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OPENSEQ.org
cIp_5_4_cyt1_2_human
Genes: A B A+B
Length: 264 325 477
Sequences: 529 747 56
Seq/Len: 2 2.3 0.12
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.84
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.02 0.00
2 0.00 0.02 0.00
5 0.00 0.02 0.00
10 0.00 0.02 0.00
20 0.00 0.02 0.00
100 0.00 0.02 0.01
∞ 0.00 0.02 0.10
Paired alignment generation
None of the genomes have hits within 20 Δgene.
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
171_W 212_F 2.30 0.61 0.14
176_V 213_S 2.08 0.50 0.08
217_K 237_F 1.54 0.24 0.02
147_T 122_A 1.54 0.24 0.02
180_N 119_Q 1.51 0.23 0.02
194_E 180_P 1.49 0.23 0.02
96_V 151_E 1.41 0.20 0.01
70_P 188_A 1.41 0.20 0.01
84_L 102_L 1.35 0.18 0.01
152_P 105_L 1.32 0.17 0.01
236_N 245_A 1.32 0.17 0.01
173_M 153_E 1.30 0.16 0.01
176_V 190_N 1.29 0.16 0.01
68_I 292_M 1.29 0.16 0.01
145_T 111_R 1.29 0.16 0.01
88_I 131_A 1.29 0.16 0.01
234_D 175_F 1.28 0.16 0.01
61_F 304_Y 1.26 0.15 0.01
108_F 156_D 1.26 0.15 0.01
131_N 98_H 1.25 0.15 0.01
97_L 78_L 1.25 0.15 0.01
194_E 150_A 1.25 0.15 0.01
187_I 315_K 1.24 0.14 0.01
215_E 259_T 1.23 0.14 0.01
251_S 109_S 1.23 0.14 0.01
147_T 236_Y 1.22 0.14 0.01
63_E 294_M 1.22 0.14 0.01
215_E 237_F 1.22 0.14 0.01
61_F 102_L 1.22 0.14 0.01
160_F 277_A 1.20 0.14 0.01
194_E 307_K 1.20 0.14 0.01
248_P 109_S 1.19 0.14 0.01
181_H 239_G 1.19 0.13 0.01
242_F 127_M 1.19 0.13 0.01
79_S 174_Y 1.19 0.13 0.01
86_V 141_T 1.18 0.13 0.01
214_D 229_E 1.17 0.13 0.01
214_D 188_A 1.17 0.13 0.01
246_R 103_S 1.16 0.13 0.01
111_L 259_T 1.16 0.13 0.01
108_F 209_D 1.16 0.12 0.01
213_D 191_G 1.15 0.12 0.01
207_Y 212_F 1.15 0.12 0.01
110_S 72_A 1.15 0.12 0.01
117_V 246_P 1.15 0.12 0.01
166_Y 115_Q 1.15 0.12 0.01
137_F 115_Q 1.14 0.12 0.01
135_L 293_L 1.13 0.12 0.01
180_N 251_D 1.13 0.12 0.01
148_D 122_A 1.13 0.12 0.01
243_P 264_S 1.13 0.12 0.01
73_V 260_P 1.12 0.12 0.01
143_V 255_F 1.11 0.12 0.01
236_N 96_W 1.11 0.12 0.01
73_V 284_H 1.11 0.12 0.01
257_G 177_K 1.11 0.12 0.01
144_K 245_A 1.11 0.12 0.01
207_Y 266_I 1.10 0.11 0.00
166_Y 183_E 1.10 0.11 0.00
198_F 211_V 1.10 0.11 0.00
204_L 215_L 1.10 0.11 0.00
103_H 304_Y 1.09 0.11 0.00
234_D 142_E 1.09 0.11 0.00
247_Q 109_S 1.09 0.11 0.00
149_E 176_P 1.08 0.11 0.00
225_E 200_I 1.08 0.11 0.00
121_T 78_L 1.08 0.11 0.00
224_V 247_P 1.08 0.11 0.00
74_Q 128_D 1.07 0.11 0.00
93_V 205_H 1.07 0.11 0.00
157_V 284_H 1.07 0.11 0.00
198_F 151_E 1.06 0.10 0.00
213_D 239_G 1.06 0.10 0.00
181_H 191_G 1.05 0.10 0.00
177_F 212_F 1.04 0.10 0.00
246_R 130_V 1.03 0.10 0.00
108_F 96_W 1.03 0.10 0.00
170_I 277_A 1.03 0.10 0.00
115_T 238_P 1.03 0.10 0.00
141_I 86_D 1.03 0.10 0.00
97_L 86_D 1.03 0.10 0.00
187_I 257_D 1.03 0.10 0.00
173_M 81_A 1.02 0.10 0.00
151_T 159_N 1.02 0.10 0.00
147_T 293_L 1.02 0.10 0.00
117_V 273_F 1.02 0.10 0.00
242_F 197_L 1.02 0.10 0.00
187_I 216_T 1.01 0.10 0.00
66_A 115_Q 1.01 0.10 0.00
229_E 107_H 1.01 0.10 0.00
90_P 95_P 1.01 0.10 0.00
160_F 231_L 1.01 0.10 0.00
141_I 148_L 1.00 0.09 0.00
142_R 156_D 1.00 0.09 0.00
251_S 272_T 1.00 0.09 0.00
176_V 271_C 1.00 0.09 0.00
129_V 242_I 1.00 0.09 0.00
176_V 161_D 1.00 0.09 0.00
151_T 134_H 0.99 0.09 0.00
65_V 75_A 0.99 0.09 0.00
93_V 78_L 0.99 0.09 0.00
249_P 109_S 0.99 0.09 0.00
90_P 197_L 0.99 0.09 0.00
244_V 130_V 0.99 0.09 0.00
207_Y 255_F 0.99 0.09 0.00
132_L 243_A 0.99 0.09 0.00
220_V 147_E 0.99 0.09 0.00
116_A 172_F 0.98 0.09 0.00
131_N 97_S 0.98 0.09 0.00
142_R 105_L 0.98 0.09 0.00
112_V 228_R 0.98 0.09 0.00
147_T 177_K 0.98 0.09 0.00
73_V 299_L 0.98 0.09 0.00
129_V 314_L 0.98 0.09 0.00
111_L 261_A 0.97 0.09 0.00
227_A 235_P 0.97 0.09 0.00
241_A 302_L 0.97 0.09 0.00
127_E 225_V 0.97 0.09 0.00
241_A 247_P 0.97 0.09 0.00
194_E 144_E 0.96 0.09 0.00
112_V 143_D 0.96 0.09 0.00
135_L 205_H 0.96 0.09 0.00
65_V 254_E 0.96 0.09 0.00
108_F 239_G 0.96 0.09 0.00
49_P 292_M 0.95 0.09 0.00
131_N 312_S 0.95 0.09 0.00
179_A 293_L 0.95 0.09 0.00
117_V 175_F 0.95 0.09 0.00
194_E 127_M 0.95 0.09 0.00
214_D 165_F 0.95 0.09 0.00
78_V 153_E 0.95 0.09 0.00
194_E 81_A 0.95 0.09 0.00
150_L 105_L 0.95 0.09 0.00
109_K 227_L 0.95 0.09 0.00
155_S 96_W 0.95 0.09 0.00
103_H 141_T 0.95 0.09 0.00
96_V 169_G 0.95 0.09 0.00
89_H 245_A 0.94 0.08 0.00
104_T 179_Y 0.94 0.08 0.00
247_Q 272_T 0.94 0.08 0.00
248_P 272_T 0.94 0.08 0.00
179_A 294_M 0.94 0.08 0.00
115_T 172_F 0.94 0.08 0.00
58_L 224_G 0.94 0.08 0.00
237_S 289_G 0.94 0.08 0.00
256_A 108_T 0.93 0.08 0.00
249_P 272_T 0.93 0.08 0.00
86_V 64_L 0.93 0.08 0.00
135_L 134_H 0.93 0.08 0.00
187_I 237_F 0.93 0.08 0.00
69_L 279_E 0.93 0.08 0.00
112_V 251_D 0.93 0.08 0.00
84_L 301_P 0.92 0.08 0.00
181_H 156_D 0.92 0.08 0.00
107_Q 98_H 0.92 0.08 0.00
252_L 71_G 0.92 0.08 0.00
88_I 214_L 0.92 0.08 0.00
246_R 109_S 0.92 0.08 0.00
60_A 172_F 0.92 0.08 0.00
121_T 69_A 0.92 0.08 0.00
135_L 179_Y 0.91 0.08 0.00
158_S 174_Y 0.91 0.08 0.00
75_Q 136_V 0.91 0.08 0.00
67_E 137_G 0.91 0.08 0.00
224_V 140_Y 0.91 0.08 0.00
150_L 97_S 0.91 0.08 0.00
230_F 118_K 0.91 0.08 0.00
64_Y 138_V 0.91 0.08 0.00
182_P 158_P 0.91 0.08 0.00
81_F 89_L 0.90 0.08 0.00
137_F 306_I 0.90 0.08 0.00
216_V 209_D 0.90 0.08 0.00
176_V 237_F 0.90 0.08 0.00
57_Q 287_R 0.90 0.08 0.00
173_M 161_D 0.89 0.08 0.00
255_E 271_C 0.89 0.08 0.00
171_W 281_E 0.89 0.08 0.00
102_D 134_H 0.89 0.08 0.00
225_E 107_H 0.89 0.08 0.00
114_L 315_K 0.89 0.08 0.00
93_V 235_P 0.89 0.08 0.00
205_S 202_R 0.89 0.08 0.00
110_S 65_G 0.89 0.08 0.00
144_K 286_K 0.89 0.08 0.00
132_L 146_K 0.89 0.08 0.00
145_T 171_L 0.89 0.07 0.00
61_F 290_L 0.89 0.07 0.00
137_F 128_D 0.89 0.07 0.00
164_N 239_G 0.89 0.07 0.00
146_Y 182_S 0.89 0.07 0.00
204_L 180_P 0.89 0.07 0.00
65_V 221_P 0.88 0.07 0.00
182_P 159_N 0.88 0.07 0.00
87_C 182_S 0.88 0.07 0.00
207_Y 213_S 0.88 0.07 0.00
194_E 260_P 0.88 0.07 0.00
158_S 287_R 0.88 0.07 0.00
160_F 74_L 0.88 0.07 0.00
115_T 271_C 0.88 0.07 0.00
188_L 100_G 0.87 0.07 0.00
219_V 100_G 0.87 0.07 0.00
65_V 153_E 0.87 0.07 0.00
58_L 239_G 0.87 0.07 0.00
250_E 297_A 0.87 0.07 0.00
74_Q 107_H 0.87 0.07 0.00
65_V 301_P 0.87 0.07 0.00
207_Y 107_H 0.87 0.07 0.00
59_S 127_M 0.87 0.07 0.00
62_G 263_M 0.87 0.07 0.00
235_L 302_L 0.87 0.07 0.00
75_Q 67_L 0.87 0.07 0.00
161_K 251_D 0.87 0.07 0.00
180_N 98_H 0.87 0.07 0.00
96_V 128_D 0.87 0.07 0.00
253_K 151_E 0.86 0.07 0.00
179_A 308_R 0.86 0.07 0.00
90_P 206_G 0.86 0.07 0.00
111_L 315_K 0.86 0.07 0.00
216_V 254_E 0.86 0.07 0.00
256_A 160_E 0.86 0.07 0.00
150_L 92_P 0.86 0.07 0.00
253_K 93_S 0.86 0.07 0.00
157_V 137_G 0.86 0.07 0.00
242_F 231_L 0.86 0.07 0.00
217_K 258_G 0.86 0.07 0.00
214_D 237_F 0.86 0.07 0.00
84_L 191_G 0.86 0.07 0.00
183_D 273_F 0.86 0.07 0.00
149_E 104_S 0.86 0.07 0.00
245_Y 186_R 0.86 0.07 0.00
59_S 264_S 0.86 0.07 0.00
85_E 156_D 0.86 0.07 0.00
215_E 192_A 0.86 0.07 0.00
216_V 252_V 0.86 0.07 0.00
244_V 247_P 0.85 0.07 0.00
124_N 111_R 0.85 0.07 0.00
223_P 116_V 0.85 0.07 0.00
255_E 174_Y 0.85 0.07 0.00
96_V 308_R 0.85 0.07 0.00
62_G 291_K 0.85 0.07 0.00
171_W 130_V 0.85 0.07 0.00
143_V 107_H 0.85 0.07 0.00
88_I 122_A 0.85 0.07 0.00
107_Q 156_D 0.85 0.07 0.00
171_W 157_G 0.85 0.07 0.00
141_I 261_A 0.85 0.07 0.00
62_G 304_Y 0.85 0.07 0.00
176_V 233_F 0.85 0.07 0.00
247_Q 212_F 0.85 0.07 0.00
62_G 186_R 0.85 0.07 0.00
230_F 91_P 0.85 0.07 0.00
173_M 235_P 0.85 0.07 0.00
155_S 193_L 0.85 0.07 0.00
177_F 249_Y 0.85 0.07 0.00
227_A 297_A 0.85 0.07 0.00
110_S 128_D 0.85 0.07 0.00
127_E 102_L 0.85 0.07 0.00
222_E 143_D 0.85 0.07 0.00
149_E 245_A 0.84 0.07 0.00
217_K 316_S 0.84 0.07 0.00
124_N 95_P 0.84 0.07 0.00
115_T 240_Q 0.84 0.07 0.00
166_Y 239_G 0.84 0.07 0.00
108_F 191_G 0.84 0.07 0.00
108_F 159_N 0.84 0.07 0.00
135_L 236_Y 0.84 0.07 0.00
253_K 81_A 0.84 0.07 0.00
237_S 135_L 0.84 0.07 0.00
114_L 290_L 0.84 0.07 0.00
182_P 239_G 0.84 0.07 0.00
212_Y 146_K 0.83 0.07 0.00
235_L 103_S 0.83 0.07 0.00
187_I 259_T 0.83 0.07 0.00
194_E 186_R 0.83 0.07 0.00
53_V 253_L 0.83 0.07 0.00
247_Q 247_P 0.83 0.07 0.00
67_E 79_H 0.83 0.07 0.00
127_E 213_S 0.83 0.07 0.00
235_L 100_G 0.83 0.07 0.00
155_S 105_L 0.83 0.07 0.00
143_V 154_V 0.83 0.07 0.00
71_K 179_Y 0.83 0.07 0.00
254_L 186_R 0.83 0.07 0.00
155_S 160_E 0.83 0.07 0.00
60_A 123_S 0.82 0.07 0.00
160_F 80_S 0.82 0.07 0.00
148_D 184_A 0.82 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
5907 0.11 cIp_5_6_cyt1_2_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-06, 8) B:(1E-02, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.01 Done - Shared
5905 0.12 cIp_5_2_cyt1_2_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.10 Done - Shared
5903 0.12 cIp_5_4_cyt1_2_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-02, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.14 Done - Shared
5892 0.1 cIp_5_40_cyt1_2_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-02, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
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