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OPENSEQ.org
cIp_6_4_cytb_4_human
Genes: A B A+B
Length: 213 379 547
Sequences: 542 4482 101
Seq/Len: 2.54 11.83 0.18
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.64
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.00
5 0.00 0.00 0.00
10 0.00 0.00 0.00
20 0.00 0.00 0.00
100 0.00 0.00 0.02
∞ 0.00 0.00 0.17
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
99_P 38_L 1.73 0.42 0.00
136_K 196_L 1.60 0.35 0.00
104_D 51_F 1.53 0.31 0.00
119_V 149_N 1.48 0.29 0.00
110_F 36_S 1.45 0.27 0.00
80_W 206_S 1.30 0.21 0.00
205_R 374_E 1.28 0.20 0.00
122_V 352_G 1.27 0.20 0.00
136_K 5_M 1.26 0.20 0.00
98_A 51_F 1.25 0.19 0.00
178_I 11_L 1.25 0.19 0.00
63_V 40_A 1.24 0.19 0.00
191_L 186_L 1.22 0.18 0.00
56_P 109_L 1.21 0.18 0.00
191_L 159_T 1.20 0.17 0.00
71_V 31_W 1.20 0.17 0.00
136_K 47_T 1.18 0.17 0.00
63_V 235_L 1.17 0.16 0.00
126_L 213_T 1.16 0.16 0.00
112_A 38_L 1.16 0.16 0.00
120_M 293_L 1.16 0.16 0.00
190_L 109_L 1.16 0.16 0.00
134_L 171_V 1.15 0.16 0.00
173_I 300_L 1.14 0.15 0.00
121_I 292_V 1.14 0.15 0.00
145_R 171_V 1.13 0.15 0.00
96_M 304_M 1.13 0.15 0.00
180_I 95_L 1.12 0.15 0.00
98_A 219_I 1.11 0.15 0.00
160_Y 147_I 1.11 0.15 0.00
192_Y 319_R 1.11 0.14 0.00
108_V 344_V 1.11 0.14 0.00
47_P 19_L 1.10 0.14 0.00
110_F 219_I 1.09 0.14 0.00
71_V 372_L 1.09 0.14 0.00
80_W 36_S 1.08 0.14 0.00
96_M 80_I 1.08 0.14 0.00
145_R 115_N 1.08 0.14 0.00
112_A 267_P 1.08 0.14 0.00
100_R 119_I 1.06 0.13 0.00
120_M 292_V 1.06 0.13 0.00
72_N 213_T 1.06 0.13 0.00
135_R 319_R 1.06 0.13 0.00
79_L 328_L 1.06 0.13 0.00
178_I 347_P 1.05 0.13 0.00
201_I 177_T 1.04 0.13 0.00
139_D 258_T 1.04 0.13 0.00
110_F 162_V 1.03 0.12 0.00
68_D 304_M 1.03 0.12 0.00
81_P 36_S 1.03 0.12 0.00
104_D 36_S 1.02 0.12 0.00
148_V 323_Q 1.02 0.12 0.00
142_P 372_L 1.02 0.12 0.00
171_D 274_Y 1.02 0.12 0.00
191_L 154_I 1.01 0.12 0.00
79_L 244_T 1.01 0.12 0.00
112_A 162_V 1.01 0.12 0.00
194_I 353_Q 1.01 0.12 0.00
145_R 24_T 1.01 0.12 0.00
54_P 334_L 1.00 0.12 0.00
201_I 192_A 1.00 0.12 0.00
81_P 206_S 1.00 0.12 0.00
63_V 20_I 1.00 0.12 0.00
113_S 321_L 1.00 0.12 0.00
139_D 56_Y 1.00 0.12 0.00
99_P 36_S 1.00 0.12 0.00
65_A 90_M 1.00 0.12 0.00
68_D 241_M 0.99 0.12 0.00
96_M 372_L 0.99 0.11 0.00
148_V 242_T 0.99 0.11 0.00
79_L 5_M 0.99 0.11 0.00
145_R 285_V 0.98 0.11 0.00
104_D 38_L 0.97 0.11 0.00
81_P 58_P 0.97 0.11 0.00
194_I 29_S 0.97 0.11 0.00
112_A 97_L 0.97 0.11 0.00
152_S 201_L 0.97 0.11 0.00
142_P 69_H 0.97 0.11 0.00
104_D 58_P 0.97 0.11 0.00
190_L 93_I 0.96 0.11 0.00
65_A 300_L 0.96 0.11 0.00
203_R 234_L 0.96 0.11 0.00
113_S 95_L 0.95 0.11 0.00
125_T 132_Y 0.95 0.10 0.00
192_Y 270_K 0.95 0.10 0.00
125_T 135_P 0.95 0.10 0.00
91_V 146_V 0.95 0.10 0.00
113_S 80_I 0.95 0.10 0.00
172_R 133_V 0.95 0.10 0.00
104_D 149_N 0.95 0.10 0.00
204_E 304_M 0.94 0.10 0.00
142_P 5_M 0.94 0.10 0.00
105_R 101_R 0.94 0.10 0.00
113_S 334_L 0.94 0.10 0.00
199_R 304_M 0.94 0.10 0.00
48_K 17_H 0.94 0.10 0.00
204_E 141_F 0.94 0.10 0.00
148_V 198_L 0.94 0.10 0.00
99_P 14_L 0.94 0.10 0.00
52_V 219_I 0.93 0.10 0.00
108_V 365_I 0.93 0.10 0.00
122_V 128_A 0.93 0.10 0.00
80_W 232_G 0.93 0.10 0.00
201_I 375_N 0.93 0.10 0.00
134_L 166_W 0.93 0.10 0.00
136_K 103_L 0.93 0.10 0.00
191_L 301_I 0.93 0.10 0.00
189_A 273_W 0.93 0.10 0.00
65_A 198_L 0.92 0.10 0.00
101_Y 169_Y 0.92 0.10 0.00
180_I 112_E 0.92 0.10 0.00
46_L 12_M 0.92 0.10 0.00
141_M 311_S 0.92 0.10 0.00
178_I 151_L 0.92 0.10 0.00
109_V 253_D 0.92 0.10 0.00
142_P 369_T 0.91 0.10 0.00
178_I 73_D 0.91 0.10 0.00
60_G 122_L 0.91 0.10 0.00
121_I 149_N 0.91 0.10 0.00
110_F 51_F 0.91 0.10 0.00
178_I 122_L 0.91 0.10 0.00
136_K 263_L 0.91 0.10 0.00
108_V 213_T 0.91 0.10 0.00
181_P 63_A 0.91 0.10 0.00
120_M 190_I 0.90 0.10 0.00
99_P 206_S 0.90 0.10 0.00
123_A 175_T 0.90 0.10 0.00
174_V 253_D 0.90 0.09 0.00
110_F 267_P 0.90 0.09 0.00
119_V 254_P 0.90 0.09 0.00
154_A 42_L 0.90 0.09 0.00
96_M 303_A 0.90 0.09 0.00
194_I 344_V 0.90 0.09 0.00
160_Y 283_R 0.90 0.09 0.00
194_I 369_T 0.89 0.09 0.00
80_W 33_N 0.89 0.09 0.00
98_A 162_V 0.89 0.09 0.00
99_P 51_F 0.89 0.09 0.00
117_S 119_I 0.89 0.09 0.00
60_G 100_G 0.89 0.09 0.00
119_V 17_H 0.89 0.09 0.00
109_V 367_M 0.89 0.09 0.00
71_V 2_M 0.89 0.09 0.00
143_E 58_P 0.88 0.09 0.00
110_F 94_C 0.88 0.09 0.00
174_V 161_L 0.88 0.09 0.00
178_I 191_A 0.88 0.09 0.00
201_I 38_L 0.88 0.09 0.00
64_V 287_N 0.87 0.09 0.00
109_V 204_T 0.87 0.09 0.00
178_I 204_T 0.87 0.09 0.00
103_M 90_M 0.87 0.09 0.00
53_A 69_H 0.87 0.09 0.00
148_V 41_C 0.87 0.09 0.00
99_P 190_I 0.87 0.09 0.00
173_I 40_A 0.87 0.09 0.00
63_V 121_L 0.86 0.09 0.00
101_Y 30_A 0.86 0.09 0.00
110_F 22_L 0.86 0.09 0.00
66_K 342_Q 0.86 0.09 0.00
49_A 234_L 0.86 0.09 0.00
56_P 159_T 0.86 0.09 0.00
180_I 185_I 0.86 0.09 0.00
59_R 334_L 0.86 0.09 0.00
134_L 11_L 0.86 0.09 0.00
52_V 357_V 0.86 0.09 0.00
56_P 376_K 0.85 0.09 0.00
54_P 247_S 0.85 0.09 0.00
123_A 254_P 0.85 0.09 0.00
195_L 235_L 0.85 0.09 0.00
119_V 322_S 0.85 0.09 0.00
134_L 369_T 0.85 0.09 0.00
104_D 267_P 0.85 0.09 0.00
112_A 195_T 0.85 0.09 0.00
67_L 302_L 0.85 0.09 0.00
55_K 334_L 0.85 0.08 0.00
145_R 272_E 0.85 0.08 0.00
96_M 302_L 0.85 0.08 0.00
149_S 64_F 0.85 0.08 0.00
103_M 331_A 0.84 0.08 0.00
126_L 103_L 0.84 0.08 0.00
69_D 14_L 0.84 0.08 0.00
104_D 352_G 0.84 0.08 0.00
142_P 342_Q 0.84 0.08 0.00
204_E 235_L 0.84 0.08 0.00
103_M 312_K 0.84 0.08 0.00
57_S 284_S 0.84 0.08 0.00
204_E 301_I 0.84 0.08 0.00
145_R 75_N 0.84 0.08 0.00
94_M 19_L 0.83 0.08 0.00
70_L 171_V 0.83 0.08 0.00
180_I 109_L 0.83 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
5954 0.18 cIp_6_4_cytb_40_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
5951 0.13 cIp_6_40_cytb_40_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
5914 0.18 cIp_6_4_cytb_4_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
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