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OPENSEQ.org
cIm_M_60_1_cyt1_2_human
Genes: A B A+B
Length: 459 325 651
Sequences: 3481 747 50
Seq/Len: 7.58 2.3 0.08
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.63
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.02 0.00
2 0.00 0.02 0.00
5 0.00 0.02 0.00
10 0.00 0.02 0.00
20 0.00 0.02 0.00
100 0.00 0.02 0.00
∞ 0.00 0.02 0.06
Paired alignment generation
None of the genomes have hits within 20 Δgene.
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
282_L 83_S 1.98 0.35 0.00
416_W 192_A 1.59 0.20 0.00
124_T 301_P 1.57 0.20 0.00
312_A 145_A 1.55 0.19 0.00
407_S 266_I 1.48 0.17 0.00
64_P 170_K 1.48 0.17 0.00
93_K 209_D 1.46 0.17 0.00
234_V 315_K 1.42 0.16 0.00
165_I 266_I 1.42 0.16 0.00
333_N 71_G 1.40 0.15 0.00
309_F 243_A 1.35 0.14 0.00
333_N 268_K 1.35 0.14 0.00
83_H 310_K 1.33 0.14 0.00
390_N 169_G 1.30 0.13 0.00
351_L 238_P 1.30 0.13 0.00
277_L 182_S 1.29 0.12 0.00
385_T 242_I 1.25 0.12 0.00
296_L 265_Q 1.23 0.12 0.00
385_T 216_T 1.23 0.11 0.00
158_L 312_S 1.22 0.11 0.00
165_I 201_V 1.22 0.11 0.00
244_M 267_A 1.22 0.11 0.00
64_P 245_A 1.22 0.11 0.00
238_L 160_E 1.21 0.11 0.00
407_S 201_V 1.21 0.11 0.00
120_I 245_A 1.21 0.11 0.00
147_T 160_E 1.20 0.11 0.00
143_L 145_A 1.20 0.11 0.00
361_L 245_A 1.19 0.11 0.00
234_V 140_Y 1.19 0.11 0.00
64_P 92_P 1.18 0.11 0.00
234_V 235_P 1.17 0.10 0.00
61_L 257_D 1.17 0.10 0.00
125_T 299_L 1.16 0.10 0.00
428_P 179_Y 1.15 0.10 0.00
238_L 108_T 1.15 0.10 0.00
317_I 245_A 1.14 0.10 0.00
141_E 307_K 1.14 0.10 0.00
105_S 107_H 1.13 0.10 0.00
291_I 314_L 1.13 0.10 0.00
388_W 248_I 1.12 0.10 0.00
233_A 235_P 1.12 0.10 0.00
433_E 220_E 1.12 0.10 0.00
321_L 213_S 1.12 0.09 0.00
166_Y 205_H 1.12 0.09 0.00
270_I 268_K 1.11 0.09 0.00
165_I 306_I 1.11 0.09 0.00
178_L 163_E 1.10 0.09 0.00
282_L 248_I 1.10 0.09 0.00
84_L 245_A 1.09 0.09 0.00
270_I 75_A 1.09 0.09 0.00
359_W 192_A 1.09 0.09 0.00
376_L 78_L 1.09 0.09 0.00
317_I 277_A 1.07 0.09 0.00
130_L 96_W 1.06 0.09 0.00
309_F 105_L 1.06 0.09 0.00
360_L 105_L 1.06 0.09 0.00
244_M 83_S 1.05 0.08 0.00
394_L 314_L 1.05 0.08 0.00
324_S 284_H 1.05 0.08 0.00
385_T 92_P 1.05 0.08 0.00
75_L 312_S 1.05 0.08 0.00
222_E 168_P 1.05 0.08 0.00
143_L 115_Q 1.05 0.08 0.00
411_F 253_L 1.05 0.08 0.00
350_T 310_K 1.05 0.08 0.00
361_L 213_S 1.05 0.08 0.00
333_N 199_Y 1.04 0.08 0.00
389_S 140_Y 1.04 0.08 0.00
397_G 144_E 1.04 0.08 0.00
432_R 220_E 1.04 0.08 0.00
102_L 286_K 1.04 0.08 0.00
234_V 153_E 1.04 0.08 0.00
402_V 126_S 1.04 0.08 0.00
178_L 118_K 1.03 0.08 0.00
125_T 105_L 1.03 0.08 0.00
305_T 122_A 1.03 0.08 0.00
63_A 231_L 1.03 0.08 0.00
143_L 251_D 1.03 0.08 0.00
84_L 160_E 1.03 0.08 0.00
244_M 186_R 1.02 0.08 0.00
278_R 193_L 1.02 0.08 0.00
263_V 257_D 1.02 0.08 0.00
158_L 304_Y 1.02 0.08 0.00
407_S 301_P 1.02 0.08 0.00
195_M 145_A 1.02 0.08 0.00
324_S 82_V 1.02 0.08 0.00
158_L 309_H 1.02 0.08 0.00
135_R 297_A 1.02 0.08 0.00
113_T 154_V 1.02 0.08 0.00
141_E 96_W 1.01 0.08 0.00
282_L 281_E 1.01 0.08 0.00
180_T 290_L 1.01 0.08 0.00
244_M 228_R 1.01 0.08 0.00
271_M 199_Y 1.01 0.08 0.00
337_T 140_Y 1.01 0.08 0.00
420_T 308_R 1.01 0.08 0.00
351_L 242_I 1.00 0.08 0.00
275_I 199_Y 1.00 0.08 0.00
317_I 242_I 1.00 0.08 0.00
146_G 212_F 1.00 0.08 0.00
238_L 235_P 1.00 0.08 0.00
207_M 130_V 1.00 0.08 0.00
120_I 299_L 1.00 0.08 0.00
70_T 288_M 1.00 0.08 0.00
282_L 84_A 1.00 0.08 0.00
244_M 248_I 0.99 0.08 0.00
230_V 126_S 0.99 0.08 0.00
244_M 283_D 0.99 0.08 0.00
409_Y 170_K 0.99 0.08 0.00
282_L 141_T 0.99 0.08 0.00
351_L 303_V 0.99 0.08 0.00
65_L 188_A 0.99 0.08 0.00
278_R 236_Y 0.99 0.08 0.00
376_L 228_R 0.99 0.07 0.00
305_T 157_G 0.98 0.07 0.00
238_L 299_L 0.98 0.07 0.00
143_L 157_G 0.98 0.07 0.00
64_P 155_Q 0.98 0.07 0.00
146_G 284_H 0.98 0.07 0.00
177_L 123_S 0.98 0.07 0.00
387_S 147_E 0.98 0.07 0.00
301_I 305_T 0.97 0.07 0.00
303_I 242_I 0.97 0.07 0.00
400_M 305_T 0.97 0.07 0.00
230_V 232_Y 0.97 0.07 0.00
158_L 205_H 0.97 0.07 0.00
115_L 137_G 0.97 0.07 0.00
282_L 82_V 0.97 0.07 0.00
271_M 258_G 0.97 0.07 0.00
160_L 278_S 0.96 0.07 0.00
135_R 237_F 0.96 0.07 0.00
111_T 268_K 0.96 0.07 0.00
230_V 118_K 0.96 0.07 0.00
445_L 132_Y 0.96 0.07 0.00
116_I 262_T 0.96 0.07 0.00
141_E 205_H 0.96 0.07 0.00
109_T 231_L 0.96 0.07 0.00
405_L 264_S 0.96 0.07 0.00
97_S 148_L 0.96 0.07 0.00
305_T 242_I 0.96 0.07 0.00
147_T 67_L 0.96 0.07 0.00
135_R 157_G 0.96 0.07 0.00
130_L 98_H 0.95 0.07 0.00
420_T 131_A 0.95 0.07 0.00
321_L 243_A 0.95 0.07 0.00
141_E 213_S 0.95 0.07 0.00
405_L 199_Y 0.95 0.07 0.00
146_G 179_Y 0.95 0.07 0.00
64_P 290_L 0.94 0.07 0.00
392_T 93_S 0.94 0.07 0.00
97_S 309_H 0.94 0.07 0.00
278_R 144_E 0.94 0.07 0.00
93_K 307_K 0.94 0.07 0.00
387_S 245_A 0.94 0.07 0.00
396_T 237_F 0.94 0.07 0.00
413_T 291_K 0.94 0.07 0.00
278_R 91_P 0.94 0.07 0.00
269_M 190_N 0.94 0.07 0.00
414_T 87_L 0.93 0.07 0.00
360_L 169_G 0.93 0.07 0.00
333_N 70_G 0.93 0.07 0.00
299_T 199_Y 0.93 0.07 0.00
244_M 305_T 0.93 0.07 0.00
385_T 237_F 0.93 0.07 0.00
409_Y 245_A 0.93 0.07 0.00
73_L 109_S 0.93 0.07 0.00
146_G 126_S 0.93 0.07 0.00
97_S 172_F 0.93 0.07 0.00
115_L 138_V 0.93 0.07 0.00
229_M 255_F 0.92 0.07 0.00
337_T 303_V 0.92 0.07 0.00
166_Y 201_V 0.92 0.07 0.00
58_S 69_A 0.92 0.07 0.00
317_I 235_P 0.92 0.07 0.00
382_L 148_L 0.92 0.07 0.00
383_V 242_I 0.92 0.07 0.00
350_T 101_L 0.92 0.07 0.00
317_I 170_K 0.92 0.07 0.00
147_T 83_S 0.92 0.07 0.00
96_L 101_L 0.92 0.07 0.00
270_I 226_S 0.92 0.07 0.00
312_A 305_T 0.91 0.07 0.00
398_L 92_P 0.91 0.07 0.00
278_R 248_I 0.91 0.07 0.00
165_I 99_R 0.91 0.07 0.00
181_L 169_G 0.91 0.07 0.00
351_L 134_H 0.91 0.07 0.00
184_Q 188_A 0.91 0.07 0.00
436_L 107_H 0.91 0.07 0.00
407_S 261_A 0.90 0.07 0.00
322_T 159_N 0.90 0.07 0.00
414_T 296_M 0.90 0.07 0.00
304_Q 94_Y 0.90 0.06 0.00
400_M 179_Y 0.90 0.06 0.00
67_M 231_L 0.90 0.06 0.00
337_T 138_V 0.90 0.06 0.00
419_L 144_E 0.90 0.06 0.00
266_L 197_L 0.90 0.06 0.00
234_V 251_D 0.90 0.06 0.00
387_S 122_A 0.90 0.06 0.00
409_Y 142_E 0.89 0.06 0.00
181_L 131_A 0.89 0.06 0.00
163_A 178_P 0.89 0.06 0.00
162_I 193_L 0.89 0.06 0.00
379_L 240_Q 0.89 0.06 0.00
85_S 86_D 0.89 0.06 0.00
147_T 79_H 0.89 0.06 0.00
444_I 154_V 0.89 0.06 0.00
63_A 148_L 0.89 0.06 0.00
63_A 268_K 0.89 0.06 0.00
277_L 131_A 0.89 0.06 0.00
395_L 180_P 0.89 0.06 0.00
261_F 80_S 0.88 0.06 0.00
314_I 286_K 0.88 0.06 0.00
120_I 300_V 0.88 0.06 0.00
400_M 101_L 0.88 0.06 0.00
180_T 73_G 0.88 0.06 0.00
415_Q 186_R 0.88 0.06 0.00
409_Y 144_E 0.88 0.06 0.00
351_L 138_V 0.88 0.06 0.00
164_L 200_I 0.88 0.06 0.00
162_I 266_I 0.88 0.06 0.00
61_L 188_A 0.88 0.06 0.00
135_R 114_F 0.88 0.06 0.00
234_V 161_D 0.88 0.06 0.00
278_R 86_D 0.88 0.06 0.00
426_M 303_V 0.88 0.06 0.00
73_L 259_T 0.88 0.06 0.00
97_S 261_A 0.87 0.06 0.00
313_V 245_A 0.87 0.06 0.00
115_L 284_H 0.87 0.06 0.00
398_L 237_F 0.87 0.06 0.00
162_I 260_P 0.87 0.06 0.00
64_P 206_G 0.87 0.06 0.00
73_L 153_E 0.87 0.06 0.00
357_F 221_P 0.87 0.06 0.00
332_S 119_Q 0.86 0.06 0.00
382_L 139_C 0.86 0.06 0.00
388_W 200_I 0.86 0.06 0.00
387_S 170_K 0.86 0.06 0.00
409_Y 91_P 0.86 0.06 0.00
184_Q 221_P 0.86 0.06 0.00
66_L 115_Q 0.86 0.06 0.00
361_L 92_P 0.86 0.06 0.00
310_T 315_K 0.86 0.06 0.00
141_E 266_I 0.86 0.06 0.00
402_V 122_A 0.86 0.06 0.00
280_T 283_D 0.86 0.06 0.00
105_S 141_T 0.86 0.06 0.00
258_A 208_E 0.86 0.06 0.00
275_I 258_G 0.85 0.06 0.00
278_R 142_E 0.85 0.06 0.00
222_E 307_K 0.85 0.06 0.00
420_T 310_K 0.85 0.06 0.00
67_M 237_F 0.85 0.06 0.00
305_T 129_F 0.85 0.06 0.00
322_T 240_Q 0.85 0.06 0.00
385_T 137_G 0.85 0.06 0.00
385_T 235_P 0.85 0.06 0.00
233_A 137_G 0.85 0.06 0.00
422_H 144_E 0.85 0.06 0.00
131_A 242_I 0.85 0.06 0.00
248_L 274_L 0.85 0.06 0.00
131_A 305_T 0.85 0.06 0.00
244_M 256_D 0.85 0.06 0.00
332_S 250_T 0.85 0.06 0.00
92_K 303_V 0.85 0.06 0.00
101_S 145_A 0.84 0.06 0.00
84_L 238_P 0.84 0.06 0.00
101_S 216_T 0.84 0.06 0.00
395_L 186_R 0.84 0.06 0.00
257_M 293_L 0.84 0.06 0.00
125_T 284_H 0.84 0.06 0.00
233_A 225_V 0.84 0.06 0.00
395_L 226_S 0.84 0.06 0.00
303_I 252_V 0.84 0.06 0.00
278_R 184_A 0.84 0.06 0.00
201_M 272_T 0.84 0.06 0.00
69_T 191_G 0.84 0.06 0.00
361_L 290_L 0.84 0.06 0.00
84_L 226_S 0.84 0.06 0.00
322_T 136_V 0.83 0.06 0.00
379_L 144_E 0.83 0.06 0.00
101_S 118_K 0.83 0.06 0.00
412_T 305_T 0.83 0.06 0.00
135_R 188_A 0.83 0.06 0.00
314_I 166_M 0.83 0.06 0.00
143_L 158_P 0.83 0.06 0.00
387_S 72_A 0.83 0.06 0.00
383_V 183_E 0.83 0.06 0.00
63_A 197_L 0.83 0.06 0.00
425_N 298_L 0.83 0.06 0.00
282_L 81_A 0.83 0.06 0.00
310_T 291_K 0.82 0.06 0.00
383_V 245_A 0.82 0.06 0.00
386_F 150_A 0.82 0.06 0.00
304_Q 146_K 0.82 0.06 0.00
366_N 148_L 0.82 0.06 0.00
97_S 257_D 0.82 0.06 0.00
234_V 240_Q 0.82 0.06 0.00
314_I 314_L 0.82 0.06 0.00
230_V 252_V 0.82 0.06 0.00
139_Q 313_V 0.82 0.06 0.00
83_H 70_G 0.82 0.06 0.00
413_T 209_D 0.82 0.06 0.00
419_L 307_K 0.82 0.06 0.00
391_I 81_A 0.82 0.06 0.00
392_T 209_D 0.82 0.06 0.00
131_A 228_R 0.82 0.06 0.00
94_L 262_T 0.82 0.06 0.00
104_I 239_G 0.82 0.06 0.00
390_N 257_D 0.82 0.06 0.00
398_L 188_A 0.82 0.06 0.00
267_W 264_S 0.82 0.06 0.00
64_P 172_F 0.81 0.06 0.00
324_S 179_Y 0.81 0.06 0.00
282_L 261_A 0.81 0.06 0.00
235_L 243_A 0.81 0.06 0.00
349_Q 262_T 0.81 0.06 0.00
82_R 268_K 0.81 0.06 0.00
396_T 293_L 0.81 0.06 0.00
422_H 306_I 0.81 0.06 0.00
191_A 208_E 0.81 0.06 0.00
351_L 240_Q 0.81 0.06 0.00
306_P 154_V 0.81 0.06 0.00
364_L 179_Y 0.81 0.06 0.00
305_T 171_L 0.81 0.06 0.00
75_L 281_E 0.81 0.06 0.00
85_S 70_G 0.81 0.06 0.00
389_S 281_E 0.81 0.06 0.00
358_W 131_A 0.81 0.06 0.00
278_R 95_P 0.81 0.06 0.00
167_T 145_A 0.81 0.06 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
5740 0.23 cIm_M_4_1_cyt1_2_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 1) B:(1E-02, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
5736 0.21 cIm_M_20_1_cyt1_2_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 1) B:(1E-02, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
5732 0.08 cIm_M_60_1_cyt1_2_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 1) B:(1E-02, 8) msa: Jackhmmer (2016_06b) 0.00 Done - Shared
5731 0 cIm_M_60_1_cyt1_2_human Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 1) B:(1E-02, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
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