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OPENSEQ.org
cIp_5_20_cytb_20_human
Genes: A B A+B
Length: 264 379 582
Sequences: 503 4489 81
Seq/Len: 1.91 11.84 0.14
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.90
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.00
5 0.00 0.00 0.00
10 0.00 0.00 0.00
20 0.00 0.00 0.00
100 0.00 0.00 0.02
∞ 0.00 0.00 0.13
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
115_T 303_A 1.75 0.37 0.00
116_A 303_A 1.70 0.34 0.00
164_N 22_L 1.60 0.29 0.00
112_V 346_Y 1.46 0.24 0.00
173_M 356_S 1.40 0.21 0.00
173_M 365_I 1.38 0.21 0.00
243_P 354_V 1.36 0.20 0.00
164_N 225_Y 1.35 0.20 0.00
207_Y 150_L 1.35 0.20 0.00
160_F 196_L 1.34 0.19 0.00
69_L 193_L 1.30 0.18 0.00
159_V 204_T 1.27 0.17 0.00
160_F 149_N 1.26 0.17 0.00
176_V 230_A 1.24 0.16 0.00
157_V 305_I 1.21 0.15 0.00
223_P 180_F 1.21 0.15 0.00
117_V 258_T 1.20 0.15 0.00
135_L 60_A 1.20 0.15 0.00
143_V 301_I 1.18 0.14 0.00
173_M 243_L 1.18 0.14 0.00
225_E 338_W 1.17 0.14 0.00
216_V 15_I 1.17 0.14 0.00
98_T 372_L 1.17 0.14 0.00
187_I 2_M 1.15 0.14 0.00
108_F 171_V 1.15 0.14 0.00
111_L 275_F 1.14 0.13 0.00
171_W 318_F 1.14 0.13 0.00
236_N 356_S 1.14 0.13 0.00
74_Q 298_S 1.14 0.13 0.00
123_Q 369_T 1.14 0.13 0.00
148_D 353_Q 1.14 0.13 0.00
86_V 189_I 1.13 0.13 0.00
164_N 150_L 1.13 0.13 0.00
210_L 370_I 1.12 0.13 0.00
242_F 150_L 1.12 0.13 0.00
171_W 152_S 1.12 0.13 0.00
204_L 162_V 1.12 0.13 0.00
171_W 37_L 1.12 0.13 0.00
229_E 203_E 1.11 0.13 0.00
180_N 51_F 1.11 0.13 0.00
220_V 300_L 1.11 0.13 0.00
224_V 226_T 1.11 0.12 0.00
176_V 48_T 1.11 0.12 0.00
58_L 174_P 1.10 0.12 0.00
97_L 330_A 1.10 0.12 0.00
208_V 73_D 1.09 0.12 0.00
216_V 321_L 1.09 0.12 0.00
176_V 154_I 1.09 0.12 0.00
76_V 261_N 1.08 0.12 0.00
64_Y 99_I 1.08 0.12 0.00
111_L 329_L 1.08 0.12 0.00
112_V 293_L 1.07 0.12 0.00
86_V 234_L 1.07 0.12 0.00
96_V 331_A 1.07 0.12 0.00
116_A 263_L 1.06 0.12 0.00
229_E 370_I 1.06 0.12 0.00
207_Y 339_I 1.06 0.12 0.00
131_N 38_L 1.06 0.12 0.00
93_V 213_T 1.06 0.12 0.00
213_D 171_V 1.06 0.12 0.00
166_Y 171_V 1.06 0.11 0.00
210_L 57_S 1.06 0.11 0.00
73_V 321_L 1.06 0.11 0.00
78_V 43_I 1.06 0.11 0.00
247_Q 210_L 1.05 0.11 0.00
180_N 318_F 1.04 0.11 0.00
225_E 264_N 1.04 0.11 0.00
137_F 163_Q 1.04 0.11 0.00
69_L 116_I 1.03 0.11 0.00
220_V 190_I 1.03 0.11 0.00
121_T 169_Y 1.03 0.11 0.00
127_E 347_P 1.03 0.11 0.00
96_V 365_I 1.02 0.11 0.00
179_A 293_L 1.02 0.11 0.00
198_F 8_I 1.02 0.10 0.00
176_V 170_S 1.01 0.10 0.00
166_Y 231_L 1.01 0.10 0.00
73_V 303_A 1.01 0.10 0.00
65_V 60_A 1.01 0.10 0.00
98_T 227_I 1.01 0.10 0.00
152_P 310_M 1.01 0.10 0.00
174_F 225_Y 1.00 0.10 0.00
56_K 365_I 1.00 0.10 0.00
106_A 83_L 1.00 0.10 0.00
235_L 296_L 1.00 0.10 0.00
104_T 347_P 1.00 0.10 0.00
210_L 184_F 0.99 0.10 0.00
181_H 276_L 0.99 0.10 0.00
121_T 128_A 0.99 0.10 0.00
159_V 259_L 0.99 0.10 0.00
229_E 290_G 0.99 0.10 0.00
149_E 143_G 0.99 0.10 0.00
213_D 276_L 0.98 0.10 0.00
119_V 231_L 0.98 0.10 0.00
207_Y 41_C 0.98 0.10 0.00
245_Y 213_T 0.98 0.10 0.00
176_V 342_Q 0.98 0.10 0.00
110_S 234_L 0.98 0.10 0.00
207_Y 69_H 0.98 0.10 0.00
160_F 113_T 0.98 0.10 0.00
171_W 50_L 0.97 0.10 0.00
242_F 233_L 0.97 0.10 0.00
214_D 93_I 0.96 0.10 0.00
171_W 14_L 0.96 0.09 0.00
106_A 334_L 0.96 0.09 0.00
213_D 145_T 0.96 0.09 0.00
141_I 62_T 0.96 0.09 0.00
246_R 358_L 0.96 0.09 0.00
216_V 76_Y 0.96 0.09 0.00
223_P 364_L 0.96 0.09 0.00
214_D 121_L 0.96 0.09 0.00
131_N 94_C 0.96 0.09 0.00
210_L 165_I 0.95 0.09 0.00
221_A 307_I 0.95 0.09 0.00
171_W 375_N 0.95 0.09 0.00
108_F 204_T 0.95 0.09 0.00
123_Q 6_R 0.95 0.09 0.00
242_F 371_S 0.95 0.09 0.00
111_L 263_L 0.95 0.09 0.00
65_V 174_P 0.95 0.09 0.00
241_A 296_L 0.95 0.09 0.00
251_S 307_I 0.95 0.09 0.00
170_I 33_N 0.94 0.09 0.00
181_H 171_V 0.94 0.09 0.00
247_Q 318_F 0.94 0.09 0.00
164_N 206_S 0.94 0.09 0.00
141_I 47_T 0.94 0.09 0.00
86_V 24_T 0.94 0.09 0.00
221_A 309_H 0.94 0.09 0.00
62_G 90_M 0.94 0.09 0.00
81_F 341_G 0.94 0.09 0.00
113_D 341_G 0.94 0.09 0.00
204_L 201_L 0.94 0.09 0.00
157_V 156_Y 0.94 0.09 0.00
151_T 286_P 0.94 0.09 0.00
131_N 199_L 0.94 0.09 0.00
224_V 307_I 0.94 0.09 0.00
229_E 20_I 0.93 0.09 0.00
180_N 284_S 0.93 0.09 0.00
236_N 287_N 0.93 0.09 0.00
86_V 123_A 0.93 0.09 0.00
252_L 243_L 0.93 0.09 0.00
113_D 171_V 0.93 0.09 0.00
221_A 358_L 0.93 0.09 0.00
182_P 113_T 0.93 0.09 0.00
204_L 100_G 0.93 0.09 0.00
149_E 179_F 0.93 0.09 0.00
171_W 210_L 0.93 0.09 0.00
236_N 113_T 0.93 0.09 0.00
116_A 6_R 0.93 0.09 0.00
135_L 225_Y 0.93 0.09 0.00
160_F 276_L 0.92 0.09 0.00
229_E 38_L 0.92 0.09 0.00
159_V 342_Q 0.92 0.09 0.00
59_S 334_L 0.92 0.09 0.00
149_E 153_A 0.92 0.09 0.00
115_T 171_V 0.92 0.09 0.00
214_D 235_L 0.92 0.09 0.00
131_N 33_N 0.92 0.09 0.00
70_P 99_I 0.91 0.09 0.00
127_E 254_P 0.91 0.09 0.00
252_L 297_L 0.91 0.09 0.00
65_V 375_N 0.91 0.09 0.00
148_D 236_F 0.91 0.08 0.00
194_E 246_F 0.91 0.08 0.00
159_V 174_P 0.91 0.08 0.00
67_E 373_I 0.91 0.08 0.00
116_A 339_I 0.90 0.08 0.00
69_L 230_A 0.90 0.08 0.00
242_F 328_L 0.90 0.08 0.00
241_A 29_S 0.90 0.08 0.00
112_V 254_P 0.90 0.08 0.00
174_F 116_I 0.90 0.08 0.00
101_R 60_A 0.90 0.08 0.00
182_P 276_L 0.90 0.08 0.00
243_P 304_M 0.90 0.08 0.00
253_K 119_I 0.89 0.08 0.00
62_G 352_G 0.89 0.08 0.00
92_G 99_I 0.89 0.08 0.00
109_K 287_N 0.89 0.08 0.00
176_V 371_S 0.89 0.08 0.00
81_F 317_M 0.89 0.08 0.00
176_V 204_T 0.89 0.08 0.00
164_N 227_I 0.89 0.08 0.00
72_Y 254_P 0.89 0.08 0.00
248_P 199_L 0.89 0.08 0.00
58_L 113_T 0.88 0.08 0.00
162_A 119_I 0.88 0.08 0.00
210_L 203_E 0.88 0.08 0.00
230_F 236_F 0.88 0.08 0.00
179_A 21_D 0.88 0.08 0.00
249_P 199_L 0.88 0.08 0.00
224_V 309_H 0.88 0.08 0.00
221_A 109_L 0.88 0.08 0.00
247_Q 199_L 0.88 0.08 0.00
76_V 301_I 0.88 0.08 0.00
161_K 36_S 0.88 0.08 0.00
90_P 331_A 0.88 0.08 0.00
63_E 156_Y 0.88 0.08 0.00
67_E 230_A 0.87 0.08 0.00
251_S 199_L 0.87 0.08 0.00
108_F 113_T 0.87 0.08 0.00
136_R 21_D 0.87 0.08 0.00
157_V 161_L 0.87 0.08 0.00
131_N 203_E 0.87 0.08 0.00
124_N 53_A 0.87 0.08 0.00
242_F 352_G 0.87 0.08 0.00
119_V 73_D 0.87 0.08 0.00
160_F 353_Q 0.87 0.08 0.00
253_K 346_Y 0.86 0.08 0.00
149_E 165_I 0.86 0.08 0.00
180_N 29_S 0.86 0.08 0.00
162_A 370_I 0.86 0.08 0.00
157_V 159_T 0.86 0.08 0.00
227_A 264_N 0.86 0.08 0.00
82_N 330_A 0.86 0.08 0.00
75_Q 365_I 0.86 0.08 0.00
81_F 18_S 0.86 0.08 0.00
87_C 159_T 0.86 0.08 0.00
173_M 300_L 0.85 0.08 0.00
209_E 23_P 0.85 0.08 0.00
214_D 214_S 0.85 0.08 0.00
136_R 20_I 0.85 0.08 0.00
74_Q 297_L 0.85 0.08 0.00
253_K 287_N 0.85 0.08 0.00
171_W 119_I 0.85 0.08 0.00
224_V 151_L 0.85 0.08 0.00
230_F 93_I 0.85 0.08 0.00
65_V 62_T 0.85 0.07 0.00
147_T 230_A 0.85 0.07 0.00
86_V 372_L 0.85 0.07 0.00
113_D 203_E 0.85 0.07 0.00
198_F 246_F 0.85 0.07 0.00
211_R 86_N 0.85 0.07 0.00
166_Y 145_T 0.85 0.07 0.00
156_A 373_I 0.85 0.07 0.00
177_F 45_Q 0.85 0.07 0.00
63_E 370_I 0.85 0.07 0.00
157_V 123_A 0.85 0.07 0.00
222_E 327_W 0.84 0.07 0.00
111_L 41_C 0.84 0.07 0.00
160_F 21_D 0.84 0.07 0.00
156_A 195_T 0.84 0.07 0.00
253_K 317_M 0.84 0.07 0.00
72_Y 332_D 0.84 0.07 0.00
205_S 329_L 0.84 0.07 0.00
208_V 34_F 0.84 0.07 0.00
187_I 347_P 0.84 0.07 0.00
179_A 159_T 0.84 0.07 0.00
164_N 17_H 0.84 0.07 0.00
220_V 191_A 0.84 0.07 0.00
208_V 302_L 0.84 0.07 0.00
164_N 19_L 0.84 0.07 0.00
88_I 83_L 0.84 0.07 0.00
68_I 17_H 0.84 0.07 0.00
114_L 100_G 0.84 0.07 0.00
73_V 365_I 0.84 0.07 0.00
71_K 254_P 0.83 0.07 0.00
230_F 349_T 0.83 0.07 0.00
247_Q 358_L 0.83 0.07 0.00
161_K 330_A 0.83 0.07 0.00
60_A 156_Y 0.83 0.07 0.00
95_P 250_L 0.83 0.07 0.00
155_S 106_G 0.83 0.07 0.00
62_G 31_W 0.82 0.07 0.00
148_D 34_F 0.82 0.07 0.00
66_A 322_S 0.82 0.07 0.00
232_K 62_T 0.82 0.07 0.00
221_A 151_L 0.82 0.07 0.00
119_V 123_A 0.82 0.07 0.00
224_V 109_L 0.82 0.07 0.00
180_N 210_L 0.82 0.07 0.00
177_F 12_M 0.82 0.07 0.00
127_E 141_F 0.82 0.07 0.00
142_R 106_G 0.82 0.07 0.00
116_A 31_W 0.82 0.07 0.00
75_Q 65_S 0.82 0.07 0.00
164_N 264_N 0.82 0.07 0.00
213_D 166_W 0.82 0.07 0.00
214_D 239_S 0.82 0.07 0.00
220_V 181_T 0.82 0.07 0.00
124_N 239_S 0.82 0.07 0.00
74_Q 214_S 0.81 0.07 0.00
208_V 116_I 0.81 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
5891 0.1 cIp_5_60_cytb_60_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
5890 0.14 cIp_5_20_cytb_20_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
5888 0.1 cIp_5_80_cytb_80_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-80, 8) B:(1E-80, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
5887 0.11 cIp_5_4_cytb_4_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
5886 0.09 cIp_5_40_cytb_40_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.01 Done - Shared
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