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OPENSEQ.org
creED2
Genes: A B A+B
Length: 460 666 1043
Sequences: 8174 408 57
Seq/Len: 17.77 0.61 0.05
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.93
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.04 0.00 0.04
2 0.04 0.00 0.04
5 0.04 0.00 0.05
10 0.04 0.00 0.05
20 0.05 0.00 0.05
100 0.08 0.01 0.09
∞ 0.19 0.06 0.20
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
171_L 449_V 1.91 0.23 0.00
305_A 39_V 1.64 0.16 0.00
381_V 237_L 1.57 0.15 0.00
260_I 41_V 1.50 0.13 0.00
201_G 340_E 1.50 0.13 0.00
114_G 288_Y 1.50 0.13 0.00
92_R 164_A 1.50 0.13 0.00
4_C 202_P 1.46 0.13 0.00
435_L 281_G 1.46 0.13 0.00
356_A 415_H 1.44 0.12 0.00
126_I 259_A 1.43 0.12 0.00
400_R 558_C 1.42 0.12 0.00
435_L 559_R 1.42 0.12 0.00
218_R 95_R 1.41 0.12 0.00
398_L 446_I 1.39 0.11 0.00
344_T 399_R 1.39 0.11 0.00
340_C 382_I 1.36 0.11 0.00
318_C 387_R 1.36 0.11 0.00
298_S 387_R 1.34 0.10 0.00
92_R 131_F 1.34 0.10 0.00
276_A 295_E 1.33 0.10 0.00
31_D 331_L 1.33 0.10 0.00
344_T 45_A 1.33 0.10 0.00
66_L 28_E 1.33 0.10 0.00
249_V 177_L 1.33 0.10 0.00
231_R 499_V 1.32 0.10 0.00
272_V 318_R 1.32 0.10 0.00
70_R 150_H 1.32 0.10 0.00
306_L 340_E 1.32 0.10 0.00
448_V 140_F 1.32 0.10 0.00
181_V 389_C 1.32 0.10 0.00
352_V 363_A 1.31 0.10 0.00
316_T 230_I 1.31 0.10 0.00
4_C 317_G 1.31 0.10 0.00
418_E 349_A 1.31 0.10 0.00
156_L 72_V 1.30 0.10 0.00
132_R 8_V 1.30 0.10 0.00
441_T 404_G 1.29 0.10 0.00
184_L 453_G 1.29 0.10 0.00
110_V 415_H 1.29 0.10 0.00
75_T 237_L 1.29 0.10 0.00
381_V 139_M 1.28 0.10 0.00
171_L 302_H 1.28 0.10 0.00
422_L 154_R 1.28 0.10 0.00
201_G 85_E 1.27 0.10 0.00
268_A 309_P 1.27 0.10 0.00
254_A 92_E 1.26 0.09 0.00
435_L 271_P 1.26 0.09 0.00
402_A 210_A 1.26 0.09 0.00
246_L 466_G 1.25 0.09 0.00
110_V 474_F 1.24 0.09 0.00
110_V 592_R 1.24 0.09 0.00
285_A 100_L 1.24 0.09 0.00
414_E 481_A 1.24 0.09 0.00
381_V 528_A 1.23 0.09 0.00
268_A 449_V 1.23 0.09 0.00
260_I 225_L 1.23 0.09 0.00
370_D 399_R 1.23 0.09 0.00
384_A 198_R 1.23 0.09 0.00
171_L 306_L 1.23 0.09 0.00
441_T 244_N 1.23 0.09 0.00
448_V 41_V 1.23 0.09 0.00
179_G 11_V 1.22 0.09 0.00
148_P 120_A 1.22 0.09 0.00
431_W 230_I 1.22 0.09 0.00
253_T 116_A 1.22 0.09 0.00
435_L 79_D 1.22 0.09 0.00
161_T 241_L 1.22 0.09 0.00
247_A 260_F 1.21 0.09 0.00
296_V 290_A 1.21 0.09 0.00
74_E 306_L 1.20 0.09 0.00
120_R 359_A 1.20 0.09 0.00
381_V 507_I 1.20 0.09 0.00
114_G 331_L 1.20 0.09 0.00
155_A 585_R 1.20 0.08 0.00
127_G 345_G 1.19 0.08 0.00
363_A 230_I 1.19 0.08 0.00
254_A 84_V 1.19 0.08 0.00
227_T 111_D 1.19 0.08 0.00
148_P 230_I 1.18 0.08 0.00
266_S 421_R 1.18 0.08 0.00
233_V 309_P 1.18 0.08 0.00
435_L 167_T 1.18 0.08 0.00
316_T 620_N 1.18 0.08 0.00
138_A 230_I 1.18 0.08 0.00
181_V 463_D 1.17 0.08 0.00
227_T 353_R 1.17 0.08 0.00
429_E 176_L 1.17 0.08 0.00
451_A 528_A 1.17 0.08 0.00
156_L 38_T 1.16 0.08 0.00
250_L 540_D 1.16 0.08 0.00
321_S 230_I 1.16 0.08 0.00
132_R 549_L 1.16 0.08 0.00
151_G 295_E 1.16 0.08 0.00
181_V 627_A 1.16 0.08 0.00
336_P 341_C 1.15 0.08 0.00
291_H 340_E 1.15 0.08 0.00
352_V 449_V 1.15 0.08 0.00
124_R 530_V 1.15 0.08 0.00
156_L 115_L 1.15 0.08 0.00
266_S 143_V 1.15 0.08 0.00
291_H 306_L 1.15 0.08 0.00
254_A 460_H 1.15 0.08 0.00
127_G 559_R 1.14 0.08 0.00
138_A 563_I 1.14 0.08 0.00
312_A 95_R 1.14 0.08 0.00
114_G 634_V 1.14 0.08 0.00
285_A 324_G 1.14 0.08 0.00
37_T 230_I 1.14 0.08 0.00
119_A 538_V 1.13 0.08 0.00
231_R 585_R 1.13 0.08 0.00
171_L 331_L 1.13 0.08 0.00
317_Q 68_S 1.12 0.08 0.00
94_D 33_S 1.12 0.07 0.00
371_L 580_T 1.12 0.07 0.00
252_F 563_I 1.12 0.07 0.00
149_M 343_Y 1.12 0.07 0.00
191_S 11_V 1.12 0.07 0.00
320_V 155_V 1.12 0.07 0.00
151_G 423_A 1.12 0.07 0.00
11_R 545_A 1.12 0.07 0.00
272_V 620_N 1.12 0.07 0.00
435_L 620_N 1.11 0.07 0.00
445_G 42_V 1.11 0.07 0.00
428_K 414_E 1.11 0.07 0.00
21_C 313_A 1.11 0.07 0.00
285_A 420_V 1.11 0.07 0.00
113_T 518_S 1.11 0.07 0.00
316_T 84_V 1.11 0.07 0.00
72_A 99_A 1.11 0.07 0.00
58_A 271_P 1.11 0.07 0.00
402_A 268_R 1.11 0.07 0.00
423_D 310_E 1.10 0.07 0.00
405_A 446_I 1.10 0.07 0.00
225_A 463_D 1.10 0.07 0.00
300_L 140_F 1.10 0.07 0.00
441_T 586_L 1.10 0.07 0.00
227_T 456_D 1.10 0.07 0.00
86_L 202_P 1.10 0.07 0.00
114_G 600_F 1.10 0.07 0.00
360_V 449_V 1.10 0.07 0.00
374_G 119_R 1.09 0.07 0.00
250_L 575_G 1.09 0.07 0.00
418_E 125_S 1.09 0.07 0.00
186_D 463_D 1.09 0.07 0.00
151_G 260_F 1.09 0.07 0.00
233_V 394_A 1.09 0.07 0.00
303_S 163_L 1.09 0.07 0.00
99_E 122_G 1.09 0.07 0.00
81_G 539_T 1.09 0.07 0.00
306_L 85_E 1.08 0.07 0.00
70_R 28_E 1.08 0.07 0.00
370_D 177_L 1.08 0.07 0.00
375_R 306_L 1.08 0.07 0.00
53_A 11_V 1.08 0.07 0.00
74_E 85_E 1.08 0.07 0.00
327_A 586_L 1.08 0.07 0.00
400_R 138_E 1.08 0.07 0.00
66_L 538_V 1.07 0.07 0.00
185_R 231_A 1.07 0.07 0.00
96_A 99_A 1.07 0.07 0.00
244_A 71_T 1.07 0.07 0.00
231_R 341_C 1.07 0.07 0.00
272_V 237_L 1.07 0.07 0.00
268_A 152_E 1.07 0.07 0.00
110_V 184_L 1.07 0.07 0.00
266_S 530_V 1.06 0.07 0.00
313_T 421_R 1.06 0.07 0.00
46_L 164_A 1.06 0.07 0.00
110_V 137_E 1.06 0.07 0.00
326_S 518_S 1.06 0.07 0.00
66_L 138_E 1.06 0.07 0.00
227_T 138_E 1.05 0.07 0.00
453_A 458_L 1.05 0.07 0.00
414_E 225_L 1.05 0.07 0.00
74_E 482_S 1.05 0.07 0.00
381_V 516_A 1.05 0.07 0.00
43_T 432_H 1.05 0.07 0.00
127_G 432_H 1.05 0.07 0.00
291_H 336_A 1.05 0.07 0.00
122_A 290_A 1.05 0.07 0.00
280_V 311_R 1.05 0.07 0.00
291_H 41_V 1.05 0.07 0.00
96_A 637_L 1.04 0.07 0.00
302_R 340_E 1.04 0.07 0.00
43_T 549_L 1.04 0.07 0.00
56_A 11_V 1.04 0.07 0.00
318_C 331_L 1.04 0.07 0.00
296_V 518_S 1.04 0.07 0.00
340_C 270_H 1.04 0.07 0.00
378_S 199_A 1.04 0.07 0.00
435_L 208_R 1.04 0.07 0.00
300_L 588_D 1.04 0.07 0.00
134_A 262_R 1.04 0.07 0.00
427_P 24_F 1.04 0.07 0.00
344_T 128_T 1.03 0.07 0.00
92_R 139_M 1.03 0.07 0.00
139_A 407_G 1.03 0.07 0.00
11_R 115_L 1.03 0.07 0.00
243_V 149_A 1.03 0.07 0.00
280_V 530_V 1.03 0.07 0.00
227_T 85_E 1.03 0.07 0.00
401_A 265_H 1.03 0.07 0.00
415_V 265_H 1.02 0.07 0.00
46_L 60_Q 1.02 0.07 0.00
20_V 465_D 1.02 0.07 0.00
201_G 336_A 1.02 0.07 0.00
335_Q 286_V 1.02 0.07 0.00
157_H 505_V 1.02 0.07 0.00
68_V 559_R 1.02 0.07 0.00
369_L 71_T 1.02 0.07 0.00
181_V 326_S 1.02 0.07 0.00
11_R 340_E 1.02 0.06 0.00
402_A 313_A 1.02 0.06 0.00
37_T 324_G 1.02 0.06 0.00
301_I 360_F 1.02 0.06 0.00
11_R 336_A 1.02 0.06 0.00
386_T 519_P 1.02 0.06 0.00
66_L 150_H 1.01 0.06 0.00
227_T 28_E 1.01 0.06 0.00
148_P 371_T 1.01 0.06 0.00
58_A 503_L 1.01 0.06 0.00
23_S 529_H 1.01 0.06 0.00
243_V 386_D 1.01 0.06 0.00
320_V 349_A 1.01 0.06 0.00
23_S 636_S 1.01 0.06 0.00
74_E 516_A 1.01 0.06 0.00
74_E 72_V 1.01 0.06 0.00
301_I 163_L 1.01 0.06 0.00
280_V 353_R 1.01 0.06 0.00
92_R 379_R 1.01 0.06 0.00
249_V 627_A 1.00 0.06 0.00
86_L 606_A 1.00 0.06 0.00
72_A 114_T 1.00 0.06 0.00
185_R 539_T 1.00 0.06 0.00
301_I 131_F 1.00 0.06 0.00
424_G 59_R 1.00 0.06 0.00
382_A 340_E 1.00 0.06 0.00
243_V 498_V 1.00 0.06 0.00
439_R 49_A 1.00 0.06 0.00
217_D 354_A 1.00 0.06 0.00
435_L 503_L 1.00 0.06 0.00
248_A 384_P 1.00 0.06 0.00
319_L 230_I 1.00 0.06 0.00
67_A 529_H 1.00 0.06 0.00
148_P 145_C 1.00 0.06 0.00
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402_A 310_E 0.99 0.06 0.00
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191_S 341_C 0.99 0.06 0.00
115_A 637_L 0.99 0.06 0.00
359_E 84_V 0.99 0.06 0.00
11_R 574_T 0.99 0.06 0.00
239_L 288_Y 0.99 0.06 0.00
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298_S 165_D 0.88 0.05 0.00
52_E 167_T 0.88 0.05 0.00
135_D 318_R 0.87 0.05 0.00
227_T 237_L 0.87 0.05 0.00
302_R 336_A 0.87 0.05 0.00
247_A 96_E 0.87 0.05 0.00
376_I 166_E 0.87 0.05 0.00
230_A 259_A 0.87 0.05 0.00
272_V 220_A 0.87 0.05 0.00
99_E 318_R 0.87 0.05 0.00
396_E 51_R 0.87 0.05 0.00
70_R 499_V 0.87 0.05 0.00
231_R 33_S 0.87 0.05 0.00
245_D 555_S 0.87 0.05 0.00
373_D 152_E 0.87 0.05 0.00
75_T 10_I 0.87 0.05 0.00
441_T 409_R 0.87 0.05 0.00
156_L 545_A 0.87 0.05 0.00
163_F 621_S 0.87 0.05 0.00
272_V 146_G 0.87 0.05 0.00
14_T 18_L 0.87 0.05 0.00
68_V 422_R 0.87 0.05 0.00
439_R 313_A 0.87 0.05 0.00
255_G 92_E 0.87 0.05 0.00
247_A 345_G 0.87 0.05 0.00
318_C 566_G 0.87 0.05 0.00
135_D 312_I 0.87 0.05 0.00
321_S 415_H 0.87 0.05 0.00
227_T 331_L 0.87 0.05 0.00
441_T 498_V 0.86 0.05 0.00
182_A 525_P 0.86 0.05 0.00
350_T 484_I 0.86 0.05 0.00
356_A 8_V 0.86 0.05 0.00
423_D 359_A 0.86 0.05 0.00
310_A 37_V 0.86 0.05 0.00
46_L 4_R 0.86 0.05 0.00
156_L 34_H 0.86 0.05 0.00
127_G 164_A 0.86 0.05 0.00
141_A 416_L 0.86 0.05 0.00
452_L 295_E 0.86 0.05 0.00
372_T 491_I 0.86 0.05 0.00
110_V 509_E 0.86 0.05 0.00
249_V 215_A 0.86 0.05 0.00
146_D 586_L 0.86 0.05 0.00
391_R 290_A 0.86 0.05 0.00
92_R 165_D 0.86 0.05 0.00
254_A 229_G 0.86 0.05 0.00
285_A 533_E 0.86 0.05 0.00
386_T 91_H 0.86 0.05 0.00
174_V 186_G 0.86 0.05 0.00
157_H 600_F 0.86 0.05 0.00
82_L 331_L 0.86 0.05 0.00
429_E 197_V 0.86 0.05 0.00
80_V 390_W 0.86 0.05 0.00
70_R 298_V 0.86 0.05 0.00
68_V 199_A 0.86 0.05 0.00
116_M 140_F 0.86 0.05 0.00
360_V 363_A 0.86 0.05 0.00
114_G 244_N 0.86 0.05 0.00
249_V 298_V 0.86 0.05 0.00
226_E 11_V 0.86 0.05 0.00
248_A 514_F 0.86 0.05 0.00
313_T 76_G 0.86 0.05 0.00
272_V 391_E 0.86 0.05 0.00
52_E 271_P 0.86 0.05 0.00
381_V 530_V 0.86 0.05 0.00
361_D 359_A 0.85 0.05 0.00
223_Y 408_H 0.85 0.05 0.00
265_Q 627_A 0.85 0.05 0.00
87_T 41_V 0.85 0.05 0.00
280_V 514_F 0.85 0.05 0.00
414_E 199_A 0.85 0.05 0.00
21_C 385_A 0.85 0.05 0.00
67_A 76_G 0.85 0.05 0.00
4_C 379_R 0.85 0.05 0.00
56_A 329_R 0.85 0.05 0.00
259_K 83_P 0.85 0.05 0.00
52_E 337_R 0.85 0.05 0.00
329_A 592_R 0.85 0.05 0.00
422_L 170_S 0.85 0.05 0.00
377_V 382_I 0.85 0.05 0.00
48_A 498_V 0.85 0.05 0.00
363_A 360_F 0.85 0.05 0.00
111_L 561_Y 0.85 0.05 0.00
221_D 337_R 0.85 0.05 0.00
88_A 359_A 0.85 0.05 0.00
222_A 340_E 0.85 0.05 0.00
39_A 423_A 0.85 0.05 0.00
273_A 107_L 0.85 0.05 0.00
41_A 522_P 0.85 0.05 0.00
11_R 143_V 0.85 0.05 0.00
426_L 363_A 0.85 0.05 0.00
285_A 114_T 0.85 0.05 0.00
424_G 55_T 0.85 0.05 0.00
279_A 405_P 0.85 0.05 0.00
46_L 85_E 0.85 0.05 0.00
422_L 499_V 0.85 0.05 0.00
279_A 587_V 0.85 0.05 0.00
227_T 482_S 0.85 0.05 0.00
34_A 111_D 0.85 0.05 0.00
96_A 527_R 0.85 0.05 0.00
254_A 499_V 0.85 0.05 0.00
340_C 527_R 0.85 0.05 0.00
84_A 627_A 0.85 0.05 0.00
110_V 286_V 0.85 0.05 0.00
366_R 455_L 0.84 0.05 0.00
433_A 414_E 0.84 0.05 0.00
439_R 567_R 0.84 0.05 0.00
276_A 414_E 0.84 0.05 0.00
248_A 111_D 0.84 0.05 0.00
173_L 533_E 0.84 0.05 0.00
419_L 8_V 0.84 0.05 0.00
114_G 484_I 0.84 0.05 0.00
4_C 201_E 0.84 0.05 0.00
448_V 455_L 0.84 0.05 0.00
92_R 415_H 0.84 0.05 0.00
75_T 306_L 0.84 0.05 0.00
88_A 210_A 0.84 0.05 0.00
93_D 109_G 0.84 0.05 0.00
245_D 582_R 0.84 0.05 0.00
393_A 381_G 0.84 0.05 0.00
18_A 119_R 0.84 0.05 0.00
56_A 317_G 0.84 0.05 0.00
252_F 492_E 0.84 0.05 0.00
75_T 260_F 0.84 0.05 0.00
146_D 225_L 0.84 0.05 0.00
245_D 24_F 0.84 0.05 0.00
143_D 520_L 0.84 0.05 0.00
413_G 463_D 0.84 0.05 0.00
45_F 234_T 0.84 0.05 0.00
239_L 518_S 0.84 0.05 0.00
20_V 11_V 0.84 0.05 0.00
426_L 199_A 0.84 0.05 0.00
422_L 391_E 0.84 0.05 0.00
363_A 486_E 0.84 0.05 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
7112 0.05 creED2 Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
7111 0.05 creED interaction Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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