May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
PCC Me
Genes: A B A+B
Length: 667 510 1123
Sequences: 2719 3878 1460
Seq/Len: 4.08 7.6 1.3
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.69
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.01 0.59
2 0.01 0.01 0.90
5 0.01 0.01 1.08
10 0.01 0.01 1.20
20 0.02 0.02 1.24
100 0.04 0.04 1.27
∞ 0.13 0.13 1.32
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
659_V 369_A 1.56 0.86 0.16
445_F 214_A 1.42 0.78 0.11
479_N 317_R 1.23 0.63 0.06
100_I 230_N 1.21 0.61 0.06
7_I 286_L 1.19 0.59 0.06
502_V 53_M 1.18 0.58 0.05
383_I 322_V 1.17 0.57 0.05
106_N 123_I 1.12 0.53 0.04
618_Q 308_I 1.09 0.49 0.04
5_I 182_F 1.08 0.48 0.04
239_I 23_R 1.07 0.47 0.04
445_F 227_S 1.04 0.44 0.03
664_L 314_V 1.01 0.41 0.03
277_V 218_T 1.00 0.40 0.03
130_T 332_V 1.00 0.40 0.03
375_T 286_L 0.99 0.39 0.03
306_L 397_I 0.98 0.38 0.03
339_V 480_H 0.98 0.38 0.03
209_I 501_P 0.96 0.37 0.03
196_R 214_A 0.96 0.36 0.02
646_I 402_F 0.94 0.35 0.02
493_S 484_K 0.94 0.34 0.02
378_E 272_L 0.94 0.34 0.02
361_P 433_K 0.93 0.34 0.02
351_S 397_I 0.93 0.34 0.02
4_K 218_T 0.91 0.32 0.02
656_S 178_T 0.91 0.32 0.02
626_L 271_T 0.90 0.31 0.02
121_K 123_I 0.90 0.31 0.02
335_V 20_G 0.89 0.31 0.02
103_I 446_D 0.89 0.30 0.02
666_F 237_Q 0.89 0.30 0.02
108_G 396_I 0.88 0.30 0.02
383_I 388_Q 0.88 0.30 0.02
20_T 380_A 0.88 0.29 0.02
170_I 75_V 0.88 0.29 0.02
500_E 40_E 0.87 0.29 0.02
419_G 206_V 0.86 0.28 0.02
182_A 45_H 0.86 0.28 0.02
287_L 193_T 0.86 0.28 0.02
21_A 205_V 0.85 0.27 0.02
313_I 182_F 0.85 0.27 0.02
267_N 230_N 0.85 0.27 0.02
15_C 273_I 0.85 0.27 0.02
376_G 181_I 0.84 0.27 0.02
484_G 226_G 0.84 0.26 0.02
361_P 398_T 0.84 0.26 0.01
627_A 484_K 0.84 0.26 0.01
231_I 76_T 0.83 0.26 0.01
131_V 37_E 0.83 0.26 0.01
267_N 232_V 0.83 0.26 0.01
194_D 373_G 0.83 0.26 0.01
231_I 183_M 0.83 0.25 0.01
660_D 408_V 0.83 0.25 0.01
72_Q 123_I 0.83 0.25 0.01
62_L 293_E 0.83 0.25 0.01
250_E 230_N 0.82 0.25 0.01
23_K 182_F 0.82 0.25 0.01
101_V 272_L 0.82 0.25 0.01
643_D 377_K 0.82 0.25 0.01
194_D 118_M 0.81 0.24 0.01
609_V 358_F 0.81 0.24 0.01
215_G 464_P 0.81 0.24 0.01
339_V 162_V 0.81 0.24 0.01
51_I 285_E 0.81 0.24 0.01
65_K 229_E 0.81 0.24 0.01
361_P 117_K 0.80 0.23 0.01
371_V 17_L 0.80 0.23 0.01
424_I 322_V 0.80 0.23 0.01
371_V 210_E 0.80 0.23 0.01
113_M 296_F 0.80 0.23 0.01
71_K 510_L 0.79 0.23 0.01
484_G 180_F 0.79 0.23 0.01
416_A 20_G 0.79 0.22 0.01
374_D 269_L 0.79 0.22 0.01
445_F 302_A 0.78 0.22 0.01
648_K 37_E 0.78 0.22 0.01
391_I 207_T 0.78 0.22 0.01
244_S 495_T 0.78 0.22 0.01
183_R 215_K 0.78 0.22 0.01
503_V 16_R 0.78 0.22 0.01
160_S 64_M 0.78 0.22 0.01
343_D 290_V 0.78 0.22 0.01
209_I 15_A 0.77 0.21 0.01
446_I 364_F 0.77 0.21 0.01
55_P 476_V 0.77 0.21 0.01
649_I 193_T 0.77 0.21 0.01
41_H 207_T 0.76 0.21 0.01
150_E 88_L 0.76 0.21 0.01
635_E 191_F 0.76 0.21 0.01
5_I 489_A 0.76 0.21 0.01
375_T 378_H 0.76 0.21 0.01
262_L 193_T 0.76 0.21 0.01
315_V 160_I 0.76 0.20 0.01
95_L 302_A 0.76 0.20 0.01
221_V 84_R 0.76 0.20 0.01
209_I 60_T 0.76 0.20 0.01
449_E 390_T 0.76 0.20 0.01
642_R 356_V 0.76 0.20 0.01
239_I 397_I 0.76 0.20 0.01
424_I 206_V 0.75 0.20 0.01
65_K 301_A 0.75 0.20 0.01
179_E 154_S 0.75 0.20 0.01
242_A 356_V 0.75 0.20 0.01
66_I 22_K 0.74 0.20 0.01
103_I 415_G 0.74 0.20 0.01
626_L 232_V 0.74 0.20 0.01
64_E 322_V 0.74 0.20 0.01
78_V 33_L 0.74 0.19 0.01
436_W 408_V 0.74 0.19 0.01
95_L 52_D 0.74 0.19 0.01
333_W 193_T 0.73 0.19 0.01
144_A 321_F 0.73 0.19 0.01
662_V 76_T 0.73 0.19 0.01
619_E 402_F 0.73 0.19 0.01
425_P 182_F 0.73 0.19 0.01
351_S 362_P 0.73 0.19 0.01
523_V 119_R 0.73 0.19 0.01
335_V 45_H 0.73 0.19 0.01
658_A 20_G 0.73 0.19 0.01
647_S 123_I 0.73 0.19 0.01
287_L 349_N 0.73 0.19 0.01
611_Q 275_D 0.73 0.19 0.01
449_E 230_N 0.73 0.19 0.01
24_M 492_M 0.73 0.19 0.01
606_P 198_V 0.73 0.19 0.01
289_M 378_H 0.73 0.19 0.01
303_I 394_V 0.73 0.19 0.01
5_I 69_I 0.73 0.19 0.01
343_D 68_K 0.73 0.19 0.01
166_K 337_A 0.73 0.19 0.01
120_K 271_T 0.73 0.18 0.01
626_L 288_R 0.73 0.18 0.01
614_V 487_A 0.72 0.18 0.01
368_G 281_Y 0.72 0.18 0.01
426_F 280_P 0.72 0.18 0.01
303_I 286_L 0.72 0.18 0.01
169_R 285_E 0.72 0.18 0.01
254_K 215_K 0.72 0.18 0.01
211_I 335_S 0.72 0.18 0.01
19_K 193_T 0.72 0.18 0.01
66_I 272_L 0.72 0.18 0.01
400_T 394_V 0.72 0.18 0.01
351_S 437_E 0.72 0.18 0.01
45_A 377_K 0.72 0.18 0.01
44_M 322_V 0.72 0.18 0.01
595_A 402_F 0.71 0.18 0.01
394_L 232_V 0.71 0.18 0.01
194_D 84_R 0.71 0.18 0.01
67_I 243_D 0.71 0.18 0.01
161_A 205_V 0.71 0.18 0.01
261_A 232_V 0.71 0.18 0.01
68_D 267_K 0.71 0.18 0.01
279_G 303_Y 0.71 0.17 0.01
228_E 408_V 0.71 0.17 0.01
287_L 148_R 0.71 0.17 0.01
103_I 69_I 0.71 0.17 0.01
371_V 46_G 0.71 0.17 0.01
603_C 222_S 0.71 0.17 0.01
394_L 236_L 0.71 0.17 0.01
119_S 45_H 0.71 0.17 0.01
622_N 207_T 0.71 0.17 0.01
194_D 73_G 0.71 0.17 0.01
93_K 500_Q 0.70 0.17 0.01
67_I 446_D 0.70 0.17 0.01
283_S 219_S 0.70 0.17 0.01
348_F 364_F 0.70 0.17 0.01
410_T 237_Q 0.70 0.17 0.01
420_I 17_L 0.70 0.17 0.01
601_L 268_S 0.70 0.17 0.01
187_E 389_A 0.70 0.17 0.01
652_K 22_K 0.70 0.17 0.01
430_L 129_G 0.70 0.17 0.01
394_L 273_I 0.70 0.17 0.01
78_V 22_K 0.70 0.17 0.01
446_I 306_N 0.70 0.17 0.01
86_S 129_G 0.70 0.17 0.01
160_S 464_P 0.70 0.17 0.01
78_V 410_A 0.70 0.17 0.01
646_I 74_V 0.70 0.17 0.01
29_V 286_L 0.70 0.17 0.01
371_V 272_L 0.69 0.17 0.01
219_G 377_K 0.69 0.17 0.01
313_I 353_I 0.69 0.17 0.01
1_M 443_E 0.69 0.17 0.01
211_I 309_T 0.69 0.17 0.01
122_A 408_V 0.69 0.17 0.01
377_V 164_M 0.69 0.17 0.01
615_S 88_L 0.69 0.17 0.01
330_L 210_E 0.69 0.17 0.01
426_F 57_H 0.69 0.16 0.01
153_Y 31_G 0.69 0.16 0.01
606_P 304_A 0.69 0.16 0.01
54_A 303_Y 0.69 0.16 0.01
89_E 86_V 0.69 0.16 0.01
213_V 205_V 0.69 0.16 0.01
119_S 161_S 0.69 0.16 0.01
434_P 272_L 0.69 0.16 0.01
97_E 301_A 0.69 0.16 0.01
467_L 269_L 0.68 0.16 0.01
109_A 313_R 0.68 0.16 0.01
627_A 125_I 0.68 0.16 0.01
383_I 229_E 0.68 0.16 0.01
18_I 377_K 0.68 0.16 0.01
375_T 225_D 0.68 0.16 0.01
126_A 310_G 0.68 0.16 0.01
431_M 37_E 0.68 0.16 0.01
203_I 342_A 0.68 0.16 0.01
221_V 242_L 0.68 0.16 0.01
151_I 500_Q 0.68 0.16 0.01
255_M 231_D 0.68 0.16 0.01
161_A 117_K 0.67 0.16 0.01
446_I 271_T 0.67 0.16 0.01
78_V 84_R 0.67 0.16 0.01
89_E 302_A 0.67 0.16 0.01
115_D 317_R 0.67 0.15 0.01
34_D 355_I 0.67 0.15 0.01
608_L 394_V 0.67 0.15 0.01
412_L 320_G 0.67 0.15 0.01
239_I 428_A 0.67 0.15 0.01
179_E 364_F 0.67 0.15 0.01
320_K 277_P 0.67 0.15 0.01
131_V 206_V 0.67 0.15 0.01
384_A 51_F 0.67 0.15 0.01
606_P 178_T 0.67 0.15 0.01
347_N 123_I 0.67 0.15 0.01
89_E 220_K 0.67 0.15 0.01
209_I 272_L 0.67 0.15 0.01
479_N 251_E 0.67 0.15 0.01
251_T 35_A 0.66 0.15 0.01
107_P 76_T 0.66 0.15 0.01
239_I 293_E 0.66 0.15 0.01
394_L 296_F 0.66 0.15 0.01
161_A 166_P 0.66 0.15 0.01
266_V 338_S 0.66 0.15 0.01
340_Y 177_M 0.66 0.15 0.01
287_L 359_V 0.66 0.15 0.01
4_K 216_V 0.66 0.15 0.01
66_I 51_F 0.66 0.15 0.01
156_M 198_V 0.66 0.15 0.01
313_I 309_T 0.66 0.15 0.01
390_M 199_K 0.66 0.15 0.01
395_V 345_V 0.66 0.15 0.01
389_P 384_F 0.66 0.15 0.01
280_Q 301_A 0.65 0.14 0.01
179_E 352_S 0.65 0.14 0.01
131_V 322_V 0.65 0.14 0.01
181_F 350_A 0.65 0.14 0.01
631_A 382_L 0.65 0.14 0.01
68_D 199_K 0.65 0.14 0.01
332_G 391_V 0.65 0.14 0.01
67_I 267_K 0.65 0.14 0.01
653_E 81_V 0.65 0.14 0.01
355_L 313_R 0.65 0.14 0.01
383_I 119_R 0.65 0.14 0.01
201_K 312_G 0.65 0.14 0.01
55_P 302_A 0.65 0.14 0.01
499_R 484_K 0.65 0.14 0.01
445_F 378_H 0.65 0.14 0.01
166_K 176_A 0.65 0.14 0.01
27_K 182_F 0.65 0.14 0.01
287_L 368_T 0.65 0.14 0.01
389_P 145_E 0.65 0.14 0.01
333_W 203_N 0.65 0.14 0.01
7_I 268_S 0.64 0.14 0.01
406_E 394_V 0.64 0.14 0.01
223_Y 166_P 0.64 0.14 0.01
97_E 510_L 0.64 0.14 0.01
250_E 332_V 0.64 0.14 0.01
115_D 220_K 0.64 0.14 0.01
636_N 338_S 0.64 0.14 0.01
253_R 236_L 0.64 0.14 0.01
4_K 281_Y 0.64 0.14 0.01
247_L 388_Q 0.64 0.14 0.01
115_D 39_I 0.64 0.14 0.01
78_V 321_F 0.64 0.14 0.01
285_Y 185_R 0.64 0.14 0.01
100_I 372_Y 0.64 0.14 0.01
226_E 286_L 0.64 0.14 0.01
206_P 381_K 0.64 0.14 0.01
395_V 356_V 0.64 0.14 0.01
179_E 39_I 0.64 0.14 0.01
96_A 269_L 0.64 0.14 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 1.3649 seconds.