May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
RsgA-S13
Genes: A B A+B
Length: 350 118 413
Sequences: 2498 2218 103
Seq/Len: 7.14 18.8 0.25
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.62
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.03 0.09 0.00
2 0.03 0.09 0.00
5 0.03 0.09 0.00
10 0.03 0.09 0.01
20 0.03 0.09 0.02
100 0.04 0.09 0.22
∞ 0.09 0.09 2.00
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
265_I 44_K 1.46 0.35 0.00
81_W 41_E 1.40 0.31 0.00
290_F 9_I 1.37 0.30 0.00
157_I 22_I 1.34 0.28 0.00
102_E 31_K 1.34 0.28 0.00
194_T 51_G 1.31 0.27 0.00
66_I 103_K 1.31 0.26 0.00
253_A 101_R 1.28 0.25 0.00
69_T 52_Q 1.26 0.24 0.00
40_D 56_L 1.26 0.24 0.00
248_H 79_R 1.25 0.24 0.00
120_A 8_N 1.25 0.24 0.00
157_I 31_K 1.23 0.23 0.00
46_S 63_F 1.23 0.23 0.00
222_S 49_S 1.23 0.23 0.00
145_L 102_T 1.21 0.22 0.00
205_L 17_I 1.20 0.21 0.00
221_S 103_K 1.19 0.21 0.00
184_G 17_I 1.17 0.20 0.00
196_D 30_S 1.16 0.20 0.00
141_I 71_R 1.15 0.20 0.00
224_L 27_K 1.15 0.19 0.00
160_N 82_D 1.15 0.19 0.00
121_A 71_R 1.14 0.19 0.00
156_I 35_A 1.14 0.19 0.00
267_S 77_I 1.13 0.18 0.00
62_H 113_R 1.11 0.18 0.00
218_V 13_K 1.10 0.17 0.00
212_F 73_I 1.10 0.17 0.00
324_T 104_T 1.10 0.17 0.00
168_E 112_P 1.10 0.17 0.00
50_M 11_D 1.10 0.17 0.00
312_I 9_I 1.10 0.17 0.00
129_V 106_A 1.09 0.17 0.00
122_N 68_D 1.09 0.17 0.00
129_V 70_R 1.09 0.17 0.00
100_V 41_E 1.08 0.17 0.00
332_I 113_R 1.08 0.17 0.00
234_I 112_P 1.07 0.16 0.00
170_M 104_T 1.07 0.16 0.00
251_T 77_I 1.06 0.16 0.00
271_R 104_T 1.06 0.16 0.00
253_A 113_R 1.06 0.16 0.00
137_S 41_E 1.05 0.16 0.00
69_T 11_D 1.05 0.16 0.00
267_S 21_S 1.04 0.15 0.00
272_E 82_D 1.04 0.15 0.00
312_I 12_H 1.04 0.15 0.00
270_V 82_D 1.03 0.15 0.00
146_V 29_R 1.03 0.15 0.00
193_H 52_Q 1.03 0.15 0.00
330_H 43_V 1.03 0.15 0.00
325_R 65_V 1.03 0.15 0.00
127_V 113_R 1.02 0.15 0.00
50_M 74_S 1.02 0.15 0.00
314_E 60_V 1.02 0.15 0.00
273_F 94_G 1.02 0.15 0.00
188_L 43_V 1.02 0.15 0.00
271_R 101_R 1.02 0.15 0.00
153_I 2_A 1.02 0.15 0.00
42_G 12_H 1.02 0.14 0.00
121_A 112_P 1.02 0.14 0.00
333_L 39_I 1.01 0.14 0.00
49_G 44_K 1.00 0.14 0.00
264_V 55_T 1.00 0.14 0.00
247_Q 2_A 1.00 0.14 0.00
255_L 48_L 1.00 0.14 0.00
177_M 30_S 1.00 0.14 0.00
46_S 42_D 1.00 0.14 0.00
292_D 40_A 1.00 0.14 0.00
287_F 109_R 1.00 0.14 0.00
128_I 112_P 1.00 0.14 0.00
238_D 94_G 1.00 0.14 0.00
255_L 36_A 1.00 0.14 0.00
273_F 40_A 0.99 0.14 0.00
221_S 6_G 0.99 0.14 0.00
327_E 52_Q 0.98 0.14 0.00
172_F 68_D 0.98 0.13 0.00
247_Q 7_I 0.98 0.13 0.00
289_E 65_V 0.98 0.13 0.00
155_P 48_L 0.97 0.13 0.00
209_I 53_I 0.97 0.13 0.00
315_A 18_A 0.97 0.13 0.00
80_V 56_L 0.97 0.13 0.00
233_E 25_V 0.96 0.13 0.00
237_N 68_D 0.96 0.13 0.00
309_G 25_V 0.96 0.13 0.00
250_T 87_R 0.96 0.13 0.00
226_A 30_S 0.96 0.13 0.00
320_K 85_C 0.96 0.13 0.00
122_N 48_L 0.95 0.13 0.00
129_V 48_L 0.95 0.13 0.00
183_I 75_M 0.95 0.13 0.00
64_C 47_E 0.95 0.13 0.00
314_E 93_R 0.95 0.12 0.00
122_N 71_R 0.95 0.12 0.00
133_L 113_R 0.95 0.12 0.00
182_N 49_S 0.94 0.12 0.00
212_F 103_K 0.94 0.12 0.00
150_T 58_D 0.94 0.12 0.00
335_S 48_L 0.94 0.12 0.00
215_Q 9_I 0.94 0.12 0.00
211_I 74_S 0.94 0.12 0.00
176_Q 39_I 0.94 0.12 0.00
54_V 47_E 0.93 0.12 0.00
73_L 8_N 0.93 0.12 0.00
250_T 80_L 0.93 0.12 0.00
330_H 83_L 0.93 0.12 0.00
203_E 51_G 0.93 0.12 0.00
207_G 28_T 0.93 0.12 0.00
238_D 25_V 0.93 0.12 0.00
235_L 49_S 0.92 0.12 0.00
213_A 50_E 0.92 0.12 0.00
243_S 11_D 0.92 0.12 0.00
293_Y 113_R 0.92 0.12 0.00
102_E 94_G 0.92 0.12 0.00
292_D 51_G 0.92 0.12 0.00
162_I 30_S 0.92 0.12 0.00
156_I 42_D 0.92 0.12 0.00
170_M 112_P 0.92 0.12 0.00
239_I 25_V 0.92 0.12 0.00
282_Q 28_T 0.91 0.12 0.00
137_S 33_I 0.91 0.12 0.00
218_V 98_R 0.91 0.12 0.00
290_F 113_R 0.91 0.11 0.00
48_F 83_L 0.91 0.11 0.00
188_L 40_A 0.91 0.11 0.00
195_Q 50_E 0.91 0.11 0.00
128_I 106_A 0.91 0.11 0.00
274_G 57_R 0.91 0.11 0.00
111_D 14_H 0.90 0.11 0.00
254_R 63_F 0.90 0.11 0.00
152_Q 64_V 0.90 0.11 0.00
148_C 8_N 0.90 0.11 0.00
212_F 9_I 0.90 0.11 0.00
141_I 50_E 0.90 0.11 0.00
157_I 93_R 0.90 0.11 0.00
157_I 25_V 0.89 0.11 0.00
240_S 98_R 0.89 0.11 0.00
120_A 57_R 0.88 0.11 0.00
79_V 92_R 0.88 0.11 0.00
325_R 57_R 0.88 0.11 0.00
215_Q 16_V 0.88 0.11 0.00
54_V 30_S 0.88 0.11 0.00
332_I 12_H 0.88 0.11 0.00
181_R 16_V 0.88 0.11 0.00
331_R 53_I 0.88 0.11 0.00
140_I 71_R 0.88 0.11 0.00
52_A 57_R 0.87 0.11 0.00
64_C 101_R 0.87 0.10 0.00
223_L 6_G 0.87 0.10 0.00
228_L 18_A 0.87 0.10 0.00
235_L 28_T 0.87 0.10 0.00
62_H 16_V 0.87 0.10 0.00
295_G 29_R 0.87 0.10 0.00
244_G 76_S 0.87 0.10 0.00
155_P 71_R 0.86 0.10 0.00
178_D 30_S 0.86 0.10 0.00
209_I 29_R 0.86 0.10 0.00
141_I 82_D 0.86 0.10 0.00
187_V 30_S 0.86 0.10 0.00
47_R 101_R 0.86 0.10 0.00
311_A 50_E 0.86 0.10 0.00
133_L 11_D 0.85 0.10 0.00
70_I 56_L 0.85 0.10 0.00
334_E 34_L 0.85 0.10 0.00
333_L 28_T 0.85 0.10 0.00
164_L 64_V 0.85 0.10 0.00
152_Q 47_E 0.85 0.10 0.00
271_R 71_R 0.85 0.10 0.00
216_S 101_R 0.85 0.10 0.00
158_V 89_L 0.85 0.10 0.00
150_T 28_T 0.85 0.10 0.00
52_A 89_L 0.85 0.10 0.00
226_A 93_R 0.85 0.10 0.00
247_Q 71_R 0.85 0.10 0.00
323_E 63_F 0.85 0.10 0.00
247_Q 73_I 0.84 0.10 0.00
193_H 37_A 0.84 0.10 0.00
87_A 76_S 0.84 0.10 0.00
250_T 78_K 0.84 0.10 0.00
190_V 28_T 0.84 0.10 0.00
153_I 16_V 0.84 0.10 0.00
224_L 5_A 0.84 0.10 0.00
294_L 2_A 0.84 0.10 0.00
322_A 57_R 0.84 0.10 0.00
186_R 60_V 0.84 0.10 0.00
62_H 18_A 0.83 0.10 0.00
118_P 83_L 0.83 0.10 0.00
48_F 89_L 0.83 0.10 0.00
136_L 71_R 0.83 0.10 0.00
45_I 11_D 0.83 0.10 0.00
55_E 63_F 0.83 0.10 0.00
76_G 92_R 0.83 0.10 0.00
77_D 92_R 0.83 0.10 0.00
270_V 71_R 0.83 0.10 0.00
271_R 89_L 0.83 0.10 0.00
205_L 27_K 0.83 0.10 0.00
218_V 21_S 0.83 0.10 0.00
177_M 34_L 0.83 0.10 0.00
48_F 48_L 0.83 0.10 0.00
138_L 101_R 0.83 0.10 0.00
200_P 4_I 0.83 0.10 0.00
245_L 60_V 0.83 0.10 0.00
72_S 71_R 0.82 0.09 0.00
184_G 39_I 0.82 0.09 0.00
301_D 44_K 0.82 0.09 0.00
300_R 60_V 0.82 0.09 0.00
128_I 93_R 0.82 0.09 0.00
321_I 73_I 0.82 0.09 0.00
96_I 81_M 0.82 0.09 0.00
87_A 112_P 0.82 0.09 0.00
291_H 51_G 0.82 0.09 0.00
148_C 7_I 0.82 0.09 0.00
313_R 29_R 0.82 0.09 0.00
242_N 9_I 0.82 0.09 0.00
311_A 5_A 0.82 0.09 0.00
146_V 106_A 0.81 0.09 0.00
146_V 58_D 0.81 0.09 0.00
254_R 34_L 0.81 0.09 0.00
248_H 86_Y 0.81 0.09 0.00
141_I 106_A 0.81 0.09 0.00
122_N 26_G 0.81 0.09 0.00
339_V 39_I 0.81 0.09 0.00
210_S 113_R 0.81 0.09 0.00
96_I 44_K 0.81 0.09 0.00
315_A 87_R 0.81 0.09 0.00
46_S 45_I 0.81 0.09 0.00
148_C 18_A 0.80 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
5796 2.26 RsgA-S13 Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.01 Done - Shared
5793 0.25 RsgA-S13 Δgene:(1, 100) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
5791 0.02 RsgA-S13 Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
Page generated in 3.1049 seconds.