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OPENSEQ.org
subC-D
Genes: A B A+B
Length: 261 248 473
Sequences: 2647 3308 2209
Seq/Len: 10.14 13.34 4.67
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.99
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.11 0.10 4.34
2 0.11 0.10 4.34
5 0.11 0.11 4.34
10 0.12 0.11 4.34
20 0.12 0.12 4.33
100 0.15 0.15 4.33
∞ 0.27 0.27 4.34
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
141_K 138_F 4.62 1.00 1.00
231_K 223_E 4.41 1.00 1.00
229_K 221_N 4.30 1.00 1.00
70_E 67_D 4.21 1.00 1.00
235_Q 227_K 4.20 1.00 1.00
219_E 214_D 4.17 1.00 1.00
191_A 189_K 4.12 1.00 1.00
234_E 226_E 4.09 1.00 1.00
190_L 188_I 4.08 1.00 1.00
213_I 208_L 4.03 1.00 1.00
104_P 101_P 4.00 1.00 1.00
230_Q 222_P 3.99 1.00 1.00
139_W 136_F 3.93 1.00 1.00
40_N 38_R 3.90 1.00 1.00
41_D 39_D 3.89 1.00 1.00
195_K 193_K 3.84 1.00 1.00
188_S 186_L 3.82 1.00 1.00
114_L 111_I 3.82 1.00 1.00
72_M 69_V 3.76 1.00 1.00
136_Y 133_I 3.75 1.00 1.00
226_R 218_K 3.72 1.00 1.00
37_I 35_V 3.71 1.00 1.00
233_V 225_I 3.71 1.00 1.00
68_L 65_L 3.70 1.00 1.00
194_I 192_I 3.70 1.00 1.00
65_I 62_I 3.69 1.00 1.00
157_G 154_H 3.64 1.00 1.00
236_L 228_Y 3.63 1.00 1.00
35_L 33_V 3.60 1.00 1.00
209_E 204_K 3.60 1.00 1.00
107_C 104_V 3.59 1.00 1.00
178_D 175_N 3.58 1.00 1.00
74_C 71_M 3.58 1.00 1.00
215_T 210_V 3.57 1.00 1.00
67_K 64_A 3.57 1.00 1.00
160_K 157_K 3.54 1.00 1.00
100_Q 97_T 3.51 1.00 1.00
218_R 213_R 3.51 1.00 1.00
92_L 89_V 3.51 1.00 1.00
208_A 203_G 3.51 1.00 1.00
105_I 102_V 3.49 1.00 1.00
148_Y 145_Y 3.47 1.00 1.00
162_T 159_N 3.47 1.00 1.00
238_K 230_A 3.44 1.00 1.00
45_L 43_L 3.43 1.00 1.00
38_L 36_R 3.43 1.00 1.00
232_E 224_E 3.42 1.00 1.00
228_L 220_L 3.42 1.00 1.00
102_Q 99_E 3.42 1.00 1.00
88_N 85_N 3.40 1.00 1.00
187_K 185_D 3.38 1.00 1.00
180_K 177_T 3.37 1.00 1.00
108_E 105_E 3.37 1.00 1.00
211_V 206_I 3.36 1.00 1.00
52_I 50_V 3.36 1.00 1.00
137_I 134_V 3.34 1.00 1.00
44_L 42_V 3.32 1.00 1.00
120_A 117_R 3.32 1.00 1.00
181_E 178_D 3.32 1.00 1.00
87_T 84_I 3.31 1.00 1.00
113_A 110_Y 3.31 1.00 1.00
227_V 219_I 3.30 1.00 1.00
106_P 103_T 3.29 1.00 1.00
170_A 167_S 3.29 1.00 1.00
216_L 211_M 3.28 1.00 1.00
217_T 212_R 3.27 1.00 1.00
117_I 114_L 3.27 1.00 1.00
193_A 191_V 3.26 1.00 1.00
98_L 95_R 3.26 1.00 1.00
96_R 93_S 3.24 1.00 1.00
43_V 41_V 3.24 1.00 1.00
198_N 196_L 3.23 1.00 1.00
169_A 166_K 3.23 1.00 1.00
185_T 181_I 3.22 1.00 1.00
66_Y 63_C 3.21 1.00 1.00
214_A 209_A 3.21 1.00 1.00
103_E 100_D 3.20 1.00 1.00
51_N 49_S 3.19 1.00 1.00
164_I 161_I 3.18 1.00 1.00
46_A 44_G 3.18 1.00 1.00
239_K 231_E 3.18 1.00 1.00
163_C 160_A 3.17 1.00 1.00
179_Y 176_Y 3.17 1.00 1.00
85_V 82_I 3.15 1.00 1.00
172_V 169_R 3.15 1.00 1.00
156_Y 153_Y 3.14 1.00 1.00
174_M 171_F 3.12 1.00 1.00
184_M 180_A 3.12 1.00 1.00
177_Q 174_K 3.11 1.00 1.00
196_V 194_A 3.11 1.00 1.00
112_T 109_R 3.11 1.00 1.00
199_K 197_E 3.08 1.00 1.00
146_Q 143_R 3.08 1.00 1.00
111_V 108_T 3.07 1.00 1.00
173_S 170_E 3.06 1.00 1.00
109_Q 106_Y 3.03 1.00 1.00
89_E 86_R 3.01 1.00 1.00
168_S 165_A 3.01 1.00 1.00
116_D 113_S 2.98 1.00 1.00
115_C 112_A 2.98 1.00 1.00
150_S 147_T 2.97 1.00 1.00
71_D 68_N 2.96 1.00 1.00
62_S 59_V 2.95 1.00 1.00
158_G 155_A 2.91 1.00 1.00
240_H 232_I 2.89 1.00 1.00
75_S 72_A 2.89 1.00 1.00
97_Y 94_H 2.88 1.00 1.00
34_C 32_A 2.85 1.00 1.00
134_L 131_A 2.85 1.00 1.00
237_I 229_V 2.84 1.00 1.00
200_T 198_V 2.84 1.00 1.00
132_V 129_I 2.83 1.00 1.00
47_A 45_V 2.83 1.00 1.00
192_L 190_L 2.83 1.00 1.00
73_A 70_C 2.81 1.00 1.00
135_L 132_L 2.80 1.00 1.00
207_S 202_G 2.80 1.00 1.00
118_K 115_K 2.80 1.00 1.00
39_A 37_G 2.74 1.00 1.00
145_F 142_P 2.73 1.00 1.00
93_I 90_E 2.73 1.00 1.00
63_E 60_R 2.72 1.00 1.00
155_N 152_T 2.71 1.00 1.00
189_A 187_T 2.70 1.00 1.00
101_Y 98_V 2.69 1.00 1.00
171_A 168_V 2.64 1.00 1.00
60_F 57_R 2.64 1.00 1.00
76_V 73_F 2.64 1.00 1.00
241_E 233_E 2.62 1.00 1.00
99_L 96_L 2.60 1.00 1.00
54_K 52_K 2.57 1.00 1.00
86_L 83_V 2.56 1.00 1.00
127_K 124_R 2.56 1.00 1.00
206_L 201_S 2.56 1.00 1.00
224_V 216_S 2.56 1.00 1.00
166_N 163_R 2.55 1.00 1.00
53_H 51_A 2.55 1.00 1.00
77_A 74_A 2.54 1.00 1.00
130_F 127_F 2.51 1.00 1.00
57_D 55_D 2.51 1.00 1.00
56_L 54_Q 2.49 1.00 1.00
83_A 80_A 2.48 1.00 1.00
133_S 130_S 2.47 1.00 1.00
124_F 121_S 2.47 1.00 1.00
149_Q 146_Q 2.47 1.00 1.00
212_E 207_E 2.42 1.00 1.00
121_Y 118_Y 2.40 1.00 1.00
90_L 87_A 2.40 1.00 1.00
81_S 78_A 2.39 1.00 1.00
49_R 47_K 2.38 1.00 1.00
210_K 205_N 2.38 1.00 1.00
175_L 172_L 2.37 1.00 1.00
186_L 184_D 2.35 1.00 1.00
147_L 144_L 2.34 1.00 1.00
61_F 58_T 2.34 1.00 1.00
110_L 107_I 2.33 1.00 1.00
28_I 26_V 2.33 1.00 1.00
225_I 217_L 2.31 1.00 0.99
36_G 34_G 2.31 1.00 0.99
167_N 164_G 2.28 1.00 0.99
91_R 88_R 2.26 1.00 0.99
79_I 76_L 2.24 1.00 0.99
197_L 195_L 2.23 1.00 0.99
80_T 77_T 2.22 1.00 0.99
140_D 137_D 2.21 1.00 0.99
50_R 48_K 2.19 1.00 0.99
11_I 9_V 2.17 1.00 0.99
69_N 66_D 2.12 1.00 0.99
25_M 23_Q 2.11 1.00 0.99
183_E 179_E 2.09 1.00 0.99
33_T 31_T 2.06 1.00 0.99
159_W 156_W 2.05 1.00 0.99
151_D 148_D 2.02 1.00 0.99
84_N 81_R 2.01 1.00 0.99
161_A 158_A 2.01 1.00 0.99
201_M 199_V 2.01 1.00 0.99
19_Y 17_F 1.99 1.00 0.99
176_K 173_E 1.97 1.00 0.99
9_T 7_I 1.95 1.00 0.98
153_S 150_S 1.94 1.00 0.98
18_L 16_L 1.94 1.00 0.98
182_G 179_E 1.93 1.00 0.98
94_A 91_C 1.91 1.00 0.98
144_G 141_T 1.87 1.00 0.98
142_H 139_D 1.87 1.00 0.98
95_Q 92_Q 1.86 1.00 0.98
21_V 19_V 1.80 1.00 0.97
4_R 2_S 1.79 1.00 0.97
42_G 40_I 1.75 1.00 0.97
223_T 215_Q 1.73 0.99 0.97
26_E 24_E 1.73 0.99 0.97
10_T 8_T 1.71 0.99 0.96
59_V 56_E 1.71 0.99 0.96
15_E 13_D 1.69 0.99 0.96
3_R 1_M 1.69 0.99 0.96
125_G 122_N 1.66 0.99 0.96
202_D 200_Q 1.66 0.99 0.96
48_E 46_E 1.65 0.99 0.96
22_E 20_E 1.64 0.99 0.95
123_Q 120_Q 1.55 0.99 0.94
27_A 25_A 1.55 0.99 0.94
138_G 135_G 1.55 0.99 0.94
119_Q 116_Q 1.50 0.98 0.93
126_G 123_G 1.49 0.98 0.92
29_G 27_K 1.49 0.98 0.92
7_S 5_R 1.47 0.98 0.92
187_K 183_T 1.43 0.97 0.90
152_P 149_P 1.43 0.97 0.90
186_L 182_E 1.40 0.97 0.89
17_R 15_H 1.40 0.97 0.89
8_R 6_A 1.37 0.96 0.88
12_F 10_F 1.37 0.96 0.88
143_Y 140_G 1.30 0.95 0.84
30_H 28_K 1.26 0.94 0.82
55_L 53_L 1.24 0.93 0.80
131_G 128_G 1.20 0.91 0.78
58_E 56_E 1.17 0.90 0.75
31_A 29_G 1.15 0.89 0.73
23_Y 21_Y 1.14 0.88 0.72
143_Y 139_D 1.13 0.88 0.71
5_Y 3_Y 1.11 0.87 0.70
122_T 119_T 1.11 0.86 0.70
31_A 28_K 1.07 0.83 0.66
14_P 12_P 1.05 0.82 0.63
32_G 30_S 1.04 0.81 0.62
13_S 11_S 1.02 0.79 0.60
64_K 61_K 0.95 0.72 0.51
6_D 4_D 0.93 0.69 0.48
205_K 200_Q 0.92 0.68 0.48
188_S 184_D 0.83 0.57 0.36
24_A 22_A 0.81 0.55 0.34
129_P 126_P 0.81 0.54 0.34
154_G 151_G 0.74 0.44 0.26
128_R 125_R 0.71 0.41 0.23
59_V 57_R 0.69 0.38 0.21
82_D 79_D 0.69 0.38 0.21
56_L 53_L 0.65 0.33 0.17
30_H 27_K 0.65 0.32 0.17
185_T 183_T 0.64 0.32 0.17
20_Q 18_Q 0.59 0.25 0.12
58_E 55_D 0.54 0.21 0.09
32_G 29_G 0.53 0.20 0.09
144_G 140_G 0.51 0.18 0.08
184_M 182_E 0.51 0.18 0.08
222_K 218_K 0.47 0.15 0.06
204_S 202_G 0.47 0.15 0.06
220_N 216_S 0.44 0.13 0.05
16_G 14_G 0.43 0.12 0.04
203_V 201_S 0.41 0.11 0.04
193_A 44_G 0.41 0.11 0.04
46_A 191_V 0.39 0.10 0.03
2_S 1_M 0.35 0.08 0.02
182_G 178_D 0.34 0.08 0.02
221_G 217_L 0.34 0.08 0.02
60_F 58_T 0.34 0.08 0.02
69_N 68_N 0.33 0.07 0.02
226_R 224_E 0.32 0.07 0.02
57_D 54_Q 0.32 0.07 0.02
188_S 181_I 0.31 0.07 0.02
71_D 66_D 0.31 0.07 0.02
205_K 202_G 0.29 0.06 0.01
165_G 162_G 0.29 0.06 0.01
36_G 43_L 0.29 0.06 0.01
45_L 34_G 0.29 0.06 0.01
238_K 226_E 0.28 0.06 0.01
234_E 230_A 0.27 0.05 0.01
225_I 70_C 0.27 0.05 0.01
61_F 51_A 0.27 0.05 0.01
189_A 37_G 0.27 0.05 0.01
3_R 2_S 0.27 0.05 0.01
158_G 143_R 0.26 0.05 0.01
181_E 177_T 0.26 0.05 0.01
185_T 186_L 0.26 0.05 0.01
146_Q 155_A 0.26 0.05 0.01
232_E 218_K 0.26 0.05 0.01
2_S 2_S 0.25 0.05 0.01
122_T 122_N 0.25 0.05 0.01
107_C 135_G 0.25 0.05 0.01
138_G 104_V 0.24 0.05 0.01
180_K 176_Y 0.23 0.04 0.01
73_A 217_L 0.23 0.04 0.01
4_R 1_M 0.23 0.04 0.01
203_V 199_V 0.23 0.04 0.01
180_K 179_E 0.22 0.04 0.01
107_C 69_V 0.22 0.04 0.01
137_I 43_L 0.22 0.04 0.01
98_L 66_D 0.22 0.04 0.01
122_T 116_Q 0.22 0.04 0.01
72_M 104_V 0.22 0.04 0.01
45_L 134_V 0.22 0.04 0.01
11_I 6_A 0.22 0.04 0.01
39_A 187_T 0.22 0.04 0.01
147_L 34_G 0.22 0.04 0.01
193_A 35_V 0.22 0.04 0.01
43_V 134_V 0.22 0.04 0.01
7_S 6_A 0.21 0.04 0.01
8_R 5_R 0.21 0.04 0.01
39_A 39_D 0.21 0.04 0.01
69_N 95_R 0.21 0.04 0.01
137_I 41_V 0.21 0.04 0.01
40_N 39_D 0.21 0.04 0.01
41_D 38_R 0.21 0.04 0.01
41_D 37_G 0.21 0.04 0.01
8_R 9_V 0.21 0.04 0.01
119_Q 119_T 0.20 0.04 0.01
36_G 144_L 0.20 0.04 0.01
22_E 15_H 0.20 0.04 0.01
17_R 20_E 0.20 0.04 0.01
144_G 143_R 0.20 0.04 0.01
232_E 221_N 0.19 0.04 0.01
229_K 224_E 0.19 0.04 0.01
37_I 191_V 0.19 0.04 0.01
220_N 215_Q 0.19 0.04 0.01
239_K 189_K 0.19 0.04 0.01
171_A 31_T 0.19 0.04 0.01
191_A 231_E 0.19 0.04 0.01
128_R 128_G 0.19 0.04 0.01
29_G 24_E 0.19 0.04 0.01
41_D 40_I 0.19 0.03 0.01
75_S 32_A 0.18 0.03 0.01
131_G 125_R 0.18 0.03 0.01
119_Q 120_Q 0.18 0.03 0.01
9_T 8_T 0.18 0.03 0.01
42_G 39_D 0.18 0.03 0.01
195_K 175_N 0.18 0.03 0.01
78_G 75_G 0.18 0.03 0.01
34_C 72_A 0.18 0.03 0.01
217_T 214_D 0.18 0.03 0.01
22_E 21_Y 0.18 0.03 0.01
208_A 204_K 0.18 0.03 0.01
10_T 7_I 0.18 0.03 0.01
24_A 21_Y 0.18 0.03 0.01
18_L 8_T 0.18 0.03 0.01
178_D 193_K 0.18 0.03 0.01
6_D 3_Y 0.18 0.03 0.01
23_Y 22_A 0.18 0.03 0.01
164_I 132_L 0.18 0.03 0.01
33_T 168_V 0.18 0.03 0.01
104_P 66_D 0.17 0.03 0.01
10_T 16_L 0.17 0.03 0.01
105_I 107_I 0.17 0.03 0.01
123_Q 116_Q 0.17 0.03 0.01
240_H 233_E 0.17 0.03 0.01
135_L 161_I 0.17 0.03 0.01
128_R 79_D 0.17 0.03 0.01
241_E 232_I 0.17 0.03 0.00
8_R 7_I 0.17 0.03 0.00
82_D 125_R 0.17 0.03 0.00
20_Q 21_Y 0.17 0.03 0.00
5_Y 4_D 0.17 0.03 0.00
104_P 68_N 0.17 0.03 0.00
23_Y 20_E 0.17 0.03 0.00
9_T 6_A 0.17 0.03 0.00
69_N 101_P 0.17 0.03 0.00
7_S 4_D 0.17 0.03 0.00
110_L 102_V 0.17 0.03 0.00
23_Y 18_Q 0.17 0.03 0.00
64_K 74_A 0.17 0.03 0.00
219_E 212_R 0.16 0.03 0.00
13_S 12_P 0.16 0.03 0.00
5_Y 12_P 0.16 0.03 0.00
20_Q 14_G 0.16 0.03 0.00
71_D 101_P 0.16 0.03 0.00
68_L 71_M 0.16 0.03 0.00
231_K 221_N 0.16 0.03 0.00
142_H 140_G 0.16 0.03 0.00
192_L 175_N 0.16 0.03 0.00
53_H 53_L 0.16 0.03 0.00
14_P 11_S 0.15 0.03 0.00
239_K 233_E 0.15 0.03 0.00
190_L 208_L 0.15 0.03 0.00
178_D 190_L 0.15 0.03 0.00
175_L 129_I 0.15 0.03 0.00
6_D 5_R 0.15 0.03 0.00
118_K 147_T 0.15 0.03 0.00
132_V 172_L 0.15 0.03 0.00
213_I 188_I 0.15 0.03 0.00
241_E 231_E 0.15 0.03 0.00
13_S 3_Y 0.15 0.03 0.00
16_G 18_Q 0.15 0.03 0.00
131_G 79_D 0.15 0.03 0.00
77_A 61_K 0.15 0.03 0.00
74_C 65_L 0.15 0.03 0.00
14_P 3_Y 0.15 0.03 0.00
150_S 115_K 0.15 0.03 0.00
32_G 27_K 0.15 0.03 0.00
39_A 40_I 0.15 0.03 0.00
144_G 137_D 0.15 0.03 0.00
12_F 14_G 0.14 0.03 0.00
40_N 179_E 0.14 0.03 0.00
229_K 223_E 0.14 0.03 0.00
82_D 128_G 0.14 0.03 0.00
7_S 7_I 0.14 0.03 0.00
183_E 38_R 0.14 0.03 0.00
189_A 40_I 0.14 0.03 0.00
217_T 213_R 0.14 0.03 0.00
16_G 10_F 0.14 0.03 0.00
126_G 122_N 0.14 0.03 0.00
123_Q 119_T 0.14 0.03 0.00
9_T 5_R 0.14 0.03 0.00
42_G 187_T 0.14 0.03 0.00
21_V 21_Y 0.14 0.03 0.00
19_Y 11_S 0.14 0.03 0.00
131_G 149_P 0.14 0.03 0.00
19_Y 12_P 0.14 0.03 0.00
14_P 17_F 0.14 0.03 0.00
21_V 20_E 0.14 0.03 0.00
194_I 206_I 0.14 0.03 0.00
151_D 23_Q 0.14 0.03 0.00
238_K 233_E 0.14 0.03 0.00
218_R 212_R 0.14 0.03 0.00
26_E 25_A 0.14 0.03 0.00
203_V 198_V 0.14 0.03 0.00
22_E 19_V 0.14 0.03 0.00
208_A 226_E 0.14 0.03 0.00
93_I 110_Y 0.13 0.03 0.00
233_V 220_L 0.13 0.03 0.00
10_T 3_Y 0.13 0.03 0.00
192_L 171_F 0.13 0.03 0.00
236_L 227_K 0.13 0.03 0.00
124_F 117_R 0.13 0.03 0.00
3_R 6_A 0.13 0.03 0.00
212_E 47_K 0.13 0.03 0.00
10_T 9_V 0.13 0.03 0.00
13_S 17_F 0.13 0.03 0.00
126_G 120_Q 0.13 0.03 0.00
23_Y 19_V 0.13 0.03 0.00
152_P 150_S 0.13 0.03 0.00
42_G 37_G 0.13 0.03 0.00
3_R 5_R 0.13 0.03 0.00
5_Y 11_S 0.13 0.03 0.00
152_P 128_G 0.13 0.03 0.00
235_Q 223_E 0.13 0.03 0.00
235_Q 228_Y 0.13 0.03 0.00
120_A 121_S 0.13 0.03 0.00
123_Q 123_G 0.13 0.03 0.00
153_S 149_P 0.13 0.03 0.00
122_T 120_Q 0.13 0.03 0.00
24_A 20_E 0.13 0.03 0.00
13_S 4_D 0.13 0.03 0.00
105_I 101_P 0.13 0.03 0.00
4_R 6_A 0.13 0.03 0.00
240_H 231_E 0.13 0.03 0.00
11_I 8_T 0.13 0.03 0.00
228_L 208_L 0.13 0.03 0.00
6_D 11_S 0.13 0.03 0.00
8_R 1_M 0.13 0.03 0.00
230_Q 221_N 0.13 0.03 0.00
231_K 227_K 0.13 0.03 0.00
26_E 21_Y 0.13 0.03 0.00
228_L 225_I 0.13 0.03 0.00
149_Q 156_W 0.13 0.03 0.00
22_E 22_A 0.13 0.03 0.00
104_P 102_V 0.13 0.03 0.00
178_D 171_F 0.13 0.03 0.00
189_A 35_V 0.12 0.03 0.00
236_L 232_I 0.12 0.03 0.00
204_S 199_V 0.12 0.03 0.00
223_T 216_S 0.12 0.03 0.00
13_S 14_G 0.12 0.03 0.00
239_K 1_M 0.12 0.03 0.00
77_A 161_I 0.12 0.03 0.00
139_W 213_R 0.12 0.03 0.00
15_E 12_P 0.12 0.03 0.00
164_I 74_A 0.12 0.03 0.00
239_K 232_I 0.12 0.02 0.00
19_Y 4_D 0.12 0.02 0.00
20_Q 22_A 0.12 0.02 0.00
135_L 144_L 0.12 0.02 0.00
205_K 183_T 0.12 0.02 0.00
162_T 132_L 0.12 0.02 0.00
21_V 18_Q 0.12 0.02 0.00
5_Y 8_T 0.12 0.02 0.00
135_L 159_N 0.12 0.02 0.00
20_Q 19_V 0.12 0.02 0.00
229_K 222_P 0.12 0.02 0.00
125_G 123_G 0.12 0.02 0.00
24_A 18_Q 0.12 0.02 0.00
186_L 39_D 0.12 0.02 0.00
11_I 7_I 0.12 0.02 0.00
104_P 95_R 0.12 0.02 0.00
87_T 63_C 0.12 0.02 0.00
26_E 27_K 0.12 0.02 0.00
113_A 90_E 0.12 0.02 0.00
6_D 19_V 0.12 0.02 0.00
33_T 164_G 0.12 0.02 0.00
8_R 4_D 0.12 0.02 0.00
211_V 192_I 0.12 0.02 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
WARNING: The input alignment may be corrupted!
  • Sequence A is very similar to Sequence B (HHΔ = 0.075), these maybe paralogs! HHΔ is a measure (0 to 1) of how different two alignments are (the larger the value the more different they are).
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