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OPENSEQ.org
MFD1148RNAP650_ecoli
Genes: A B A+B
Length: 598 650 1195
Sequences: 2106 1187 644
Seq/Len: 3.52 1.83 0.54
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.75
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.08 0.00
2 0.00 0.08 0.00
5 0.00 0.08 0.00
10 0.00 0.08 0.00
20 0.00 0.08 0.01
100 0.00 0.08 0.05
∞ 0.01 0.08 0.52
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
341_F 539_T 1.83 0.80 0.04
134_S 618_Q 1.53 0.61 0.02
248_V 176_I 1.46 0.56 0.02
7_A 99_K 1.33 0.46 0.01
236_V 602_E 1.20 0.36 0.01
363_W 616_I 1.18 0.34 0.01
289_A 623_L 1.18 0.34 0.01
156_I 347_I 1.17 0.34 0.01
178_V 578_Y 1.17 0.33 0.01
229_P 198_I 1.17 0.33 0.01
252_I 578_Y 1.15 0.32 0.01
157_L 298_A 1.15 0.32 0.01
486_E 176_I 1.15 0.32 0.01
436_L 499_S 1.15 0.32 0.01
11_V 429_M 1.14 0.31 0.01
76_V 621_S 1.14 0.31 0.01
248_V 593_K 1.13 0.30 0.01
10_K 553_T 1.13 0.30 0.01
236_V 75_L 1.12 0.30 0.01
188_H 476_K 1.11 0.29 0.01
117_D 647_R 1.11 0.29 0.01
236_V 145_I 1.10 0.28 0.01
138_S 71_V 1.09 0.28 0.01
291_G 70_Y 1.08 0.28 0.01
537_I 117_I 1.08 0.28 0.01
154_I 615_V 1.08 0.28 0.01
423_S 581_T 1.08 0.28 0.01
201_I 70_Y 1.07 0.27 0.01
420_I 99_K 1.07 0.27 0.01
138_S 23_D 1.06 0.27 0.01
236_V 347_I 1.06 0.26 0.01
62_V 350_T 1.06 0.26 0.01
485_T 206_A 1.06 0.26 0.01
178_V 576_S 1.06 0.26 0.01
467_I 576_S 1.05 0.26 0.01
182_H 135_T 1.05 0.26 0.01
472_T 90_V 1.04 0.25 0.01
196_R 624_D 1.04 0.25 0.01
265_L 475_V 1.04 0.25 0.01
483_A 575_L 1.04 0.25 0.01
77_C 85_C 1.03 0.25 0.01
154_I 602_E 1.03 0.25 0.01
195_M 227_K 1.03 0.24 0.01
50_E 106_E 1.03 0.24 0.01
220_M 69_Q 1.02 0.24 0.01
430_E 650_V 1.02 0.24 0.00
104_V 194_L 1.02 0.24 0.00
362_A 134_G 1.02 0.24 0.00
329_T 56_V 1.02 0.24 0.00
437_K 106_E 1.01 0.23 0.00
128_V 53_F 1.01 0.23 0.00
428_L 577_V 1.00 0.23 0.00
11_V 455_S 1.00 0.23 0.00
528_L 327_Q 1.00 0.23 0.00
216_A 92_Y 0.99 0.22 0.00
123_F 373_G 0.99 0.22 0.00
424_L 603_I 0.99 0.22 0.00
426_M 100_L 0.99 0.22 0.00
419_T 172_Y 0.98 0.22 0.00
188_H 191_K 0.97 0.21 0.00
141_E 419_I 0.97 0.21 0.00
396_A 483_D 0.97 0.21 0.00
335_I 620_N 0.96 0.21 0.00
134_S 135_T 0.96 0.20 0.00
467_I 604_H 0.96 0.20 0.00
76_V 333_I 0.96 0.20 0.00
288_I 596_D 0.95 0.20 0.00
100_K 127_I 0.95 0.20 0.00
462_L 310_I 0.95 0.20 0.00
384_A 211_R 0.95 0.20 0.00
177_I 422_K 0.95 0.20 0.00
58_A 490_Q 0.94 0.20 0.00
182_H 605_Y 0.94 0.19 0.00
288_I 305_S 0.94 0.19 0.00
141_E 499_S 0.93 0.19 0.00
240_V 442_V 0.93 0.19 0.00
269_V 53_F 0.93 0.19 0.00
57_Q 51_A 0.93 0.19 0.00
333_I 410_L 0.92 0.19 0.00
169_K 628_H 0.92 0.19 0.00
167_D 476_K 0.92 0.19 0.00
30_G 194_L 0.92 0.19 0.00
385_S 636_C 0.92 0.19 0.00
290_I 596_D 0.92 0.18 0.00
178_V 624_D 0.91 0.18 0.00
558_P 459_M 0.91 0.18 0.00
228_T 492_M 0.91 0.18 0.00
472_T 28_L 0.91 0.18 0.00
455_E 589_T 0.91 0.18 0.00
62_V 222_D 0.91 0.18 0.00
378_K 616_I 0.91 0.18 0.00
485_T 301_Y 0.91 0.18 0.00
291_G 644_L 0.91 0.18 0.00
453_E 522_S 0.90 0.18 0.00
130_I 302_I 0.90 0.18 0.00
188_H 603_I 0.90 0.18 0.00
480_I 326_S 0.90 0.18 0.00
7_A 486_T 0.90 0.18 0.00
282_L 89_G 0.90 0.18 0.00
188_H 524_I 0.90 0.18 0.00
359_Q 463_Q 0.90 0.18 0.00
407_E 61_S 0.90 0.18 0.00
56_A 578_Y 0.90 0.17 0.00
191_R 460_A 0.89 0.17 0.00
317_C 375_P 0.89 0.17 0.00
511_L 623_L 0.89 0.17 0.00
205_T 145_I 0.89 0.17 0.00
304_M 553_T 0.89 0.17 0.00
316_V 623_L 0.88 0.17 0.00
244_D 363_L 0.88 0.17 0.00
279_L 434_D 0.88 0.17 0.00
265_L 387_N 0.88 0.17 0.00
323_T 414_I 0.88 0.17 0.00
110_L 370_M 0.88 0.17 0.00
359_Q 491_D 0.88 0.17 0.00
430_E 430_K 0.88 0.17 0.00
133_I 422_K 0.88 0.17 0.00
158_I 411_R 0.88 0.17 0.00
433_V 96_L 0.88 0.17 0.00
164_L 404_K 0.88 0.17 0.00
178_V 106_E 0.88 0.17 0.00
362_A 218_E 0.88 0.17 0.00
462_L 53_F 0.87 0.17 0.00
178_V 32_L 0.87 0.16 0.00
504_P 73_Y 0.87 0.16 0.00
282_L 100_L 0.87 0.16 0.00
465_D 219_Q 0.87 0.16 0.00
117_D 32_L 0.87 0.16 0.00
461_L 86_Q 0.87 0.16 0.00
462_L 616_I 0.87 0.16 0.00
220_M 127_I 0.87 0.16 0.00
266_Y 410_L 0.86 0.16 0.00
278_R 476_K 0.86 0.16 0.00
182_H 553_T 0.86 0.16 0.00
271_N 147_S 0.86 0.16 0.00
240_V 279_K 0.86 0.16 0.00
435_A 92_Y 0.86 0.16 0.00
347_H 403_M 0.86 0.16 0.00
264_Y 137_V 0.86 0.16 0.00
405_A 567_P 0.86 0.16 0.00
329_T 409_L 0.86 0.16 0.00
489_L 310_I 0.86 0.16 0.00
150_A 624_D 0.86 0.16 0.00
519_Q 524_I 0.86 0.16 0.00
128_V 455_S 0.86 0.16 0.00
487_N 625_E 0.86 0.16 0.00
110_L 155_V 0.85 0.16 0.00
365_L 127_I 0.85 0.16 0.00
219_G 435_I 0.85 0.16 0.00
267_N 149_L 0.85 0.16 0.00
147_A 616_I 0.85 0.15 0.00
303_V 23_D 0.85 0.15 0.00
432_A 367_Y 0.85 0.15 0.00
420_I 433_I 0.85 0.15 0.00
177_I 310_I 0.85 0.15 0.00
256_I 336_L 0.85 0.15 0.00
325_I 429_M 0.85 0.15 0.00
454_V 93_S 0.84 0.15 0.00
192_I 576_S 0.84 0.15 0.00
12_R 328_S 0.84 0.15 0.00
165_Q 193_N 0.84 0.15 0.00
139_A 137_V 0.84 0.15 0.00
264_Y 589_T 0.84 0.15 0.00
420_I 223_L 0.84 0.15 0.00
330_A 374_E 0.84 0.15 0.00
462_L 623_L 0.84 0.15 0.00
158_I 362_A 0.84 0.15 0.00
100_K 19_P 0.84 0.15 0.00
397_T 98_V 0.84 0.15 0.00
240_V 447_H 0.84 0.15 0.00
436_L 541_E 0.84 0.15 0.00
554_L 392_E 0.84 0.15 0.00
422_F 376_P 0.83 0.15 0.00
407_E 589_T 0.83 0.15 0.00
75_L 491_D 0.83 0.15 0.00
325_I 376_P 0.83 0.15 0.00
313_N 193_N 0.83 0.15 0.00
476_F 388_L 0.83 0.15 0.00
192_I 583_E 0.83 0.15 0.00
336_E 184_L 0.83 0.15 0.00
50_E 28_L 0.83 0.14 0.00
525_I 553_T 0.83 0.14 0.00
433_V 93_S 0.83 0.14 0.00
528_L 593_K 0.83 0.14 0.00
337_R 182_S 0.82 0.14 0.00
177_I 650_V 0.82 0.14 0.00
493_K 641_E 0.82 0.14 0.00
148_E 647_R 0.82 0.14 0.00
506_P 598_V 0.82 0.14 0.00
236_V 176_I 0.82 0.14 0.00
82_F 522_S 0.82 0.14 0.00
519_Q 317_L 0.82 0.14 0.00
63_L 185_D 0.82 0.14 0.00
417_M 581_T 0.82 0.14 0.00
364_L 396_D 0.82 0.14 0.00
123_F 380_A 0.82 0.14 0.00
223_L 383_S 0.82 0.14 0.00
216_A 577_V 0.82 0.14 0.00
412_E 92_Y 0.82 0.14 0.00
304_M 376_P 0.82 0.14 0.00
63_L 190_P 0.82 0.14 0.00
454_V 524_I 0.82 0.14 0.00
508_R 641_E 0.82 0.14 0.00
335_I 105_Y 0.81 0.14 0.00
437_K 17_K 0.81 0.14 0.00
150_A 583_E 0.81 0.14 0.00
522_K 650_V 0.81 0.14 0.00
221_R 567_P 0.81 0.14 0.00
264_Y 30_I 0.81 0.14 0.00
256_I 476_K 0.81 0.14 0.00
214_N 641_E 0.81 0.14 0.00
428_L 103_V 0.81 0.14 0.00
62_V 391_S 0.81 0.14 0.00
323_T 475_V 0.81 0.14 0.00
459_P 145_I 0.81 0.14 0.00
262_V 578_Y 0.81 0.14 0.00
516_L 622_N 0.81 0.14 0.00
395_L 28_L 0.81 0.14 0.00
451_Q 503_K 0.81 0.14 0.00
158_I 583_E 0.81 0.14 0.00
176_L 132_D 0.81 0.14 0.00
391_A 145_I 0.81 0.14 0.00
344_A 481_L 0.81 0.14 0.00
104_V 602_E 0.81 0.14 0.00
39_Q 439_K 0.81 0.14 0.00
75_L 99_K 0.81 0.14 0.00
121_D 137_V 0.81 0.14 0.00
118_N 645_F 0.81 0.14 0.00
385_S 380_A 0.81 0.14 0.00
408_L 580_Q 0.81 0.14 0.00
471_N 209_I 0.81 0.14 0.00
146_L 433_I 0.81 0.14 0.00
516_L 524_I 0.81 0.14 0.00
163_L 307_G 0.81 0.14 0.00
329_T 141_T 0.81 0.14 0.00
432_A 478_R 0.81 0.14 0.00
58_A 176_I 0.80 0.14 0.00
375_D 583_E 0.80 0.14 0.00
383_I 28_L 0.80 0.14 0.00
133_I 439_K 0.80 0.14 0.00
165_Q 640_G 0.80 0.14 0.00
515_R 70_Y 0.80 0.14 0.00
82_F 392_E 0.80 0.14 0.00
335_I 493_I 0.80 0.14 0.00
266_Y 580_Q 0.80 0.14 0.00
299_E 616_I 0.80 0.14 0.00
26_A 576_S 0.80 0.14 0.00
148_E 602_E 0.80 0.14 0.00
123_F 150_H 0.80 0.13 0.00
216_A 644_L 0.80 0.13 0.00
11_V 409_L 0.80 0.13 0.00
270_E 612_G 0.80 0.13 0.00
223_L 100_L 0.80 0.13 0.00
464_D 502_V 0.80 0.13 0.00
367_P 553_T 0.79 0.13 0.00
194_A 323_A 0.79 0.13 0.00
57_Q 132_D 0.79 0.13 0.00
333_I 168_G 0.79 0.13 0.00
344_A 172_Y 0.79 0.13 0.00
191_R 476_K 0.79 0.13 0.00
216_A 222_D 0.79 0.13 0.00
218_S 196_V 0.79 0.13 0.00
31_F 299_K 0.79 0.13 0.00
416_S 503_K 0.79 0.13 0.00
496_L 86_Q 0.79 0.13 0.00
400_L 476_K 0.79 0.13 0.00
411_E 230_F 0.79 0.13 0.00
408_L 581_T 0.79 0.13 0.00
364_L 208_I 0.79 0.13 0.00
194_A 640_G 0.79 0.13 0.00
237_K 86_Q 0.79 0.13 0.00
335_I 530_I 0.79 0.13 0.00
507_A 50_E 0.79 0.13 0.00
459_P 616_I 0.79 0.13 0.00
287_R 650_V 0.78 0.13 0.00
478_K 496_K 0.78 0.13 0.00
141_E 629_F 0.78 0.13 0.00
249_R 315_M 0.78 0.13 0.00
282_L 447_H 0.78 0.13 0.00
40_Y 185_D 0.78 0.13 0.00
158_I 320_D 0.78 0.13 0.00
299_E 602_E 0.78 0.13 0.00
53_P 214_N 0.78 0.13 0.00
192_I 435_I 0.78 0.13 0.00
178_V 615_V 0.78 0.13 0.00
158_I 386_E 0.78 0.13 0.00
42_L 541_E 0.78 0.13 0.00
13_D 405_F 0.78 0.13 0.00
63_L 589_T 0.78 0.13 0.00
94_L 299_K 0.78 0.13 0.00
205_T 209_I 0.78 0.13 0.00
70_L 209_I 0.78 0.13 0.00
56_A 530_I 0.78 0.13 0.00
82_F 573_N 0.78 0.13 0.00
299_E 577_V 0.78 0.13 0.00
99_H 145_I 0.78 0.13 0.00
218_S 381_A 0.78 0.13 0.00
287_R 127_I 0.78 0.13 0.00
177_I 602_E 0.78 0.13 0.00
437_K 160_D 0.78 0.13 0.00
327_I 426_I 0.78 0.13 0.00
491_E 71_V 0.78 0.13 0.00
187_R 201_R 0.78 0.13 0.00
178_V 347_I 0.78 0.13 0.00
28_K 476_K 0.78 0.13 0.00
417_M 650_V 0.78 0.13 0.00
229_P 213_L 0.77 0.13 0.00
147_A 172_Y 0.77 0.13 0.00
80_V 478_R 0.77 0.13 0.00
147_A 327_Q 0.77 0.12 0.00
304_M 619_A 0.77 0.12 0.00
347_H 28_L 0.77 0.12 0.00
117_D 292_I 0.77 0.12 0.00
145_I 176_I 0.77 0.12 0.00
18_L 470_R 0.77 0.12 0.00
387_E 408_S 0.77 0.12 0.00
375_D 320_D 0.77 0.12 0.00
537_I 70_Y 0.77 0.12 0.00
172_D 483_D 0.77 0.12 0.00
438_A 155_V 0.77 0.12 0.00
500_F 145_I 0.77 0.12 0.00
168_V 206_A 0.77 0.12 0.00
141_E 198_I 0.77 0.12 0.00
552_G 589_T 0.77 0.12 0.00
62_V 419_I 0.77 0.12 0.00
468_P 219_Q 0.77 0.12 0.00
349_L 372_P 0.77 0.12 0.00
240_V 93_S 0.77 0.12 0.00
195_M 176_I 0.77 0.12 0.00
216_A 429_M 0.77 0.12 0.00
528_L 426_I 0.77 0.12 0.00
333_I 579_A 0.77 0.12 0.00
535_G 616_I 0.76 0.12 0.00
394_A 16_G 0.76 0.12 0.00
516_L 340_D 0.76 0.12 0.00
373_T 583_E 0.76 0.12 0.00
270_E 206_A 0.76 0.12 0.00
116_Y 277_L 0.76 0.12 0.00
327_I 26_Y 0.76 0.12 0.00
436_L 302_I 0.76 0.12 0.00
405_A 618_Q 0.76 0.12 0.00
395_L 541_E 0.76 0.12 0.00
504_P 456_V 0.76 0.12 0.00
506_P 50_E 0.76 0.12 0.00
10_K 100_L 0.76 0.12 0.00
128_V 316_E 0.76 0.12 0.00
481_A 578_Y 0.76 0.12 0.00
360_A 134_G 0.76 0.12 0.00
106_V 208_I 0.76 0.12 0.00
467_I 486_T 0.76 0.12 0.00
205_T 205_P 0.76 0.12 0.00
291_G 126_E 0.76 0.12 0.00
294_Q 419_I 0.76 0.12 0.00
172_D 290_E 0.76 0.12 0.00
531_N 54_R 0.76 0.12 0.00
464_D 85_C 0.76 0.12 0.00
433_V 196_V 0.76 0.12 0.00
23_A 145_I 0.76 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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