May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
MFDthermus vs RNAPbeta-thermus500
Genes: A B A+B
Length: 978 619 1432
Sequences: 2310 1281 936
Seq/Len: 2.36 2.07 0.65
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.75
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.09 0.00
2 0.00 0.09 0.00
5 0.00 0.09 0.00
10 0.00 0.09 0.00
20 0.00 0.09 0.01
100 0.00 0.09 0.09
∞ 0.00 0.09 0.59
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
449_R 230_S 1.53 0.67 0.00
123_V 569_A 1.35 0.52 0.00
530_P 149_V 1.30 0.48 0.00
415_A 201_T 1.30 0.48 0.00
792_I 503_D 1.28 0.47 0.00
708_L 349_V 1.27 0.46 0.00
240_L 155_L 1.25 0.44 0.00
924_F 231_E 1.25 0.44 0.00
885_Y 369_V 1.22 0.41 0.00
296_L 268_S 1.19 0.39 0.00
795_V 560_I 1.18 0.38 0.00
541_L 368_D 1.17 0.38 0.00
398_K 29_V 1.17 0.37 0.00
758_H 294_P 1.16 0.37 0.00
681_G 243_V 1.15 0.36 0.00
727_I 108_G 1.14 0.35 0.00
668_R 203_I 1.14 0.35 0.00
135_D 546_A 1.13 0.34 0.00
297_V 235_R 1.12 0.34 0.00
771_A 184_F 1.12 0.34 0.00
595_Y 560_I 1.12 0.34 0.00
432_D 187_A 1.12 0.34 0.00
350_Y 324_R 1.11 0.33 0.00
640_V 239_E 1.11 0.33 0.00
758_H 284_D 1.10 0.33 0.00
543_E 155_L 1.10 0.32 0.00
40_L 52_H 1.09 0.32 0.00
415_A 125_L 1.09 0.32 0.00
608_A 333_L 1.09 0.32 0.00
674_L 184_F 1.09 0.31 0.00
588_K 349_V 1.09 0.31 0.00
859_S 321_E 1.08 0.31 0.00
525_L 165_F 1.08 0.31 0.00
570_V 75_Q 1.07 0.30 0.00
727_I 175_A 1.07 0.30 0.00
458_L 243_V 1.07 0.30 0.00
511_F 191_S 1.06 0.30 0.00
755_Y 489_V 1.06 0.30 0.00
49_F 333_L 1.05 0.29 0.00
463_P 363_D 1.05 0.29 0.00
455_L 187_A 1.05 0.29 0.00
902_R 111_I 1.05 0.29 0.00
593_T 206_E 1.04 0.28 0.00
171_P 155_L 1.04 0.28 0.00
802_E 268_S 1.04 0.28 0.00
661_V 243_V 1.04 0.28 0.00
530_P 72_I 1.04 0.28 0.00
709_A 275_R 1.03 0.28 0.00
748_R 382_L 1.03 0.28 0.00
550_I 291_R 1.03 0.28 0.00
737_T 288_T 1.02 0.27 0.00
913_I 487_I 1.02 0.27 0.00
71_S 62_S 1.02 0.27 0.00
474_F 166_L 1.02 0.27 0.00
113_D 197_R 1.02 0.27 0.00
812_L 174_V 1.02 0.27 0.00
751_E 392_L 1.02 0.27 0.00
421_P 108_G 1.01 0.26 0.00
818_L 327_V 1.01 0.26 0.00
591_V 150_K 1.01 0.26 0.00
46_L 352_I 1.01 0.26 0.00
391_E 324_R 1.00 0.26 0.00
320_S 361_L 1.00 0.26 0.00
324_Y 149_V 1.00 0.26 0.00
368_L 275_R 1.00 0.25 0.00
758_H 283_R 0.99 0.25 0.00
804_H 566_A 0.99 0.25 0.00
785_L 491_Q 0.99 0.25 0.00
540_G 243_V 0.99 0.25 0.00
349_D 532_F 0.99 0.25 0.00
717_L 352_I 0.98 0.25 0.00
34_L 75_Q 0.98 0.25 0.00
791_E 114_R 0.98 0.24 0.00
636_D 136_A 0.98 0.24 0.00
751_E 512_P 0.97 0.24 0.00
678_A 265_Q 0.97 0.24 0.00
757_F 487_I 0.97 0.24 0.00
812_L 335_V 0.97 0.24 0.00
888_L 140_R 0.97 0.24 0.00
634_P 184_F 0.97 0.24 0.00
57_P 29_V 0.97 0.24 0.00
881_L 89_R 0.97 0.24 0.00
611_G 550_Q 0.97 0.24 0.00
539_K 349_V 0.97 0.24 0.00
132_F 95_L 0.96 0.23 0.00
518_L 268_S 0.96 0.23 0.00
608_A 308_R 0.96 0.23 0.00
556_L 149_V 0.96 0.23 0.00
739_Y 295_G 0.96 0.23 0.00
683_V 23_I 0.95 0.23 0.00
125_L 144_R 0.95 0.23 0.00
64_E 191_S 0.95 0.23 0.00
330_H 288_T 0.95 0.23 0.00
596_L 45_N 0.95 0.23 0.00
68_F 108_G 0.95 0.23 0.00
766_A 191_S 0.95 0.22 0.00
636_D 140_R 0.95 0.22 0.00
812_L 243_V 0.94 0.22 0.00
560_V 25_A 0.94 0.22 0.00
441_Y 160_A 0.94 0.22 0.00
836_H 184_F 0.94 0.22 0.00
378_T 128_Y 0.94 0.22 0.00
790_M 160_A 0.94 0.22 0.00
365_V 401_Y 0.94 0.22 0.00
608_A 36_P 0.94 0.22 0.00
75_A 229_L 0.93 0.22 0.00
880_E 83_L 0.93 0.22 0.00
368_L 172_V 0.93 0.22 0.00
108_L 44_T 0.93 0.21 0.00
182_A 29_V 0.93 0.21 0.00
608_A 561_E 0.93 0.21 0.00
399_A 199_F 0.93 0.21 0.00
511_F 388_T 0.93 0.21 0.00
123_V 300_V 0.93 0.21 0.00
790_M 276_S 0.93 0.21 0.00
144_G 203_I 0.93 0.21 0.00
773_I 76_A 0.92 0.21 0.00
522_V 330_K 0.92 0.21 0.00
519_P 225_D 0.92 0.21 0.00
628_I 493_F 0.92 0.21 0.00
628_I 268_S 0.92 0.21 0.00
356_K 83_L 0.92 0.21 0.00
823_I 560_I 0.92 0.21 0.00
122_V 351_K 0.92 0.21 0.00
164_S 239_E 0.91 0.20 0.00
874_L 52_H 0.91 0.20 0.00
335_Y 197_R 0.91 0.20 0.00
620_T 52_H 0.91 0.20 0.00
656_Y 107_D 0.91 0.20 0.00
221_L 15_A 0.91 0.20 0.00
351_L 72_I 0.91 0.20 0.00
791_E 264_E 0.91 0.20 0.00
715_A 89_R 0.91 0.20 0.00
340_T 160_A 0.91 0.20 0.00
756_L 272_R 0.91 0.20 0.00
404_E 349_V 0.91 0.20 0.00
806_H 212_A 0.91 0.20 0.00
210_G 95_L 0.91 0.20 0.00
569_I 251_P 0.91 0.20 0.00
852_V 505_M 0.90 0.20 0.00
637_P 243_V 0.90 0.20 0.00
621_P 569_A 0.90 0.20 0.00
33_L 75_Q 0.90 0.20 0.00
655_F 482_P 0.90 0.20 0.00
872_A 95_L 0.90 0.20 0.00
858_R 275_R 0.90 0.20 0.00
806_H 275_R 0.90 0.20 0.00
756_L 393_A 0.90 0.20 0.00
804_H 208_Y 0.90 0.20 0.00
292_L 174_V 0.90 0.20 0.00
839_L 184_F 0.90 0.20 0.00
721_E 102_E 0.90 0.20 0.00
428_L 187_A 0.90 0.20 0.00
922_V 546_A 0.89 0.20 0.00
484_A 191_S 0.89 0.20 0.00
644_I 300_V 0.89 0.19 0.00
806_H 225_D 0.89 0.19 0.00
62_L 245_I 0.89 0.19 0.00
863_S 299_I 0.89 0.19 0.00
391_E 269_P 0.89 0.19 0.00
818_L 307_R 0.89 0.19 0.00
432_D 471_K 0.89 0.19 0.00
167_V 245_I 0.89 0.19 0.00
522_V 72_I 0.89 0.19 0.00
804_H 369_V 0.89 0.19 0.00
537_I 313_V 0.89 0.19 0.00
849_A 128_Y 0.89 0.19 0.00
441_Y 178_P 0.89 0.19 0.00
756_L 42_L 0.89 0.19 0.00
700_A 552_M 0.89 0.19 0.00
486_R 244_R 0.89 0.19 0.00
414_Q 509_S 0.88 0.19 0.00
411_L 193_E 0.88 0.19 0.00
489_G 184_F 0.88 0.19 0.00
454_V 472_V 0.88 0.19 0.00
849_A 547_H 0.88 0.19 0.00
609_L 233_A 0.88 0.19 0.00
651_G 299_I 0.88 0.19 0.00
708_L 470_G 0.88 0.19 0.00
32_L 153_D 0.88 0.19 0.00
689_E 267_P 0.88 0.19 0.00
715_A 492_M 0.88 0.19 0.00
628_I 135_T 0.88 0.19 0.00
67_L 147_Q 0.88 0.19 0.00
820_E 174_V 0.88 0.18 0.00
329_E 75_Q 0.88 0.18 0.00
834_R 147_Q 0.87 0.18 0.00
460_S 39_V 0.87 0.18 0.00
728_E 225_D 0.87 0.18 0.00
608_A 23_I 0.87 0.18 0.00
913_I 349_V 0.87 0.18 0.00
453_E 103_V 0.87 0.18 0.00
759_P 317_P 0.87 0.18 0.00
134_G 307_R 0.87 0.18 0.00
71_S 352_I 0.87 0.18 0.00
332_V 31_F 0.87 0.18 0.00
902_R 229_L 0.87 0.18 0.00
348_R 266_E 0.86 0.18 0.00
768_K 330_K 0.86 0.18 0.00
353_L 300_V 0.86 0.18 0.00
70_L 594_A 0.86 0.18 0.00
222_K 149_V 0.86 0.18 0.00
618_I 141_P 0.86 0.18 0.00
42_R 245_I 0.86 0.18 0.00
450_A 307_R 0.86 0.18 0.00
666_A 83_L 0.86 0.18 0.00
804_H 301_V 0.86 0.18 0.00
70_L 481_E 0.86 0.18 0.00
751_E 161_S 0.86 0.18 0.00
678_A 15_A 0.86 0.18 0.00
157_G 268_S 0.85 0.18 0.00
838_T 492_M 0.85 0.18 0.00
510_T 142_R 0.85 0.17 0.00
97_P 42_L 0.85 0.17 0.00
726_L 242_I 0.85 0.17 0.00
771_A 327_V 0.85 0.17 0.00
121_E 134_G 0.85 0.17 0.00
832_E 140_R 0.85 0.17 0.00
456_R 481_E 0.85 0.17 0.00
469_S 225_D 0.85 0.17 0.00
351_L 361_L 0.85 0.17 0.00
620_T 191_S 0.85 0.17 0.00
745_V 510_T 0.85 0.17 0.00
115_D 83_L 0.85 0.17 0.00
71_S 149_V 0.84 0.17 0.00
47_S 95_L 0.84 0.17 0.00
32_L 197_R 0.84 0.17 0.00
827_K 148_R 0.84 0.17 0.00
615_L 578_E 0.84 0.17 0.00
443_L 288_T 0.84 0.17 0.00
657_V 275_R 0.84 0.17 0.00
416_K 106_V 0.84 0.17 0.00
560_V 85_E 0.84 0.17 0.00
680_I 363_D 0.84 0.17 0.00
845_A 265_Q 0.84 0.17 0.00
873_E 487_I 0.84 0.17 0.00
860_R 284_D 0.84 0.17 0.00
620_T 392_L 0.84 0.17 0.00
905_A 540_L 0.84 0.17 0.00
711_T 184_F 0.84 0.17 0.00
350_Y 283_R 0.84 0.17 0.00
634_P 516_I 0.84 0.17 0.00
731_D 248_E 0.84 0.17 0.00
511_F 203_I 0.84 0.17 0.00
773_I 294_P 0.84 0.17 0.00
737_T 189_V 0.84 0.17 0.00
788_R 187_A 0.84 0.17 0.00
528_F 579_P 0.84 0.17 0.00
297_V 155_L 0.83 0.17 0.00
787_E 572_K 0.83 0.17 0.00
42_R 160_A 0.83 0.17 0.00
240_L 236_D 0.83 0.17 0.00
431_W 491_Q 0.83 0.17 0.00
138_E 188_I 0.83 0.17 0.00
584_I 120_L 0.83 0.17 0.00
529_T 72_I 0.83 0.16 0.00
560_V 230_S 0.83 0.16 0.00
829_E 194_L 0.83 0.16 0.00
649_E 512_P 0.83 0.16 0.00
709_A 264_E 0.82 0.16 0.00
474_F 540_L 0.82 0.16 0.00
657_V 176_I 0.82 0.16 0.00
795_V 526_Q 0.82 0.16 0.00
75_A 136_A 0.82 0.16 0.00
711_T 219_P 0.82 0.16 0.00
574_H 355_V 0.82 0.16 0.00
349_D 52_H 0.82 0.16 0.00
654_V 385_I 0.82 0.16 0.00
686_Q 552_M 0.82 0.16 0.00
525_L 45_N 0.82 0.16 0.00
864_R 314_E 0.82 0.16 0.00
71_S 505_M 0.82 0.16 0.00
708_L 178_P 0.82 0.16 0.00
633_A 291_R 0.82 0.16 0.00
413_L 140_R 0.82 0.16 0.00
812_L 492_M 0.82 0.16 0.00
726_L 184_F 0.82 0.16 0.00
117_R 349_V 0.82 0.16 0.00
591_V 147_Q 0.82 0.16 0.00
401_K 561_E 0.82 0.16 0.00
445_P 98_E 0.82 0.16 0.00
318_A 319_V 0.82 0.16 0.00
798_L 27_E 0.82 0.16 0.00
557_Q 31_F 0.82 0.16 0.00
819_L 515_L 0.82 0.16 0.00
753_Y 207_R 0.82 0.16 0.00
208_E 147_Q 0.82 0.16 0.00
432_D 577_P 0.81 0.16 0.00
628_I 31_F 0.81 0.16 0.00
667_R 72_I 0.81 0.16 0.00
97_P 243_V 0.81 0.16 0.00
356_K 592_L 0.81 0.16 0.00
426_P 24_V 0.81 0.16 0.00
445_P 52_H 0.81 0.16 0.00
185_A 360_H 0.81 0.16 0.00
398_K 154_L 0.81 0.16 0.00
316_P 288_T 0.81 0.16 0.00
350_Y 266_E 0.81 0.16 0.00
689_E 500_M 0.81 0.15 0.00
731_D 43_N 0.81 0.15 0.00
406_L 368_D 0.81 0.15 0.00
727_I 393_A 0.81 0.15 0.00
555_L 7_R 0.81 0.15 0.00
628_I 510_T 0.81 0.15 0.00
791_E 586_R 0.81 0.15 0.00
469_S 141_P 0.81 0.15 0.00
81_E 136_A 0.81 0.15 0.00
194_P 166_L 0.81 0.15 0.00
823_I 565_A 0.81 0.15 0.00
781_S 203_I 0.81 0.15 0.00
653_K 537_V 0.81 0.15 0.00
227_D 236_D 0.81 0.15 0.00
795_V 216_K 0.81 0.15 0.00
377_T 91_S 0.81 0.15 0.00
628_I 29_V 0.81 0.15 0.00
779_L 491_Q 0.81 0.15 0.00
575_R 131_S 0.80 0.15 0.00
818_L 147_Q 0.80 0.15 0.00
882_K 547_H 0.80 0.15 0.00
114_E 45_N 0.80 0.15 0.00
741_L 354_P 0.80 0.15 0.00
733_L 586_R 0.80 0.15 0.00
804_H 272_R 0.80 0.15 0.00
781_S 142_R 0.80 0.15 0.00
100_A 95_L 0.80 0.15 0.00
332_V 22_V 0.80 0.15 0.00
474_F 280_E 0.80 0.15 0.00
541_L 259_T 0.80 0.15 0.00
588_K 196_K 0.80 0.15 0.00
157_G 41_S 0.80 0.15 0.00
564_D 27_E 0.80 0.15 0.00
69_V 197_R 0.80 0.15 0.00
110_Y 190_I 0.80 0.15 0.00
403_V 300_V 0.80 0.15 0.00
332_V 201_T 0.80 0.15 0.00
773_I 478_R 0.80 0.15 0.00
790_M 216_K 0.79 0.15 0.00
510_T 148_R 0.79 0.15 0.00
781_S 113_V 0.79 0.15 0.00
682_V 27_E 0.79 0.15 0.00
359_G 382_L 0.79 0.15 0.00
750_E 485_G 0.79 0.15 0.00
441_Y 475_Y 0.79 0.15 0.00
847_L 243_V 0.79 0.15 0.00
37_E 487_I 0.79 0.15 0.00
530_P 385_I 0.79 0.15 0.00
428_L 31_F 0.79 0.15 0.00
402_D 349_V 0.79 0.15 0.00
123_V 481_E 0.79 0.15 0.00
754_A 317_P 0.79 0.15 0.00
521_R 155_L 0.79 0.15 0.00
590_E 239_E 0.79 0.15 0.00
715_A 392_L 0.79 0.15 0.00
671_L 210_I 0.79 0.15 0.00
717_L 370_I 0.79 0.15 0.00
115_D 30_E 0.79 0.15 0.00
869_K 147_Q 0.79 0.15 0.00
148_R 203_I 0.79 0.14 0.00
416_K 172_V 0.79 0.14 0.00
880_E 225_D 0.79 0.14 0.00
542_A 594_A 0.79 0.14 0.00
350_Y 294_P 0.79 0.14 0.00
646_F 191_S 0.79 0.14 0.00
608_A 552_M 0.79 0.14 0.00
41_R 327_V 0.79 0.14 0.00
584_I 97_A 0.78 0.14 0.00
435_V 159_P 0.78 0.14 0.00
481_L 252_G 0.78 0.14 0.00
908_K 95_L 0.78 0.14 0.00
254_R 193_E 0.78 0.14 0.00
293_T 353_L 0.78 0.14 0.00
907_R 95_L 0.78 0.14 0.00
774_A 316_K 0.78 0.14 0.00
550_I 245_I 0.78 0.14 0.00
122_V 78_V 0.78 0.14 0.00
779_L 113_V 0.78 0.14 0.00
719_V 128_Y 0.78 0.14 0.00
365_V 350_A 0.78 0.14 0.00
837_V 370_I 0.78 0.14 0.00
110_Y 113_V 0.78 0.14 0.00
546_V 28_E 0.78 0.14 0.00
900_R 162_E 0.78 0.14 0.00
452_E 594_A 0.78 0.14 0.00
584_I 104_V 0.78 0.14 0.00
535_E 193_E 0.78 0.14 0.00
530_P 155_L 0.78 0.14 0.00
580_Q 288_T 0.78 0.14 0.00
428_L 294_P 0.78 0.14 0.00
373_R 299_I 0.78 0.14 0.00
339_E 62_S 0.78 0.14 0.00
372_K 532_F 0.78 0.14 0.00
53_V 7_R 0.78 0.14 0.00
758_H 324_R 0.78 0.14 0.00
901_L 244_R 0.78 0.14 0.00
537_I 144_R 0.78 0.14 0.00
653_K 525_A 0.78 0.14 0.00
597_S 322_V 0.78 0.14 0.00
826_L 55_A 0.78 0.14 0.00
737_T 92_L 0.77 0.14 0.00
623_P 155_L 0.77 0.14 0.00
806_H 500_M 0.77 0.14 0.00
468_V 161_S 0.77 0.14 0.00
299_A 200_Y 0.77 0.14 0.00
620_T 388_T 0.77 0.14 0.00
169_H 29_V 0.77 0.14 0.00
455_L 471_K 0.77 0.14 0.00
56_N 235_R 0.77 0.14 0.00
709_A 370_I 0.77 0.14 0.00
502_L 502_E 0.77 0.14 0.00
371_L 20_E 0.77 0.14 0.00
737_T 594_A 0.77 0.14 0.00
131_E 155_L 0.77 0.14 0.00
590_E 140_R 0.77 0.14 0.00
542_A 170_Q 0.77 0.14 0.00
675_V 195_L 0.77 0.14 0.00
594_L 475_Y 0.77 0.14 0.00
313_L 108_G 0.77 0.14 0.00
428_L 149_V 0.77 0.14 0.00
880_E 500_M 0.77 0.14 0.00
776_L 314_E 0.77 0.14 0.00
871_L 300_V 0.77 0.14 0.00
550_I 197_R 0.77 0.14 0.00
369_P 353_L 0.77 0.14 0.00
733_L 191_S 0.77 0.14 0.00
74_E 592_L 0.77 0.14 0.00
755_Y 391_G 0.77 0.14 0.00
37_E 44_T 0.77 0.14 0.00
768_K 302_G 0.77 0.14 0.00
235_G 113_V 0.76 0.14 0.00
455_L 329_Q 0.76 0.14 0.00
790_M 221_R 0.76 0.14 0.00
450_A 175_A 0.76 0.14 0.00
888_L 236_D 0.76 0.14 0.00
405_E 532_F 0.76 0.14 0.00
293_T 128_Y 0.76 0.14 0.00
840_D 382_L 0.76 0.14 0.00
536_A 200_Y 0.76 0.14 0.00
611_G 206_E 0.76 0.14 0.00
737_T 303_R 0.76 0.14 0.00
155_K 233_A 0.76 0.14 0.00
184_K 349_V 0.76 0.14 0.00
807_I 325_V 0.76 0.14 0.00
579_A 302_G 0.76 0.14 0.00
575_R 292_V 0.76 0.13 0.00
618_I 226_I 0.76 0.13 0.00
149_R 150_K 0.76 0.13 0.00
350_Y 471_K 0.76 0.13 0.00
449_R 475_Y 0.76 0.13 0.00
705_D 263_G 0.76 0.13 0.00
695_T 403_S 0.76 0.13 0.00
656_Y 78_V 0.76 0.13 0.00
386_S 486_P 0.76 0.13 0.00
654_V 108_G 0.76 0.13 0.00
537_I 7_R 0.76 0.13 0.00
671_L 112_A 0.76 0.13 0.00
398_K 140_R 0.76 0.13 0.00
542_A 10_T 0.76 0.13 0.00
350_Y 510_T 0.76 0.13 0.00
733_L 316_K 0.76 0.13 0.00
791_E 296_E 0.76 0.13 0.00
211_A 245_I 0.76 0.13 0.00
779_L 368_D 0.76 0.13 0.00
885_Y 353_L 0.76 0.13 0.00
728_E 322_V 0.76 0.13 0.00
110_Y 31_F 0.75 0.13 0.00
608_A 244_R 0.75 0.13 0.00
339_E 10_T 0.75 0.13 0.00
702_G 62_S 0.75 0.13 0.00
809_A 363_D 0.75 0.13 0.00
836_H 160_A 0.75 0.13 0.00
451_L 578_E 0.75 0.13 0.00
756_L 122_E 0.75 0.13 0.00
828_G 286_K 0.75 0.13 0.00
664_I 200_Y 0.75 0.13 0.00
279_D 174_V 0.75 0.13 0.00
251_L 239_E 0.75 0.13 0.00
510_T 121_V 0.75 0.13 0.00
546_V 9_A 0.75 0.13 0.00
56_N 236_D 0.75 0.13 0.00
619_Q 184_F 0.75 0.13 0.00
867_E 268_S 0.75 0.13 0.00
753_Y 349_V 0.75 0.13 0.00
192_G 184_F 0.75 0.13 0.00
539_K 369_V 0.75 0.13 0.00
330_H 580_S 0.75 0.13 0.00
479_V 314_E 0.75 0.13 0.00
749_E 208_Y 0.75 0.13 0.00
816_T 512_P 0.75 0.13 0.00
819_L 44_T 0.75 0.13 0.00
370_L 230_S 0.75 0.13 0.00
768_K 182_Y 0.75 0.13 0.00
840_D 272_R 0.75 0.13 0.00
898_L 327_V 0.75 0.13 0.00
91_E 29_V 0.75 0.13 0.00
536_A 23_I 0.75 0.13 0.00
750_E 592_L 0.75 0.13 0.00
508_G 350_A 0.75 0.13 0.00
420_T 363_D 0.75 0.13 0.00
762_L 259_T 0.75 0.13 0.00
613_K 571_I 0.75 0.13 0.00
463_P 382_L 0.75 0.13 0.00
469_S 136_A 0.75 0.13 0.00
469_S 555_I 0.75 0.13 0.00
764_E 44_T 0.75 0.13 0.00
462_H 160_A 0.75 0.13 0.00
336_L 250_K 0.75 0.13 0.00
640_V 314_E 0.75 0.13 0.00
861_Y 233_A 0.75 0.13 0.00
845_A 292_V 0.75 0.13 0.00
545_T 326_F 0.75 0.13 0.00
657_V 361_L 0.74 0.13 0.00
592_D 265_Q 0.74 0.13 0.00
876_R 243_V 0.74 0.13 0.00
155_K 484_E 0.74 0.13 0.00
737_T 284_D 0.74 0.13 0.00
766_A 225_D 0.74 0.13 0.00
745_V 268_S 0.74 0.13 0.00
549_V 46_L 0.74 0.13 0.00
534_E 317_P 0.74 0.13 0.00
455_L 190_I 0.74 0.13 0.00
537_I 479_T 0.74 0.13 0.00
921_E 103_V 0.74 0.13 0.00
220_S 187_A 0.74 0.13 0.00
526_S 550_Q 0.74 0.13 0.00
92_V 103_V 0.74 0.13 0.00
621_P 300_V 0.74 0.13 0.00
462_H 29_V 0.74 0.13 0.00
888_L 46_L 0.74 0.13 0.00
533_E 469_L 0.74 0.13 0.00
621_P 37_K 0.74 0.13 0.00
908_K 44_T 0.74 0.13 0.00
656_Y 154_L 0.74 0.13 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.2457 seconds.