May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
3QGA(ureA-ureB)
Genes: A B A+B
Length: 225 568 789
Sequences: 479 1195 163
Seq/Len: 2.13 2.1 0.21
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.81
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.00 0.20
2 0.01 0.00 0.21
5 0.01 0.00 0.21
10 0.01 0.00 0.21
20 0.01 0.00 0.21
100 0.01 0.00 0.21
∞ 0.03 0.01 0.21
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
71_M 563_S 1.99 0.62 0.01
7_E 444_K 1.71 0.45 0.01
13_L 324_D 1.58 0.38 0.01
10_K 246_I 1.53 0.35 0.00
88_P 563_S 1.53 0.35 0.00
190_G 105_D 1.52 0.34 0.00
81_L 405_I 1.49 0.32 0.00
77_M 443_V 1.41 0.28 0.00
76_N 80_I 1.39 0.27 0.00
28_L 415_T 1.38 0.27 0.00
57_L 199_N 1.35 0.26 0.00
157_D 525_D 1.31 0.23 0.00
76_N 183_R 1.30 0.23 0.00
111_K 28_W 1.29 0.23 0.00
135_G 94_G 1.29 0.23 0.00
182_K 87_I 1.28 0.23 0.00
10_K 317_L 1.27 0.22 0.00
10_K 364_A 1.25 0.21 0.00
17_G 518_C 1.25 0.21 0.00
135_G 305_Y 1.25 0.21 0.00
145_F 510_R 1.25 0.21 0.00
138_S 251_V 1.25 0.21 0.00
10_K 478_F 1.25 0.21 0.00
22_K 42_L 1.24 0.21 0.00
96_V 250_T 1.22 0.20 0.00
10_K 166_T 1.22 0.20 0.00
17_G 271_A 1.21 0.19 0.00
170_S 94_G 1.20 0.19 0.00
57_L 343_I 1.20 0.19 0.00
153_A 256_Y 1.19 0.19 0.00
61_C 124_G 1.18 0.19 0.00
82_G 320_C 1.18 0.18 0.00
10_K 225_T 1.18 0.18 0.00
200_G 231_D 1.17 0.18 0.00
47_A 260_T 1.17 0.18 0.00
38_Y 405_I 1.17 0.18 0.00
38_Y 476_E 1.17 0.18 0.00
169_P 297_S 1.16 0.18 0.00
47_A 219_L 1.16 0.18 0.00
28_L 357_M 1.16 0.18 0.00
55_A 80_I 1.16 0.17 0.00
142_G 223_W 1.15 0.17 0.00
57_L 181_M 1.14 0.17 0.00
62_V 192_V 1.14 0.17 0.00
54_V 315_D 1.14 0.17 0.00
64_F 182_L 1.12 0.16 0.00
177_G 300_T 1.12 0.16 0.00
42_H 52_E 1.12 0.16 0.00
75_G 496_V 1.12 0.16 0.00
91_T 461_D 1.12 0.16 0.00
115_D 480_H 1.12 0.16 0.00
152_R 259_D 1.10 0.16 0.00
10_K 419_S 1.10 0.16 0.00
116_K 254_A 1.10 0.16 0.00
21_R 42_L 1.10 0.16 0.00
54_V 308_N 1.10 0.16 0.00
54_V 251_V 1.09 0.15 0.00
64_F 112_V 1.09 0.15 0.00
17_G 324_D 1.09 0.15 0.00
6_K 159_G 1.08 0.15 0.00
82_G 46_A 1.08 0.15 0.00
173_T 553_S 1.08 0.15 0.00
190_G 250_T 1.07 0.15 0.00
198_M 201_S 1.07 0.15 0.00
128_E 352_M 1.06 0.14 0.00
124_K 40_E 1.06 0.14 0.00
54_V 209_Q 1.06 0.14 0.00
140_H 282_S 1.05 0.14 0.00
78_V 238_D 1.05 0.14 0.00
196_I 355_I 1.05 0.14 0.00
75_G 194_L 1.05 0.14 0.00
203_N 65_L 1.05 0.14 0.00
195_I 391_E 1.05 0.14 0.00
152_R 29_A 1.05 0.14 0.00
173_T 50_I 1.05 0.14 0.00
25_E 547_N 1.04 0.14 0.00
6_K 341_G 1.04 0.14 0.00
188_P 501_G 1.04 0.14 0.00
153_A 305_Y 1.04 0.14 0.00
177_G 282_S 1.04 0.14 0.00
10_K 160_T 1.03 0.14 0.00
162_Y 40_E 1.03 0.14 0.00
58_M 56_Q 1.03 0.14 0.00
155_E 148_L 1.03 0.14 0.00
218_A 146_T 1.03 0.14 0.00
13_L 444_K 1.03 0.14 0.00
97_N 315_D 1.03 0.13 0.00
21_R 63_N 1.03 0.13 0.00
21_R 260_T 1.02 0.13 0.00
142_G 315_D 1.02 0.13 0.00
85_A 260_T 1.02 0.13 0.00
64_F 91_K 1.01 0.13 0.00
145_F 254_A 1.01 0.13 0.00
46_E 217_F 1.01 0.13 0.00
138_S 243_Q 1.00 0.13 0.00
142_G 158_G 1.00 0.13 0.00
58_M 129_A 1.00 0.13 0.00
61_C 319_T 1.00 0.13 0.00
58_M 378_T 1.00 0.13 0.00
19_V 271_A 0.99 0.12 0.00
195_I 402_K 0.99 0.12 0.00
6_K 197_K 0.99 0.12 0.00
97_N 308_N 0.99 0.12 0.00
91_T 236_V 0.99 0.12 0.00
41_A 64_T 0.98 0.12 0.00
88_P 286_I 0.98 0.12 0.00
142_G 313_H 0.98 0.12 0.00
86_N 364_A 0.98 0.12 0.00
89_D 313_H 0.98 0.12 0.00
138_S 313_H 0.98 0.12 0.00
43_I 73_L 0.97 0.12 0.00
170_S 85_I 0.97 0.12 0.00
91_T 52_E 0.97 0.12 0.00
82_G 314_L 0.97 0.12 0.00
120_L 294_I 0.97 0.12 0.00
17_G 171_I 0.96 0.12 0.00
173_T 459_M 0.96 0.12 0.00
75_G 80_I 0.96 0.12 0.00
165_R 295_L 0.96 0.12 0.00
96_V 551_C 0.96 0.12 0.00
142_G 322_H 0.96 0.12 0.00
202_L 427_E 0.96 0.12 0.00
198_M 72_A 0.96 0.12 0.00
116_K 335_Q 0.95 0.12 0.00
198_M 473_Y 0.95 0.12 0.00
168_I 272_Y 0.95 0.12 0.00
13_L 254_A 0.95 0.11 0.00
43_I 290_G 0.95 0.11 0.00
57_L 121_A 0.95 0.11 0.00
24_K 245_C 0.95 0.11 0.00
140_H 84_D 0.95 0.11 0.00
44_M 142_Q 0.94 0.11 0.00
21_R 458_E 0.94 0.11 0.00
97_N 251_V 0.94 0.11 0.00
170_S 127_I 0.94 0.11 0.00
86_N 172_T 0.94 0.11 0.00
41_A 271_A 0.94 0.11 0.00
142_G 309_T 0.94 0.11 0.00
28_L 193_G 0.94 0.11 0.00
53_T 487_D 0.94 0.11 0.00
152_R 401_I 0.94 0.11 0.00
172_N 285_V 0.94 0.11 0.00
75_G 287_T 0.94 0.11 0.00
19_V 127_I 0.94 0.11 0.00
89_D 243_Q 0.94 0.11 0.00
136_P 300_T 0.94 0.11 0.00
182_K 85_I 0.94 0.11 0.00
97_N 209_Q 0.93 0.11 0.00
45_D 133_D 0.93 0.11 0.00
61_C 315_D 0.93 0.11 0.00
61_C 58_N 0.93 0.11 0.00
10_K 169_T 0.93 0.11 0.00
58_M 44_F 0.93 0.11 0.00
71_M 535_I 0.93 0.11 0.00
88_P 173_P 0.93 0.11 0.00
142_G 243_Q 0.93 0.11 0.00
124_K 533_A 0.93 0.11 0.00
137_K 356_A 0.93 0.11 0.00
82_G 100_N 0.93 0.11 0.00
23_R 133_D 0.93 0.11 0.00
91_T 100_N 0.93 0.11 0.00
42_H 340_P 0.92 0.11 0.00
138_S 223_W 0.92 0.11 0.00
196_I 274_I 0.92 0.11 0.00
142_G 308_N 0.92 0.11 0.00
97_N 226_T 0.92 0.11 0.00
122_A 552_T 0.92 0.11 0.00
54_V 408_Y 0.92 0.11 0.00
33_P 562_A 0.91 0.10 0.00
173_T 381_K 0.91 0.10 0.00
142_G 133_D 0.91 0.10 0.00
110_I 192_V 0.91 0.10 0.00
41_A 364_A 0.91 0.10 0.00
142_G 209_Q 0.91 0.10 0.00
95_T 100_N 0.91 0.10 0.00
138_S 300_T 0.91 0.10 0.00
13_L 73_L 0.91 0.10 0.00
170_S 50_I 0.91 0.10 0.00
140_H 277_A 0.91 0.10 0.00
198_M 11_T 0.91 0.10 0.00
9_E 394_G 0.90 0.10 0.00
13_L 561_L 0.90 0.10 0.00
51_K 2_K 0.90 0.10 0.00
13_L 183_R 0.90 0.10 0.00
120_L 314_L 0.90 0.10 0.00
136_P 282_S 0.90 0.10 0.00
5_P 455_V 0.90 0.10 0.00
102_P 272_Y 0.90 0.10 0.00
57_L 408_Y 0.90 0.10 0.00
17_G 478_F 0.90 0.10 0.00
138_S 133_D 0.90 0.10 0.00
46_E 408_Y 0.90 0.10 0.00
21_R 271_A 0.90 0.10 0.00
26_E 415_T 0.90 0.10 0.00
153_A 272_Y 0.90 0.10 0.00
150_A 136_T 0.90 0.10 0.00
149_E 53_G 0.90 0.10 0.00
167_D 65_L 0.90 0.10 0.00
25_E 152_V 0.90 0.10 0.00
112_F 455_V 0.89 0.10 0.00
17_G 364_A 0.89 0.10 0.00
94_V 174_G 0.89 0.10 0.00
75_G 20_V 0.89 0.10 0.00
167_D 401_I 0.89 0.10 0.00
135_G 99_G 0.89 0.10 0.00
10_K 488_T 0.89 0.10 0.00
85_A 59_S 0.89 0.10 0.00
131_V 463_N 0.88 0.10 0.00
131_V 141_P 0.88 0.10 0.00
23_R 374_R 0.88 0.10 0.00
91_T 454_V 0.88 0.10 0.00
181_T 265_N 0.88 0.10 0.00
187_I 354_V 0.88 0.10 0.00
57_L 315_D 0.88 0.10 0.00
107_A 149_A 0.88 0.10 0.00
17_G 325_K 0.88 0.10 0.00
140_H 523_K 0.88 0.10 0.00
45_D 374_R 0.88 0.10 0.00
62_V 245_C 0.88 0.10 0.00
86_N 466_V 0.88 0.10 0.00
33_P 475_R 0.88 0.10 0.00
69_E 501_G 0.88 0.10 0.00
58_M 197_K 0.87 0.10 0.00
140_H 296_P 0.87 0.10 0.00
14_Y 54_M 0.87 0.10 0.00
10_K 373_P 0.87 0.10 0.00
56_Q 31_V 0.87 0.10 0.00
75_G 470_Q 0.87 0.10 0.00
39_I 517_N 0.87 0.10 0.00
190_G 127_I 0.87 0.10 0.00
160_K 542_F 0.87 0.10 0.00
118_I 38_Y 0.87 0.10 0.00
195_I 67_L 0.87 0.10 0.00
139_L 487_D 0.87 0.10 0.00
173_T 211_K 0.87 0.10 0.00
97_N 468_T 0.87 0.10 0.00
55_A 23_G 0.86 0.10 0.00
150_A 62_E 0.86 0.09 0.00
59_E 528_F 0.86 0.09 0.00
96_V 297_S 0.86 0.09 0.00
193_K 294_I 0.86 0.09 0.00
58_M 121_A 0.86 0.09 0.00
96_V 546_V 0.86 0.09 0.00
54_V 320_C 0.86 0.09 0.00
213_K 558_E 0.86 0.09 0.00
57_L 371_V 0.86 0.09 0.00
187_I 533_A 0.86 0.09 0.00
39_I 362_S 0.86 0.09 0.00
54_V 223_W 0.86 0.09 0.00
7_E 236_V 0.86 0.09 0.00
69_E 310_V 0.86 0.09 0.00
12_L 369_G 0.86 0.09 0.00
75_G 75_I 0.85 0.09 0.00
129_L 124_G 0.85 0.09 0.00
92_K 282_S 0.85 0.09 0.00
122_A 192_V 0.85 0.09 0.00
17_G 525_D 0.85 0.09 0.00
17_G 373_P 0.85 0.09 0.00
124_K 103_M 0.85 0.09 0.00
131_V 412_P 0.85 0.09 0.00
140_H 356_A 0.85 0.09 0.00
40_S 225_T 0.85 0.09 0.00
44_M 406_S 0.85 0.09 0.00
59_E 289_A 0.85 0.09 0.00
198_M 324_D 0.85 0.09 0.00
69_E 245_C 0.85 0.09 0.00
95_T 319_T 0.85 0.09 0.00
162_Y 264_M 0.85 0.09 0.00
216_E 3_M 0.85 0.09 0.00
89_D 158_G 0.85 0.09 0.00
187_I 430_I 0.85 0.09 0.00
6_K 171_I 0.85 0.09 0.00
24_K 474_Y 0.85 0.09 0.00
89_D 360_S 0.85 0.09 0.00
172_N 88_K 0.85 0.09 0.00
61_C 46_A 0.85 0.09 0.00
211_K 287_T 0.85 0.09 0.00
14_Y 482_G 0.84 0.09 0.00
56_Q 217_F 0.84 0.09 0.00
78_V 425_V 0.84 0.09 0.00
122_A 290_G 0.84 0.09 0.00
4_T 195_L 0.84 0.09 0.00
145_F 303_I 0.84 0.09 0.00
188_P 134_S 0.84 0.09 0.00
201_L 401_I 0.84 0.09 0.00
138_S 315_D 0.84 0.09 0.00
4_T 245_C 0.84 0.09 0.00
57_L 229_A 0.84 0.09 0.00
17_G 205_Q 0.84 0.09 0.00
190_G 94_G 0.84 0.09 0.00
86_N 169_T 0.84 0.09 0.00
78_V 212_A 0.83 0.09 0.00
49_R 418_V 0.83 0.09 0.00
122_A 38_Y 0.83 0.09 0.00
170_S 231_D 0.83 0.09 0.00
137_K 255_G 0.83 0.09 0.00
187_I 307_I 0.83 0.09 0.00
96_V 422_I 0.83 0.09 0.00
110_I 447_I 0.83 0.09 0.00
18_E 85_I 0.83 0.09 0.00
21_R 518_C 0.83 0.09 0.00
66_K 91_K 0.83 0.09 0.00
59_E 551_C 0.83 0.09 0.00
97_N 319_T 0.83 0.09 0.00
182_K 75_I 0.83 0.09 0.00
32_Q 3_M 0.83 0.09 0.00
39_I 250_T 0.83 0.09 0.00
187_I 433_L 0.82 0.09 0.00
201_L 87_I 0.82 0.09 0.00
91_T 142_Q 0.82 0.09 0.00
91_T 357_M 0.82 0.09 0.00
195_I 202_S 0.82 0.09 0.00
167_D 514_P 0.82 0.09 0.00
9_E 443_V 0.82 0.09 0.00
95_T 320_C 0.82 0.09 0.00
195_I 462_S 0.82 0.09 0.00
145_F 348_T 0.82 0.09 0.00
21_R 510_R 0.82 0.09 0.00
138_S 374_R 0.82 0.09 0.00
28_L 540_E 0.82 0.09 0.00
28_L 440_F 0.82 0.09 0.00
123_G 390_T 0.82 0.09 0.00
100_I 311_A 0.82 0.09 0.00
145_F 553_S 0.82 0.09 0.00
188_P 91_K 0.82 0.09 0.00
19_V 401_I 0.82 0.09 0.00
139_L 72_A 0.82 0.09 0.00
180_E 381_K 0.82 0.09 0.00
89_D 438_P 0.82 0.09 0.00
97_N 408_Y 0.82 0.09 0.00
142_G 374_R 0.81 0.09 0.00
12_L 159_G 0.81 0.08 0.00
117_D 499_E 0.81 0.08 0.00
12_L 78_T 0.81 0.08 0.00
157_D 107_V 0.81 0.08 0.00
119_E 498_Y 0.81 0.08 0.00
47_A 384_K 0.81 0.08 0.00
192_S 539_P 0.81 0.08 0.00
139_L 229_A 0.81 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 1.651 seconds.