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OPENSEQ.org
cIm_H_40_cyt1_2_human
Genes: A B A+B
Length: 318 325 569
Sequences: 5631 747 132
Seq/Len: 17.71 2.3 0.23
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.42
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.02 0.00
2 0.00 0.02 0.00
5 0.00 0.02 0.00
10 0.00 0.02 0.00
20 0.00 0.02 0.00
100 0.00 0.02 0.01
∞ 0.01 0.02 0.21
Paired alignment generation
None of the genomes have hits within 20 Δgene.
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
157_S 70_G 1.57 0.40 0.00
220_F 138_V 1.34 0.27 0.00
112_A 114_F 1.30 0.24 0.00
174_L 308_R 1.30 0.24 0.00
106_L 118_K 1.21 0.20 0.00
159_S 108_T 1.20 0.20 0.00
177_P 235_P 1.19 0.20 0.00
255_Y 213_S 1.18 0.20 0.00
237_L 109_S 1.18 0.19 0.00
33_L 236_Y 1.18 0.19 0.00
222_L 197_L 1.18 0.19 0.00
296_L 128_D 1.17 0.19 0.00
67_T 309_H 1.16 0.19 0.00
164_T 186_R 1.16 0.19 0.00
27_I 176_P 1.12 0.17 0.00
102_L 238_P 1.11 0.17 0.00
252_P 267_A 1.11 0.17 0.00
77_L 267_A 1.10 0.17 0.00
236_T 71_G 1.09 0.16 0.00
220_F 139_C 1.08 0.16 0.00
257_T 126_S 1.08 0.16 0.00
292_N 298_L 1.07 0.16 0.00
20_L 259_T 1.06 0.15 0.00
72_I 205_H 1.05 0.15 0.00
132_A 119_Q 1.05 0.15 0.00
233_M 245_A 1.05 0.15 0.00
100_L 169_G 1.04 0.15 0.00
211_F 213_S 1.04 0.14 0.00
151_L 105_L 1.04 0.14 0.00
130_I 290_L 1.03 0.14 0.00
85_L 108_T 1.03 0.14 0.00
95_L 201_V 1.03 0.14 0.00
89_L 310_K 1.03 0.14 0.00
84_L 205_H 1.03 0.14 0.00
106_L 219_C 1.03 0.14 0.00
307_M 105_L 1.02 0.14 0.00
312_S 256_D 1.02 0.14 0.00
62_K 92_P 1.02 0.14 0.00
252_P 159_N 1.02 0.14 0.00
253_E 268_K 1.01 0.14 0.00
167_T 206_G 1.01 0.14 0.00
159_S 206_G 1.01 0.14 0.00
23_T 299_L 1.01 0.14 0.00
305_V 213_S 1.00 0.14 0.00
94_P 122_A 1.00 0.14 0.00
149_I 232_Y 1.00 0.14 0.00
276_A 268_K 0.99 0.13 0.00
240_T 298_L 0.99 0.13 0.00
89_L 179_Y 0.99 0.13 0.00
212_N 307_K 0.99 0.13 0.00
53_M 105_L 0.99 0.13 0.00
211_F 306_I 0.98 0.13 0.00
173_W 156_D 0.98 0.13 0.00
212_N 281_E 0.98 0.13 0.00
32_Q 156_D 0.98 0.13 0.00
55_L 281_E 0.98 0.13 0.00
237_L 272_T 0.98 0.13 0.00
105_I 295_M 0.98 0.13 0.00
112_A 310_K 0.98 0.13 0.00
65_T 239_G 0.98 0.13 0.00
97_N 153_E 0.98 0.13 0.00
60_P 307_K 0.98 0.13 0.00
265_L 87_L 0.97 0.13 0.00
28_L 281_E 0.97 0.13 0.00
31_M 138_V 0.97 0.13 0.00
174_L 242_I 0.97 0.13 0.00
237_L 190_N 0.97 0.12 0.00
22_L 199_Y 0.97 0.12 0.00
116_I 159_N 0.97 0.12 0.00
118_W 286_K 0.96 0.12 0.00
213_I 166_M 0.96 0.12 0.00
304_H 115_Q 0.96 0.12 0.00
163_S 256_D 0.96 0.12 0.00
106_L 220_E 0.96 0.12 0.00
233_M 170_K 0.96 0.12 0.00
163_S 76_M 0.95 0.12 0.00
12_P 300_V 0.95 0.12 0.00
305_V 266_I 0.95 0.12 0.00
236_T 259_T 0.95 0.12 0.00
67_T 127_M 0.95 0.12 0.00
8_L 126_S 0.95 0.12 0.00
248_D 190_N 0.94 0.12 0.00
222_L 200_I 0.94 0.12 0.00
58_K 191_G 0.94 0.12 0.00
119_S 138_V 0.94 0.12 0.00
20_L 169_G 0.94 0.12 0.00
212_N 266_I 0.93 0.12 0.00
64_A 117_Y 0.93 0.12 0.00
64_A 95_P 0.93 0.11 0.00
62_K 72_A 0.93 0.11 0.00
132_A 141_T 0.93 0.11 0.00
240_T 218_Y 0.92 0.11 0.00
247_Y 127_M 0.92 0.11 0.00
96_V 313_V 0.92 0.11 0.00
69_T 225_V 0.92 0.11 0.00
237_L 154_V 0.92 0.11 0.00
15_I 123_S 0.91 0.11 0.00
251_S 282_H 0.91 0.11 0.00
91_M 146_K 0.91 0.11 0.00
43_Y 300_V 0.91 0.11 0.00
20_L 305_T 0.91 0.11 0.00
150_L 73_G 0.91 0.11 0.00
68_I 286_K 0.91 0.11 0.00
257_T 250_T 0.91 0.11 0.00
27_I 309_H 0.91 0.11 0.00
8_L 271_C 0.91 0.11 0.00
263_T 245_A 0.91 0.11 0.00
250_L 68_A 0.90 0.11 0.00
167_T 225_V 0.90 0.11 0.00
233_M 93_S 0.90 0.11 0.00
257_T 208_E 0.90 0.11 0.00
98_L 275_R 0.90 0.11 0.00
15_I 211_V 0.90 0.11 0.00
22_L 127_M 0.90 0.11 0.00
238_T 111_R 0.90 0.11 0.00
119_S 245_A 0.90 0.11 0.00
5_N 293_L 0.89 0.11 0.00
177_P 288_M 0.89 0.11 0.00
27_I 231_L 0.89 0.10 0.00
140_I 316_S 0.89 0.10 0.00
22_L 221_P 0.89 0.10 0.00
239_T 312_S 0.89 0.10 0.00
248_D 299_L 0.89 0.10 0.00
255_Y 92_P 0.88 0.10 0.00
309_I 134_H 0.88 0.10 0.00
212_N 213_S 0.88 0.10 0.00
305_V 99_R 0.88 0.10 0.00
92_P 82_V 0.88 0.10 0.00
296_L 141_T 0.88 0.10 0.00
100_L 283_D 0.88 0.10 0.00
269_L 274_L 0.88 0.10 0.00
27_I 91_P 0.88 0.10 0.00
216_A 145_A 0.88 0.10 0.00
116_I 130_V 0.87 0.10 0.00
259_F 286_K 0.87 0.10 0.00
128_A 290_L 0.87 0.10 0.00
97_N 314_L 0.87 0.10 0.00
261_T 95_P 0.87 0.10 0.00
166_I 301_P 0.87 0.10 0.00
312_S 248_I 0.86 0.10 0.00
3_M 86_D 0.86 0.10 0.00
61_L 218_Y 0.86 0.10 0.00
257_T 255_F 0.86 0.10 0.00
97_N 282_H 0.86 0.10 0.00
216_A 293_L 0.86 0.10 0.00
20_L 86_D 0.86 0.10 0.00
168_T 105_L 0.86 0.10 0.00
84_L 288_M 0.86 0.10 0.00
67_T 145_A 0.85 0.10 0.00
98_L 131_A 0.85 0.10 0.00
80_T 242_I 0.85 0.10 0.00
96_V 257_D 0.85 0.10 0.00
292_N 263_M 0.85 0.10 0.00
152_S 128_D 0.85 0.10 0.00
237_L 305_T 0.85 0.10 0.00
205_S 243_A 0.85 0.10 0.00
48_P 281_E 0.84 0.10 0.00
216_A 256_D 0.84 0.10 0.00
213_I 231_L 0.84 0.10 0.00
292_N 144_E 0.84 0.10 0.00
250_L 314_L 0.84 0.10 0.00
31_M 144_E 0.84 0.09 0.00
196_T 211_V 0.84 0.09 0.00
296_L 298_L 0.84 0.09 0.00
266_L 161_D 0.84 0.09 0.00
179_W 77_A 0.84 0.09 0.00
98_L 122_A 0.84 0.09 0.00
119_S 286_K 0.84 0.09 0.00
250_L 212_F 0.83 0.09 0.00
43_Y 277_A 0.83 0.09 0.00
116_I 209_D 0.83 0.09 0.00
66_S 154_V 0.83 0.09 0.00
216_A 305_T 0.83 0.09 0.00
116_I 201_V 0.83 0.09 0.00
243_L 287_R 0.83 0.09 0.00
257_T 118_K 0.83 0.09 0.00
9_L 193_L 0.83 0.09 0.00
151_L 188_A 0.83 0.09 0.00
78_A 146_K 0.83 0.09 0.00
80_T 175_F 0.82 0.09 0.00
78_A 160_E 0.82 0.09 0.00
22_L 175_F 0.82 0.09 0.00
27_I 275_R 0.82 0.09 0.00
184_M 255_F 0.82 0.09 0.00
116_I 101_L 0.82 0.09 0.00
15_I 150_A 0.82 0.09 0.00
313_S 85_S 0.82 0.09 0.00
306_S 294_M 0.82 0.09 0.00
72_I 132_Y 0.81 0.09 0.00
60_P 205_H 0.81 0.09 0.00
116_I 312_S 0.81 0.09 0.00
95_L 82_V 0.81 0.09 0.00
243_L 209_D 0.81 0.09 0.00
148_I 262_T 0.81 0.09 0.00
254_L 67_L 0.81 0.09 0.00
212_N 306_I 0.81 0.09 0.00
97_N 214_L 0.81 0.09 0.00
33_L 86_D 0.81 0.09 0.00
67_T 159_N 0.81 0.09 0.00
292_N 114_F 0.80 0.09 0.00
100_L 254_E 0.80 0.09 0.00
184_M 172_F 0.80 0.09 0.00
224_F 138_V 0.80 0.09 0.00
265_L 223_T 0.80 0.09 0.00
148_I 242_I 0.80 0.09 0.00
13_I 287_R 0.80 0.09 0.00
106_L 188_A 0.80 0.09 0.00
61_L 68_A 0.80 0.09 0.00
24_E 281_E 0.80 0.09 0.00
70_L 271_C 0.80 0.09 0.00
27_I 301_P 0.80 0.09 0.00
89_L 197_L 0.80 0.09 0.00
93_N 69_A 0.80 0.09 0.00
300_L 237_F 0.80 0.09 0.00
203_G 109_S 0.79 0.08 0.00
20_L 70_G 0.79 0.08 0.00
211_F 260_P 0.79 0.08 0.00
205_S 271_C 0.79 0.08 0.00
140_I 312_S 0.79 0.08 0.00
17_M 240_Q 0.79 0.08 0.00
201_A 191_G 0.79 0.08 0.00
179_W 70_G 0.79 0.08 0.00
105_I 252_V 0.79 0.08 0.00
221_A 221_P 0.79 0.08 0.00
3_M 127_M 0.79 0.08 0.00
96_V 148_L 0.79 0.08 0.00
233_M 235_P 0.79 0.08 0.00
229_T 138_V 0.79 0.08 0.00
66_S 143_D 0.79 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
5776 0.23 cIm_H_40_cyt1_2_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-02, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
5775 0.25 cIm_H_2_cyt1_2_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
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