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OPENSEQ.org
4CI0_AC
Genes: A B A+B
Length: 385 280 635
Sequences: 3525 945 70
Seq/Len: 9.16 3.38 0.11
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.76
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.06 0.02 0.00
2 0.06 0.03 0.02
5 0.07 0.04 0.09
10 0.08 0.06 0.10
20 0.08 0.07 0.11
100 0.10 0.09 0.17
∞ 0.17 0.15 0.46
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
176_Q 96_L 1.69 0.29 0.00
82_D 42_E 1.59 0.25 0.00
155_I 235_A 1.49 0.21 0.00
325_A 29_T 1.44 0.20 0.00
116_F 222_T 1.43 0.19 0.00
90_R 28_V 1.41 0.19 0.00
151_S 198_V 1.39 0.18 0.00
104_S 19_Q 1.38 0.18 0.00
372_V 253_L 1.36 0.17 0.00
143_V 91_Y 1.36 0.17 0.00
44_K 41_I 1.33 0.16 0.00
93_R 191_C 1.33 0.16 0.00
1_S 51_E 1.32 0.16 0.00
186_E 51_E 1.31 0.16 0.00
337_E 16_R 1.22 0.13 0.00
112_I 108_I 1.21 0.13 0.00
27_I 181_K 1.20 0.13 0.00
78_D 108_I 1.19 0.13 0.00
294_I 13_S 1.19 0.13 0.00
336_V 218_V 1.18 0.13 0.00
49_K 84_L 1.17 0.12 0.00
158_M 250_L 1.17 0.12 0.00
41_G 26_G 1.17 0.12 0.00
283_A 229_F 1.16 0.12 0.00
335_K 12_R 1.14 0.12 0.00
346_A 268_I 1.13 0.12 0.00
71_L 153_S 1.13 0.11 0.00
99_A 141_S 1.13 0.11 0.00
349_P 67_L 1.13 0.11 0.00
78_D 37_D 1.12 0.11 0.00
154_R 54_W 1.12 0.11 0.00
264_M 269_A 1.12 0.11 0.00
28_V 222_T 1.12 0.11 0.00
373_I 211_S 1.12 0.11 0.00
326_P 111_M 1.11 0.11 0.00
15_H 109_R 1.10 0.11 0.00
80_S 198_V 1.10 0.11 0.00
78_D 205_S 1.10 0.11 0.00
89_G 37_D 1.09 0.10 0.00
295_E 268_I 1.09 0.10 0.00
20_M 192_K 1.08 0.10 0.00
5_V 39_G 1.08 0.10 0.00
113_A 113_T 1.08 0.10 0.00
43_E 103_C 1.08 0.10 0.00
43_E 133_C 1.08 0.10 0.00
43_E 194_C 1.08 0.10 0.00
43_E 203_D 1.08 0.10 0.00
43_E 207_G 1.08 0.10 0.00
156_G 103_C 1.08 0.10 0.00
156_G 133_C 1.08 0.10 0.00
156_G 194_C 1.08 0.10 0.00
156_G 203_D 1.08 0.10 0.00
156_G 207_G 1.08 0.10 0.00
157_G 103_C 1.08 0.10 0.00
157_G 133_C 1.08 0.10 0.00
157_G 194_C 1.08 0.10 0.00
157_G 203_D 1.08 0.10 0.00
157_G 207_G 1.08 0.10 0.00
324_E 103_C 1.08 0.10 0.00
324_E 133_C 1.08 0.10 0.00
324_E 194_C 1.08 0.10 0.00
324_E 203_D 1.08 0.10 0.00
324_E 207_G 1.08 0.10 0.00
183_E 147_C 1.08 0.10 0.00
92_L 129_V 1.07 0.10 0.00
255_N 121_L 1.07 0.10 0.00
136_A 141_S 1.07 0.10 0.00
90_R 118_V 1.06 0.10 0.00
6_I 138_P 1.06 0.10 0.00
91_L 246_V 1.06 0.10 0.00
171_Y 161_D 1.06 0.10 0.00
132_I 54_W 1.06 0.10 0.00
163_T 21_L 1.05 0.10 0.00
105_H 91_Y 1.05 0.10 0.00
104_S 80_N 1.04 0.10 0.00
79_D 151_G 1.04 0.10 0.00
176_Q 12_R 1.04 0.10 0.00
350_T 232_A 1.03 0.10 0.00
326_P 232_A 1.03 0.09 0.00
354_I 111_M 1.02 0.09 0.00
215_Y 268_I 1.02 0.09 0.00
258_V 107_G 1.02 0.09 0.00
21_E 253_L 1.02 0.09 0.00
104_S 34_Y 1.02 0.09 0.00
78_D 22_A 1.01 0.09 0.00
328_G 103_C 1.01 0.09 0.00
328_G 133_C 1.01 0.09 0.00
328_G 194_C 1.01 0.09 0.00
328_G 203_D 1.01 0.09 0.00
328_G 207_G 1.01 0.09 0.00
168_K 180_L 1.01 0.09 0.00
104_S 58_P 1.00 0.09 0.00
231_P 91_Y 1.00 0.09 0.00
338_N 234_E 1.00 0.09 0.00
10_S 1_V 1.00 0.09 0.00
330_D 67_L 0.99 0.09 0.00
237_D 270_A 0.99 0.09 0.00
373_I 198_V 0.99 0.09 0.00
71_L 86_K 0.99 0.09 0.00
268_Q 234_E 0.99 0.09 0.00
300_L 54_W 0.98 0.09 0.00
77_I 105_T 0.98 0.09 0.00
323_I 97_G 0.98 0.09 0.00
82_D 227_S 0.98 0.09 0.00
134_K 13_S 0.98 0.09 0.00
22_V 97_G 0.98 0.09 0.00
16_A 251_G 0.98 0.09 0.00
35_S 93_I 0.98 0.09 0.00
142_M 263_K 0.98 0.09 0.00
296_I 154_M 0.98 0.09 0.00
285_E 210_G 0.98 0.09 0.00
78_D 146_I 0.98 0.09 0.00
105_H 182_E 0.98 0.09 0.00
181_V 180_L 0.98 0.09 0.00
138_Y 268_I 0.98 0.09 0.00
93_R 103_C 0.97 0.09 0.00
93_R 133_C 0.97 0.09 0.00
93_R 194_C 0.97 0.09 0.00
93_R 203_D 0.97 0.09 0.00
93_R 207_G 0.97 0.09 0.00
116_F 245_E 0.97 0.09 0.00
175_K 229_F 0.97 0.08 0.00
102_V 29_T 0.97 0.08 0.00
10_S 147_C 0.96 0.08 0.00
64_V 192_K 0.96 0.08 0.00
46_V 111_M 0.96 0.08 0.00
296_I 57_Q 0.96 0.08 0.00
133_R 109_R 0.96 0.08 0.00
166_A 219_I 0.96 0.08 0.00
303_S 22_A 0.96 0.08 0.00
25_E 161_D 0.96 0.08 0.00
81_L 7_E 0.96 0.08 0.00
4_I 246_V 0.96 0.08 0.00
285_E 130_G 0.95 0.08 0.00
350_T 93_I 0.95 0.08 0.00
172_A 264_A 0.95 0.08 0.00
356_T 240_T 0.95 0.08 0.00
257_E 85_K 0.95 0.08 0.00
372_V 153_S 0.95 0.08 0.00
317_K 97_G 0.95 0.08 0.00
12_Q 173_D 0.95 0.08 0.00
321_G 267_N 0.94 0.08 0.00
338_N 219_I 0.94 0.08 0.00
183_E 117_G 0.94 0.08 0.00
277_A 265_E 0.94 0.08 0.00
249_P 148_E 0.94 0.08 0.00
146_E 266_K 0.94 0.08 0.00
74_V 107_G 0.93 0.08 0.00
130_S 131_I 0.93 0.08 0.00
340_K 96_L 0.93 0.08 0.00
275_V 178_L 0.93 0.08 0.00
247_T 105_T 0.93 0.08 0.00
116_F 67_L 0.93 0.08 0.00
170_L 12_R 0.93 0.08 0.00
373_I 204_V 0.93 0.08 0.00
140_V 163_G 0.92 0.08 0.00
52_E 160_M 0.92 0.08 0.00
87_K 16_R 0.92 0.08 0.00
29_T 32_L 0.92 0.08 0.00
351_T 101_I 0.92 0.08 0.00
5_V 220_T 0.92 0.08 0.00
87_K 162_I 0.92 0.08 0.00
117_V 94_E 0.92 0.08 0.00
73_S 245_E 0.91 0.08 0.00
72_A 232_A 0.91 0.08 0.00
213_Q 139_Y 0.91 0.08 0.00
81_L 42_E 0.91 0.08 0.00
131_E 96_L 0.91 0.08 0.00
322_A 50_G 0.91 0.08 0.00
172_A 230_K 0.91 0.08 0.00
144_A 90_Q 0.91 0.07 0.00
152_D 19_Q 0.91 0.07 0.00
216_G 157_V 0.91 0.07 0.00
19_V 81_V 0.91 0.07 0.00
94_E 151_G 0.90 0.07 0.00
139_V 202_A 0.90 0.07 0.00
27_I 217_T 0.90 0.07 0.00
215_Y 2_L 0.90 0.07 0.00
262_A 104_Q 0.90 0.07 0.00
106_A 198_V 0.90 0.07 0.00
148_I 130_G 0.90 0.07 0.00
301_D 28_V 0.90 0.07 0.00
158_M 236_G 0.90 0.07 0.00
155_I 146_I 0.90 0.07 0.00
358_G 253_L 0.90 0.07 0.00
17_E 107_G 0.90 0.07 0.00
337_E 269_A 0.89 0.07 0.00
312_E 269_A 0.89 0.07 0.00
331_V 35_A 0.89 0.07 0.00
285_E 103_C 0.89 0.07 0.00
285_E 133_C 0.89 0.07 0.00
285_E 194_C 0.89 0.07 0.00
285_E 203_D 0.89 0.07 0.00
285_E 207_G 0.89 0.07 0.00
170_L 51_E 0.89 0.07 0.00
14_G 3_G 0.89 0.07 0.00
83_I 149_K 0.89 0.07 0.00
258_V 169_V 0.89 0.07 0.00
19_V 99_V 0.89 0.07 0.00
133_R 166_K 0.89 0.07 0.00
162_I 125_I 0.89 0.07 0.00
2_E 128_L 0.88 0.07 0.00
24_D 212_P 0.88 0.07 0.00
356_T 67_L 0.88 0.07 0.00
105_H 55_K 0.88 0.07 0.00
375_A 225_G 0.88 0.07 0.00
54_A 152_V 0.88 0.07 0.00
37_T 22_A 0.88 0.07 0.00
143_V 199_A 0.88 0.07 0.00
236_D 16_R 0.88 0.07 0.00
168_K 97_G 0.88 0.07 0.00
231_P 158_E 0.88 0.07 0.00
373_I 13_S 0.88 0.07 0.00
357_M 198_V 0.88 0.07 0.00
102_V 219_I 0.87 0.07 0.00
284_L 173_D 0.87 0.07 0.00
233_S 84_L 0.87 0.07 0.00
89_G 151_G 0.87 0.07 0.00
345_S 101_I 0.87 0.07 0.00
182_N 170_Y 0.87 0.07 0.00
182_N 174_D 0.87 0.07 0.00
76_A 72_G 0.87 0.07 0.00
91_L 107_G 0.87 0.07 0.00
221_F 71_A 0.87 0.07 0.00
112_I 81_V 0.87 0.07 0.00
271_K 209_V 0.87 0.07 0.00
318_L 81_V 0.87 0.07 0.00
287_K 57_Q 0.86 0.07 0.00
10_S 107_G 0.86 0.07 0.00
86_P 36_L 0.86 0.07 0.00
43_E 191_C 0.86 0.07 0.00
116_F 174_D 0.86 0.07 0.00
156_G 191_C 0.86 0.07 0.00
157_G 191_C 0.86 0.07 0.00
324_E 191_C 0.86 0.07 0.00
143_V 117_G 0.86 0.07 0.00
155_I 144_T 0.86 0.07 0.00
331_V 69_A 0.86 0.07 0.00
346_A 148_E 0.86 0.07 0.00
135_N 113_T 0.86 0.07 0.00
41_G 43_G 0.86 0.07 0.00
92_L 157_V 0.86 0.07 0.00
28_V 128_L 0.86 0.07 0.00
180_K 173_D 0.86 0.07 0.00
380_L 185_G 0.86 0.07 0.00
347_L 29_T 0.86 0.07 0.00
332_H 43_G 0.86 0.07 0.00
351_T 46_V 0.86 0.07 0.00
174_L 264_A 0.86 0.07 0.00
269_G 116_F 0.86 0.07 0.00
345_S 228_I 0.86 0.07 0.00
56_V 200_E 0.86 0.07 0.00
16_A 173_D 0.85 0.07 0.00
113_A 149_K 0.85 0.07 0.00
266_E 270_A 0.85 0.07 0.00
55_P 164_K 0.85 0.07 0.00
276_V 63_S 0.85 0.07 0.00
179_P 81_V 0.85 0.07 0.00
81_L 74_K 0.85 0.07 0.00
181_V 253_L 0.85 0.07 0.00
295_E 64_S 0.85 0.07 0.00
179_P 59_M 0.85 0.07 0.00
351_T 73_T 0.85 0.07 0.00
351_T 216_S 0.85 0.07 0.00
19_V 131_I 0.85 0.07 0.00
326_P 121_L 0.85 0.07 0.00
264_M 107_G 0.85 0.07 0.00
56_V 253_L 0.85 0.07 0.00
294_I 16_R 0.85 0.07 0.00
23_D 89_R 0.85 0.07 0.00
41_G 255_K 0.84 0.07 0.00
151_S 107_G 0.84 0.07 0.00
351_T 162_I 0.84 0.07 0.00
29_T 111_M 0.84 0.07 0.00
85_V 97_G 0.84 0.07 0.00
265_V 270_A 0.84 0.07 0.00
348_V 47_A 0.84 0.07 0.00
171_Y 201_L 0.84 0.07 0.00
215_Y 246_V 0.84 0.07 0.00
24_D 96_L 0.84 0.07 0.00
251_Y 84_L 0.84 0.07 0.00
290_L 230_K 0.84 0.07 0.00
347_L 33_A 0.84 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
6240 0.11 4CI0_AC Δgene:(1, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
6238 0.11 4CI0_AC Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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