May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
hasbhasr
Genes: A B A+B
Length: 865 97 845
Sequences: 4546 1469 175
Seq/Len: 5.26 15.14 0.21
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.64
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.03 0.00 0.04
2 0.03 0.00 0.07
5 0.05 0.00 0.13
10 0.06 0.01 0.16
20 0.07 0.01 0.18
100 0.11 0.02 0.28
∞ 0.18 0.10 0.52
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
624_V 36_D 1.39 0.27 0.00
386_F 58_E 1.30 0.23 0.00
386_F 22_R 1.27 0.22 0.00
260_G 83_E 1.26 0.22 0.00
100_D 58_E 1.25 0.21 0.00
461_F 60_Q 1.24 0.21 0.00
780_L 72_P 1.24 0.21 0.00
341_L 53_P 1.24 0.21 0.00
198_I 58_E 1.23 0.20 0.00
687_G 39_G 1.21 0.20 0.00
333_W 82_V 1.21 0.20 0.00
647_F 33_F 1.21 0.20 0.00
659_I 31_V 1.19 0.19 0.00
814_D 16_Y 1.19 0.19 0.00
769_V 50_A 1.19 0.19 0.00
819_Y 50_A 1.18 0.18 0.00
836_N 63_V 1.18 0.18 0.00
177_I 87_P 1.17 0.18 0.00
833_N 39_G 1.17 0.18 0.00
576_E 44_V 1.16 0.17 0.00
208_I 64_K 1.15 0.17 0.00
129_E 31_V 1.15 0.17 0.00
769_V 60_Q 1.15 0.17 0.00
111_N 1_N 1.14 0.17 0.00
103_T 29_G 1.14 0.17 0.00
679_N 2_W 1.14 0.17 0.00
165_R 39_G 1.14 0.17 0.00
776_F 48_S 1.14 0.17 0.00
815_L 33_F 1.13 0.17 0.00
565_P 56_D 1.11 0.16 0.00
179_G 39_G 1.09 0.15 0.00
818_S 45_T 1.09 0.15 0.00
769_V 28_V 1.08 0.15 0.00
788_F 71_T 1.08 0.15 0.00
224_G 39_G 1.07 0.15 0.00
503_L 32_R 1.07 0.15 0.00
836_N 1_N 1.07 0.15 0.00
653_N 46_L 1.06 0.15 0.00
701_A 31_V 1.06 0.14 0.00
166_G 55_L 1.05 0.14 0.00
98_A 84_L 1.05 0.14 0.00
337_A 61_A 1.04 0.14 0.00
437_A 84_L 1.04 0.14 0.00
862_E 74_A 1.04 0.14 0.00
447_L 31_V 1.04 0.14 0.00
647_F 2_W 1.03 0.14 0.00
102_L 14_K 1.02 0.13 0.00
709_I 49_S 1.02 0.13 0.00
559_D 31_V 1.02 0.13 0.00
708_M 88_I 1.02 0.13 0.00
165_R 50_A 1.01 0.13 0.00
162_V 45_T 1.01 0.13 0.00
205_G 76_A 1.00 0.13 0.00
343_L 16_Y 1.00 0.13 0.00
615_Q 29_G 1.00 0.13 0.00
165_R 56_D 1.00 0.13 0.00
228_F 38_Q 0.99 0.13 0.00
819_Y 22_R 0.99 0.12 0.00
267_G 25_R 0.99 0.12 0.00
211_G 87_P 0.99 0.12 0.00
503_L 64_K 0.98 0.12 0.00
839_Y 66_A 0.98 0.12 0.00
842_S 88_I 0.98 0.12 0.00
200_S 2_W 0.98 0.12 0.00
106_G 29_G 0.98 0.12 0.00
273_I 92_L 0.98 0.12 0.00
126_I 31_V 0.98 0.12 0.00
684_R 29_G 0.97 0.12 0.00
494_T 42_L 0.97 0.12 0.00
149_A 50_A 0.97 0.12 0.00
236_F 8_G 0.97 0.12 0.00
126_I 49_S 0.97 0.12 0.00
688_L 35_L 0.97 0.12 0.00
255_G 59_I 0.97 0.12 0.00
198_I 55_L 0.97 0.12 0.00
269_E 63_V 0.97 0.12 0.00
247_L 26_Q 0.96 0.12 0.00
814_D 46_L 0.96 0.12 0.00
769_V 56_D 0.96 0.12 0.00
277_A 40_H 0.96 0.12 0.00
165_R 49_S 0.96 0.12 0.00
104_V 56_D 0.96 0.12 0.00
844_G 84_L 0.96 0.12 0.00
781_D 58_E 0.96 0.12 0.00
836_N 30_Q 0.95 0.12 0.00
148_G 37_R 0.95 0.11 0.00
719_A 8_G 0.95 0.11 0.00
163_N 73_P 0.94 0.11 0.00
811_T 23_L 0.94 0.11 0.00
636_E 1_N 0.94 0.11 0.00
784_V 61_A 0.94 0.11 0.00
622_W 88_I 0.94 0.11 0.00
278_S 60_Q 0.94 0.11 0.00
780_L 73_P 0.94 0.11 0.00
698_V 61_A 0.94 0.11 0.00
460_E 12_R 0.93 0.11 0.00
835_T 2_W 0.93 0.11 0.00
224_G 90_F 0.93 0.11 0.00
138_H 78_V 0.93 0.11 0.00
409_T 61_A 0.93 0.11 0.00
494_T 56_D 0.93 0.11 0.00
117_Y 33_F 0.93 0.11 0.00
784_V 60_Q 0.92 0.11 0.00
854_G 50_A 0.92 0.11 0.00
852_G 36_D 0.92 0.11 0.00
817_A 64_K 0.92 0.11 0.00
331_V 8_G 0.92 0.11 0.00
827_L 28_V 0.92 0.11 0.00
151_S 26_Q 0.91 0.10 0.00
827_L 75_D 0.91 0.10 0.00
175_M 59_I 0.91 0.10 0.00
642_A 45_T 0.91 0.10 0.00
172_R 41_V 0.91 0.10 0.00
265_A 9_R 0.91 0.10 0.00
150_Y 88_I 0.91 0.10 0.00
333_W 12_R 0.91 0.10 0.00
196_M 70_P 0.91 0.10 0.00
865_F 85_T 0.91 0.10 0.00
485_S 88_I 0.90 0.10 0.00
271_G 49_S 0.90 0.10 0.00
514_L 64_K 0.90 0.10 0.00
472_R 32_R 0.90 0.10 0.00
858_Q 46_L 0.90 0.10 0.00
830_S 62_L 0.90 0.10 0.00
643_K 66_A 0.90 0.10 0.00
208_I 89_D 0.90 0.10 0.00
380_M 46_L 0.89 0.10 0.00
837_R 82_V 0.89 0.10 0.00
107_A 75_D 0.89 0.10 0.00
582_T 33_F 0.89 0.10 0.00
333_W 29_G 0.89 0.10 0.00
676_Y 8_G 0.89 0.10 0.00
278_S 41_V 0.89 0.10 0.00
782_A 38_Q 0.88 0.10 0.00
286_W 58_E 0.88 0.10 0.00
106_G 7_S 0.88 0.10 0.00
705_Y 88_I 0.88 0.10 0.00
613_F 79_N 0.88 0.10 0.00
831_V 72_P 0.88 0.10 0.00
431_R 5_R 0.88 0.10 0.00
164_I 34_T 0.88 0.10 0.00
621_A 1_N 0.88 0.10 0.00
634_W 4_S 0.88 0.10 0.00
241_K 14_K 0.88 0.10 0.00
341_L 83_E 0.88 0.10 0.00
340_R 4_S 0.88 0.10 0.00
166_G 39_G 0.88 0.10 0.00
206_V 59_I 0.87 0.10 0.00
836_N 67_S 0.87 0.10 0.00
694_Y 72_P 0.87 0.10 0.00
220_G 83_E 0.87 0.10 0.00
767_G 41_V 0.87 0.10 0.00
274_L 71_T 0.87 0.10 0.00
861_V 26_Q 0.87 0.10 0.00
655_I 35_L 0.87 0.10 0.00
342_Q 35_L 0.87 0.10 0.00
811_T 46_L 0.87 0.10 0.00
763_P 39_G 0.87 0.10 0.00
648_D 49_S 0.87 0.10 0.00
202_L 65_R 0.86 0.10 0.00
505_G 42_L 0.86 0.10 0.00
758_S 29_G 0.86 0.10 0.00
344_S 45_T 0.86 0.09 0.00
102_L 62_L 0.86 0.09 0.00
102_L 21_L 0.86 0.09 0.00
138_H 43_A 0.86 0.09 0.00
491_A 4_S 0.86 0.09 0.00
393_E 44_V 0.86 0.09 0.00
513_R 5_R 0.86 0.09 0.00
829_G 36_D 0.86 0.09 0.00
813_F 35_L 0.86 0.09 0.00
865_F 50_A 0.86 0.09 0.00
790_P 19_D 0.86 0.09 0.00
624_V 12_R 0.85 0.09 0.00
260_G 28_V 0.85 0.09 0.00
98_A 63_V 0.85 0.09 0.00
576_E 8_G 0.85 0.09 0.00
408_D 46_L 0.85 0.09 0.00
859_G 65_R 0.85 0.09 0.00
285_Y 65_R 0.85 0.09 0.00
255_G 31_V 0.85 0.09 0.00
523_P 63_V 0.85 0.09 0.00
833_N 27_G 0.85 0.09 0.00
142_I 58_E 0.85 0.09 0.00
777_D 42_L 0.85 0.09 0.00
468_S 67_S 0.85 0.09 0.00
766_R 31_V 0.85 0.09 0.00
262_G 86_L 0.85 0.09 0.00
571_V 84_L 0.85 0.09 0.00
430_T 31_V 0.85 0.09 0.00
266_L 41_V 0.85 0.09 0.00
790_P 67_S 0.85 0.09 0.00
688_L 60_Q 0.85 0.09 0.00
588_W 90_F 0.85 0.09 0.00
146_T 87_P 0.85 0.09 0.00
839_Y 68_P 0.84 0.09 0.00
569_V 46_L 0.84 0.09 0.00
173_V 87_P 0.84 0.09 0.00
567_L 41_V 0.84 0.09 0.00
250_S 85_T 0.84 0.09 0.00
269_E 44_V 0.84 0.09 0.00
701_A 65_R 0.84 0.09 0.00
340_R 76_A 0.84 0.09 0.00
135_P 88_I 0.83 0.09 0.00
166_G 27_G 0.83 0.09 0.00
508_R 86_L 0.83 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.2241 seconds.