May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
cIp_3_4_cytb_4_human
Genes: A B A+B
Length: 727 379 1047
Sequences: 1266 3798 314
Seq/Len: 1.74 10.02 0.3
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.65
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.02 0.01
2 0.01 0.02 0.01
5 0.01 0.02 0.01
10 0.01 0.02 0.01
20 0.01 0.02 0.02
100 0.01 0.02 0.05
∞ 0.03 0.03 0.28
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
474_V 79_I 1.49 0.41 0.00
273_I 157_I 1.45 0.38 0.00
60_I 115_N 1.43 0.37 0.00
323_L 43_I 1.40 0.35 0.00
361_V 293_L 1.38 0.34 0.00
178_Q 261_N 1.34 0.32 0.00
317_T 93_I 1.30 0.30 0.00
496_I 99_I 1.30 0.29 0.00
485_D 113_T 1.25 0.27 0.00
617_R 100_G 1.25 0.26 0.00
169_V 344_V 1.24 0.26 0.00
414_F 247_S 1.24 0.26 0.00
617_R 312_K 1.23 0.26 0.00
89_V 166_W 1.23 0.26 0.00
486_G 172_D 1.23 0.25 0.00
214_F 11_L 1.22 0.25 0.00
474_V 267_P 1.22 0.25 0.00
394_V 298_S 1.19 0.24 0.00
194_D 86_N 1.18 0.23 0.00
153_F 371_S 1.16 0.22 0.00
286_I 80_I 1.16 0.22 0.00
520_A 116_I 1.15 0.22 0.00
271_M 339_I 1.15 0.22 0.00
636_Y 244_T 1.15 0.22 0.00
214_F 235_L 1.13 0.21 0.00
594_A 264_N 1.12 0.20 0.00
212_K 338_W 1.11 0.20 0.00
220_G 239_S 1.11 0.20 0.00
520_A 192_A 1.11 0.20 0.00
292_F 103_L 1.10 0.20 0.00
483_R 113_T 1.10 0.19 0.00
476_L 31_W 1.09 0.19 0.00
195_L 301_I 1.08 0.19 0.00
250_S 355_A 1.08 0.19 0.00
214_F 350_I 1.08 0.19 0.00
245_T 294_A 1.08 0.19 0.00
281_I 334_L 1.08 0.19 0.00
286_I 342_Q 1.08 0.18 0.00
281_I 212_I 1.07 0.18 0.00
171_T 228_K 1.07 0.18 0.00
420_K 102_G 1.07 0.18 0.00
315_T 298_S 1.07 0.18 0.00
292_F 338_W 1.06 0.18 0.00
111_K 130_M 1.06 0.18 0.00
406_N 264_N 1.05 0.17 0.00
211_E 370_I 1.05 0.17 0.00
403_V 304_M 1.05 0.17 0.00
146_F 50_L 1.05 0.17 0.00
524_A 361_T 1.04 0.17 0.00
153_F 161_L 1.04 0.17 0.00
630_A 235_L 1.04 0.17 0.00
489_I 246_F 1.04 0.17 0.00
623_I 58_P 1.03 0.17 0.00
102_I 323_Q 1.03 0.17 0.00
274_L 302_L 1.02 0.16 0.00
259_S 80_I 1.01 0.16 0.00
257_V 302_L 1.01 0.16 0.00
222_I 301_I 1.01 0.16 0.00
594_A 259_L 1.01 0.16 0.00
609_A 120_L 1.01 0.16 0.00
89_V 170_S 1.01 0.16 0.00
588_A 124_T 1.00 0.16 0.00
366_L 59_D 1.00 0.16 0.00
612_P 307_I 1.00 0.16 0.00
329_M 366_L 1.00 0.16 0.00
53_C 32_W 1.00 0.16 0.00
457_S 242_T 1.00 0.16 0.00
71_V 141_F 1.00 0.16 0.00
323_L 193_L 1.00 0.16 0.00
214_F 261_N 1.00 0.15 0.00
308_R 342_Q 0.99 0.15 0.00
207_G 36_S 0.99 0.15 0.00
644_N 300_L 0.99 0.15 0.00
259_S 238_L 0.99 0.15 0.00
106_S 48_T 0.99 0.15 0.00
170_K 318_F 0.99 0.15 0.00
429_V 278_A 0.98 0.15 0.00
545_L 95_L 0.98 0.15 0.00
704_S 334_L 0.98 0.15 0.00
595_T 186_L 0.98 0.15 0.00
31_L 368_P 0.97 0.15 0.00
188_E 237_I 0.97 0.15 0.00
567_I 174_P 0.97 0.15 0.00
630_A 48_T 0.97 0.15 0.00
100_W 38_L 0.96 0.14 0.00
37_D 369_T 0.96 0.14 0.00
543_K 198_L 0.96 0.14 0.00
50_L 181_T 0.96 0.14 0.00
567_I 233_L 0.96 0.14 0.00
566_I 100_G 0.96 0.14 0.00
37_D 121_L 0.96 0.14 0.00
607_K 339_I 0.95 0.14 0.00
106_S 361_T 0.95 0.14 0.00
287_S 164_W 0.95 0.14 0.00
567_I 231_L 0.95 0.14 0.00
34_V 100_G 0.95 0.14 0.00
357_L 297_L 0.95 0.14 0.00
506_V 53_A 0.95 0.14 0.00
369_E 307_I 0.95 0.14 0.00
102_I 240_L 0.94 0.14 0.00
622_I 148_T 0.94 0.14 0.00
412_P 325_L 0.94 0.14 0.00
203_D 338_W 0.94 0.14 0.00
178_Q 90_M 0.94 0.14 0.00
100_W 51_F 0.94 0.14 0.00
143_S 68_A 0.94 0.14 0.00
622_I 240_L 0.94 0.14 0.00
292_F 157_I 0.94 0.14 0.00
238_F 93_I 0.94 0.14 0.00
51_Q 358_L 0.93 0.13 0.00
481_L 293_L 0.93 0.13 0.00
569_Q 145_T 0.93 0.13 0.00
111_K 165_I 0.93 0.13 0.00
506_V 328_L 0.93 0.13 0.00
603_A 157_I 0.93 0.13 0.00
286_I 205_G 0.93 0.13 0.00
108_K 314_Q 0.93 0.13 0.00
400_V 352_G 0.93 0.13 0.00
43_V 238_L 0.93 0.13 0.00
280_D 159_T 0.93 0.13 0.00
593_S 231_L 0.92 0.13 0.00
51_Q 361_T 0.92 0.13 0.00
106_S 343_P 0.92 0.13 0.00
43_V 141_F 0.92 0.13 0.00
195_L 230_A 0.92 0.13 0.00
424_H 121_L 0.91 0.13 0.00
289_K 288_K 0.91 0.13 0.00
520_A 11_L 0.91 0.13 0.00
257_V 22_L 0.91 0.13 0.00
567_I 219_I 0.91 0.13 0.00
52_A 351_I 0.91 0.13 0.00
398_D 241_M 0.91 0.13 0.00
459_S 121_L 0.91 0.13 0.00
250_S 321_L 0.91 0.13 0.00
37_D 351_I 0.91 0.13 0.00
146_F 261_N 0.90 0.12 0.00
59_Q 186_L 0.90 0.12 0.00
225_I 164_W 0.90 0.12 0.00
527_D 79_I 0.90 0.12 0.00
317_T 80_I 0.90 0.12 0.00
207_G 93_I 0.90 0.12 0.00
242_P 228_K 0.90 0.12 0.00
31_L 289_L 0.90 0.12 0.00
37_D 361_T 0.90 0.12 0.00
256_A 353_Q 0.90 0.12 0.00
407_P 290_G 0.89 0.12 0.00
441_T 120_L 0.89 0.12 0.00
290_T 329_L 0.89 0.12 0.00
427_L 47_T 0.89 0.12 0.00
208_T 261_N 0.89 0.12 0.00
389_T 238_L 0.89 0.12 0.00
206_V 267_P 0.89 0.12 0.00
704_S 243_L 0.89 0.12 0.00
525_A 353_Q 0.89 0.12 0.00
336_K 297_L 0.89 0.12 0.00
414_F 305_I 0.88 0.12 0.00
169_V 39_G 0.88 0.12 0.00
222_I 118_I 0.88 0.12 0.00
519_I 26_S 0.88 0.12 0.00
701_S 36_S 0.88 0.12 0.00
523_V 297_L 0.88 0.12 0.00
489_I 304_M 0.88 0.12 0.00
496_I 86_N 0.88 0.12 0.00
396_E 331_A 0.88 0.12 0.00
474_V 235_L 0.88 0.12 0.00
233_S 368_P 0.88 0.12 0.00
580_A 10_P 0.88 0.12 0.00
566_I 362_T 0.88 0.12 0.00
536_A 97_L 0.87 0.12 0.00
707_M 99_I 0.87 0.12 0.00
197_T 362_T 0.87 0.12 0.00
32_I 189_I 0.87 0.12 0.00
43_V 213_T 0.87 0.12 0.00
698_D 36_S 0.87 0.12 0.00
67_E 251_L 0.87 0.12 0.00
232_T 34_F 0.87 0.12 0.00
211_E 362_T 0.87 0.12 0.00
622_I 76_Y 0.87 0.12 0.00
352_V 198_L 0.87 0.12 0.00
463_S 6_R 0.87 0.12 0.00
239_T 246_F 0.87 0.12 0.00
493_V 349_T 0.87 0.12 0.00
441_T 231_L 0.87 0.12 0.00
442_Y 38_L 0.87 0.12 0.00
202_N 309_H 0.87 0.12 0.00
37_D 62_T 0.87 0.12 0.00
256_A 364_L 0.87 0.12 0.00
300_Q 171_V 0.86 0.11 0.00
596_Y 58_P 0.86 0.11 0.00
471_K 357_V 0.86 0.11 0.00
278_H 113_T 0.86 0.11 0.00
215_M 6_R 0.86 0.11 0.00
321_D 297_L 0.86 0.11 0.00
146_F 319_R 0.86 0.11 0.00
712_K 361_T 0.86 0.11 0.00
415_N 285_V 0.86 0.11 0.00
225_I 372_L 0.86 0.11 0.00
45_P 261_N 0.86 0.11 0.00
709_K 182_F 0.86 0.11 0.00
640_D 186_L 0.85 0.11 0.00
587_A 301_I 0.85 0.11 0.00
222_I 370_I 0.85 0.11 0.00
214_F 152_S 0.85 0.11 0.00
259_S 76_Y 0.85 0.11 0.00
199_G 339_I 0.85 0.11 0.00
661_G 301_I 0.85 0.11 0.00
384_N 28_I 0.85 0.11 0.00
464_Q 355_A 0.85 0.11 0.00
600_E 120_L 0.85 0.11 0.00
502_M 157_I 0.85 0.11 0.00
698_D 219_I 0.85 0.11 0.00
432_I 361_T 0.85 0.11 0.00
366_L 119_I 0.85 0.11 0.00
311_K 332_D 0.85 0.11 0.00
31_L 374_E 0.85 0.11 0.00
594_A 289_L 0.85 0.11 0.00
450_K 352_G 0.85 0.11 0.00
318_S 133_V 0.85 0.11 0.00
84_K 318_F 0.85 0.11 0.00
405_T 156_Y 0.85 0.11 0.00
45_P 121_L 0.85 0.11 0.00
432_I 352_G 0.85 0.11 0.00
397_A 319_R 0.84 0.11 0.00
546_F 145_T 0.84 0.11 0.00
280_D 362_T 0.84 0.11 0.00
235_P 202_H 0.84 0.11 0.00
148_N 145_T 0.84 0.11 0.00
172_I 318_F 0.84 0.11 0.00
45_P 321_L 0.84 0.11 0.00
678_Q 304_M 0.84 0.11 0.00
81_E 174_P 0.84 0.11 0.00
629_I 331_A 0.84 0.11 0.00
492_A 192_A 0.84 0.11 0.00
143_S 207_N 0.84 0.11 0.00
354_L 58_P 0.84 0.11 0.00
587_A 313_Q 0.84 0.11 0.00
250_S 251_L 0.84 0.11 0.00
32_I 281_I 0.84 0.11 0.00
326_V 365_I 0.84 0.11 0.00
96_V 312_K 0.84 0.11 0.00
568_Y 327_W 0.84 0.11 0.00
169_V 239_S 0.83 0.11 0.00
194_D 151_L 0.83 0.11 0.00
394_V 358_L 0.83 0.11 0.00
117_M 226_T 0.83 0.11 0.00
83_E 11_L 0.83 0.11 0.00
427_L 239_S 0.83 0.11 0.00
628_E 133_V 0.83 0.11 0.00
354_L 305_I 0.83 0.11 0.00
308_R 286_P 0.83 0.11 0.00
517_H 9_N 0.83 0.11 0.00
321_D 212_I 0.83 0.10 0.00
286_I 246_F 0.83 0.10 0.00
454_D 365_I 0.83 0.10 0.00
609_A 361_T 0.83 0.10 0.00
250_S 172_D 0.83 0.10 0.00
609_A 172_D 0.83 0.10 0.00
260_N 43_I 0.83 0.10 0.00
281_I 14_L 0.83 0.10 0.00
279_E 157_I 0.83 0.10 0.00
596_Y 79_I 0.82 0.10 0.00
340_A 152_S 0.82 0.10 0.00
490_L 293_L 0.82 0.10 0.00
225_I 47_T 0.82 0.10 0.00
42_M 165_I 0.82 0.10 0.00
331_Q 47_T 0.82 0.10 0.00
151_S 312_K 0.82 0.10 0.00
300_Q 141_F 0.82 0.10 0.00
251_I 238_L 0.82 0.10 0.00
641_Q 338_W 0.82 0.10 0.00
236_Y 173_S 0.82 0.10 0.00
483_R 32_W 0.82 0.10 0.00
606_T 353_Q 0.82 0.10 0.00
178_Q 322_S 0.82 0.10 0.00
350_A 58_P 0.82 0.10 0.00
537_I 323_Q 0.82 0.10 0.00
394_V 308_L 0.82 0.10 0.00
153_F 312_K 0.82 0.10 0.00
50_L 93_I 0.82 0.10 0.00
165_I 362_T 0.82 0.10 0.00
419_R 308_L 0.82 0.10 0.00
40_S 299_I 0.82 0.10 0.00
698_D 94_C 0.82 0.10 0.00
392_A 152_S 0.81 0.10 0.00
428_K 373_I 0.81 0.10 0.00
286_I 115_N 0.81 0.10 0.00
402_L 97_L 0.81 0.10 0.00
45_P 364_L 0.81 0.10 0.00
432_I 174_P 0.81 0.10 0.00
41_V 320_P 0.81 0.10 0.00
204_M 308_L 0.81 0.10 0.00
149_D 157_I 0.81 0.10 0.00
400_V 344_V 0.81 0.10 0.00
169_V 150_L 0.81 0.10 0.00
169_V 156_Y 0.81 0.10 0.00
343_G 33_N 0.81 0.10 0.00
210_I 141_F 0.81 0.10 0.00
82_I 296_L 0.81 0.10 0.00
50_L 314_Q 0.81 0.10 0.00
31_L 311_S 0.81 0.10 0.00
108_K 226_T 0.81 0.10 0.00
315_T 344_V 0.81 0.10 0.00
256_A 174_P 0.81 0.10 0.00
138_D 272_E 0.81 0.10 0.00
98_K 194_A 0.81 0.10 0.00
549_G 231_L 0.81 0.10 0.00
560_L 225_Y 0.81 0.10 0.00
48_T 303_A 0.81 0.10 0.00
432_I 355_A 0.80 0.10 0.00
354_L 44_L 0.80 0.10 0.00
569_Q 166_W 0.80 0.10 0.00
698_D 251_L 0.80 0.10 0.00
108_K 46_I 0.80 0.10 0.00
415_N 301_I 0.80 0.10 0.00
96_V 338_W 0.80 0.10 0.00
496_I 239_S 0.80 0.10 0.00
553_G 261_N 0.80 0.10 0.00
101_N 242_T 0.80 0.10 0.00
153_F 83_L 0.80 0.10 0.00
257_V 233_L 0.80 0.10 0.00
350_A 339_I 0.80 0.10 0.00
34_V 333_L 0.80 0.10 0.00
94_M 145_T 0.80 0.10 0.00
320_E 162_V 0.79 0.10 0.00
95_P 36_S 0.79 0.10 0.00
114_E 251_L 0.79 0.10 0.00
616_A 185_I 0.79 0.10 0.00
169_V 243_L 0.79 0.10 0.00
323_L 36_S 0.79 0.10 0.00
213_M 312_K 0.79 0.10 0.00
146_F 80_I 0.79 0.10 0.00
215_M 351_I 0.79 0.10 0.00
625_A 261_N 0.79 0.10 0.00
73_G 104_Y 0.79 0.10 0.00
651_P 328_L 0.79 0.10 0.00
190_A 334_L 0.79 0.10 0.00
623_I 361_T 0.79 0.10 0.00
599_T 338_W 0.79 0.10 0.00
169_V 152_S 0.79 0.10 0.00
256_A 255_D 0.79 0.10 0.00
323_L 189_I 0.79 0.10 0.00
292_F 144_A 0.79 0.10 0.00
343_G 330_A 0.79 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
5873 0.3 cIp_3_4_cytb_4_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
5872 0.3 cIp_3_40_cytb_40_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
Page generated in 3.2372 seconds.