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OPENSEQ.org
cIp_9_40_cIV_III_60_human
Genes: A B A+B
Length: 210 261 418
Sequences: 185 2281 57
Seq/Len: 0.88 8.74 0.14
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.88
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.01 0.00
2 0.01 0.01 0.00
5 0.01 0.01 0.00
10 0.01 0.01 0.00
20 0.01 0.01 0.01
100 0.01 0.01 0.01
∞ 0.01 0.01 0.12
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
137_S 254_V 1.88 0.44 0.00
194_K 51_T 1.58 0.29 0.00
71_T 97_F 1.54 0.27 0.00
137_S 127_L 1.48 0.25 0.00
59_L 196_T 1.48 0.25 0.00
130_A 50_N 1.46 0.23 0.00
129_E 104_S 1.42 0.22 0.00
76_F 213_T 1.41 0.22 0.00
60_L 42_L 1.40 0.21 0.00
148_T 258_W 1.39 0.21 0.00
183_Y 23_S 1.37 0.20 0.00
165_I 16_W 1.32 0.19 0.00
64_L 97_F 1.31 0.18 0.00
91_L 23_S 1.28 0.17 0.00
182_L 152_M 1.27 0.17 0.00
203_I 10_M 1.26 0.17 0.00
129_E 27_M 1.25 0.16 0.00
186_E 175_L 1.24 0.16 0.00
70_M 45_L 1.24 0.16 0.00
197_A 63_R 1.23 0.16 0.00
66_R 54_M 1.23 0.16 0.00
59_L 28_T 1.22 0.15 0.00
171_F 32_T 1.22 0.15 0.00
70_M 224_M 1.21 0.15 0.00
129_E 15_P 1.21 0.15 0.00
137_S 110_P 1.20 0.15 0.00
201_A 195_S 1.20 0.15 0.00
70_M 75_V 1.19 0.15 0.00
132_P 24_A 1.18 0.14 0.00
58_T 176_L 1.17 0.14 0.00
173_F 256_I 1.16 0.14 0.00
59_L 182_F 1.16 0.14 0.00
131_E 258_W 1.15 0.14 0.00
68_L 97_F 1.14 0.13 0.00
71_T 191_G 1.14 0.13 0.00
137_S 195_S 1.14 0.13 0.00
186_E 44_M 1.13 0.13 0.00
77_R 135_S 1.13 0.13 0.00
194_K 157_N 1.13 0.13 0.00
202_N 131_L 1.11 0.13 0.00
66_R 29_S 1.11 0.12 0.00
157_Q 58_W 1.10 0.12 0.00
195_W 118_P 1.08 0.12 0.00
169_P 131_L 1.08 0.12 0.00
184_N 84_I 1.07 0.12 0.00
58_T 159_M 1.07 0.12 0.00
203_I 11_V 1.07 0.12 0.00
91_L 18_L 1.06 0.12 0.00
177_T 9_H 1.06 0.12 0.00
91_L 68_Q 1.06 0.12 0.00
55_A 136_V 1.06 0.12 0.00
73_S 73_P 1.06 0.11 0.00
186_E 20_G 1.06 0.11 0.00
191_N 209_I 1.06 0.11 0.00
186_E 19_T 1.05 0.11 0.00
168_G 71_H 1.05 0.11 0.00
124_Q 6_H 1.05 0.11 0.00
157_Q 259_W 1.05 0.11 0.00
129_E 132_L 1.05 0.11 0.00
67_G 176_L 1.05 0.11 0.00
129_E 60_D 1.04 0.11 0.00
132_P 50_N 1.04 0.11 0.00
186_E 59_R 1.03 0.11 0.00
184_N 258_W 1.03 0.11 0.00
164_A 152_M 1.03 0.11 0.00
60_L 32_T 1.03 0.11 0.00
129_E 166_T 1.03 0.11 0.00
86_F 76_Q 1.03 0.11 0.00
59_L 178_A 1.03 0.11 0.00
164_A 72_T 1.02 0.11 0.00
186_E 55_Y 1.02 0.11 0.00
63_E 100_A 1.01 0.10 0.00
198_E 128_E 1.01 0.10 0.00
52_T 27_M 1.01 0.10 0.00
66_R 165_I 1.01 0.10 0.00
208_L 54_M 1.01 0.10 0.00
169_P 9_H 1.00 0.10 0.00
75_L 231_H 1.00 0.10 0.00
182_L 74_P 1.00 0.10 0.00
70_M 179_S 0.99 0.10 0.00
78_E 229_S 0.99 0.10 0.00
62_T 115_H 0.99 0.10 0.00
202_N 144_I 0.99 0.10 0.00
173_F 174_T 0.99 0.10 0.00
148_T 38_H 0.99 0.10 0.00
157_Q 101_F 0.99 0.10 0.00
64_L 258_W 0.99 0.10 0.00
60_L 128_E 0.99 0.10 0.00
183_Y 135_S 0.98 0.10 0.00
193_D 83_M 0.98 0.10 0.00
131_E 56_Q 0.98 0.10 0.00
202_N 149_H 0.98 0.10 0.00
68_L 187_T 0.98 0.10 0.00
54_R 73_P 0.98 0.10 0.00
207_Y 92_F 0.98 0.10 0.00
130_A 58_W 0.98 0.10 0.00
191_N 251_F 0.98 0.10 0.00
55_A 192_I 0.97 0.10 0.00
168_G 200_A 0.97 0.10 0.00
142_R 13_P 0.97 0.10 0.00
132_P 84_I 0.97 0.10 0.00
69_G 144_I 0.97 0.10 0.00
67_G 97_F 0.97 0.10 0.00
203_I 15_P 0.97 0.10 0.00
55_A 35_F 0.96 0.10 0.00
132_P 149_H 0.96 0.10 0.00
129_E 83_M 0.96 0.09 0.00
77_R 23_S 0.96 0.09 0.00
168_G 186_F 0.96 0.09 0.00
169_P 251_F 0.96 0.09 0.00
204_Q 220_I 0.96 0.09 0.00
68_L 136_V 0.96 0.09 0.00
183_Y 16_W 0.96 0.09 0.00
54_R 182_F 0.95 0.09 0.00
186_E 209_I 0.95 0.09 0.00
64_L 63_R 0.95 0.09 0.00
168_G 99_W 0.95 0.09 0.00
59_L 122_T 0.95 0.09 0.00
164_A 45_L 0.95 0.09 0.00
171_F 152_M 0.94 0.09 0.00
202_N 168_L 0.94 0.09 0.00
83_N 71_H 0.94 0.09 0.00
53_D 18_L 0.94 0.09 0.00
168_G 85_L 0.94 0.09 0.00
98_E 71_H 0.94 0.09 0.00
57_R 31_L 0.94 0.09 0.00
75_L 84_I 0.94 0.09 0.00
137_S 73_P 0.93 0.09 0.00
187_K 18_L 0.93 0.09 0.00
58_T 44_M 0.93 0.09 0.00
64_L 157_N 0.93 0.09 0.00
62_T 43_L 0.93 0.09 0.00
82_I 194_G 0.93 0.09 0.00
197_A 142_V 0.93 0.09 0.00
152_Y 54_M 0.92 0.09 0.00
201_A 110_P 0.92 0.09 0.00
168_G 101_F 0.92 0.09 0.00
201_A 48_L 0.92 0.09 0.00
134_T 176_L 0.92 0.09 0.00
91_L 28_T 0.92 0.09 0.00
187_K 36_H 0.92 0.09 0.00
91_L 44_M 0.92 0.09 0.00
198_E 131_L 0.92 0.09 0.00
99_H 130_P 0.91 0.09 0.00
202_N 157_N 0.91 0.09 0.00
82_I 248_V 0.91 0.09 0.00
64_L 191_G 0.91 0.09 0.00
173_F 165_I 0.91 0.09 0.00
183_Y 160_I 0.91 0.09 0.00
60_L 28_T 0.91 0.09 0.00
71_T 83_M 0.91 0.09 0.00
193_D 193_Y 0.91 0.08 0.00
183_Y 146_W 0.91 0.08 0.00
140_T 138_L 0.91 0.08 0.00
145_I 138_L 0.91 0.08 0.00
134_T 219_F 0.91 0.08 0.00
198_E 149_H 0.90 0.08 0.00
130_A 229_S 0.90 0.08 0.00
199_I 132_L 0.90 0.08 0.00
157_Q 106_L 0.90 0.08 0.00
68_L 195_S 0.90 0.08 0.00
120_I 6_H 0.90 0.08 0.00
168_G 11_V 0.90 0.08 0.00
124_Q 223_L 0.89 0.08 0.00
60_L 105_S 0.89 0.08 0.00
186_E 220_I 0.89 0.08 0.00
71_T 166_T 0.89 0.08 0.00
191_N 88_T 0.89 0.08 0.00
191_N 6_H 0.89 0.08 0.00
73_S 31_L 0.89 0.08 0.00
80_A 81_Y 0.89 0.08 0.00
190_N 254_V 0.89 0.08 0.00
65_F 110_P 0.89 0.08 0.00
193_D 233_F 0.88 0.08 0.00
159_A 167_I 0.88 0.08 0.00
171_F 223_L 0.88 0.08 0.00
186_E 68_Q 0.88 0.08 0.00
77_R 3_H 0.88 0.08 0.00
67_G 59_R 0.88 0.08 0.00
83_N 234_G 0.88 0.08 0.00
84_Y 24_A 0.88 0.08 0.00
131_E 65_S 0.88 0.08 0.00
129_E 143_S 0.88 0.08 0.00
64_L 158_Q 0.88 0.08 0.00
169_P 106_L 0.88 0.08 0.00
60_L 27_M 0.88 0.08 0.00
182_L 107_A 0.88 0.08 0.00
197_A 54_M 0.87 0.08 0.00
75_L 220_I 0.87 0.08 0.00
63_E 184_S 0.87 0.08 0.00
203_I 72_T 0.87 0.08 0.00
147_M 167_I 0.87 0.08 0.00
63_E 191_G 0.87 0.08 0.00
58_T 187_T 0.87 0.08 0.00
95_F 193_Y 0.87 0.08 0.00
186_E 16_W 0.87 0.08 0.00
181_L 13_P 0.87 0.08 0.00
204_Q 63_R 0.87 0.08 0.00
67_G 62_T 0.87 0.08 0.00
84_Y 258_W 0.87 0.08 0.00
98_E 218_C 0.87 0.08 0.00
53_D 10_M 0.87 0.08 0.00
53_D 139_A 0.86 0.08 0.00
198_E 34_W 0.86 0.08 0.00
131_E 1_M 0.86 0.08 0.00
203_I 261_S 0.86 0.08 0.00
170_N 218_C 0.86 0.08 0.00
168_G 218_C 0.86 0.08 0.00
180_E 136_V 0.86 0.08 0.00
159_A 72_T 0.86 0.08 0.00
194_K 206_L 0.86 0.08 0.00
152_Y 188_I 0.86 0.08 0.00
98_E 200_A 0.86 0.08 0.00
175_T 108_P 0.86 0.08 0.00
168_G 9_H 0.86 0.08 0.00
186_E 36_H 0.86 0.08 0.00
179_E 107_A 0.86 0.08 0.00
177_T 6_H 0.85 0.08 0.00
98_E 186_F 0.85 0.08 0.00
66_R 26_L 0.85 0.08 0.00
98_E 76_Q 0.85 0.08 0.00
177_T 218_C 0.85 0.07 0.00
54_R 216_T 0.85 0.07 0.00
177_T 54_M 0.85 0.07 0.00
186_E 62_T 0.85 0.07 0.00
194_K 150_S 0.85 0.07 0.00
179_E 234_G 0.85 0.07 0.00
120_I 226_H 0.85 0.07 0.00
176_E 92_F 0.85 0.07 0.00
88_K 44_M 0.85 0.07 0.00
120_I 43_L 0.84 0.07 0.00
168_G 105_S 0.84 0.07 0.00
170_N 234_G 0.84 0.07 0.00
147_M 54_M 0.84 0.07 0.00
179_E 99_W 0.84 0.07 0.00
177_T 106_L 0.84 0.07 0.00
89_G 23_S 0.84 0.07 0.00
71_T 258_W 0.84 0.07 0.00
129_E 152_M 0.84 0.07 0.00
168_G 214_F 0.83 0.07 0.00
105_P 179_S 0.83 0.07 0.00
77_R 125_N 0.83 0.07 0.00
164_A 21_A 0.83 0.07 0.00
202_N 238_A 0.83 0.07 0.00
74_Y 53_T 0.83 0.07 0.00
82_I 225_F 0.83 0.07 0.00
83_N 108_P 0.83 0.07 0.00
134_T 1_M 0.83 0.07 0.00
191_N 218_C 0.83 0.07 0.00
89_G 156_R 0.83 0.07 0.00
198_E 125_N 0.83 0.07 0.00
186_E 115_H 0.83 0.07 0.00
198_E 139_A 0.83 0.07 0.00
77_R 158_Q 0.83 0.07 0.00
98_E 99_W 0.83 0.07 0.00
170_N 71_H 0.83 0.07 0.00
60_L 142_V 0.83 0.07 0.00
58_T 77_K 0.82 0.07 0.00
182_L 168_L 0.82 0.07 0.00
137_S 183_E 0.82 0.07 0.00
75_L 162_A 0.82 0.07 0.00
82_I 108_P 0.82 0.07 0.00
80_A 131_L 0.82 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
6073 0.6 cIp_9_60_cIV_III_40_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.13 Done - Shared
6070 0.14 cIp_9_40_cIV_III_60_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-60, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
5699 0.58 cIp_9_40_cIV_III_60_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-60, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.10 Done - Shared
5696 0.62 cIp_9_40_cIV_III_20_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.01 Done - Shared
5693 0.58 cIp_9_20_cIV_III_40_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.09 Done - Shared
5692 0.6 cIp_9_40_cIV_III_40_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.14 Done - Shared
5691 0.17 cIp_9_4_cIV_III_4_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
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