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OPENSEQ.org
E Coli ClpbDnaK
Genes: A B A+B
Length: 857 638 1383
Sequences: 4168 3498 128
Seq/Len: 4.86 5.48 0.09
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.44
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.06 0.01
2 0.01 0.06 0.01
5 0.01 0.06 0.04
10 0.01 0.06 0.05
20 0.02 0.07 0.09
100 0.03 0.07 0.22
∞ 0.13 0.13 0.82
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
713_V 435_A 1.66 0.24 0.00
532_T 491_K 1.61 0.23 0.00
584_I 512_I 1.60 0.22 0.00
829_L 584_I 1.56 0.21 0.00
335_K 225_T 1.52 0.20 0.00
102_G 452_K 1.52 0.20 0.00
251_Y 35_T 1.46 0.18 0.00
136_I 512_I 1.44 0.17 0.00
296_G 4_I 1.41 0.17 0.00
589_A 380_G 1.41 0.17 0.00
506_I 204_I 1.40 0.16 0.00
452_E 114_Q 1.40 0.16 0.00
342_S 207_I 1.35 0.15 0.00
685_D 220_A 1.35 0.15 0.00
560_L 401_I 1.35 0.15 0.00
828_P 308_L 1.33 0.14 0.00
625_S 364_D 1.32 0.14 0.00
327_A 427_S 1.29 0.14 0.00
237_V 73_I 1.26 0.13 0.00
676_L 149_A 1.24 0.12 0.00
354_K 411_L 1.23 0.12 0.00
760_V 546_T 1.22 0.12 0.00
713_V 257_L 1.22 0.12 0.00
273_V 493_S 1.22 0.12 0.00
502_Q 424_Q 1.22 0.12 0.00
382_A 332_S 1.22 0.12 0.00
640_K 438_I 1.21 0.12 0.00
208_P 115_I 1.21 0.12 0.00
808_Y 188_R 1.20 0.12 0.00
713_V 189_T 1.20 0.12 0.00
242_M 204_I 1.20 0.12 0.00
820_A 137_E 1.20 0.12 0.00
193_V 338_I 1.20 0.12 0.00
640_K 303_A 1.19 0.11 0.00
725_I 484_L 1.19 0.11 0.00
540_L 202_I 1.19 0.11 0.00
833_I 385_D 1.19 0.11 0.00
676_L 119_V 1.18 0.11 0.00
835_S 240_L 1.18 0.11 0.00
165_T 123_M 1.18 0.11 0.00
197_R 90_P 1.18 0.11 0.00
560_L 349_V 1.17 0.11 0.00
77_T 182_D 1.17 0.11 0.00
553_E 466_P 1.17 0.11 0.00
571_I 373_I 1.17 0.11 0.00
216_V 176_A 1.17 0.11 0.00
539_V 190_I 1.17 0.11 0.00
216_V 514_K 1.16 0.11 0.00
162_K 226_H 1.16 0.11 0.00
538_E 115_I 1.15 0.10 0.00
732_L 176_A 1.15 0.10 0.00
702_G 346_M 1.14 0.10 0.00
587_S 4_I 1.14 0.10 0.00
261_G 39_I 1.14 0.10 0.00
790_G 313_V 1.14 0.10 0.00
370_I 338_I 1.14 0.10 0.00
423_K 114_Q 1.14 0.10 0.00
759_E 527_R 1.14 0.10 0.00
275_L 427_S 1.14 0.10 0.00
97_L 114_Q 1.13 0.10 0.00
527_L 278_Q 1.13 0.10 0.00
833_I 324_L 1.12 0.10 0.00
640_K 204_I 1.12 0.10 0.00
532_T 427_S 1.12 0.10 0.00
370_I 191_A 1.12 0.10 0.00
193_V 43_T 1.12 0.10 0.00
800_L 422_H 1.12 0.10 0.00
216_V 301_T 1.12 0.10 0.00
745_V 323_A 1.11 0.10 0.00
302_A 216_F 1.11 0.10 0.00
591_L 306_E 1.11 0.10 0.00
638_M 354_A 1.11 0.10 0.00
394_I 320_L 1.10 0.10 0.00
761_V 63_Q 1.10 0.10 0.00
716_M 441_L 1.10 0.10 0.00
111_F 514_K 1.10 0.10 0.00
370_I 320_L 1.09 0.10 0.00
216_V 348_M 1.09 0.10 0.00
416_D 492_N 1.09 0.10 0.00
419_I 90_P 1.09 0.10 0.00
131_A 427_S 1.09 0.10 0.00
364_Q 220_A 1.09 0.10 0.00
226_G 176_A 1.09 0.10 0.00
342_S 69_I 1.09 0.10 0.00
571_I 334_I 1.09 0.10 0.00
193_V 204_I 1.09 0.10 0.00
715_I 517_R 1.08 0.10 0.00
104_N 73_I 1.08 0.09 0.00
546_I 464_P 1.08 0.09 0.00
812_Y 446_K 1.08 0.09 0.00
808_Y 130_Y 1.08 0.09 0.00
540_L 305_L 1.08 0.09 0.00
68_L 115_I 1.07 0.09 0.00
707_V 434_S 1.07 0.09 0.00
716_M 19_M 1.07 0.09 0.00
309_H 512_I 1.07 0.09 0.00
833_I 373_I 1.07 0.09 0.00
423_K 193_Y 1.06 0.09 0.00
261_G 169_I 1.06 0.09 0.00
620_N 73_I 1.06 0.09 0.00
233_K 329_L 1.06 0.09 0.00
243_G 605_Q 1.06 0.09 0.00
118_S 169_I 1.06 0.09 0.00
825_I 114_Q 1.05 0.09 0.00
309_H 281_V 1.05 0.09 0.00
251_Y 410_T 1.05 0.09 0.00
89_R 114_Q 1.05 0.09 0.00
165_T 126_T 1.05 0.09 0.00
486_I 193_Y 1.04 0.09 0.00
321_Q 313_V 1.04 0.09 0.00
615_C 300_V 1.04 0.09 0.00
534_A 64_N 1.04 0.09 0.00
167_D 289_D 1.04 0.09 0.00
535_E 427_S 1.03 0.09 0.00
582_N 72_L 1.03 0.09 0.00
642_S 60_T 1.03 0.09 0.00
269_Q 571_A 1.03 0.09 0.00
91_L 527_R 1.03 0.09 0.00
242_M 69_I 1.03 0.09 0.00
165_T 193_Y 1.02 0.09 0.00
754_I 491_K 1.02 0.09 0.00
716_M 379_G 1.02 0.09 0.00
140_I 188_R 1.02 0.09 0.00
505_K 149_A 1.02 0.09 0.00
283_M 226_H 1.02 0.08 0.00
591_L 348_M 1.02 0.08 0.00
233_K 166_K 1.02 0.08 0.00
821_I 511_E 1.02 0.08 0.00
790_G 232_F 1.02 0.08 0.00
745_V 333_D 1.02 0.08 0.00
153_G 377_V 1.02 0.08 0.00
725_I 463_N 1.01 0.08 0.00
765_P 4_I 1.01 0.08 0.00
310_C 324_L 1.01 0.08 0.00
419_I 202_I 1.01 0.08 0.00
743_G 338_I 1.01 0.08 0.00
716_M 62_P 1.00 0.08 0.00
430_M 119_V 1.00 0.08 0.00
370_I 202_I 1.00 0.08 0.00
584_I 495_K 1.00 0.08 0.00
637_F 514_K 1.00 0.08 0.00
584_I 527_R 1.00 0.08 0.00
69_N 303_A 1.00 0.08 0.00
577_V 316_S 1.00 0.08 0.00
101_R 222_N 1.00 0.08 0.00
310_C 232_F 1.00 0.08 0.00
720_L 512_I 1.00 0.08 0.00
818_K 216_F 1.00 0.08 0.00
441_L 338_I 1.00 0.08 0.00
644_S 595_S 0.99 0.08 0.00
302_A 126_T 0.99 0.08 0.00
539_V 181_L 0.99 0.08 0.00
97_L 543_L 0.99 0.08 0.00
498_M 484_L 0.99 0.08 0.00
157_Q 278_Q 0.99 0.08 0.00
788_E 484_L 0.99 0.08 0.00
798_E 17_A 0.99 0.08 0.00
693_V 364_D 0.99 0.08 0.00
280_L 129_D 0.99 0.08 0.00
823_Q 462_I 0.98 0.08 0.00
335_K 322_V 0.98 0.08 0.00
479_L 517_R 0.98 0.08 0.00
385_Q 448_A 0.98 0.08 0.00
453_R 452_K 0.98 0.08 0.00
808_Y 361_P 0.98 0.08 0.00
415_L 26_V 0.98 0.08 0.00
251_Y 398_S 0.98 0.08 0.00
280_L 446_K 0.98 0.08 0.00
89_R 541_H 0.97 0.08 0.00
790_G 424_Q 0.97 0.08 0.00
136_I 66_L 0.97 0.08 0.00
321_Q 404_M 0.97 0.08 0.00
362_H 435_A 0.97 0.08 0.00
154_A 216_F 0.97 0.08 0.00
533_D 427_S 0.97 0.08 0.00
745_V 204_I 0.97 0.08 0.00
185_E 123_M 0.97 0.08 0.00
197_R 584_I 0.97 0.08 0.00
503_Y 382_L 0.96 0.08 0.00
647_V 501_I 0.96 0.08 0.00
335_K 404_M 0.96 0.08 0.00
309_H 516_V 0.96 0.08 0.00
310_C 191_A 0.96 0.08 0.00
574_N 335_D 0.96 0.08 0.00
679_V 280_D 0.96 0.08 0.00
416_D 135_V 0.96 0.08 0.00
342_S 504_S 0.96 0.08 0.00
233_K 3_K 0.96 0.07 0.00
370_I 513_Q 0.96 0.07 0.00
327_A 156_D 0.96 0.07 0.00
302_A 193_Y 0.95 0.07 0.00
716_M 90_P 0.95 0.07 0.00
364_Q 512_I 0.95 0.07 0.00
245_L 491_K 0.95 0.07 0.00
238_L 193_Y 0.95 0.07 0.00
829_L 512_I 0.95 0.07 0.00
356_R 496_E 0.95 0.07 0.00
827_N 313_V 0.95 0.07 0.00
794_H 524_E 0.95 0.07 0.00
435_E 511_E 0.95 0.07 0.00
460_E 424_Q 0.95 0.07 0.00
657_E 56_R 0.95 0.07 0.00
527_L 518_D 0.94 0.07 0.00
480_E 554_G 0.94 0.07 0.00
134_A 379_G 0.94 0.07 0.00
282_T 217_E 0.94 0.07 0.00
246_V 377_V 0.94 0.07 0.00
402_R 266_A 0.94 0.07 0.00
790_G 379_G 0.94 0.07 0.00
829_L 90_P 0.94 0.07 0.00
245_L 243_E 0.94 0.07 0.00
374_A 487_S 0.94 0.07 0.00
419_I 280_D 0.94 0.07 0.00
591_L 508_N 0.94 0.07 0.00
638_M 285_Y 0.94 0.07 0.00
480_E 17_A 0.94 0.07 0.00
689_I 511_E 0.94 0.07 0.00
542_R 329_L 0.94 0.07 0.00
242_M 67_F 0.94 0.07 0.00
489_A 240_L 0.93 0.07 0.00
131_A 437_T 0.93 0.07 0.00
761_V 4_I 0.93 0.07 0.00
476_K 119_V 0.93 0.07 0.00
615_C 214_K 0.93 0.07 0.00
323_I 487_S 0.93 0.07 0.00
540_L 79_D 0.93 0.07 0.00
237_V 182_D 0.93 0.07 0.00
438_K 135_V 0.93 0.07 0.00
84_S 114_Q 0.93 0.07 0.00
657_E 533_V 0.93 0.07 0.00
738_K 202_I 0.93 0.07 0.00
340_E 231_D 0.93 0.07 0.00
779_L 463_N 0.93 0.07 0.00
525_R 43_T 0.93 0.07 0.00
415_L 572_L 0.93 0.07 0.00
431_K 356_F 0.92 0.07 0.00
584_I 16_V 0.92 0.07 0.00
833_I 329_L 0.92 0.07 0.00
475_I 220_A 0.92 0.07 0.00
169_T 181_L 0.92 0.07 0.00
654_V 376_A 0.92 0.07 0.00
591_L 422_H 0.92 0.07 0.00
327_A 462_I 0.92 0.07 0.00
500_E 150_Q 0.92 0.07 0.00
252_R 285_Y 0.92 0.07 0.00
759_E 461_G 0.92 0.07 0.00
644_S 226_H 0.92 0.07 0.00
453_R 313_V 0.91 0.07 0.00
239_A 404_M 0.91 0.07 0.00
251_Y 55_K 0.91 0.07 0.00
487_E 266_A 0.91 0.07 0.00
800_L 453_S 0.91 0.07 0.00
170_E 202_I 0.91 0.07 0.00
532_T 425_V 0.91 0.07 0.00
356_R 232_F 0.91 0.07 0.00
526_L 300_V 0.91 0.07 0.00
322_Y 125_K 0.91 0.07 0.00
581_S 137_E 0.91 0.07 0.00
270_E 281_V 0.91 0.07 0.00
105_F 291_T 0.91 0.07 0.00
825_I 77_F 0.91 0.07 0.00
310_C 202_I 0.91 0.07 0.00
661_Y 126_T 0.91 0.07 0.00
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584_I 541_H 0.83 0.06 0.00
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372_A 184_G 0.83 0.06 0.00
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759_E 119_V 0.83 0.06 0.00
676_L 113_P 0.83 0.06 0.00
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716_M 427_S 0.83 0.06 0.00
244_A 155_K 0.83 0.06 0.00
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402_R 189_T 0.83 0.06 0.00
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762_V 15_C 0.83 0.06 0.00
532_T 241_V 0.83 0.06 0.00
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162_K 72_L 0.83 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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