May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
aN bP
Genes: A B A+B
Length: 199 181 338
Sequences: 713 475 437
Seq/Len: 3.58 2.62 1.29
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.87
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.01
2 0.00 0.00 1.15
5 0.00 0.00 1.15
10 0.00 0.00 1.15
20 0.00 0.00 1.15
100 0.00 0.00 1.15
∞ 0.00 0.00 1.15
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
85_L 41_F 2.19 0.99 0.95
106_D 50_P 2.01 0.97 0.92
12_Y 58_T 1.62 0.89 0.74
159_L 98_V 1.59 0.87 0.71
148_M 149_D 1.55 0.86 0.69
34_T 12_A 1.50 0.83 0.64
110_E 57_L 1.45 0.80 0.59
118_L 92_L 1.40 0.77 0.55
57_N 82_R 1.39 0.76 0.54
164_K 136_I 1.37 0.74 0.52
78_K 108_S 1.36 0.74 0.51
109_N 113_A 1.34 0.72 0.49
12_Y 148_E 1.34 0.72 0.48
118_L 44_P 1.31 0.69 0.45
19_R 47_P 1.30 0.69 0.45
70_E 140_S 1.27 0.66 0.41
92_E 67_R 1.27 0.66 0.41
108_L 147_I 1.27 0.66 0.41
59_L 24_N 1.26 0.66 0.41
118_L 75_E 1.26 0.66 0.40
110_E 54_P 1.25 0.65 0.39
59_L 27_M 1.25 0.64 0.39
12_Y 153_N 1.24 0.64 0.38
106_D 57_L 1.18 0.58 0.33
88_K 26_W 1.16 0.56 0.31
99_L 153_N 1.16 0.56 0.31
103_K 47_P 1.15 0.55 0.29
24_F 129_N 1.13 0.53 0.28
38_A 161_L 1.12 0.52 0.26
73_E 120_V 1.11 0.51 0.26
142_A 77_A 1.10 0.50 0.25
15_E 43_A 1.10 0.50 0.25
157_P 163_L 1.09 0.49 0.24
139_N 59_G 1.09 0.48 0.24
42_T 141_I 1.09 0.48 0.24
39_V 132_R 1.08 0.48 0.23
12_Y 110_F 1.07 0.47 0.22
107_S 22_D 1.07 0.47 0.22
22_Q 39_I 1.05 0.45 0.21
83_A 7_L 1.05 0.45 0.21
167_S 136_I 1.05 0.45 0.21
97_K 116_Y 1.05 0.45 0.21
87_K 150_S 1.04 0.44 0.20
41_A 39_I 1.03 0.43 0.20
104_I 91_S 1.03 0.43 0.20
27_L 133_I 1.03 0.43 0.20
99_L 47_P 1.03 0.43 0.19
20_K 156_S 1.03 0.43 0.19
29_Y 15_A 1.02 0.42 0.19
152_G 117_V 1.01 0.41 0.18
173_L 133_I 1.01 0.41 0.18
142_A 85_E 1.00 0.40 0.18
60_L 23_L 1.00 0.40 0.17
111_A 153_N 1.00 0.40 0.17
141_V 90_F 1.00 0.40 0.17
123_A 59_G 1.00 0.40 0.17
111_A 33_E 0.99 0.40 0.17
158_E 130_Y 0.99 0.39 0.17
99_L 146_L 0.99 0.39 0.17
139_N 44_P 0.99 0.39 0.17
141_V 75_E 0.98 0.39 0.16
151_T 149_D 0.98 0.38 0.16
117_Y 149_D 0.98 0.38 0.16
49_M 84_K 0.98 0.38 0.16
92_E 34_A 0.98 0.38 0.16
83_A 43_A 0.98 0.38 0.16
36_V 125_Y 0.98 0.38 0.16
46_I 90_F 0.97 0.38 0.16
175_A 7_L 0.97 0.38 0.16
18_K 84_K 0.97 0.38 0.16
121_L 121_G 0.97 0.38 0.16
99_L 67_R 0.97 0.37 0.16
117_Y 117_V 0.97 0.37 0.16
36_V 9_S 0.97 0.37 0.15
49_M 117_V 0.97 0.37 0.15
175_A 153_N 0.97 0.37 0.15
56_R 22_D 0.97 0.37 0.15
23_Q 85_E 0.97 0.37 0.15
102_A 153_N 0.96 0.36 0.15
21_Q 161_L 0.96 0.36 0.15
174_Q 133_I 0.96 0.36 0.15
37_A 144_N 0.96 0.36 0.15
126_A 65_F 0.95 0.36 0.14
99_L 34_A 0.95 0.36 0.14
142_A 55_P 0.95 0.35 0.14
101_A 47_P 0.95 0.35 0.14
18_K 117_V 0.95 0.35 0.14
117_Y 15_A 0.95 0.35 0.14
81_K 119_T 0.95 0.35 0.14
122_D 136_I 0.94 0.35 0.14
56_R 154_W 0.94 0.35 0.14
22_Q 132_R 0.94 0.35 0.14
175_A 135_S 0.94 0.34 0.14
17_N 91_S 0.93 0.34 0.13
150_N 25_E 0.93 0.33 0.13
112_V 66_R 0.92 0.33 0.13
55_E 32_R 0.92 0.33 0.13
18_K 47_P 0.92 0.33 0.12
13_R 95_M 0.91 0.32 0.12
84_F 147_I 0.91 0.32 0.12
12_Y 34_A 0.91 0.32 0.12
29_Y 9_S 0.91 0.32 0.12
91_I 58_T 0.91 0.32 0.12
81_K 108_S 0.91 0.32 0.12
38_A 10_F 0.91 0.32 0.12
12_Y 150_S 0.90 0.31 0.12
24_F 90_F 0.90 0.31 0.12
90_K 126_L 0.89 0.30 0.11
38_A 18_Q 0.89 0.30 0.11
70_E 31_R 0.89 0.30 0.11
56_R 98_V 0.89 0.30 0.11
7_I 87_L 0.89 0.30 0.11
120_S 134_E 0.89 0.30 0.11
56_R 23_L 0.88 0.30 0.11
131_L 73_K 0.88 0.30 0.11
131_L 48_V 0.88 0.29 0.11
146_R 101_L 0.88 0.29 0.10
87_K 54_P 0.88 0.29 0.10
76_K 117_V 0.88 0.29 0.10
7_I 12_A 0.88 0.29 0.10
22_Q 81_K 0.88 0.29 0.10
84_F 97_Y 0.87 0.29 0.10
130_R 136_I 0.87 0.29 0.10
163_K 95_M 0.87 0.29 0.10
17_N 62_A 0.87 0.29 0.10
161_S 154_W 0.87 0.29 0.10
19_R 77_A 0.87 0.28 0.10
174_Q 15_A 0.87 0.28 0.10
78_K 138_D 0.87 0.28 0.10
48_N 5_A 0.87 0.28 0.10
151_T 97_Y 0.86 0.28 0.10
162_I 69_E 0.86 0.28 0.10
60_L 27_M 0.86 0.28 0.10
50_I 98_V 0.86 0.28 0.10
71_L 136_I 0.86 0.28 0.10
17_N 156_S 0.86 0.27 0.09
154_F 101_L 0.85 0.27 0.09
156_Q 90_F 0.85 0.27 0.09
78_K 39_I 0.85 0.27 0.09
91_I 148_E 0.85 0.27 0.09
83_A 113_A 0.85 0.27 0.09
173_L 141_I 0.85 0.27 0.09
122_D 125_Y 0.84 0.27 0.09
40_A 11_L 0.84 0.27 0.09
123_A 91_S 0.84 0.27 0.09
157_P 118_Y 0.84 0.27 0.09
131_L 12_A 0.84 0.26 0.09
133_G 152_G 0.84 0.26 0.09
77_L 23_L 0.84 0.26 0.09
105_L 160_E 0.84 0.26 0.09
34_T 6_L 0.84 0.26 0.09
102_A 136_I 0.84 0.26 0.09
80_E 15_A 0.84 0.26 0.09
46_I 38_I 0.83 0.26 0.08
106_D 54_P 0.83 0.25 0.08
5_I 83_I 0.83 0.25 0.08
157_P 76_N 0.83 0.25 0.08
41_A 15_A 0.83 0.25 0.08
49_M 143_L 0.83 0.25 0.08
72_S 137_T 0.83 0.25 0.08
144_M 101_L 0.83 0.25 0.08
89_N 15_A 0.83 0.25 0.08
32_V 5_A 0.82 0.25 0.08
141_V 153_N 0.82 0.25 0.08
110_E 50_P 0.82 0.25 0.08
34_T 11_L 0.82 0.25 0.08
141_V 41_F 0.82 0.25 0.08
107_S 138_D 0.82 0.25 0.08
180_I 141_I 0.82 0.25 0.08
103_K 101_L 0.82 0.24 0.08
171_F 88_E 0.82 0.24 0.08
21_Q 40_P 0.82 0.24 0.08
33_L 81_K 0.82 0.24 0.08
84_F 62_A 0.82 0.24 0.08
120_S 4_Y 0.82 0.24 0.08
162_I 159_A 0.81 0.24 0.08
14_E 55_P 0.81 0.24 0.08
161_S 75_E 0.81 0.24 0.08
92_E 26_W 0.81 0.24 0.08
30_G 9_S 0.81 0.24 0.08
92_E 47_P 0.81 0.24 0.08
20_K 14_S 0.81 0.24 0.08
83_A 117_V 0.81 0.24 0.07
135_T 98_V 0.81 0.24 0.07
123_A 128_Q 0.81 0.24 0.07
12_Y 62_A 0.81 0.24 0.07
5_I 150_S 0.81 0.24 0.07
40_A 29_Q 0.81 0.24 0.07
129_Y 12_A 0.81 0.24 0.07
125_T 109_G 0.81 0.24 0.07
5_I 50_P 0.81 0.24 0.07
102_A 98_V 0.80 0.23 0.07
157_P 98_V 0.80 0.23 0.07
109_N 52_Y 0.80 0.23 0.07
15_E 113_A 0.80 0.23 0.07
156_Q 111_I 0.80 0.23 0.07
145_M 50_P 0.80 0.23 0.07
106_D 20_S 0.80 0.23 0.07
59_L 134_E 0.80 0.23 0.07
155_K 90_F 0.80 0.23 0.07
63_S 27_M 0.80 0.23 0.07
62_T 4_Y 0.80 0.23 0.07
68_D 94_N 0.80 0.23 0.07
118_L 85_E 0.80 0.23 0.07
41_A 9_S 0.80 0.23 0.07
90_K 128_Q 0.79 0.23 0.07
112_V 112_E 0.79 0.23 0.07
119_T 80_T 0.79 0.23 0.07
102_A 85_E 0.79 0.23 0.07
91_I 44_P 0.79 0.23 0.07
141_V 36_A 0.79 0.23 0.07
30_G 4_Y 0.79 0.23 0.07
42_T 113_A 0.79 0.23 0.07
91_I 142_V 0.79 0.23 0.07
59_L 52_Y 0.79 0.23 0.07
37_A 90_F 0.79 0.22 0.07
7_I 145_E 0.79 0.22 0.07
132_S 132_R 0.79 0.22 0.07
67_L 49_A 0.79 0.22 0.07
68_D 12_A 0.79 0.22 0.07
116_T 154_W 0.79 0.22 0.07
60_L 20_S 0.78 0.22 0.07
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.8935 seconds.