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OPENSEQ.org
cIII_cytb_60_isp_60_pd
Genes: A B A+B
Length: 440 190 617
Sequences: 3220 508 214
Seq/Len: 7.32 2.67 0.35
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.76
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.01 0.34
2 0.00 0.01 0.33
5 0.00 0.01 0.33
10 0.00 0.01 0.33
20 0.00 0.01 0.33
100 0.00 0.01 0.34
∞ 0.00 0.02 0.34
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
64_V 41_Q 2.24 0.87 0.43
383_M 38_L 1.69 0.59 0.13
82_H 45_S 1.65 0.56 0.11
96_L 38_L 1.61 0.54 0.10
78_A 127_V 1.41 0.40 0.05
184_P 40_N 1.39 0.38 0.05
186_V 114_D 1.31 0.33 0.04
185_A 178_V 1.30 0.33 0.04
255_A 61_V 1.28 0.32 0.04
208_L 78_I 1.27 0.31 0.03
50_V 186_T 1.25 0.29 0.03
262_V 131_V 1.24 0.29 0.03
51_L 41_Q 1.24 0.29 0.03
186_V 181_F 1.22 0.28 0.03
61_T 183_D 1.19 0.26 0.03
72_H 124_E 1.19 0.26 0.02
82_H 47_D 1.19 0.26 0.02
369_L 127_V 1.18 0.26 0.02
393_A 95_G 1.18 0.26 0.02
359_Y 27_G 1.18 0.26 0.02
299_L 81_R 1.18 0.26 0.02
374_F 32_G 1.18 0.25 0.02
61_T 38_L 1.16 0.24 0.02
206_A 185_T 1.15 0.24 0.02
385_A 151_F 1.14 0.24 0.02
389_Y 151_F 1.14 0.23 0.02
411_L 144_A 1.13 0.23 0.02
20_H 188_K 1.12 0.23 0.02
363_F 38_L 1.12 0.23 0.02
58_Q 143_G 1.12 0.22 0.02
68_H 41_Q 1.09 0.21 0.02
103_L 119_M 1.08 0.21 0.02
209_V 166_R 1.08 0.21 0.02
384_P 151_F 1.08 0.21 0.02
395_A 94_L 1.08 0.21 0.02
187_D 70_K 1.07 0.20 0.01
408_L 140_I 1.06 0.20 0.01
344_A 23_T 1.06 0.20 0.01
187_D 188_K 1.06 0.20 0.01
156_F 95_G 1.06 0.20 0.01
192_N 86_I 1.05 0.19 0.01
406_I 54_I 1.04 0.19 0.01
391_Y 29_V 1.04 0.19 0.01
382_A 165_I 1.03 0.19 0.01
56_V 39_V 1.03 0.18 0.01
51_L 45_S 1.03 0.18 0.01
308_F 51_L 1.03 0.18 0.01
359_Y 28_T 1.02 0.18 0.01
9_Y 41_Q 1.02 0.18 0.01
225_T 143_G 1.01 0.18 0.01
351_T 83_E 1.01 0.18 0.01
284_N 54_I 1.01 0.17 0.01
299_L 114_D 1.01 0.17 0.01
66_V 27_G 1.01 0.17 0.01
395_A 34_A 1.00 0.17 0.01
113_F 39_V 1.00 0.17 0.01
46_I 45_S 1.00 0.17 0.01
84_M 74_K 1.00 0.17 0.01
207_A 22_A 0.99 0.17 0.01
172_V 101_S 0.99 0.17 0.01
95_Y 74_K 0.99 0.17 0.01
196_S 94_L 0.99 0.17 0.01
370_L 63_T 0.99 0.17 0.01
51_L 47_D 0.99 0.17 0.01
299_L 150_W 0.99 0.17 0.01
201_L 91_E 0.99 0.17 0.01
286_L 53_S 0.99 0.17 0.01
222_N 25_G 0.99 0.17 0.01
431_H 47_D 0.98 0.17 0.01
368_W 23_T 0.98 0.17 0.01
378_M 35_A 0.98 0.17 0.01
53_F 45_S 0.98 0.17 0.01
380_V 47_D 0.98 0.16 0.01
284_N 178_V 0.98 0.16 0.01
36_P 176_I 0.97 0.16 0.01
423_T 72_L 0.97 0.16 0.01
307_A 147_F 0.96 0.16 0.01
260_L 21_Y 0.96 0.16 0.01
359_Y 143_G 0.96 0.16 0.01
204_V 47_D 0.96 0.16 0.01
235_E 128_M 0.96 0.16 0.01
376_V 175_H 0.96 0.15 0.01
393_A 167_R 0.96 0.15 0.01
214_W 21_Y 0.95 0.15 0.01
259_V 122_A 0.95 0.15 0.01
94_R 74_K 0.95 0.15 0.01
160_T 128_M 0.95 0.15 0.01
186_V 81_R 0.94 0.15 0.01
131_V 45_S 0.94 0.15 0.01
423_T 52_A 0.94 0.15 0.01
150_P 50_A 0.94 0.15 0.01
272_N 130_G 0.93 0.15 0.01
33_L 13_A 0.93 0.15 0.01
335_A 146_D 0.93 0.14 0.01
285_P 130_G 0.93 0.14 0.01
418_D 61_V 0.93 0.14 0.01
418_D 84_D 0.93 0.14 0.01
277_P 127_V 0.93 0.14 0.01
426_E 162_S 0.93 0.14 0.01
164_G 51_L 0.92 0.14 0.01
220_G 21_Y 0.92 0.14 0.01
106_L 91_E 0.92 0.14 0.01
59_I 187_I 0.91 0.14 0.01
286_L 94_L 0.91 0.14 0.01
50_V 45_S 0.91 0.14 0.01
407_I 54_I 0.91 0.14 0.01
39_K 10_D 0.91 0.14 0.01
37_T 43_N 0.91 0.14 0.01
214_W 22_A 0.90 0.14 0.01
185_A 148_G 0.90 0.14 0.01
136_Y 138_V 0.90 0.14 0.01
211_V 39_V 0.90 0.14 0.01
174_E 69_V 0.90 0.14 0.01
368_W 19_L 0.90 0.13 0.01
64_V 21_Y 0.89 0.13 0.01
308_F 127_V 0.89 0.13 0.01
211_V 21_Y 0.89 0.13 0.01
269_F 26_A 0.89 0.13 0.01
82_H 48_V 0.89 0.13 0.01
403_Y 146_D 0.89 0.13 0.01
242_L 68_T 0.89 0.13 0.01
393_A 70_K 0.89 0.13 0.01
344_A 35_A 0.89 0.13 0.01
209_V 145_G 0.88 0.13 0.01
131_V 78_I 0.88 0.13 0.01
180_L 50_A 0.88 0.13 0.01
50_V 47_D 0.88 0.13 0.01
99_N 42_M 0.88 0.13 0.01
343_M 30_A 0.88 0.13 0.01
199_Y 12_G 0.88 0.13 0.01
307_A 167_R 0.87 0.13 0.01
71_P 58_V 0.87 0.13 0.01
66_V 97_L 0.87 0.13 0.01
130_I 36_W 0.87 0.13 0.01
339_A 25_G 0.87 0.13 0.01
237_A 55_Q 0.87 0.13 0.01
11_P 41_Q 0.87 0.13 0.01
160_T 74_K 0.87 0.13 0.01
261_V 31_A 0.87 0.12 0.01
13_T 19_L 0.87 0.12 0.01
58_Q 45_S 0.87 0.12 0.01
250_I 68_T 0.87 0.12 0.01
328_A 63_T 0.86 0.12 0.01
58_Q 121_E 0.86 0.12 0.01
364_K 28_T 0.86 0.12 0.01
184_P 49_Q 0.86 0.12 0.01
123_A 22_A 0.86 0.12 0.01
46_I 47_D 0.85 0.12 0.01
412_G 127_V 0.85 0.12 0.01
253_L 78_I 0.85 0.12 0.01
156_F 33_A 0.85 0.12 0.01
261_V 23_T 0.84 0.12 0.01
58_Q 144_A 0.84 0.12 0.01
284_N 86_I 0.84 0.12 0.01
342_V 94_L 0.84 0.12 0.01
181_L 131_V 0.84 0.12 0.01
357_G 45_S 0.84 0.12 0.01
253_L 27_G 0.84 0.12 0.01
60_A 62_E 0.84 0.12 0.01
357_G 125_W 0.84 0.12 0.01
184_P 35_A 0.84 0.12 0.01
307_A 48_V 0.83 0.12 0.01
363_F 125_W 0.83 0.12 0.01
380_V 23_T 0.83 0.12 0.01
169_I 38_L 0.83 0.12 0.01
75_L 32_G 0.83 0.11 0.01
35_I 69_V 0.83 0.11 0.01
228_E 62_E 0.83 0.11 0.01
255_A 78_I 0.82 0.11 0.01
359_Y 29_V 0.82 0.11 0.01
426_E 185_T 0.82 0.11 0.01
373_D 90_R 0.82 0.11 0.01
255_A 138_V 0.82 0.11 0.01
185_A 42_M 0.82 0.11 0.01
107_A 24_A 0.82 0.11 0.01
345_L 67_L 0.82 0.11 0.01
98_A 32_G 0.82 0.11 0.01
239_K 90_R 0.82 0.11 0.01
338_G 54_I 0.82 0.11 0.01
412_G 91_E 0.82 0.11 0.01
355_R 68_T 0.82 0.11 0.01
362_L 84_D 0.82 0.11 0.01
194_F 50_A 0.82 0.11 0.01
376_V 98_I 0.81 0.11 0.01
157_W 29_V 0.81 0.11 0.01
410_L 96_Q 0.81 0.11 0.01
39_K 185_T 0.81 0.11 0.01
63_I 26_A 0.81 0.11 0.01
242_L 59_S 0.81 0.11 0.01
383_M 158_H 0.81 0.11 0.01
348_W 166_R 0.81 0.11 0.01
107_A 54_I 0.81 0.11 0.01
17_R 41_Q 0.81 0.11 0.01
237_A 165_I 0.81 0.11 0.01
264_F 34_A 0.81 0.11 0.01
95_Y 130_G 0.81 0.11 0.01
380_V 45_S 0.81 0.11 0.01
359_Y 43_N 0.81 0.11 0.01
167_G 26_A 0.81 0.11 0.01
60_A 38_L 0.81 0.11 0.01
210_V 87_Q 0.81 0.11 0.01
93_L 88_A 0.81 0.11 0.01
376_V 32_G 0.81 0.11 0.01
395_A 60_G 0.81 0.11 0.01
385_A 162_S 0.81 0.11 0.01
373_D 24_A 0.81 0.11 0.01
74_D 115_E 0.81 0.11 0.01
63_I 12_G 0.80 0.11 0.01
39_K 74_K 0.80 0.11 0.01
26_V 59_S 0.80 0.11 0.01
165_L 98_I 0.80 0.11 0.01
214_W 41_Q 0.80 0.11 0.01
205_I 131_V 0.80 0.11 0.01
355_R 51_L 0.80 0.11 0.01
136_Y 41_Q 0.80 0.11 0.01
33_L 61_V 0.80 0.11 0.01
53_F 38_L 0.80 0.11 0.01
259_V 123_G 0.80 0.10 0.01
308_F 54_I 0.80 0.10 0.01
78_A 39_V 0.80 0.10 0.01
334_I 25_G 0.79 0.10 0.01
134_L 45_S 0.79 0.10 0.01
253_L 19_L 0.79 0.10 0.01
131_V 21_Y 0.79 0.10 0.01
74_D 123_G 0.79 0.10 0.01
131_V 46_A 0.79 0.10 0.01
57_L 45_S 0.79 0.10 0.01
93_L 56_V 0.79 0.10 0.01
286_L 76_V 0.79 0.10 0.01
54_C 186_T 0.79 0.10 0.01
29_V 69_V 0.79 0.10 0.01
341_L 96_Q 0.79 0.10 0.01
357_G 47_D 0.79 0.10 0.01
63_I 129_I 0.79 0.10 0.01
307_A 115_E 0.79 0.10 0.01
49_I 59_S 0.79 0.10 0.01
385_A 70_K 0.79 0.10 0.01
33_L 162_S 0.78 0.10 0.00
88_N 42_M 0.78 0.10 0.00
375_V 23_T 0.78 0.10 0.00
370_L 178_V 0.78 0.10 0.00
172_V 35_A 0.78 0.10 0.00
186_V 71_W 0.78 0.10 0.00
178_T 103_Q 0.78 0.10 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
5107 0.91 cIII_cytb_40_isp_40_pd Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.34 Done - Shared
5106 0.35 cIII_cytb_60_isp_60_pd Δgene:(1, ∞) A:(1E-60, 8) B:(1E-60, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.43 Done - Shared
5105 1.52 cIII_cytb_4_isp_4_pn Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.23 Done - Shared
5104 0.94 cIII_cytb_20_isp_20_pn Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.43 Done - Shared
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