May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
1ahj
Genes: A B A+B
Length: 198 212 400
Sequences: 270 250 225
Seq/Len: 1.36 1.18 0.56
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.88
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.01 0.55
2 0.01 0.01 0.55
5 0.01 0.01 0.55
10 0.02 0.01 0.55
20 0.02 0.01 0.55
100 0.02 0.02 0.55
∞ 0.06 0.05 0.56
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
32_V 38_S 2.43 0.97 0.90
54_R 149_R 1.81 0.80 0.55
54_R 177_E 1.80 0.79 0.54
130_R 177_E 1.73 0.75 0.48
138_E 16_V 1.72 0.75 0.47
18_F 35_L 1.56 0.64 0.33
12_D 7_L 1.49 0.59 0.28
147_I 90_L 1.48 0.58 0.27
128_V 43_G 1.41 0.53 0.22
149_I 117_P 1.40 0.52 0.21
97_N 5_H 1.36 0.48 0.19
54_R 132_R 1.31 0.45 0.16
60_E 92_Q 1.29 0.43 0.15
11_S 135_Y 1.28 0.42 0.14
152_Y 5_H 1.24 0.39 0.12
190_V 131_V 1.23 0.39 0.12
114_L 147_R 1.22 0.38 0.12
165_Q 94_E 1.19 0.36 0.10
147_I 131_V 1.18 0.35 0.10
82_Q 36_P 1.18 0.35 0.10
128_V 50_F 1.18 0.34 0.10
156_A 46_E 1.17 0.34 0.10
119_Y 140_I 1.17 0.34 0.10
40_E 29_H 1.16 0.34 0.09
97_N 74_E 1.15 0.33 0.09
62_R 86_E 1.14 0.32 0.09
57_T 128_R 1.13 0.31 0.08
60_E 118_V 1.12 0.30 0.08
89_V 146_C 1.11 0.30 0.08
81_P 59_V 1.10 0.29 0.07
149_I 160_K 1.08 0.28 0.07
110_P 148_G 1.07 0.28 0.07
40_E 127_Q 1.07 0.27 0.06
155_T 45_A 1.06 0.27 0.06
28_P 168_G 1.06 0.27 0.06
20_A 101_G 1.06 0.27 0.06
108_A 76_Y 1.06 0.27 0.06
10_V 75_R 1.05 0.26 0.06
134_K 144_A 1.04 0.26 0.06
72_A 123_F 1.04 0.26 0.06
26_L 5_H 1.04 0.26 0.06
138_E 24_I 1.04 0.26 0.06
46_R 94_E 1.04 0.25 0.06
96_K 76_Y 1.03 0.25 0.05
44_S 76_Y 1.03 0.25 0.05
24_K 19_T 1.03 0.25 0.05
141_T 38_S 1.03 0.25 0.05
126_A 31_E 1.03 0.25 0.05
26_L 178_P 1.02 0.24 0.05
42_D 108_P 1.01 0.24 0.05
61_F 47_L 1.01 0.24 0.05
168_A 166_A 1.01 0.24 0.05
99_I 7_L 1.01 0.24 0.05
128_V 63_E 1.00 0.23 0.05
27_V 27_T 1.00 0.23 0.05
171_E 15_K 1.00 0.23 0.05
91_D 59_V 1.00 0.23 0.05
117_T 25_G 1.00 0.23 0.05
114_L 33_E 1.00 0.23 0.05
82_Q 53_D 0.99 0.23 0.05
158_T 161_W 0.99 0.23 0.05
81_P 75_R 0.99 0.22 0.04
87_V 148_G 0.99 0.22 0.04
82_Q 41_F 0.98 0.22 0.04
183_T 125_V 0.98 0.22 0.04
145_S 130_R 0.98 0.22 0.04
72_A 90_L 0.98 0.22 0.04
142_E 153_I 0.97 0.22 0.04
47_R 143_P 0.97 0.22 0.04
173_W 150_V 0.97 0.21 0.04
121_S 10_V 0.97 0.21 0.04
171_E 105_L 0.96 0.21 0.04
147_I 210_P 0.96 0.21 0.04
35_W 37_Y 0.96 0.21 0.04
160_Y 74_E 0.96 0.21 0.04
150_R 91_T 0.95 0.21 0.04
107_T 76_Y 0.95 0.21 0.04
182_V 123_F 0.95 0.21 0.04
187_L 35_L 0.95 0.20 0.04
130_R 95_L 0.95 0.20 0.04
131_E 63_E 0.95 0.20 0.04
182_V 16_V 0.95 0.20 0.04
71_A 30_A 0.94 0.20 0.04
11_S 27_T 0.94 0.20 0.04
61_F 70_T 0.94 0.20 0.04
36_K 161_W 0.94 0.20 0.04
81_P 55_V 0.94 0.20 0.04
15_W 118_V 0.94 0.20 0.04
152_Y 74_E 0.94 0.20 0.04
122_F 7_L 0.94 0.20 0.04
28_P 162_P 0.94 0.20 0.04
94_T 86_E 0.94 0.20 0.04
63_Q 97_S 0.94 0.20 0.04
109_W 28_F 0.93 0.20 0.04
128_V 35_L 0.93 0.20 0.04
67_T 152_T 0.93 0.20 0.03
183_T 147_R 0.93 0.19 0.03
22_D 153_I 0.92 0.19 0.03
161_M 41_F 0.92 0.19 0.03
157_E 53_D 0.92 0.19 0.03
197_T 16_V 0.91 0.19 0.03
138_E 38_S 0.91 0.19 0.03
82_Q 83_L 0.91 0.18 0.03
14_A 43_G 0.91 0.18 0.03
149_I 204_F 0.91 0.18 0.03
130_R 4_V 0.91 0.18 0.03
84_E 110_E 0.91 0.18 0.03
98_V 63_E 0.91 0.18 0.03
138_E 31_E 0.90 0.18 0.03
94_T 128_R 0.90 0.18 0.03
88_A 153_I 0.90 0.18 0.03
23_G 98_L 0.90 0.18 0.03
33_E 35_L 0.90 0.18 0.03
85_Y 161_W 0.90 0.18 0.03
36_K 3_G 0.89 0.18 0.03
126_A 10_V 0.89 0.18 0.03
139_M 159_E 0.89 0.18 0.03
55_A 129_V 0.89 0.18 0.03
17_L 147_R 0.89 0.17 0.03
67_T 150_V 0.89 0.17 0.03
41_E 31_E 0.89 0.17 0.03
98_V 50_F 0.88 0.17 0.03
20_A 94_E 0.88 0.17 0.03
191_A 152_T 0.88 0.17 0.03
36_K 25_G 0.88 0.17 0.03
82_Q 111_S 0.88 0.17 0.03
12_D 54_E 0.88 0.17 0.03
108_A 140_I 0.87 0.17 0.03
115_P 28_F 0.87 0.17 0.03
81_P 45_A 0.87 0.17 0.03
154_T 168_G 0.87 0.17 0.03
149_I 119_E 0.87 0.17 0.03
146_D 156_R 0.86 0.16 0.03
138_E 95_L 0.86 0.16 0.03
155_T 59_V 0.86 0.16 0.02
128_V 110_E 0.86 0.16 0.02
114_L 13_F 0.85 0.16 0.02
180_E 130_R 0.85 0.16 0.02
94_T 185_A 0.85 0.16 0.02
61_F 16_V 0.85 0.16 0.02
27_V 11_Q 0.85 0.16 0.02
44_S 158_T 0.85 0.16 0.02
168_A 160_K 0.85 0.16 0.02
114_L 28_F 0.85 0.16 0.02
132_P 76_Y 0.85 0.16 0.02
60_E 122_T 0.85 0.16 0.02
177_Q 93_D 0.85 0.16 0.02
121_S 58_V 0.84 0.16 0.02
13_R 189_L 0.84 0.15 0.02
134_K 63_E 0.84 0.15 0.02
119_Y 165_D 0.84 0.15 0.02
83_G 148_G 0.83 0.15 0.02
168_A 83_L 0.83 0.15 0.02
69_G 30_A 0.83 0.15 0.02
81_P 50_F 0.83 0.15 0.02
120_K 139_H 0.83 0.15 0.02
54_R 147_R 0.83 0.15 0.02
14_A 35_L 0.82 0.15 0.02
13_R 14_G 0.82 0.15 0.02
144_A 69_M 0.82 0.15 0.02
85_Y 156_R 0.82 0.15 0.02
130_R 74_E 0.82 0.15 0.02
155_T 96_E 0.82 0.15 0.02
37_K 16_V 0.82 0.14 0.02
37_K 109_S 0.82 0.14 0.02
42_D 51_S 0.82 0.14 0.02
173_W 124_E 0.82 0.14 0.02
4_A 149_R 0.82 0.14 0.02
81_P 43_G 0.82 0.14 0.02
54_R 77_V 0.81 0.14 0.02
65_L 14_G 0.81 0.14 0.02
177_Q 147_R 0.81 0.14 0.02
27_V 144_A 0.81 0.14 0.02
89_V 120_T 0.81 0.14 0.02
154_T 153_I 0.81 0.14 0.02
131_E 75_R 0.81 0.14 0.02
69_G 42_A 0.81 0.14 0.02
120_K 60_E 0.81 0.14 0.02
117_T 178_P 0.81 0.14 0.02
22_D 36_P 0.81 0.14 0.02
155_T 75_R 0.80 0.14 0.02
51_L 165_D 0.80 0.14 0.02
11_S 178_P 0.80 0.14 0.02
32_V 35_L 0.80 0.14 0.02
81_P 80_V 0.80 0.14 0.02
187_L 37_Y 0.80 0.14 0.02
49_A 202_D 0.80 0.14 0.02
94_T 153_I 0.80 0.14 0.02
155_T 98_L 0.80 0.14 0.02
24_K 94_E 0.80 0.14 0.02
39_F 162_P 0.80 0.14 0.02
78_Y 166_A 0.79 0.14 0.02
172_G 48_G 0.79 0.14 0.02
36_K 51_S 0.79 0.14 0.02
65_L 202_D 0.79 0.14 0.02
84_E 172_N 0.79 0.14 0.02
107_T 158_T 0.79 0.13 0.02
36_K 57_Y 0.79 0.13 0.02
163_L 125_V 0.79 0.13 0.02
20_A 103_F 0.79 0.13 0.02
130_R 11_Q 0.79 0.13 0.02
64_L 68_M 0.79 0.13 0.02
54_R 63_E 0.78 0.13 0.02
26_L 4_V 0.78 0.13 0.02
119_Y 96_E 0.78 0.13 0.02
54_R 125_V 0.78 0.13 0.02
72_A 147_R 0.78 0.13 0.02
122_F 33_E 0.78 0.13 0.02
173_W 117_P 0.78 0.13 0.02
157_E 164_P 0.78 0.13 0.02
154_T 140_I 0.78 0.13 0.02
160_Y 166_A 0.78 0.13 0.02
130_R 132_R 0.78 0.13 0.02
126_A 135_Y 0.77 0.13 0.02
60_E 125_V 0.77 0.13 0.02
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.8464 seconds.