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OPENSEQ.org
3euh_C_A
Genes: A B A+B
Length: 234 440 649
Sequences: 68 73 73
Seq/Len: 0.29 0.17 0.11
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.96
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.07 0.10
2 0.02 0.07 0.11
5 0.02 0.07 0.11
10 0.02 0.07 0.11
20 0.02 0.07 0.11
100 0.02 0.07 0.11
∞ 0.02 0.07 0.11
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
160_N 373_Q 1.80 0.34 0.00
18_L 81_M 1.65 0.27 0.00
160_N 22_I 1.65 0.27 0.00
160_N 47_M 1.63 0.27 0.00
120_L 181_Q 1.50 0.21 0.00
66_I 158_A 1.50 0.21 0.00
160_N 1_M 1.49 0.21 0.00
84_P 214_T 1.47 0.20 0.00
32_S 188_D 1.42 0.19 0.00
67_R 165_A 1.42 0.19 0.00
199_E 155_N 1.41 0.19 0.00
98_I 81_M 1.38 0.18 0.00
121_Y 8_V 1.34 0.17 0.00
158_S 198_R 1.33 0.16 0.00
62_N 196_D 1.33 0.16 0.00
204_L 249_V 1.31 0.16 0.00
39_D 214_T 1.31 0.16 0.00
111_N 181_Q 1.31 0.16 0.00
223_T 247_H 1.30 0.16 0.00
120_L 185_V 1.30 0.15 0.00
87_V 12_V 1.26 0.14 0.00
92_D 38_L 1.25 0.14 0.00
40_E 107_G 1.25 0.14 0.00
223_T 104_T 1.25 0.14 0.00
94_M 298_A 1.25 0.14 0.00
183_S 145_E 1.23 0.14 0.00
111_N 338_V 1.23 0.14 0.00
59_A 153_H 1.22 0.13 0.00
174_D 22_I 1.22 0.13 0.00
124_L 262_R 1.22 0.13 0.00
39_D 136_L 1.21 0.13 0.00
206_R 132_V 1.20 0.13 0.00
59_A 158_A 1.19 0.13 0.00
204_L 16_R 1.19 0.13 0.00
94_M 22_I 1.17 0.12 0.00
124_L 312_P 1.16 0.12 0.00
59_A 357_Q 1.16 0.12 0.00
98_I 305_V 1.16 0.12 0.00
181_T 7_T 1.16 0.12 0.00
92_D 185_V 1.15 0.12 0.00
163_R 199_A 1.15 0.12 0.00
188_G 128_Q 1.15 0.12 0.00
118_Q 12_V 1.15 0.12 0.00
101_Y 117_Q 1.15 0.12 0.00
163_R 12_V 1.14 0.12 0.00
127_L 236_I 1.14 0.12 0.00
81_T 88_N 1.14 0.12 0.00
37_G 363_E 1.12 0.11 0.00
81_T 330_E 1.12 0.11 0.00
122_D 183_Q 1.12 0.11 0.00
141_S 296_V 1.12 0.11 0.00
138_N 369_Y 1.11 0.11 0.00
155_V 113_Y 1.10 0.11 0.00
127_L 73_R 1.10 0.11 0.00
120_L 239_A 1.10 0.11 0.00
94_M 373_Q 1.10 0.11 0.00
126_T 214_T 1.09 0.11 0.00
101_Y 369_Y 1.09 0.11 0.00
119_E 369_Y 1.09 0.11 0.00
160_N 115_I 1.09 0.11 0.00
140_R 216_R 1.09 0.11 0.00
160_N 296_V 1.09 0.10 0.00
149_Q 107_G 1.08 0.10 0.00
112_E 174_T 1.08 0.10 0.00
214_E 253_V 1.08 0.10 0.00
120_L 385_Y 1.08 0.10 0.00
158_S 38_L 1.08 0.10 0.00
120_L 362_I 1.08 0.10 0.00
78_R 110_I 1.08 0.10 0.00
94_M 16_R 1.08 0.10 0.00
101_Y 107_G 1.07 0.10 0.00
158_S 358_L 1.07 0.10 0.00
120_L 108_I 1.07 0.10 0.00
135_K 227_D 1.07 0.10 0.00
120_L 214_T 1.07 0.10 0.00
92_D 110_I 1.07 0.10 0.00
22_L 194_N 1.06 0.10 0.00
81_T 170_S 1.06 0.10 0.00
149_Q 1_M 1.06 0.10 0.00
18_L 305_V 1.05 0.10 0.00
188_G 105_P 1.05 0.10 0.00
141_S 369_Y 1.05 0.10 0.00
194_G 303_Q 1.05 0.10 0.00
176_S 136_L 1.05 0.10 0.00
120_L 363_E 1.04 0.10 0.00
118_Q 331_M 1.03 0.10 0.00
138_N 158_A 1.03 0.10 0.00
78_R 185_V 1.03 0.10 0.00
40_E 354_I 1.03 0.10 0.00
158_S 17_K 1.03 0.10 0.00
198_R 249_V 1.03 0.09 0.00
94_M 189_I 1.02 0.09 0.00
140_R 181_Q 1.02 0.09 0.00
179_R 8_V 1.02 0.09 0.00
67_R 3_E 1.02 0.09 0.00
78_R 385_Y 1.02 0.09 0.00
142_T 306_Q 1.02 0.09 0.00
67_R 119_E 1.02 0.09 0.00
63_V 45_G 1.01 0.09 0.00
61_Y 284_F 1.01 0.09 0.00
194_G 92_S 1.01 0.09 0.00
193_A 332_A 1.01 0.09 0.00
163_R 186_K 1.01 0.09 0.00
158_S 185_V 1.00 0.09 0.00
92_D 17_K 1.00 0.09 0.00
26_L 110_I 1.00 0.09 0.00
85_R 312_P 1.00 0.09 0.00
101_Y 346_L 1.00 0.09 0.00
138_N 48_S 1.00 0.09 0.00
126_T 338_V 1.00 0.09 0.00
91_L 5_S 1.00 0.09 0.00
188_G 275_I 0.99 0.09 0.00
112_E 362_I 0.99 0.09 0.00
188_G 227_D 0.99 0.09 0.00
36_I 213_G 0.99 0.09 0.00
152_Q 37_T 0.99 0.09 0.00
87_V 322_R 0.99 0.09 0.00
168_V 95_A 0.99 0.09 0.00
149_Q 369_Y 0.98 0.09 0.00
221_D 191_Q 0.98 0.09 0.00
49_D 170_S 0.98 0.09 0.00
160_N 107_G 0.98 0.09 0.00
81_T 159_P 0.97 0.09 0.00
138_N 117_Q 0.97 0.09 0.00
101_Y 174_T 0.97 0.09 0.00
116_T 87_L 0.97 0.08 0.00
29_A 252_L 0.96 0.08 0.00
200_A 262_R 0.96 0.08 0.00
67_R 264_I 0.96 0.08 0.00
39_D 183_Q 0.96 0.08 0.00
158_S 12_V 0.96 0.08 0.00
87_V 186_K 0.96 0.08 0.00
45_A 113_Y 0.96 0.08 0.00
111_N 339_T 0.96 0.08 0.00
18_L 251_R 0.96 0.08 0.00
160_N 326_M 0.96 0.08 0.00
51_Q 39_N 0.96 0.08 0.00
81_T 45_G 0.96 0.08 0.00
207_D 105_P 0.96 0.08 0.00
141_S 158_A 0.96 0.08 0.00
49_D 296_V 0.95 0.08 0.00
158_S 50_G 0.95 0.08 0.00
111_N 243_H 0.95 0.08 0.00
73_F 54_D 0.95 0.08 0.00
19_A 247_H 0.95 0.08 0.00
92_D 37_T 0.95 0.08 0.00
204_L 376_L 0.95 0.08 0.00
206_R 11_L 0.95 0.08 0.00
101_Y 9_P 0.95 0.08 0.00
138_N 389_Y 0.95 0.08 0.00
85_R 113_Y 0.95 0.08 0.00
85_R 262_R 0.95 0.08 0.00
78_R 38_L 0.95 0.08 0.00
83_I 283_K 0.95 0.08 0.00
29_A 249_V 0.94 0.08 0.00
37_G 5_S 0.94 0.08 0.00
222_E 104_T 0.94 0.08 0.00
46_F 158_A 0.94 0.08 0.00
51_Q 159_P 0.94 0.08 0.00
174_D 239_A 0.94 0.08 0.00
199_E 63_F 0.94 0.08 0.00
183_S 141_D 0.94 0.08 0.00
55_E 122_T 0.94 0.08 0.00
160_N 15_A 0.94 0.08 0.00
175_S 158_A 0.94 0.08 0.00
42_D 167_I 0.94 0.08 0.00
149_Q 296_V 0.94 0.08 0.00
94_M 2_S 0.94 0.08 0.00
59_A 53_V 0.94 0.08 0.00
38_L 159_P 0.94 0.08 0.00
136_L 185_V 0.93 0.08 0.00
168_V 61_D 0.93 0.08 0.00
158_S 335_D 0.93 0.08 0.00
134_L 117_Q 0.93 0.08 0.00
55_E 367_A 0.93 0.08 0.00
81_T 124_R 0.93 0.08 0.00
175_S 92_S 0.93 0.08 0.00
156_R 265_S 0.93 0.08 0.00
98_I 126_S 0.93 0.08 0.00
217_L 188_D 0.92 0.08 0.00
21_P 284_F 0.92 0.08 0.00
79_S 51_E 0.92 0.08 0.00
59_A 136_L 0.92 0.08 0.00
55_E 365_Q 0.92 0.08 0.00
215_N 111_T 0.92 0.08 0.00
111_N 370_K 0.92 0.08 0.00
200_A 312_P 0.92 0.08 0.00
134_L 58_H 0.92 0.08 0.00
153_E 252_L 0.92 0.08 0.00
168_V 242_T 0.92 0.08 0.00
62_N 47_M 0.92 0.08 0.00
49_D 228_K 0.91 0.08 0.00
18_L 314_A 0.91 0.08 0.00
211_M 185_V 0.91 0.08 0.00
138_N 39_N 0.91 0.08 0.00
181_T 376_L 0.91 0.08 0.00
139_N 198_R 0.91 0.08 0.00
181_T 153_H 0.91 0.08 0.00
81_T 115_I 0.91 0.08 0.00
18_L 22_I 0.91 0.08 0.00
134_L 369_Y 0.91 0.07 0.00
64_E 103_L 0.91 0.07 0.00
82_L 262_R 0.91 0.07 0.00
211_M 319_N 0.91 0.07 0.00
211_M 15_A 0.91 0.07 0.00
160_N 369_Y 0.90 0.07 0.00
138_N 252_L 0.90 0.07 0.00
163_R 322_R 0.90 0.07 0.00
119_E 180_E 0.90 0.07 0.00
160_N 13_A 0.90 0.07 0.00
46_F 13_A 0.90 0.07 0.00
92_D 385_Y 0.90 0.07 0.00
94_M 81_M 0.89 0.07 0.00
26_L 26_V 0.89 0.07 0.00
138_N 104_T 0.89 0.07 0.00
84_P 209_S 0.89 0.07 0.00
182_E 229_L 0.89 0.07 0.00
222_E 149_E 0.89 0.07 0.00
16_Q 48_S 0.89 0.07 0.00
173_H 22_I 0.89 0.07 0.00
156_R 360_A 0.89 0.07 0.00
63_V 228_K 0.89 0.07 0.00
134_L 389_Y 0.89 0.07 0.00
163_R 221_T 0.89 0.07 0.00
126_T 136_L 0.89 0.07 0.00
170_F 4_F 0.89 0.07 0.00
118_Q 186_K 0.89 0.07 0.00
19_A 351_F 0.89 0.07 0.00
188_G 116_R 0.89 0.07 0.00
85_R 320_A 0.89 0.07 0.00
126_T 368_V 0.89 0.07 0.00
92_D 12_V 0.89 0.07 0.00
37_G 1_M 0.89 0.07 0.00
168_V 181_Q 0.89 0.07 0.00
88_L 298_A 0.88 0.07 0.00
222_E 364_E 0.88 0.07 0.00
152_Q 68_E 0.88 0.07 0.00
148_R 202_S 0.88 0.07 0.00
174_D 363_E 0.88 0.07 0.00
52_E 314_A 0.88 0.07 0.00
66_I 252_L 0.88 0.07 0.00
136_L 202_S 0.88 0.07 0.00
128_A 11_L 0.88 0.07 0.00
175_S 330_E 0.88 0.07 0.00
144_S 119_E 0.88 0.07 0.00
59_A 3_E 0.88 0.07 0.00
117_Q 369_Y 0.88 0.07 0.00
199_E 188_D 0.88 0.07 0.00
136_L 8_V 0.88 0.07 0.00
180_I 116_R 0.88 0.07 0.00
67_R 33_L 0.88 0.07 0.00
126_T 181_Q 0.87 0.07 0.00
120_L 38_L 0.87 0.07 0.00
55_E 195_K 0.87 0.07 0.00
98_I 201_I 0.87 0.07 0.00
198_R 384_E 0.87 0.07 0.00
45_A 105_P 0.87 0.07 0.00
66_I 194_N 0.87 0.07 0.00
43_N 36_A 0.87 0.07 0.00
157_S 12_V 0.87 0.07 0.00
82_L 276_G 0.87 0.07 0.00
55_E 258_S 0.87 0.07 0.00
124_L 349_E 0.87 0.07 0.00
217_L 153_H 0.87 0.07 0.00
216_H 350_E 0.87 0.07 0.00
158_S 359_A 0.87 0.07 0.00
66_I 251_R 0.86 0.07 0.00
158_S 55_A 0.86 0.07 0.00
184_V 284_F 0.86 0.07 0.00
169_W 5_S 0.86 0.07 0.00
81_T 39_N 0.86 0.07 0.00
112_E 88_N 0.86 0.07 0.00
141_S 356_E 0.86 0.07 0.00
78_R 86_L 0.86 0.07 0.00
84_P 136_L 0.86 0.07 0.00
59_A 351_F 0.86 0.07 0.00
181_T 214_T 0.86 0.07 0.00
160_N 2_S 0.86 0.07 0.00
193_A 1_M 0.86 0.07 0.00
66_I 369_Y 0.86 0.07 0.00
111_N 26_V 0.86 0.07 0.00
158_S 37_T 0.86 0.07 0.00
165_L 188_D 0.86 0.07 0.00
158_S 110_I 0.86 0.07 0.00
38_L 356_E 0.85 0.07 0.00
39_D 7_T 0.85 0.07 0.00
81_T 235_R 0.85 0.07 0.00
101_Y 252_L 0.85 0.07 0.00
46_F 53_V 0.85 0.07 0.00
158_S 254_F 0.85 0.07 0.00
90_E 126_S 0.85 0.07 0.00
134_L 228_K 0.85 0.07 0.00
135_K 128_Q 0.85 0.07 0.00
95_V 189_I 0.85 0.07 0.00
111_N 251_R 0.85 0.07 0.00
168_V 209_S 0.85 0.07 0.00
155_V 116_R 0.85 0.07 0.00
51_Q 330_E 0.85 0.07 0.00
176_S 351_F 0.85 0.07 0.00
218_Q 67_S 0.85 0.07 0.00
90_E 328_D 0.84 0.07 0.00
18_L 16_R 0.84 0.07 0.00
139_N 1_M 0.84 0.07 0.00
154_K 381_V 0.84 0.07 0.00
199_E 64_E 0.84 0.07 0.00
153_E 265_S 0.84 0.07 0.00
163_R 68_E 0.84 0.07 0.00
117_Q 336_E 0.84 0.07 0.00
223_T 149_E 0.84 0.07 0.00
138_N 9_P 0.84 0.07 0.00
179_R 187_D 0.84 0.07 0.00
55_E 3_E 0.84 0.07 0.00
67_R 5_S 0.84 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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