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OPENSEQ.org
cIp_4_40_cyt1_2_human
Genes: A B A+B
Length: 463 325 658
Sequences: 2956 747 161
Seq/Len: 6.38 2.3 0.24
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.30
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.02 0.00
2 0.00 0.02 0.00
5 0.00 0.02 0.00
10 0.00 0.02 0.00
20 0.00 0.02 0.01
100 0.01 0.02 0.03
∞ 0.05 0.02 0.20
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
440_K 300_V 1.70 0.48 0.00
279_T 292_M 1.69 0.47 0.00
332_C 139_C 1.59 0.42 0.00
451_I 147_E 1.44 0.33 0.00
217_V 144_E 1.35 0.28 0.00
451_I 143_D 1.33 0.27 0.00
393_P 170_K 1.25 0.23 0.00
332_C 138_V 1.24 0.23 0.00
220_A 131_A 1.23 0.22 0.00
332_C 307_K 1.22 0.22 0.00
218_S 86_D 1.21 0.21 0.00
276_G 267_A 1.21 0.21 0.00
398_T 272_T 1.16 0.19 0.00
161_I 80_S 1.15 0.19 0.00
242_D 137_G 1.15 0.19 0.00
367_K 130_V 1.14 0.18 0.00
160_N 179_Y 1.13 0.18 0.00
106_V 304_Y 1.13 0.18 0.00
453_T 290_L 1.12 0.18 0.00
161_I 82_V 1.10 0.17 0.00
102_S 71_G 1.08 0.16 0.00
291_V 138_V 1.08 0.16 0.00
169_W 201_V 1.08 0.16 0.00
344_I 249_Y 1.07 0.16 0.00
172_V 247_P 1.07 0.16 0.00
291_V 139_C 1.07 0.16 0.00
169_W 266_I 1.05 0.15 0.00
160_N 150_A 1.05 0.15 0.00
245_Y 137_G 1.04 0.15 0.00
105_M 308_R 1.04 0.15 0.00
258_L 169_G 1.04 0.15 0.00
296_S 224_G 1.04 0.15 0.00
249_K 268_K 1.03 0.15 0.00
254_R 235_P 1.03 0.14 0.00
385_Y 243_A 1.02 0.14 0.00
284_L 266_I 1.01 0.14 0.00
239_G 200_I 1.01 0.14 0.00
153_L 253_L 1.00 0.14 0.00
253_L 154_V 1.00 0.14 0.00
106_V 293_L 1.00 0.14 0.00
253_L 105_L 1.00 0.14 0.00
437_K 107_H 1.00 0.14 0.00
151_Y 232_Y 0.99 0.14 0.00
277_V 70_G 0.99 0.14 0.00
317_D 299_L 0.99 0.13 0.00
81_T 268_K 0.99 0.13 0.00
281_E 127_M 0.98 0.13 0.00
255_L 310_K 0.98 0.13 0.00
450_I 159_N 0.98 0.13 0.00
107_R 126_S 0.98 0.13 0.00
342_R 122_A 0.97 0.13 0.00
182_N 197_L 0.97 0.13 0.00
180_L 77_A 0.96 0.13 0.00
249_K 179_Y 0.96 0.13 0.00
242_D 172_F 0.96 0.13 0.00
349_N 154_V 0.96 0.13 0.00
152_S 111_R 0.96 0.12 0.00
282_E 90_H 0.96 0.12 0.00
184_I 262_T 0.96 0.12 0.00
192_L 130_V 0.96 0.12 0.00
167_A 177_K 0.95 0.12 0.00
245_Y 105_L 0.95 0.12 0.00
258_L 299_L 0.95 0.12 0.00
281_E 288_M 0.95 0.12 0.00
461_V 281_E 0.94 0.12 0.00
429_F 154_V 0.94 0.12 0.00
98_V 271_C 0.94 0.12 0.00
161_I 177_K 0.93 0.12 0.00
413_S 267_A 0.93 0.12 0.00
285_N 300_V 0.93 0.12 0.00
310_V 211_V 0.93 0.12 0.00
79_N 144_E 0.93 0.12 0.00
282_E 176_P 0.93 0.12 0.00
332_C 281_E 0.93 0.12 0.00
167_A 179_Y 0.93 0.12 0.00
258_L 215_L 0.93 0.12 0.00
456_I 179_Y 0.93 0.12 0.00
126_Y 145_A 0.92 0.12 0.00
350_K 242_I 0.92 0.12 0.00
247_F 101_L 0.92 0.12 0.00
438_M 145_A 0.92 0.12 0.00
98_V 153_E 0.92 0.12 0.00
160_N 187_A 0.92 0.11 0.00
348_L 238_P 0.92 0.11 0.00
339_Q 84_A 0.92 0.11 0.00
352_P 146_K 0.92 0.11 0.00
299_Q 263_M 0.91 0.11 0.00
429_F 247_P 0.91 0.11 0.00
332_C 142_E 0.91 0.11 0.00
351_M 148_L 0.91 0.11 0.00
182_N 281_E 0.91 0.11 0.00
298_I 240_Q 0.90 0.11 0.00
236_L 211_V 0.90 0.11 0.00
258_L 240_Q 0.90 0.11 0.00
172_V 98_H 0.90 0.11 0.00
167_A 299_L 0.90 0.11 0.00
132_A 114_F 0.90 0.11 0.00
357_K 132_Y 0.90 0.11 0.00
74_D 169_G 0.89 0.11 0.00
461_V 260_P 0.89 0.11 0.00
98_V 201_V 0.89 0.11 0.00
229_P 235_P 0.89 0.11 0.00
440_K 182_S 0.89 0.11 0.00
245_Y 138_V 0.89 0.11 0.00
377_S 298_L 0.89 0.11 0.00
109_C 140_Y 0.89 0.11 0.00
342_R 67_L 0.89 0.11 0.00
339_Q 169_G 0.89 0.11 0.00
254_R 170_K 0.89 0.11 0.00
398_T 209_D 0.88 0.11 0.00
341_L 159_N 0.88 0.11 0.00
339_Q 183_E 0.88 0.11 0.00
339_Q 259_T 0.88 0.10 0.00
396_T 272_T 0.88 0.10 0.00
281_E 229_E 0.88 0.10 0.00
182_N 143_D 0.88 0.10 0.00
154_A 188_A 0.88 0.10 0.00
192_L 312_S 0.88 0.10 0.00
161_I 229_E 0.88 0.10 0.00
82_L 109_S 0.87 0.10 0.00
113_I 155_Q 0.87 0.10 0.00
279_T 272_T 0.87 0.10 0.00
328_D 246_P 0.87 0.10 0.00
416_S 271_C 0.87 0.10 0.00
247_F 140_Y 0.87 0.10 0.00
358_V 271_C 0.87 0.10 0.00
355_E 129_F 0.87 0.10 0.00
358_V 92_P 0.87 0.10 0.00
293_L 144_E 0.86 0.10 0.00
318_V 97_S 0.86 0.10 0.00
222_M 302_L 0.86 0.10 0.00
279_T 190_N 0.86 0.10 0.00
161_I 74_L 0.85 0.10 0.00
258_L 177_K 0.85 0.10 0.00
293_L 221_P 0.85 0.10 0.00
188_T 97_S 0.85 0.10 0.00
345_A 140_Y 0.85 0.10 0.00
454_Q 94_Y 0.85 0.10 0.00
451_I 115_Q 0.85 0.10 0.00
282_E 141_T 0.84 0.10 0.00
332_C 268_K 0.84 0.10 0.00
106_V 156_D 0.84 0.10 0.00
454_Q 200_I 0.84 0.10 0.00
396_T 130_V 0.84 0.10 0.00
225_A 305_T 0.84 0.10 0.00
285_N 238_P 0.84 0.10 0.00
282_E 123_S 0.83 0.10 0.00
344_I 259_T 0.83 0.09 0.00
167_A 300_V 0.83 0.09 0.00
358_V 275_R 0.83 0.09 0.00
395_A 202_R 0.83 0.09 0.00
389_Y 272_T 0.83 0.09 0.00
320_V 157_G 0.83 0.09 0.00
160_N 131_A 0.83 0.09 0.00
180_L 147_E 0.82 0.09 0.00
262_L 172_F 0.82 0.09 0.00
152_S 137_G 0.82 0.09 0.00
389_Y 109_S 0.82 0.09 0.00
222_M 69_A 0.82 0.09 0.00
160_N 171_L 0.82 0.09 0.00
151_Y 251_D 0.82 0.09 0.00
425_K 251_D 0.82 0.09 0.00
169_W 99_R 0.82 0.09 0.00
298_I 226_S 0.82 0.09 0.00
143_S 303_V 0.82 0.09 0.00
347_C 214_L 0.82 0.09 0.00
430_A 260_P 0.82 0.09 0.00
291_V 134_H 0.81 0.09 0.00
320_V 246_P 0.81 0.09 0.00
299_Q 172_F 0.81 0.09 0.00
339_Q 309_H 0.81 0.09 0.00
453_T 240_Q 0.81 0.09 0.00
448_V 307_K 0.81 0.09 0.00
440_K 266_I 0.81 0.09 0.00
332_C 99_R 0.81 0.09 0.00
440_K 213_S 0.81 0.09 0.00
152_S 238_P 0.80 0.09 0.00
332_C 205_H 0.80 0.09 0.00
339_Q 283_D 0.80 0.09 0.00
99_M 231_L 0.80 0.09 0.00
427_P 191_G 0.80 0.09 0.00
331_L 308_R 0.80 0.09 0.00
284_L 179_Y 0.80 0.09 0.00
355_E 232_Y 0.80 0.09 0.00
287_G 246_P 0.80 0.09 0.00
328_D 127_M 0.80 0.09 0.00
304_K 165_F 0.80 0.09 0.00
276_G 158_P 0.80 0.09 0.00
334_V 233_F 0.80 0.09 0.00
101_L 145_A 0.80 0.09 0.00
255_L 105_L 0.80 0.09 0.00
433_A 98_H 0.80 0.09 0.00
363_V 115_Q 0.80 0.09 0.00
124_I 114_F 0.79 0.09 0.00
339_Q 253_L 0.79 0.09 0.00
298_I 307_K 0.79 0.09 0.00
152_S 141_T 0.79 0.09 0.00
184_I 96_W 0.79 0.09 0.00
461_V 144_E 0.79 0.09 0.00
279_T 140_Y 0.79 0.09 0.00
396_T 110_I 0.79 0.09 0.00
281_E 261_A 0.79 0.09 0.00
255_L 72_A 0.79 0.09 0.00
461_V 193_L 0.79 0.09 0.00
335_E 169_G 0.79 0.08 0.00
262_L 122_A 0.79 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
5877 0.24 cIp_4_4_cyt1_2_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-02, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
5876 0.24 cIp_4_40_cyt1_2_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-02, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
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