.85 0.37 0.07
186_C 330_M 0.84 0.36 0.07
238_L 386_Q 0.84 0.36 0.07
191_S 327_D 0.83 0.35 0.06
108_E 254_R 0.83 0.35 0.06
139_F 367_I 0.82 0.34 0.06
237_V 62_F 0.82 0.34 0.06
156_L 285_R 0.81 0.33 0.06
148_A 224_L 0.81 0.33 0.06
262_W 348_Q 0.81 0.33 0.06
226_I 256_N 0.80 0.32 0.06
230_I 364_V 0.80 0.32 0.06
163_V 334_N 0.80 0.32 0.06
160_S 233_L 0.80 0.32 0.06
239_Y 359_S 0.80 0.32 0.06
109_I 185_V 0.80 0.32 0.06
161_V 318_N 0.79 0.31 0.05
103_F 361_G 0.79 0.31 0.05
160_S 399_E 0.79 0.31 0.05
242_R 239_A 0.79 0.31 0.05
216_S 175_L 0.79 0.31 0.05
33_K 352_Y 0.78 0.30 0.05
48_V 180_G 0.78 0.30 0.05
140_Q 371_Q 0.78 0.30 0.05
114_N 215_H 0.78 0.30 0.05
25_D 165_E 0.78 0.30 0.05
74_V 157_I 0.77 0.29 0.05
226_I 324_I 0.77 0.29 0.05
257_E 185_V 0.77 0.29 0.05
116_F 365_G 0.77 0.29 0.05
113_S 332_N 0.77 0.29 0.05
204_A 270_I 0.77 0.29 0.05
176_L 362_A 0.76 0.28 0.05
174_D 330_M 0.76 0.28 0.05
54_P 297_S 0.76 0.28 0.05
113_S 285_R 0.76 0.28 0.05
184_E 80_T 0.76 0.28 0.05
78_T 386_Q 0.76 0.28 0.05
134_L 371_Q 0.75 0.28 0.04
220_V 53_P 0.75 0.28 0.04
75_T 57_L 0.75 0.28 0.04
152_M 390_I 0.75 0.27 0.04
180_V 53_P 0.75 0.27 0.04
215_R 330_M 0.75 0.27 0.04
28_V 258_S 0.74 0.27 0.04
109_I 239_A 0.74 0.27 0.04
69_R 342_E 0.74 0.27 0.04
65_T 202_R 0.74 0.26 0.04
74_V 276_P 0.74 0.26 0.04
74_V 277_V 0.74 0.26 0.04
88_A 45_K 0.73 0.26 0.04
217_F 263_G 0.73 0.26 0.04
64_A 330_M 0.73 0.26 0.04
64_A 50_K 0.73 0.26 0.04
186_C 280_E 0.73 0.25 0.04
64_A 299_Q 0.73 0.25 0.04
54_P 250_G 0.73 0.25 0.04
150_L 235_L 0.72 0.25 0.04
184_E 294_F 0.72 0.25 0.04
109_I 48_N 0.72 0.25 0.04
57_S 272_S 0.72 0.25 0.04
245_K 82_D 0.72 0.25 0.04
88_A 294_F 0.72 0.25 0.04
218_I 398_T 0.72 0.24 0.04
97_E 368_D 0.72 0.24 0.04
176_L 371_Q 0.72 0.24 0.04
54_P 290_H 0.72 0.24 0.04
79_V 76_A 0.72 0.24 0.04
152_M 331_T 0.72 0.24 0.04
191_S 326_T 0.71 0.24 0.04
242_R 279_N 0.71 0.24 0.04
40_S 279_N 0.71 0.24 0.04
96_G 319_V 0.71 0.24 0.04
70_E 342_E 0.71 0.24 0.04
240_Q 369_D 0.71 0.24 0.04
74_V 108_V 0.71 0.23 0.04
36_L 306_S 0.71 0.23 0.04
75_T 184_T 0.70 0.23 0.04
125_V 368_D 0.70 0.23 0.04
175_I 103_G 0.70 0.23 0.04
204_A 338_G 0.70 0.23 0.04
69_R 371_Q 0.70 0.23 0.04
63_S 289_E 0.70 0.23 0.04
220_V 342_E 0.70 0.23 0.04
242_R 328_G 0.70 0.23 0.04
129_R 275_M 0.70 0.23 0.04
103_F 283_D 0.70 0.23 0.04
116_F 359_S 0.70 0.23 0.04
242_R 408_Q 0.69 0.23 0.03
161_V 58_I 0.69 0.23 0.03
114_N 332_N 0.69 0.23 0.03
95_A 265_N 0.69 0.23 0.03
25_D 108_V 0.69 0.23 0.03
112_V 266_S 0.69 0.23 0.03
23_I 111_N 0.69 0.22 0.03
263_L 414_I 0.69 0.22 0.03
160_S 394_A 0.69 0.22 0.03
118_L 377_S 0.69 0.22 0.03
116_F 305_V 0.69 0.22 0.03
66_L 175_L 0.69 0.22 0.03
173_N 332_N 0.69 0.22 0.03
218_I 337_M 0.69 0.22 0.03
95_A 148_P 0.69 0.22 0.03
145_E 102_E 0.69 0.22 0.03
161_V 342_E 0.68 0.22 0.03
151_K 334_N 0.68 0.22 0.03
243_I 357_K 0.68 0.22 0.03
79_V 380_I 0.68 0.22 0.03
163_V 285_R 0.68 0.21 0.03
263_L 246_F 0.68 0.21 0.03
133_T 215_H 0.68 0.21 0.03
150_L 285_R 0.68 0.21 0.03
66_L 152_L 0.68 0.21 0.03
57_S 181_A 0.68 0.21 0.03
123_N 330_M 0.68 0.21 0.03
28_V 45_K 0.68 0.21 0.03
215_R 276_P 0.68 0.21 0.03
258_Q 280_E 0.68 0.21 0.03
161_V 352_Y 0.68 0.21 0.03
124_A 152_L 0.68 0.21 0.03
230_I 345_T 0.68 0.21 0.03
139_F 362_A 0.68 0.21 0.03
133_T 221_E 0.67 0.21 0.03
152_M 371_Q 0.67 0.21 0.03
239_Y 247_L 0.67 0.21 0.03
76_G 31_Q 0.67 0.21 0.03
39_L 57_L 0.67 0.21 0.03
116_F 329_Q 0.67 0.21 0.03
141_D 301_H 0.67 0.21 0.03
101_M 377_S 0.67 0.21 0.03
70_E 133_L 0.67 0.21 0.03
216_S 396_E 0.67 0.21 0.03
182_E 248_L 0.67 0.21 0.03
204_A 51_Y 0.67 0.21 0.03
163_V 314_N 0.67 0.21 0.03
220_V 243_S 0.67 0.21 0.03
242_R 140_I 0.67 0.20 0.03
63_S 303_T 0.67 0.20 0.03
28_V 289_E 0.66 0.20 0.03
180_V 44_R 0.66 0.20 0.03
178_M 299_Q 0.66 0.20 0.03
242_R 179_E 0.66 0.20 0.03
70_E 173_H 0.66 0.20 0.03
73_E 238_D 0.66 0.20 0.03
89_L 309_G 0.66 0.20 0.03
109_I 371_Q 0.66 0.20 0.03
185_L 186_I 0.66 0.20 0.03
231_K 159_Q 0.66 0.20 0.03
74_V 307_D 0.66 0.20 0.03
70_E 60_S 0.66 0.20 0.03
143_M 295_C 0.66 0.20 0.03
191_S 272_S 0.66 0.20 0.03
36_L 272_S 0.66 0.20 0.03
24_K 144_R 0.66 0.20 0.03
67_A 314_N 0.66 0.20 0.03
143_M 287_W 0.66 0.20 0.03
244_V 108_V 0.66 0.20 0.03
163_V 328_G 0.65 0.20 0.03
131_Q 271_N 0.65 0.20 0.03
161_V 155_M 0.65 0.20 0.03
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.2323 seconds.