May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
mbom
Genes: A B A+B
Length: 1000 485 1396
Sequences: 3126 13022 975
Seq/Len: 3.13 26.85 0.7
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.56
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.00 0.21
2 0.02 0.00 0.48
5 0.02 0.02 0.58
10 0.03 0.04 0.63
20 0.03 0.06 0.66
100 0.06 0.14 0.86
∞ 0.17 0.21 1.32
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
265_V 80_L 1.50 0.67 0.00
731_D 178_V 1.29 0.50 0.00
699_R 237_L 1.28 0.48 0.00
264_D 292_I 1.23 0.44 0.00
265_V 203_Q 1.20 0.42 0.00
981_I 351_I 1.20 0.42 0.00
354_V 435_Q 1.20 0.42 0.00
12_A 89_A 1.19 0.41 0.00
193_L 178_V 1.16 0.39 0.00
785_L 262_N 1.15 0.38 0.00
304_K 319_L 1.14 0.37 0.00
357_L 448_D 1.14 0.37 0.00
357_L 311_A 1.14 0.37 0.00
695_L 74_L 1.14 0.37 0.00
367_I 446_I 1.12 0.36 0.00
61_V 324_G 1.12 0.35 0.00
306_I 143_L 1.11 0.35 0.00
856_Y 422_R 1.09 0.33 0.00
411_V 225_Q 1.08 0.33 0.00
251_L 385_E 1.08 0.32 0.00
785_L 189_Q 1.06 0.31 0.00
248_N 210_Q 1.05 0.31 0.00
798_V 189_Q 1.05 0.30 0.00
65_I 284_D 1.05 0.30 0.00
436_G 91_R 1.04 0.30 0.00
207_I 260_P 1.04 0.29 0.00
203_V 389_G 1.04 0.29 0.00
547_V 455_S 1.03 0.29 0.00
353_L 105_I 1.02 0.28 0.00
289_I 95_R 1.02 0.28 0.00
746_N 219_S 1.01 0.28 0.00
260_V 196_K 1.01 0.28 0.00
701_K 245_A 1.01 0.28 0.00
263_K 278_P 1.01 0.28 0.00
26_S 193_Q 1.01 0.27 0.00
790_V 351_I 1.00 0.27 0.00
186_I 393_R 1.00 0.27 0.00
45_V 250_A 0.99 0.26 0.00
740_V 440_T 0.99 0.26 0.00
61_V 374_Q 0.98 0.25 0.00
982_L 256_G 0.97 0.25 0.00
349_L 351_I 0.97 0.25 0.00
367_I 376_E 0.97 0.25 0.00
4_F 351_I 0.96 0.24 0.00
265_V 234_R 0.96 0.24 0.00
736_S 190_A 0.96 0.24 0.00
291_I 243_L 0.95 0.24 0.00
770_V 65_Q 0.95 0.24 0.00
175_F 352_F 0.95 0.24 0.00
518_R 351_I 0.95 0.24 0.00
790_V 105_I 0.94 0.23 0.00
76_R 401_Q 0.94 0.23 0.00
176_Q 292_I 0.94 0.23 0.00
531_V 410_S 0.94 0.23 0.00
260_V 395_T 0.94 0.23 0.00
798_V 157_L 0.94 0.23 0.00
379_T 140_A 0.94 0.23 0.00
306_I 378_A 0.93 0.23 0.00
61_V 95_R 0.93 0.22 0.00
761_F 263_L 0.92 0.22 0.00
854_V 309_A 0.92 0.22 0.00
308_Q 320_T 0.92 0.22 0.00
917_M 451_N 0.92 0.22 0.00
126_G 227_Q 0.92 0.22 0.00
308_Q 200_G 0.91 0.21 0.00
234_I 133_G 0.91 0.21 0.00
362_F 351_I 0.91 0.21 0.00
430_A 66_L 0.91 0.21 0.00
498_K 227_Q 0.91 0.21 0.00
1_M 262_N 0.91 0.21 0.00
192_K 343_F 0.90 0.21 0.00
531_V 363_Y 0.90 0.21 0.00
486_L 421_Y 0.90 0.21 0.00
207_I 376_E 0.90 0.21 0.00
45_V 215_V 0.90 0.21 0.00
651_A 371_N 0.90 0.20 0.00
810_Y 222_D 0.89 0.20 0.00
24_G 105_I 0.89 0.20 0.00
75_L 91_R 0.89 0.20 0.00
733_E 136_L 0.89 0.20 0.00
323_V 299_L 0.89 0.20 0.00
744_D 219_S 0.89 0.20 0.00
54_A 419_K 0.89 0.20 0.00
362_F 76_N 0.88 0.20 0.00
263_K 106_G 0.88 0.20 0.00
483_I 286_L 0.87 0.19 0.00
740_V 323_A 0.87 0.19 0.00
17_L 219_S 0.87 0.19 0.00
311_A 136_L 0.87 0.19 0.00
960_E 143_L 0.87 0.19 0.00
550_A 408_K 0.87 0.19 0.00
45_V 353_T 0.87 0.19 0.00
434_S 206_F 0.87 0.19 0.00
45_V 216_G 0.87 0.19 0.00
54_A 187_A 0.87 0.19 0.00
945_V 430_T 0.87 0.19 0.00
214_I 449_R 0.87 0.19 0.00
12_A 178_V 0.87 0.19 0.00
268_V 107_V 0.86 0.19 0.00
92_V 213_Y 0.86 0.19 0.00
92_V 431_L 0.86 0.19 0.00
388_F 325_T 0.86 0.19 0.00
186_I 136_L 0.86 0.19 0.00
260_V 446_I 0.86 0.19 0.00
607_S 220_A 0.86 0.19 0.00
209_A 170_A 0.85 0.18 0.00
19_I 70_I 0.85 0.18 0.00
198_L 207_D 0.85 0.18 0.00
604_S 401_Q 0.85 0.18 0.00
529_R 210_Q 0.85 0.18 0.00
242_T 427_N 0.85 0.18 0.00
381_G 296_E 0.85 0.18 0.00
792_N 254_L 0.85 0.18 0.00
792_N 353_T 0.85 0.18 0.00
609_V 114_Q 0.85 0.18 0.00
844_E 345_P 0.84 0.18 0.00
554_W 370_I 0.84 0.18 0.00
54_A 124_G 0.84 0.18 0.00
823_A 185_L 0.84 0.18 0.00
357_L 197_D 0.84 0.18 0.00
192_K 303_N 0.84 0.18 0.00
177_V 340_S 0.84 0.18 0.00
857_S 319_L 0.84 0.18 0.00
819_N 97_Q 0.84 0.18 0.00
316_F 136_L 0.84 0.18 0.00
312_N 101_L 0.84 0.17 0.00
572_L 432_L 0.84 0.17 0.00
285_P 378_A 0.84 0.17 0.00
234_I 329_Q 0.84 0.17 0.00
192_K 405_D 0.84 0.17 0.00
61_V 318_S 0.83 0.17 0.00
268_V 371_N 0.83 0.17 0.00
20_M 455_S 0.83 0.17 0.00
749_V 169_S 0.83 0.17 0.00
576_V 276_E 0.83 0.17 0.00
248_N 193_Q 0.83 0.17 0.00
262_L 93_Q 0.83 0.17 0.00
949_K 431_L 0.83 0.17 0.00
943_L 281_L 0.83 0.17 0.00
526_G 80_L 0.83 0.17 0.00
216_S 248_Q 0.83 0.17 0.00
422_E 107_V 0.83 0.17 0.00
366_L 346_S 0.83 0.17 0.00
813_P 365_K 0.82 0.17 0.00
684_L 369_D 0.82 0.17 0.00
249_I 115_R 0.82 0.17 0.00
443_V 66_L 0.82 0.17 0.00
495_T 234_R 0.82 0.17 0.00
952_H 376_E 0.82 0.17 0.00
900_V 260_P 0.82 0.17 0.00
20_M 68_Q 0.82 0.17 0.00
684_L 435_Q 0.82 0.17 0.00
242_T 220_A 0.82 0.17 0.00
651_A 100_D 0.82 0.17 0.00
61_V 409_A 0.82 0.17 0.00
142_V 358_R 0.82 0.17 0.00
422_E 293_L 0.82 0.17 0.00
363_R 414_Y 0.81 0.17 0.00
202_D 139_T 0.81 0.17 0.00
354_V 364_A 0.81 0.16 0.00
965_A 377_K 0.81 0.16 0.00
647_L 170_A 0.81 0.16 0.00
162_I 390_L 0.81 0.16 0.00
878_L 214_D 0.81 0.16 0.00
613_T 175_V 0.81 0.16 0.00
357_L 190_A 0.81 0.16 0.00
308_Q 241_T 0.81 0.16 0.00
714_R 68_Q 0.81 0.16 0.00
620_R 99_A 0.81 0.16 0.00
898_F 222_D 0.81 0.16 0.00
61_V 237_L 0.81 0.16 0.00
138_M 321_A 0.81 0.16 0.00
251_L 224_R 0.80 0.16 0.00
314_E 360_S 0.80 0.16 0.00
737_A 444_Q 0.80 0.16 0.00
218_Q 148_R 0.80 0.16 0.00
263_K 361_L 0.80 0.16 0.00
740_V 239_Q 0.80 0.16 0.00
530_G 455_S 0.80 0.16 0.00
459_F 212_S 0.80 0.16 0.00
790_V 346_S 0.80 0.16 0.00
798_V 178_V 0.80 0.16 0.00
785_L 99_A 0.80 0.16 0.00
574_A 131_Q 0.80 0.16 0.00
684_L 388_D 0.80 0.16 0.00
609_V 251_L 0.80 0.16 0.00
529_R 87_V 0.80 0.16 0.00
151_K 421_Y 0.80 0.15 0.00
436_G 374_Q 0.79 0.15 0.00
291_I 342_L 0.79 0.15 0.00
710_P 230_V 0.79 0.15 0.00
192_K 159_Q 0.79 0.15 0.00
11_F 218_A 0.79 0.15 0.00
629_I 292_I 0.79 0.15 0.00
349_L 143_L 0.79 0.15 0.00
197_Q 317_I 0.79 0.15 0.00
828_G 427_N 0.79 0.15 0.00
881_L 84_A 0.79 0.15 0.00
219_L 408_K 0.79 0.15 0.00
463_T 148_R 0.79 0.15 0.00
803_F 71_G 0.79 0.15 0.00
249_I 443_Q 0.79 0.15 0.00
531_V 343_F 0.79 0.15 0.00
265_V 279_A 0.79 0.15 0.00
232_A 323_A 0.79 0.15 0.00
266_A 459_L 0.79 0.15 0.00
556_F 429_L 0.79 0.15 0.00
549_V 450_L 0.79 0.15 0.00
543_L 222_D 0.79 0.15 0.00
186_I 341_W 0.78 0.15 0.00
933_T 73_A 0.78 0.15 0.00
193_L 310_R 0.78 0.15 0.00
370_I 426_D 0.78 0.15 0.00
745_I 248_Q 0.78 0.15 0.00
547_V 192_L 0.78 0.15 0.00
913_L 398_E 0.78 0.15 0.00
134_K 386_V 0.78 0.15 0.00
798_V 386_V 0.78 0.15 0.00
438_I 226_A 0.78 0.15 0.00
162_I 108_D 0.78 0.15 0.00
383_L 159_Q 0.78 0.15 0.00
175_F 136_L 0.78 0.15 0.00
311_A 351_I 0.78 0.15 0.00
264_D 230_V 0.78 0.15 0.00
209_A 404_R 0.78 0.15 0.00
487_I 351_I 0.78 0.15 0.00
198_L 465_G 0.78 0.15 0.00
962_A 71_G 0.77 0.15 0.00
646_E 77_N 0.77 0.15 0.00
262_L 211_R 0.77 0.15 0.00
362_F 88_E 0.77 0.15 0.00
985_V 222_D 0.77 0.15 0.00
749_V 71_G 0.77 0.15 0.00
13_W 212_S 0.77 0.14 0.00
706_A 196_K 0.77 0.14 0.00
198_L 328_R 0.77 0.14 0.00
682_L 193_Q 0.77 0.14 0.00
881_L 432_L 0.77 0.14 0.00
965_A 143_L 0.77 0.14 0.00
16_A 346_S 0.77 0.14 0.00
543_L 109_G 0.77 0.14 0.00
260_V 415_Q 0.77 0.14 0.00
211_N 182_Y 0.77 0.14 0.00
596_E 233_A 0.76 0.14 0.00
267_D 429_L 0.76 0.14 0.00
53_S 319_L 0.76 0.14 0.00
802_A 433_D 0.76 0.14 0.00
490_P 73_A 0.76 0.14 0.00
546_V 361_L 0.76 0.14 0.00
653_M 193_Q 0.76 0.14 0.00
806_G 161_L 0.76 0.14 0.00
203_V 304_A 0.76 0.14 0.00
629_I 363_Y 0.76 0.14 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 1.04 seconds.