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OPENSEQ.org
FliH_FliM_third_attempt
Genes: A B A+B
Length: 235 334 550
Sequences: 474 955 304
Seq/Len: 2.02 2.86 0.55
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.79
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.01
5 0.00 0.00 0.42
10 0.00 0.00 0.52
20 0.00 0.00 0.53
100 0.00 0.00 0.55
∞ 0.01 0.02 0.59
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
201_L 91_E 1.54 0.62 0.00
132_L 57_I 1.51 0.60 0.00
161_E 185_Q 1.48 0.58 0.00
231_A 11_I 1.42 0.53 0.00
180_V 292_I 1.41 0.52 0.00
197_G 278_L 1.33 0.46 0.00
158_L 89_Y 1.30 0.44 0.00
154_I 316_R 1.28 0.42 0.00
50_E 261_L 1.27 0.41 0.00
54_L 198_I 1.25 0.40 0.00
116_L 230_L 1.24 0.39 0.00
205_G 128_D 1.23 0.38 0.00
206_C 56_I 1.22 0.38 0.00
143_P 199_V 1.20 0.36 0.00
223_W 92_F 1.20 0.36 0.00
159_Q 316_R 1.18 0.35 0.00
188_L 137_F 1.18 0.35 0.00
223_W 165_Y 1.18 0.35 0.00
170_L 130_L 1.18 0.35 0.00
62_G 119_S 1.18 0.34 0.00
205_G 38_Y 1.17 0.34 0.00
77_Q 315_L 1.16 0.33 0.00
166_G 89_Y 1.15 0.32 0.00
93_Q 283_V 1.15 0.32 0.00
156_Q 157_M 1.14 0.32 0.00
4_E 278_L 1.14 0.32 0.00
232_P 304_S 1.13 0.31 0.00
125_S 104_L 1.13 0.31 0.00
220_A 160_L 1.13 0.31 0.00
206_C 209_G 1.12 0.31 0.00
172_V 266_A 1.12 0.30 0.00
102_H 84_I 1.12 0.30 0.00
194_R 84_I 1.12 0.30 0.00
132_L 84_I 1.12 0.30 0.00
154_I 187_K 1.12 0.30 0.00
157_L 97_P 1.12 0.30 0.00
169_Q 84_I 1.10 0.29 0.00
26_E 287_E 1.09 0.28 0.00
206_C 128_D 1.08 0.28 0.00
205_G 208_I 1.08 0.28 0.00
62_G 105_I 1.08 0.28 0.00
53_Q 321_I 1.08 0.28 0.00
85_Q 180_V 1.07 0.27 0.00
168_P 79_I 1.07 0.27 0.00
223_W 218_C 1.07 0.27 0.00
210_A 177_V 1.06 0.26 0.00
15_L 38_Y 1.05 0.26 0.00
155_Q 137_F 1.05 0.26 0.00
79_Y 9_A 1.05 0.26 0.00
210_A 208_I 1.05 0.26 0.00
49_Q 275_I 1.05 0.26 0.00
208_V 31_S 1.04 0.26 0.00
41_L 24_E 1.04 0.25 0.00
47_L 185_Q 1.04 0.25 0.00
164_F 261_L 1.04 0.25 0.00
90_G 165_Y 1.04 0.25 0.00
143_P 197_D 1.03 0.25 0.00
55_K 163_E 1.02 0.24 0.00
7_W 278_L 1.02 0.24 0.00
186_A 280_P 1.01 0.24 0.00
219_V 24_E 1.01 0.24 0.00
112_F 56_I 1.01 0.23 0.00
223_W 181_R 1.01 0.23 0.00
157_L 185_Q 1.00 0.23 0.00
66_G 74_R 1.00 0.23 0.00
123_I 137_F 1.00 0.23 0.00
86_G 222_S 0.99 0.23 0.00
109_V 35_I 0.99 0.23 0.00
95_Q 240_R 0.99 0.22 0.00
87_L 69_L 0.99 0.22 0.00
124_A 92_F 0.99 0.22 0.00
154_I 189_T 0.99 0.22 0.00
150_L 293_I 0.99 0.22 0.00
205_G 199_V 0.98 0.22 0.00
210_A 254_V 0.98 0.22 0.00
170_L 79_I 0.98 0.22 0.00
198_D 275_I 0.98 0.22 0.00
201_L 273_S 0.98 0.22 0.00
218_S 75_R 0.97 0.21 0.00
206_C 112_G 0.97 0.21 0.00
96_T 286_I 0.97 0.21 0.00
127_L 287_E 0.97 0.21 0.00
168_P 127_V 0.97 0.21 0.00
212_E 57_I 0.97 0.21 0.00
184_L 160_L 0.97 0.21 0.00
94_A 279_K 0.96 0.21 0.00
217_A 188_F 0.96 0.21 0.00
157_L 52_Q 0.96 0.21 0.00
105_M 119_S 0.96 0.21 0.00
230_A 266_A 0.96 0.21 0.00
12_P 296_V 0.95 0.20 0.00
128_M 198_I 0.95 0.20 0.00
207_K 224_I 0.95 0.20 0.00
49_Q 286_I 0.94 0.20 0.00
181_E 321_I 0.94 0.20 0.00
220_A 305_Q 0.94 0.20 0.00
158_L 308_T 0.94 0.20 0.00
105_M 17_G 0.94 0.20 0.00
213_G 210_N 0.94 0.20 0.00
54_L 184_M 0.94 0.20 0.00
158_L 168_A 0.94 0.20 0.00
193_W 177_V 0.94 0.20 0.00
221_T 217_I 0.93 0.20 0.00
92_A 321_I 0.93 0.19 0.00
82_G 179_Y 0.93 0.19 0.00
199_P 78_D 0.93 0.19 0.00
137_Q 126_A 0.93 0.19 0.00
60_E 268_I 0.93 0.19 0.00
63_Y 278_L 0.93 0.19 0.00
12_P 302_L 0.92 0.19 0.00
6_P 153_V 0.92 0.19 0.00
223_W 120_P 0.92 0.19 0.00
155_Q 229_E 0.92 0.19 0.00
142_T 141_V 0.92 0.19 0.00
137_Q 79_I 0.92 0.18 0.00
24_P 283_V 0.92 0.18 0.00
198_D 263_A 0.92 0.18 0.00
123_I 227_L 0.91 0.18 0.00
223_W 188_F 0.91 0.18 0.00
224_Q 292_I 0.91 0.18 0.00
62_G 55_E 0.91 0.18 0.00
155_Q 126_A 0.91 0.18 0.00
112_F 208_I 0.91 0.18 0.00
15_L 128_D 0.91 0.18 0.00
51_L 284_L 0.91 0.18 0.00
96_T 173_N 0.90 0.18 0.00
44_E 155_N 0.90 0.18 0.00
61_Q 284_L 0.90 0.18 0.00
213_G 185_Q 0.90 0.18 0.00
205_G 266_A 0.90 0.18 0.00
165_S 160_L 0.90 0.18 0.00
219_V 22_K 0.90 0.18 0.00
178_Q 271_R 0.90 0.18 0.00
225_E 11_I 0.90 0.18 0.00
123_I 294_A 0.90 0.18 0.00
134_A 189_T 0.89 0.17 0.00
153_Q 57_I 0.89 0.17 0.00
128_M 51_L 0.89 0.17 0.00
230_A 186_V 0.89 0.17 0.00
159_Q 283_V 0.88 0.17 0.00
223_W 151_Q 0.88 0.17 0.00
124_A 130_L 0.88 0.17 0.00
208_V 40_P 0.88 0.17 0.00
67_L 276_L 0.88 0.17 0.00
123_I 161_A 0.88 0.17 0.00
228_R 130_L 0.88 0.17 0.00
140_G 160_L 0.88 0.17 0.00
173_H 243_D 0.87 0.17 0.00
127_L 224_I 0.87 0.17 0.00
109_V 57_I 0.87 0.17 0.00
198_D 36_R 0.87 0.17 0.00
221_T 175_L 0.87 0.16 0.00
189_S 275_I 0.87 0.16 0.00
143_P 288_K 0.86 0.16 0.00
46_Q 322_N 0.86 0.16 0.00
138_V 161_A 0.86 0.16 0.00
115_T 234_P 0.86 0.16 0.00
169_Q 206_V 0.86 0.16 0.00
141_Q 296_V 0.86 0.16 0.00
168_P 274_Q 0.86 0.16 0.00
9_V 293_I 0.86 0.16 0.00
127_L 194_S 0.86 0.16 0.00
224_Q 324_I 0.86 0.16 0.00
215_L 306_Y 0.86 0.16 0.00
203_H 321_I 0.86 0.16 0.00
161_E 78_D 0.86 0.16 0.00
172_V 104_L 0.86 0.16 0.00
138_V 79_I 0.86 0.16 0.00
115_T 92_F 0.86 0.16 0.00
223_W 302_L 0.86 0.16 0.00
209_S 167_D 0.86 0.16 0.00
198_D 218_C 0.86 0.16 0.00
108_L 180_V 0.86 0.16 0.00
100_P 176_E 0.86 0.16 0.00
64_N 278_L 0.85 0.16 0.00
138_V 313_Y 0.85 0.16 0.00
207_K 128_D 0.85 0.16 0.00
67_L 173_N 0.85 0.16 0.00
112_F 264_N 0.85 0.16 0.00
176_D 124_F 0.85 0.16 0.00
224_Q 273_S 0.85 0.16 0.00
105_M 270_L 0.85 0.16 0.00
177_L 176_E 0.85 0.16 0.00
222_R 152_R 0.85 0.16 0.00
134_A 79_I 0.85 0.16 0.00
226_L 258_E 0.85 0.16 0.00
54_L 162_L 0.85 0.16 0.00
147_N 172_I 0.85 0.16 0.00
217_A 153_V 0.85 0.16 0.00
142_T 130_L 0.85 0.15 0.00
213_G 93_A 0.85 0.15 0.00
203_H 301_V 0.85 0.15 0.00
119_L 296_V 0.85 0.15 0.00
188_L 294_A 0.85 0.15 0.00
120_D 137_F 0.85 0.15 0.00
108_L 289_P 0.84 0.15 0.00
223_W 260_E 0.84 0.15 0.00
115_T 209_G 0.84 0.15 0.00
218_S 33_S 0.84 0.15 0.00
115_T 130_L 0.84 0.15 0.00
13_D 209_G 0.84 0.15 0.00
123_I 76_S 0.84 0.15 0.00
188_L 208_I 0.84 0.15 0.00
220_A 232_V 0.84 0.15 0.00
172_V 269_P 0.84 0.15 0.00
202_H 83_A 0.84 0.15 0.00
4_E 116_V 0.84 0.15 0.00
110_S 263_A 0.84 0.15 0.00
153_Q 247_R 0.84 0.15 0.00
180_V 35_I 0.84 0.15 0.00
198_D 84_I 0.83 0.15 0.00
107_Q 145_E 0.83 0.15 0.00
47_L 162_L 0.83 0.15 0.00
136_R 217_I 0.83 0.15 0.00
80_Q 35_I 0.83 0.15 0.00
87_L 316_R 0.83 0.15 0.00
15_L 199_V 0.83 0.15 0.00
112_F 137_F 0.83 0.15 0.00
182_E 279_K 0.83 0.15 0.00
113_Q 230_L 0.83 0.15 0.00
147_N 221_F 0.83 0.15 0.00
181_E 280_P 0.83 0.15 0.00
8_Q 224_I 0.83 0.15 0.00
202_H 292_I 0.83 0.15 0.00
128_M 257_S 0.83 0.15 0.00
13_D 92_F 0.83 0.15 0.00
11_T 161_A 0.83 0.15 0.00
131_A 294_A 0.83 0.15 0.00
166_G 153_V 0.83 0.15 0.00
190_L 126_A 0.83 0.15 0.00
229_L 90_H 0.82 0.15 0.00
220_A 292_I 0.82 0.15 0.00
102_H 215_F 0.82 0.15 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
6088 0.7 FliH_FliM_second_attempt Δgene:(0, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done
6005 0.62 FliH_FliM_fourth_attempt Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-40, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
6003 0.55 FliH_FliM_third_attempt Δgene:(1, 20) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
6001 0.45 FliH_FliM_second_attempt Δgene:(1, 20) A:(1E-10, 8) B:(1E-40, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
6000 0.62 FliH_FliM_first_attempt Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
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