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OPENSEQ.org
RodA_PBP2
Genes: A B A+B
Length: 393 704 956
Sequences: 3562 2362 365
Seq/Len: 9.06 3.36 0.38
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.84
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.03 0.12
2 0.01 0.04 0.12
5 0.01 0.04 0.29
10 0.02 0.04 0.32
20 0.02 0.04 0.33
100 0.05 0.04 0.49
∞ 0.14 0.12 0.89
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
284_S 378_D 1.53 0.51 0.00
182_V 671_V 1.53 0.51 0.00
238_N 244_I 1.51 0.48 0.00
284_S 406_A 1.47 0.46 0.00
23_F 384_I 1.43 0.43 0.00
283_F 514_G 1.37 0.39 0.00
118_F 435_Y 1.36 0.38 0.00
323_A 377_M 1.34 0.37 0.00
233_W 509_L 1.33 0.37 0.00
18_F 79_V 1.33 0.36 0.00
348_I 352_K 1.33 0.36 0.00
255_M 241_L 1.31 0.35 0.00
358_F 652_Y 1.31 0.35 0.00
173_I 660_Y 1.27 0.33 0.00
14_G 394_L 1.27 0.32 0.00
163_I 229_D 1.25 0.31 0.00
325_F 683_N 1.25 0.31 0.00
342_I 34_L 1.25 0.31 0.00
295_C 38_L 1.24 0.31 0.00
358_F 256_Y 1.24 0.31 0.00
169_G 523_G 1.21 0.29 0.00
371_I 539_A 1.21 0.28 0.00
304_F 28_F 1.20 0.28 0.00
323_A 387_M 1.18 0.27 0.00
305_L 264_F 1.17 0.26 0.00
364_S 507_F 1.17 0.26 0.00
348_I 34_L 1.17 0.26 0.00
122_G 688_K 1.16 0.26 0.00
267_I 37_K 1.16 0.26 0.00
131_I 596_K 1.14 0.25 0.00
296_A 35_I 1.14 0.25 0.00
375_I 691_I 1.14 0.25 0.00
343_G 389_G 1.14 0.25 0.00
118_F 573_I 1.14 0.25 0.00
116_S 332_G 1.13 0.24 0.00
322_F 438_D 1.13 0.24 0.00
192_I 669_F 1.13 0.24 0.00
102_A 61_A 1.13 0.24 0.00
103_K 380_N 1.13 0.24 0.00
296_A 244_I 1.12 0.24 0.00
356_L 656_F 1.12 0.24 0.00
292_F 46_G 1.12 0.24 0.00
287_G 475_V 1.11 0.23 0.00
241_Q 556_S 1.11 0.23 0.00
181_M 569_I 1.11 0.23 0.00
351_V 395_K 1.11 0.23 0.00
370_L 682_I 1.11 0.23 0.00
293_I 226_L 1.10 0.23 0.00
330_Y 475_V 1.10 0.23 0.00
339_F 30_L 1.10 0.23 0.00
177_I 264_F 1.09 0.22 0.00
333_L 438_D 1.09 0.22 0.00
323_A 591_P 1.08 0.22 0.00
49_I 246_I 1.08 0.22 0.00
193_A 29_V 1.07 0.21 0.00
79_I 111_I 1.07 0.21 0.00
225_Y 629_S 1.07 0.21 0.00
116_S 657_V 1.07 0.21 0.00
152_I 659_Y 1.07 0.21 0.00
364_S 614_V 1.07 0.21 0.00
166_Q 675_S 1.06 0.21 0.00
346_I 37_K 1.06 0.21 0.00
325_F 527_T 1.06 0.21 0.00
151_K 338_L 1.06 0.21 0.00
74_S 427_Q 1.05 0.20 0.00
290_F 527_T 1.05 0.20 0.00
25_I 34_L 1.05 0.20 0.00
108_I 246_I 1.05 0.20 0.00
172_G 334_R 1.05 0.20 0.00
253_A 472_M 1.04 0.20 0.00
102_A 652_Y 1.04 0.20 0.00
176_F 37_K 1.04 0.20 0.00
102_A 475_V 1.04 0.20 0.00
286_I 190_E 1.04 0.20 0.00
286_I 320_K 1.04 0.20 0.00
182_V 387_M 1.03 0.20 0.00
38_G 298_L 1.03 0.20 0.00
127_L 569_I 1.03 0.19 0.00
248_W 231_I 1.03 0.19 0.00
104_S 405_G 1.03 0.19 0.00
169_G 619_T 1.03 0.19 0.00
373_F 652_Y 1.03 0.19 0.00
329_G 249_D 1.02 0.19 0.00
122_G 372_A 1.02 0.19 0.00
60_T 51_E 1.02 0.19 0.00
358_F 250_W 1.01 0.19 0.00
23_F 255_P 1.01 0.18 0.00
279_T 321_G 1.01 0.18 0.00
186_G 19_R 1.01 0.18 0.00
65_F 459_N 1.01 0.18 0.00
173_I 417_V 1.00 0.18 0.00
29_V 261_Y 1.00 0.18 0.00
173_I 87_I 1.00 0.18 0.00
365_S 446_N 1.00 0.18 0.00
16_L 76_K 1.00 0.18 0.00
66_D 658_G 1.00 0.18 0.00
130_V 89_Y 1.00 0.18 0.00
296_A 380_N 1.00 0.18 0.00
284_S 304_E 0.99 0.18 0.00
185_S 19_R 0.99 0.18 0.00
50_V 338_L 0.99 0.18 0.00
249_Q 469_N 0.99 0.18 0.00
322_F 226_L 0.99 0.18 0.00
238_N 595_N 0.99 0.18 0.00
382_Q 611_M 0.99 0.18 0.00
200_I 588_H 0.99 0.17 0.00
334_I 370_D 0.98 0.17 0.00
351_V 53_A 0.98 0.17 0.00
121_V 334_R 0.98 0.17 0.00
293_I 434_K 0.98 0.17 0.00
67_L 509_L 0.98 0.17 0.00
55_G 112_H 0.98 0.17 0.00
234_V 110_F 0.98 0.17 0.00
304_F 264_F 0.98 0.17 0.00
72_K 318_D 0.98 0.17 0.00
366_T 500_M 0.98 0.17 0.00
364_S 257_D 0.97 0.17 0.00
102_A 635_A 0.97 0.17 0.00
379_A 509_L 0.97 0.17 0.00
349_M 110_F 0.97 0.17 0.00
358_F 517_L 0.97 0.17 0.00
275_P 385_L 0.97 0.17 0.00
161_G 545_T 0.97 0.17 0.00
259_S 422_V 0.97 0.17 0.00
326_F 509_L 0.97 0.17 0.00
371_I 78_A 0.97 0.17 0.00
373_F 342_F 0.97 0.17 0.00
99_I 537_D 0.97 0.17 0.00
185_S 114_D 0.96 0.17 0.00
79_I 29_V 0.96 0.17 0.00
258_G 376_M 0.96 0.17 0.00
384_T 607_V 0.96 0.17 0.00
207_L 524_M 0.96 0.17 0.00
113_I 539_A 0.96 0.17 0.00
167_D 399_I 0.96 0.17 0.00
343_G 42_Q 0.96 0.17 0.00
157_V 632_T 0.96 0.17 0.00
82_I 384_I 0.96 0.16 0.00
26_I 427_Q 0.96 0.16 0.00
116_S 311_E 0.96 0.16 0.00
380_S 476_A 0.96 0.16 0.00
132_G 411_Y 0.95 0.16 0.00
302_F 558_I 0.95 0.16 0.00
70_L 565_V 0.95 0.16 0.00
308_R 135_A 0.95 0.16 0.00
365_S 229_D 0.95 0.16 0.00
195_I 112_H 0.95 0.16 0.00
371_I 431_P 0.95 0.16 0.00
292_F 43_I 0.95 0.16 0.00
322_F 48_Q 0.95 0.16 0.00
250_V 369_L 0.95 0.16 0.00
86_I 78_A 0.95 0.16 0.00
130_V 684_K 0.95 0.16 0.00
375_I 95_T 0.95 0.16 0.00
262_I 334_R 0.94 0.16 0.00
268_S 189_Y 0.94 0.16 0.00
182_V 398_K 0.94 0.16 0.00
104_S 654_L 0.94 0.16 0.00
334_I 372_A 0.94 0.16 0.00
372_G 560_N 0.94 0.16 0.00
358_F 351_E 0.94 0.16 0.00
49_I 557_V 0.94 0.16 0.00
145_D 425_G 0.94 0.15 0.00
196_A 246_I 0.94 0.15 0.00
200_I 342_F 0.94 0.15 0.00
343_G 450_K 0.93 0.15 0.00
136_P 261_Y 0.93 0.15 0.00
14_G 393_D 0.93 0.15 0.00
146_I 106_R 0.93 0.15 0.00
166_Q 26_A 0.93 0.15 0.00
187_I 37_K 0.93 0.15 0.00
290_F 569_I 0.93 0.15 0.00
323_A 341_S 0.93 0.15 0.00
19_I 87_I 0.93 0.15 0.00
283_F 515_I 0.93 0.15 0.00
322_F 519_Q 0.93 0.15 0.00
47_Q 654_L 0.93 0.15 0.00
238_N 34_L 0.93 0.15 0.00
145_D 225_D 0.93 0.15 0.00
27_S 560_N 0.93 0.15 0.00
104_S 526_T 0.93 0.15 0.00
163_I 337_D 0.92 0.15 0.00
116_S 247_V 0.92 0.15 0.00
320_N 632_T 0.92 0.15 0.00
171_A 246_I 0.92 0.15 0.00
309_L 257_D 0.92 0.15 0.00
56_A 601_E 0.92 0.15 0.00
177_I 172_E 0.92 0.15 0.00
335_V 539_A 0.92 0.15 0.00
196_A 549_L 0.92 0.15 0.00
283_F 317_E 0.92 0.15 0.00
343_G 628_V 0.92 0.15 0.00
198_S 595_N 0.92 0.15 0.00
192_I 476_A 0.92 0.15 0.00
363_G 523_G 0.92 0.15 0.00
131_I 513_T 0.92 0.15 0.00
292_F 318_D 0.92 0.15 0.00
106_F 695_A 0.92 0.15 0.00
96_A 416_A 0.91 0.15 0.00
313_I 515_I 0.91 0.15 0.00
301_M 75_Q 0.91 0.15 0.00
131_I 403_A 0.91 0.15 0.00
53_L 664_K 0.91 0.15 0.00
334_I 234_V 0.91 0.15 0.00
56_A 430_I 0.91 0.15 0.00
327_C 354_I 0.91 0.15 0.00
348_I 534_L 0.91 0.15 0.00
160_V 534_L 0.91 0.15 0.00
118_F 328_T 0.91 0.14 0.00
305_L 568_R 0.91 0.14 0.00
225_Y 614_V 0.91 0.14 0.00
322_F 355_E 0.91 0.14 0.00
379_A 515_I 0.91 0.14 0.00
272_V 226_L 0.91 0.14 0.00
283_F 188_A 0.91 0.14 0.00
351_V 472_M 0.90 0.14 0.00
359_V 376_M 0.90 0.14 0.00
351_V 523_G 0.90 0.14 0.00
171_A 523_G 0.90 0.14 0.00
66_D 680_D 0.90 0.14 0.00
87_I 684_K 0.90 0.14 0.00
255_M 515_I 0.90 0.14 0.00
170_T 42_Q 0.90 0.14 0.00
358_F 469_N 0.90 0.14 0.00
298_V 233_I 0.90 0.14 0.00
167_D 438_D 0.90 0.14 0.00
352_T 341_S 0.90 0.14 0.00
327_C 262_S 0.89 0.14 0.00
125_M 303_E 0.89 0.14 0.00
158_I 71_Y 0.89 0.14 0.00
366_T 687_A 0.89 0.14 0.00
170_T 369_L 0.89 0.14 0.00
296_A 342_F 0.89 0.14 0.00
375_I 615_T 0.89 0.14 0.00
230_V 90_V 0.89 0.14 0.00
195_I 601_E 0.89 0.14 0.00
284_S 79_V 0.89 0.14 0.00
185_S 259_T 0.89 0.14 0.00
49_I 342_F 0.89 0.14 0.00
15_D 515_I 0.89 0.14 0.00
284_S 465_Q 0.89 0.14 0.00
365_S 387_M 0.89 0.14 0.00
76_Y 414_G 0.88 0.14 0.00
33_A 629_S 0.88 0.14 0.00
35_G 691_I 0.88 0.14 0.00
234_V 602_S 0.88 0.14 0.00
152_I 77_V 0.88 0.14 0.00
245_N 29_V 0.88 0.14 0.00
336_I 233_I 0.88 0.14 0.00
227_I 669_F 0.88 0.14 0.00
86_I 386_S 0.88 0.14 0.00
375_I 337_D 0.88 0.14 0.00
87_I 394_L 0.88 0.13 0.00
340_Q 439_A 0.88 0.13 0.00
131_I 324_V 0.87 0.13 0.00
185_S 98_E 0.87 0.13 0.00
67_L 420_A 0.87 0.13 0.00
343_G 673_V 0.87 0.13 0.00
249_Q 188_A 0.87 0.13 0.00
356_L 630_G 0.87 0.13 0.00
119_M 646_W 0.87 0.13 0.00
338_T 666_K 0.87 0.13 0.00
179_L 330_D 0.87 0.13 0.00
283_F 438_D 0.87 0.13 0.00
195_I 557_V 0.87 0.13 0.00
86_I 332_G 0.87 0.13 0.00
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27_S 22_L 0.84 0.12 0.00
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187_I 669_F 0.82 0.12 0.00
365_S 551_M 0.81 0.12 0.00
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31_I 376_M 0.81 0.12 0.00
224_D 630_G 0.81 0.12 0.00
131_I 102_K 0.81 0.12 0.00
179_L 32_T 0.81 0.12 0.00
74_S 663_K 0.81 0.12 0.00
343_G 47_E 0.81 0.12 0.00
176_F 626_E 0.81 0.11 0.00
329_G 643_N 0.81 0.11 0.00
122_G 63_Y 0.81 0.11 0.00
188_N 188_A 0.81 0.11 0.00
284_S 669_F 0.81 0.11 0.00
224_D 381_N 0.81 0.11 0.00
32_Y 630_G 0.81 0.11 0.00
65_F 657_V 0.81 0.11 0.00
158_I 417_V 0.81 0.11 0.00
382_Q 554_Y 0.81 0.11 0.00
265_N 223_K 0.81 0.11 0.00
221_G 393_D 0.81 0.11 0.00
323_A 610_G 0.81 0.11 0.00
87_I 26_A 0.81 0.11 0.00
127_L 165_K 0.81 0.11 0.00
23_F 404_I 0.81 0.11 0.00
338_T 318_D 0.81 0.11 0.00
279_T 267_V 0.81 0.11 0.00
201_L 381_N 0.81 0.11 0.00
72_K 511_V 0.81 0.11 0.00
165_M 309_H 0.81 0.11 0.00
275_P 523_G 0.81 0.11 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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