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OPENSEQ.org
cIp_5_60_cytb_60_human
Genes: A B A+B
Length: 264 379 581
Sequences: 472 4001 61
Seq/Len: 1.79 10.56 0.1
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.74
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.00
5 0.00 0.00 0.00
10 0.00 0.00 0.00
20 0.00 0.00 0.00
100 0.00 0.00 0.02
∞ 0.00 0.00 0.09
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
116_A 303_A 1.98 0.40 0.00
115_T 303_A 1.89 0.36 0.00
173_M 365_I 1.51 0.20 0.00
229_E 370_I 1.44 0.18 0.00
171_W 37_L 1.43 0.18 0.00
225_E 264_N 1.41 0.18 0.00
111_L 275_F 1.38 0.17 0.00
173_M 300_L 1.37 0.17 0.00
166_Y 231_L 1.36 0.16 0.00
98_T 227_I 1.36 0.16 0.00
164_N 22_L 1.36 0.16 0.00
180_N 51_F 1.33 0.15 0.00
223_P 180_F 1.31 0.15 0.00
210_L 57_S 1.30 0.15 0.00
112_V 293_L 1.29 0.14 0.00
69_L 193_L 1.26 0.14 0.00
204_L 162_V 1.25 0.13 0.00
243_P 354_V 1.23 0.13 0.00
176_V 115_N 1.21 0.12 0.00
247_Q 318_F 1.20 0.12 0.00
64_Y 99_I 1.20 0.12 0.00
131_N 38_L 1.20 0.12 0.00
159_V 174_P 1.19 0.12 0.00
207_Y 41_C 1.18 0.12 0.00
131_N 33_N 1.18 0.12 0.00
86_V 297_L 1.17 0.12 0.00
143_V 301_I 1.16 0.12 0.00
119_V 231_L 1.16 0.11 0.00
69_L 116_I 1.14 0.11 0.00
216_V 15_I 1.14 0.11 0.00
131_N 199_L 1.13 0.11 0.00
128_I 96_F 1.13 0.11 0.00
182_P 113_T 1.12 0.11 0.00
244_V 318_F 1.11 0.10 0.00
173_M 159_T 1.11 0.10 0.00
108_F 8_I 1.11 0.10 0.00
74_Q 297_L 1.11 0.10 0.00
160_F 149_N 1.11 0.10 0.00
174_F 354_V 1.10 0.10 0.00
198_F 246_F 1.10 0.10 0.00
67_E 99_I 1.09 0.10 0.00
86_V 189_I 1.09 0.10 0.00
230_F 236_F 1.09 0.10 0.00
73_V 321_L 1.09 0.10 0.00
164_N 150_L 1.08 0.10 0.00
225_E 338_W 1.08 0.10 0.00
73_V 303_A 1.08 0.10 0.00
224_V 226_T 1.08 0.10 0.00
187_I 212_I 1.07 0.10 0.00
204_L 100_G 1.07 0.10 0.00
241_A 29_S 1.07 0.10 0.00
250_E 85_A 1.06 0.10 0.00
214_D 121_L 1.06 0.10 0.00
176_V 371_S 1.06 0.10 0.00
127_E 170_S 1.06 0.10 0.00
96_V 365_I 1.06 0.10 0.00
187_I 298_S 1.06 0.10 0.00
207_Y 150_L 1.05 0.10 0.00
218_R 86_N 1.05 0.10 0.00
111_L 329_L 1.05 0.09 0.00
116_A 163_Q 1.05 0.09 0.00
79_S 232_G 1.05 0.09 0.00
245_Y 253_D 1.04 0.09 0.00
207_Y 163_Q 1.04 0.09 0.00
216_V 86_N 1.04 0.09 0.00
79_S 33_N 1.04 0.09 0.00
164_N 225_Y 1.04 0.09 0.00
116_A 31_W 1.03 0.09 0.00
106_A 264_N 1.03 0.09 0.00
204_L 198_L 1.03 0.09 0.00
221_A 151_L 1.03 0.09 0.00
148_D 79_I 1.02 0.09 0.00
157_V 305_I 1.02 0.09 0.00
112_V 346_Y 1.02 0.09 0.00
205_S 309_H 1.02 0.09 0.00
88_I 83_L 1.02 0.09 0.00
209_E 141_F 1.02 0.09 0.00
207_Y 294_A 1.01 0.09 0.00
111_L 157_I 1.01 0.09 0.00
207_Y 339_I 1.01 0.09 0.00
171_W 318_F 1.01 0.09 0.00
181_H 145_T 1.00 0.09 0.00
174_F 76_Y 1.00 0.09 0.00
161_K 22_L 1.00 0.09 0.00
174_F 225_Y 1.00 0.09 0.00
154_E 215_H 1.00 0.09 0.00
147_T 126_A 1.00 0.09 0.00
153_I 113_T 0.99 0.09 0.00
224_V 309_H 0.99 0.09 0.00
171_W 38_L 0.99 0.09 0.00
180_N 225_Y 0.99 0.08 0.00
135_L 33_N 0.99 0.08 0.00
136_R 338_W 0.99 0.08 0.00
98_T 160_D 0.98 0.08 0.00
207_Y 304_M 0.98 0.08 0.00
143_V 298_S 0.98 0.08 0.00
176_V 170_S 0.98 0.08 0.00
127_E 347_P 0.98 0.08 0.00
242_F 150_L 0.98 0.08 0.00
160_F 119_I 0.98 0.08 0.00
227_A 53_A 0.98 0.08 0.00
76_V 261_N 0.98 0.08 0.00
181_H 23_P 0.98 0.08 0.00
161_K 36_S 0.98 0.08 0.00
107_Q 338_W 0.98 0.08 0.00
149_E 143_G 0.98 0.08 0.00
149_E 179_F 0.98 0.08 0.00
230_F 34_F 0.97 0.08 0.00
160_F 365_I 0.97 0.08 0.00
210_L 165_I 0.97 0.08 0.00
147_T 372_L 0.97 0.08 0.00
141_I 160_D 0.97 0.08 0.00
162_A 196_L 0.96 0.08 0.00
72_Y 254_P 0.96 0.08 0.00
227_A 58_P 0.96 0.08 0.00
242_F 233_L 0.96 0.08 0.00
76_V 157_I 0.96 0.08 0.00
81_F 341_G 0.96 0.08 0.00
82_N 97_L 0.96 0.08 0.00
247_Q 210_L 0.95 0.08 0.00
153_I 194_A 0.95 0.08 0.00
229_E 45_Q 0.95 0.08 0.00
217_K 45_Q 0.95 0.08 0.00
176_V 300_L 0.95 0.08 0.00
131_N 341_G 0.94 0.08 0.00
113_D 103_L 0.94 0.08 0.00
164_N 113_T 0.94 0.08 0.00
177_F 214_S 0.94 0.08 0.00
160_F 171_V 0.94 0.08 0.00
171_W 287_N 0.94 0.08 0.00
113_D 38_L 0.94 0.08 0.00
70_P 99_I 0.94 0.08 0.00
139_S 152_S 0.94 0.08 0.00
108_F 361_T 0.94 0.08 0.00
205_S 109_L 0.93 0.08 0.00
152_P 160_D 0.93 0.08 0.00
180_N 284_S 0.93 0.08 0.00
88_I 75_N 0.93 0.08 0.00
119_V 73_D 0.93 0.08 0.00
164_N 206_S 0.93 0.07 0.00
143_V 169_Y 0.93 0.07 0.00
174_F 289_L 0.93 0.07 0.00
225_E 332_D 0.93 0.07 0.00
124_N 57_S 0.93 0.07 0.00
164_N 227_I 0.93 0.07 0.00
123_Q 6_R 0.92 0.07 0.00
210_L 370_I 0.92 0.07 0.00
160_F 361_T 0.92 0.07 0.00
97_L 97_L 0.92 0.07 0.00
86_V 234_L 0.92 0.07 0.00
65_V 31_W 0.92 0.07 0.00
205_S 218_K 0.92 0.07 0.00
116_A 24_T 0.92 0.07 0.00
156_A 373_I 0.92 0.07 0.00
157_V 159_T 0.92 0.07 0.00
220_V 246_F 0.92 0.07 0.00
151_T 166_W 0.91 0.07 0.00
224_V 109_L 0.91 0.07 0.00
121_T 169_Y 0.91 0.07 0.00
174_F 329_L 0.91 0.07 0.00
76_V 119_I 0.91 0.07 0.00
204_L 78_W 0.91 0.07 0.00
99_F 369_T 0.91 0.07 0.00
66_A 322_S 0.90 0.07 0.00
151_T 286_P 0.90 0.07 0.00
82_N 36_S 0.90 0.07 0.00
127_E 97_L 0.90 0.07 0.00
59_S 334_L 0.90 0.07 0.00
137_F 60_A 0.90 0.07 0.00
63_E 246_F 0.90 0.07 0.00
229_E 184_F 0.90 0.07 0.00
147_T 298_S 0.90 0.07 0.00
207_Y 222_H 0.90 0.07 0.00
86_V 317_M 0.90 0.07 0.00
90_P 100_G 0.90 0.07 0.00
177_F 339_I 0.90 0.07 0.00
205_S 26_S 0.89 0.07 0.00
127_E 184_F 0.89 0.07 0.00
131_N 232_G 0.89 0.07 0.00
67_E 373_I 0.89 0.07 0.00
174_F 215_H 0.89 0.07 0.00
173_M 352_G 0.89 0.07 0.00
56_K 353_Q 0.89 0.07 0.00
171_W 339_I 0.89 0.07 0.00
221_A 296_L 0.89 0.07 0.00
226_L 313_Q 0.89 0.07 0.00
171_W 152_S 0.89 0.07 0.00
114_L 212_I 0.89 0.07 0.00
115_T 100_G 0.89 0.07 0.00
192_G 23_P 0.89 0.07 0.00
130_Y 302_L 0.89 0.07 0.00
170_I 195_T 0.88 0.07 0.00
114_L 275_F 0.88 0.07 0.00
116_A 86_N 0.88 0.07 0.00
82_N 330_A 0.88 0.07 0.00
232_K 58_P 0.88 0.07 0.00
183_D 66_S 0.88 0.07 0.00
171_W 290_G 0.88 0.07 0.00
174_F 57_S 0.88 0.07 0.00
110_S 103_L 0.88 0.07 0.00
160_F 53_A 0.88 0.07 0.00
210_L 28_I 0.88 0.07 0.00
177_F 12_M 0.87 0.07 0.00
174_F 156_Y 0.87 0.07 0.00
78_V 240_L 0.87 0.07 0.00
246_R 235_L 0.87 0.07 0.00
74_Q 317_M 0.87 0.07 0.00
65_V 60_A 0.87 0.07 0.00
224_V 151_L 0.87 0.07 0.00
127_E 50_L 0.87 0.07 0.00
157_V 133_V 0.86 0.07 0.00
86_V 152_S 0.86 0.07 0.00
82_N 39_G 0.86 0.07 0.00
208_V 328_L 0.86 0.07 0.00
151_T 76_Y 0.86 0.07 0.00
86_V 285_V 0.86 0.07 0.00
157_V 172_D 0.86 0.07 0.00
64_Y 371_S 0.86 0.07 0.00
112_V 254_P 0.86 0.07 0.00
151_T 150_L 0.86 0.07 0.00
148_D 236_F 0.86 0.07 0.00
111_L 254_P 0.86 0.07 0.00
90_P 40_A 0.86 0.07 0.00
65_V 86_N 0.85 0.07 0.00
70_P 116_I 0.85 0.07 0.00
153_I 244_T 0.85 0.07 0.00
221_A 309_H 0.85 0.07 0.00
85_E 232_G 0.85 0.07 0.00
157_V 254_P 0.85 0.07 0.00
131_N 225_Y 0.85 0.07 0.00
174_F 263_L 0.85 0.07 0.00
252_L 243_L 0.85 0.07 0.00
107_Q 284_S 0.85 0.06 0.00
227_A 301_I 0.85 0.06 0.00
220_V 118_I 0.85 0.06 0.00
159_V 204_T 0.84 0.06 0.00
96_V 196_L 0.84 0.06 0.00
244_V 45_Q 0.84 0.06 0.00
227_A 227_I 0.84 0.06 0.00
85_E 113_T 0.84 0.06 0.00
181_H 175_T 0.84 0.06 0.00
108_F 264_N 0.84 0.06 0.00
220_V 300_L 0.84 0.06 0.00
241_A 126_A 0.84 0.06 0.00
149_E 135_P 0.84 0.06 0.00
156_A 234_L 0.84 0.06 0.00
196_H 259_L 0.84 0.06 0.00
87_C 5_M 0.83 0.06 0.00
159_V 342_Q 0.83 0.06 0.00
147_T 15_I 0.83 0.06 0.00
223_P 295_L 0.83 0.06 0.00
164_N 170_S 0.83 0.06 0.00
241_A 109_L 0.83 0.06 0.00
174_F 58_P 0.83 0.06 0.00
79_S 38_L 0.83 0.06 0.00
90_P 61_S 0.83 0.06 0.00
111_L 121_L 0.83 0.06 0.00
76_V 301_I 0.83 0.06 0.00
124_N 303_A 0.83 0.06 0.00
160_F 212_I 0.83 0.06 0.00
113_D 341_G 0.83 0.06 0.00
205_S 4_P 0.83 0.06 0.00
216_V 321_L 0.83 0.06 0.00
174_F 53_A 0.83 0.06 0.00
161_K 15_I 0.83 0.06 0.00
145_T 344_V 0.83 0.06 0.00
107_Q 86_N 0.83 0.06 0.00
103_H 355_A 0.82 0.06 0.00
248_P 318_F 0.82 0.06 0.00
111_L 331_A 0.82 0.06 0.00
160_F 175_T 0.82 0.06 0.00
73_V 169_Y 0.82 0.06 0.00
91_D 95_L 0.82 0.06 0.00
224_V 200_F 0.82 0.06 0.00
194_E 219_I 0.82 0.06 0.00
102_D 34_F 0.82 0.06 0.00
59_S 293_L 0.82 0.06 0.00
204_L 286_P 0.82 0.06 0.00
76_V 212_I 0.82 0.06 0.00
213_D 175_T 0.82 0.06 0.00
86_V 50_L 0.82 0.06 0.00
79_S 44_L 0.81 0.06 0.00
139_S 161_L 0.81 0.06 0.00
113_D 57_S 0.81 0.06 0.00
93_V 213_T 0.81 0.06 0.00
166_Y 181_T 0.81 0.06 0.00
187_I 5_M 0.81 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
5891 0.1 cIp_5_60_cytb_60_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
5890 0.14 cIp_5_20_cytb_20_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
5888 0.1 cIp_5_80_cytb_80_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-80, 8) B:(1E-80, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
5887 0.11 cIp_5_4_cytb_4_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
5886 0.09 cIp_5_40_cytb_40_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.01 Done - Shared
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