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OPENSEQ.org
SMC NCC ScpB redo w unlim
Genes: A B A+B
Length: 320 197 484
Sequences: 112 2312 55
Seq/Len: 0.35 11.74 0.11
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.86
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.02 0.00
2 0.00 0.02 0.00
5 0.00 0.02 0.00
10 0.00 0.02 0.00
20 0.00 0.02 0.00
100 0.00 0.02 0.02
∞ 0.00 0.02 0.11
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
15_K 145_A 2.01 0.44 0.00
37_L 97_V 1.67 0.28 0.00
200_K 95_L 1.65 0.27 0.00
35_H 73_K 1.51 0.22 0.00
258_N 30_L 1.40 0.18 0.00
48_A 57_G 1.38 0.18 0.00
80_W 97_V 1.38 0.18 0.00
41_V 16_L 1.37 0.17 0.00
54_Y 97_V 1.35 0.17 0.00
47_Q 13_E 1.34 0.17 0.00
19_K 165_E 1.32 0.16 0.00
274_A 45_A 1.31 0.16 0.00
214_E 33_L 1.31 0.16 0.00
191_E 115_I 1.28 0.15 0.00
227_L 141_G 1.27 0.15 0.00
282_R 49_D 1.27 0.15 0.00
188_L 171_E 1.27 0.15 0.00
211_E 148_Y 1.26 0.14 0.00
279_E 49_D 1.24 0.14 0.00
48_A 93_A 1.23 0.14 0.00
256_A 141_G 1.23 0.14 0.00
98_S 24_L 1.23 0.14 0.00
146_L 100_I 1.23 0.14 0.00
282_R 41_N 1.22 0.13 0.00
77_H 156_E 1.22 0.13 0.00
211_E 5_I 1.22 0.13 0.00
274_A 19_A 1.22 0.13 0.00
164_I 100_I 1.20 0.13 0.00
29_R 13_E 1.20 0.13 0.00
33_I 100_I 1.20 0.13 0.00
51_A 109_R 1.19 0.13 0.00
12_R 13_E 1.19 0.13 0.00
29_R 118_V 1.19 0.13 0.00
194_Q 170_P 1.18 0.12 0.00
262_H 36_E 1.18 0.12 0.00
214_E 152_P 1.16 0.12 0.00
284_E 33_L 1.15 0.12 0.00
20_L 98_L 1.15 0.12 0.00
20_L 106_P 1.15 0.12 0.00
20_L 117_G 1.15 0.12 0.00
20_L 127_L 1.15 0.12 0.00
20_L 150_T 1.15 0.12 0.00
20_L 154_F 1.15 0.12 0.00
20_L 155_L 1.15 0.12 0.00
20_L 167_P 1.15 0.12 0.00
157_Q 128_V 1.14 0.12 0.00
267_H 24_L 1.14 0.12 0.00
192_V 97_V 1.13 0.11 0.00
221_K 99_A 1.13 0.11 0.00
293_A 88_K 1.13 0.11 0.00
132_T 56_R 1.12 0.11 0.00
261_K 97_V 1.10 0.11 0.00
281_A 24_L 1.09 0.11 0.00
75_K 21_D 1.09 0.11 0.00
81_S 12_V 1.09 0.11 0.00
157_Q 50_E 1.09 0.11 0.00
60_E 100_I 1.09 0.11 0.00
140_E 112_I 1.09 0.11 0.00
214_E 52_R 1.08 0.10 0.00
4_A 109_R 1.08 0.10 0.00
286_E 36_E 1.08 0.10 0.00
132_T 18_A 1.07 0.10 0.00
36_E 126_S 1.07 0.10 0.00
270_S 12_V 1.06 0.10 0.00
75_K 24_L 1.06 0.10 0.00
226_E 41_N 1.06 0.10 0.00
174_L 69_L 1.06 0.10 0.00
100_A 164_D 1.06 0.10 0.00
29_R 71_T 1.05 0.10 0.00
189_Q 15_L 1.05 0.10 0.00
289_S 99_A 1.04 0.10 0.00
86_K 24_L 1.04 0.10 0.00
48_A 99_A 1.04 0.10 0.00
261_K 35_I 1.03 0.10 0.00
257_D 44_M 1.03 0.10 0.00
235_R 20_G 1.03 0.10 0.00
221_K 28_Q 1.03 0.10 0.00
85_E 24_L 1.03 0.10 0.00
16_A 10_A 1.03 0.10 0.00
57_K 97_V 1.03 0.09 0.00
72_D 145_A 1.02 0.09 0.00
30_V 175_E 1.02 0.09 0.00
214_E 83_I 1.02 0.09 0.00
118_L 107_I 1.02 0.09 0.00
26_N 13_E 1.02 0.09 0.00
211_E 29_L 1.02 0.09 0.00
287_I 133_L 1.02 0.09 0.00
136_L 131_A 1.02 0.09 0.00
102_S 128_V 1.02 0.09 0.00
23_T 145_A 1.01 0.09 0.00
96_A 88_K 1.01 0.09 0.00
26_N 118_V 1.01 0.09 0.00
19_K 92_Q 1.01 0.09 0.00
222_S 73_K 1.00 0.09 0.00
48_A 116_R 1.00 0.09 0.00
41_V 67_Y 1.00 0.09 0.00
130_L 104_K 1.00 0.09 0.00
12_R 118_V 1.00 0.09 0.00
20_L 116_R 1.00 0.09 0.00
141_G 20_G 1.00 0.09 0.00
23_T 18_A 1.00 0.09 0.00
53_D 133_L 0.99 0.09 0.00
49_S 101_V 0.98 0.09 0.00
258_N 26_K 0.98 0.09 0.00
215_E 73_K 0.98 0.09 0.00
37_L 119_K 0.98 0.09 0.00
203_Q 63_Y 0.98 0.09 0.00
224_Y 100_I 0.98 0.09 0.00
64_V 148_Y 0.98 0.09 0.00
13_K 138_R 0.98 0.09 0.00
254_R 124_L 0.97 0.09 0.00
57_K 145_A 0.97 0.09 0.00
54_Y 156_E 0.97 0.09 0.00
92_E 33_L 0.97 0.08 0.00
86_K 119_K 0.97 0.08 0.00
125_L 17_Y 0.96 0.08 0.00
156_N 115_I 0.96 0.08 0.00
119_D 130_K 0.96 0.08 0.00
249_A 9_K 0.96 0.08 0.00
1_E 60_L 0.96 0.08 0.00
95_L 97_V 0.96 0.08 0.00
243_D 108_T 0.96 0.08 0.00
12_R 71_T 0.96 0.08 0.00
222_S 27_K 0.96 0.08 0.00
249_A 44_M 0.96 0.08 0.00
44_L 98_L 0.96 0.08 0.00
44_L 106_P 0.96 0.08 0.00
44_L 117_G 0.96 0.08 0.00
44_L 127_L 0.96 0.08 0.00
44_L 150_T 0.96 0.08 0.00
44_L 154_F 0.96 0.08 0.00
44_L 155_L 0.96 0.08 0.00
44_L 167_P 0.96 0.08 0.00
236_N 113_E 0.96 0.08 0.00
51_A 98_L 0.96 0.08 0.00
51_A 106_P 0.96 0.08 0.00
51_A 117_G 0.96 0.08 0.00
51_A 127_L 0.96 0.08 0.00
51_A 150_T 0.96 0.08 0.00
51_A 154_F 0.96 0.08 0.00
51_A 155_L 0.96 0.08 0.00
51_A 167_P 0.96 0.08 0.00
3_A 143_G 0.96 0.08 0.00
197_A 173_A 0.96 0.08 0.00
3_A 98_L 0.96 0.08 0.00
3_A 106_P 0.96 0.08 0.00
3_A 117_G 0.96 0.08 0.00
3_A 127_L 0.96 0.08 0.00
3_A 150_T 0.96 0.08 0.00
3_A 154_F 0.96 0.08 0.00
3_A 155_L 0.96 0.08 0.00
3_A 167_P 0.96 0.08 0.00
20_L 105_Q 0.96 0.08 0.00
20_L 166_L 0.96 0.08 0.00
4_A 159_G 0.95 0.08 0.00
215_E 164_D 0.95 0.08 0.00
13_K 121_E 0.95 0.08 0.00
241_L 112_I 0.95 0.08 0.00
1_E 98_L 0.95 0.08 0.00
1_E 106_P 0.95 0.08 0.00
1_E 117_G 0.95 0.08 0.00
1_E 127_L 0.95 0.08 0.00
1_E 150_T 0.95 0.08 0.00
1_E 154_F 0.95 0.08 0.00
1_E 155_L 0.95 0.08 0.00
1_E 167_P 0.95 0.08 0.00
265_E 114_E 0.95 0.08 0.00
97_E 35_I 0.95 0.08 0.00
43_P 63_Y 0.95 0.08 0.00
285_Q 30_L 0.95 0.08 0.00
20_L 102_S 0.94 0.08 0.00
263_L 42_T 0.94 0.08 0.00
209_H 28_Q 0.94 0.08 0.00
250_V 169_L 0.94 0.08 0.00
22_E 43_I 0.94 0.08 0.00
67_A 12_V 0.94 0.08 0.00
23_T 113_E 0.94 0.08 0.00
48_A 113_E 0.94 0.08 0.00
236_N 18_A 0.94 0.08 0.00
146_L 18_A 0.94 0.08 0.00
186_E 21_D 0.94 0.08 0.00
176_E 60_L 0.94 0.08 0.00
312_E 171_E 0.94 0.08 0.00
20_L 151_T 0.94 0.08 0.00
209_H 95_L 0.94 0.08 0.00
53_D 67_Y 0.94 0.08 0.00
56_E 101_V 0.94 0.08 0.00
47_Q 60_L 0.94 0.08 0.00
95_L 25_T 0.93 0.08 0.00
46_I 14_A 0.93 0.08 0.00
264_Q 35_I 0.93 0.08 0.00
306_R 99_A 0.93 0.08 0.00
277_E 40_L 0.93 0.08 0.00
55_L 9_K 0.93 0.08 0.00
276_C 30_L 0.93 0.08 0.00
200_K 48_A 0.93 0.08 0.00
273_K 170_P 0.93 0.08 0.00
198_Q 133_L 0.93 0.08 0.00
30_V 67_Y 0.93 0.08 0.00
155_Q 9_K 0.93 0.08 0.00
149_R 130_K 0.92 0.08 0.00
226_E 107_I 0.92 0.08 0.00
160_L 93_A 0.92 0.08 0.00
8_K 72_K 0.92 0.08 0.00
146_L 126_S 0.92 0.08 0.00
245_M 48_A 0.92 0.08 0.00
46_I 23_G 0.92 0.08 0.00
265_E 163_L 0.92 0.08 0.00
200_K 44_M 0.92 0.08 0.00
171_E 141_G 0.92 0.08 0.00
172_T 46_D 0.92 0.08 0.00
278_T 31_T 0.92 0.08 0.00
237_E 131_A 0.91 0.08 0.00
100_A 77_P 0.91 0.08 0.00
70_A 79_L 0.91 0.08 0.00
36_E 101_V 0.91 0.08 0.00
132_T 125_H 0.91 0.08 0.00
30_V 95_L 0.91 0.07 0.00
220_L 129_A 0.91 0.07 0.00
224_Y 33_L 0.91 0.07 0.00
21_F 170_P 0.91 0.07 0.00
106_A 19_A 0.91 0.07 0.00
26_N 115_I 0.91 0.07 0.00
148_E 119_K 0.90 0.07 0.00
17_E 100_I 0.90 0.07 0.00
151_K 100_I 0.90 0.07 0.00
12_R 56_R 0.90 0.07 0.00
23_T 111_E 0.90 0.07 0.00
15_K 142_P 0.90 0.07 0.00
299_T 134_C 0.89 0.07 0.00
152_N 92_Q 0.89 0.07 0.00
256_A 46_D 0.89 0.07 0.00
197_A 170_P 0.89 0.07 0.00
277_E 133_L 0.89 0.07 0.00
43_P 119_K 0.89 0.07 0.00
119_D 131_A 0.89 0.07 0.00
195_L 51_Y 0.89 0.07 0.00
178_L 124_L 0.89 0.07 0.00
311_N 28_Q 0.88 0.07 0.00
150_K 23_G 0.88 0.07 0.00
79_K 11_I 0.88 0.07 0.00
270_S 16_L 0.88 0.07 0.00
19_K 145_A 0.88 0.07 0.00
218_E 126_S 0.88 0.07 0.00
236_N 158_F 0.88 0.07 0.00
5_G 98_L 0.88 0.07 0.00
5_G 106_P 0.88 0.07 0.00
5_G 117_G 0.88 0.07 0.00
5_G 127_L 0.88 0.07 0.00
5_G 150_T 0.88 0.07 0.00
5_G 154_F 0.88 0.07 0.00
5_G 155_L 0.88 0.07 0.00
5_G 167_P 0.88 0.07 0.00
56_E 73_K 0.88 0.07 0.00
103_A 170_P 0.88 0.07 0.00
31_E 48_A 0.88 0.07 0.00
11_T 80_K 0.88 0.07 0.00
207_S 35_I 0.88 0.07 0.00
2_E 105_Q 0.87 0.07 0.00
2_E 166_L 0.87 0.07 0.00
78_G 43_I 0.87 0.07 0.00
67_A 79_L 0.87 0.07 0.00
51_A 57_G 0.87 0.07 0.00
120_E 58_I 0.87 0.07 0.00
6_V 13_E 0.87 0.07 0.00
32_D 115_I 0.87 0.07 0.00
6_V 118_V 0.87 0.07 0.00
210_N 44_M 0.87 0.07 0.00
35_H 41_N 0.87 0.07 0.00
43_P 71_T 0.87 0.07 0.00
230_S 44_M 0.87 0.07 0.00
249_A 169_L 0.87 0.07 0.00
203_Q 64_A 0.87 0.07 0.00
272_R 97_V 0.86 0.07 0.00
215_E 31_T 0.86 0.07 0.00
142_R 101_V 0.86 0.07 0.00
236_N 23_G 0.86 0.07 0.00
4_A 98_L 0.86 0.07 0.00
4_A 106_P 0.86 0.07 0.00
4_A 117_G 0.86 0.07 0.00
4_A 127_L 0.86 0.07 0.00
4_A 150_T 0.86 0.07 0.00
4_A 154_F 0.86 0.07 0.00
4_A 155_L 0.86 0.07 0.00
4_A 167_P 0.86 0.07 0.00
312_E 120_S 0.86 0.07 0.00
230_S 164_D 0.86 0.07 0.00
276_C 169_L 0.86 0.07 0.00
309_E 48_A 0.86 0.07 0.00
160_L 100_I 0.86 0.07 0.00
173_V 134_C 0.86 0.07 0.00
180_K 71_T 0.86 0.07 0.00
277_E 30_L 0.86 0.07 0.00
16_A 138_R 0.86 0.07 0.00
62_E 147_L 0.86 0.07 0.00
64_V 87_S 0.86 0.07 0.00
288_H 46_D 0.85 0.07 0.00
121_S 19_A 0.85 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
5412 0.11 SMC NCC ScpB redo w unlim Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 0.00 Done - Shared
5407 0 SMC NCC ScpB Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) Killed - Shared
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