May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
rodA-pbp2a
Genes: A B A+B
Length: 393 716 963
Sequences: 3826 1665 964
Seq/Len: 9.74 2.33 1
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.92
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show HHblits results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.02 0.00 0.55
2 0.02 0.00 0.56
5 0.02 0.00 0.84
10 0.02 0.00 0.86
20 0.02 0.00 0.87
100 0.07 0.02 0.92
∞ 0.24 0.06 1.18
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
339_F 32_I 1.81 0.91 0.43
295_C 40_L 1.60 0.83 0.28
296_A 37_I 1.52 0.78 0.22
261_G 48_G 1.42 0.71 0.17
320_N 655_I 1.34 0.65 0.14
292_F 45_I 1.28 0.59 0.11
70_L 28_A 1.24 0.56 0.10
262_I 45_I 1.24 0.56 0.10
316_I 353_F 1.24 0.56 0.10
21_G 243_L 1.24 0.56 0.10
378_N 398_A 1.19 0.51 0.08
59_I 242_V 1.18 0.50 0.08
308_R 500_D 1.16 0.48 0.07
164_L 493_L 1.15 0.48 0.07
308_R 281_Y 1.15 0.47 0.07
233_W 463_V 1.15 0.47 0.07
31_I 410_T 1.12 0.45 0.07
285_I 498_G 1.12 0.44 0.06
300_I 284_L 1.12 0.44 0.06
292_F 44_Q 1.12 0.44 0.06
82_I 24_I 1.09 0.41 0.06
156_A 115_V 1.08 0.41 0.06
22_V 91_Y 1.08 0.41 0.06
292_F 41_G 1.07 0.40 0.05
230_V 491_F 1.05 0.38 0.05
125_M 258_L 1.05 0.38 0.05
163_I 49_D 1.04 0.37 0.05
272_V 295_I 1.04 0.37 0.05
274_V 436_W 1.03 0.37 0.05
131_I 453_N 1.03 0.36 0.04
74_S 407_G 1.02 0.36 0.04
22_V 49_D 1.02 0.36 0.04
226_Q 455_F 1.02 0.35 0.04
131_I 61_S 1.02 0.35 0.04
171_A 297_D 1.02 0.35 0.04
127_L 659_V 1.01 0.35 0.04
250_V 531_P 1.00 0.34 0.04
342_I 40_L 1.00 0.34 0.04
199_G 361_N 0.99 0.33 0.04
71_E 520_D 0.99 0.33 0.04
383_L 404_V 0.99 0.33 0.04
80_I 532_L 0.98 0.33 0.04
310_V 318_V 0.98 0.33 0.04
274_V 528_T 0.98 0.32 0.04
156_A 239_L 0.98 0.32 0.04
235_S 288_Q 0.98 0.32 0.04
303_F 33_F 0.97 0.32 0.04
337_H 81_V 0.96 0.31 0.04
331_T 87_N 0.96 0.31 0.03
187_I 368_A 0.96 0.31 0.03
102_A 25_L 0.95 0.30 0.03
363_G 601_G 0.95 0.30 0.03
377_Y 593_G 0.95 0.30 0.03
358_F 235_Y 0.95 0.30 0.03
27_S 64_S 0.94 0.29 0.03
329_G 599_T 0.94 0.29 0.03
179_L 277_L 0.93 0.29 0.03
248_W 453_N 0.93 0.29 0.03
164_L 317_L 0.93 0.29 0.03
173_I 311_G 0.93 0.28 0.03
257_I 105_I 0.93 0.28 0.03
252_Q 353_F 0.93 0.28 0.03
284_S 358_D 0.92 0.28 0.03
248_W 529_Y 0.92 0.28 0.03
348_I 297_D 0.92 0.28 0.03
48_Q 655_I 0.92 0.28 0.03
330_Y 448_L 0.92 0.28 0.03
174_C 626_D 0.92 0.28 0.03
324_S 18_L 0.92 0.28 0.03
285_I 245_S 0.92 0.28 0.03
375_I 81_V 0.92 0.27 0.03
29_V 532_L 0.92 0.27 0.03
108_I 618_T 0.91 0.27 0.03
157_V 38_V 0.91 0.27 0.03
316_I 65_S 0.91 0.27 0.03
48_Q 640_T 0.91 0.27 0.03
61_V 329_V 0.91 0.27 0.03
261_G 533_E 0.91 0.27 0.03
130_V 442_V 0.91 0.27 0.03
320_N 226_T 0.91 0.27 0.03
368_S 454_V 0.90 0.26 0.03
125_M 459_T 0.90 0.26 0.03
375_I 532_L 0.90 0.26 0.03
329_G 488_F 0.90 0.26 0.03
225_Y 464_G 0.90 0.26 0.03
127_L 645_Y 0.89 0.26 0.03
265_N 51_Y 0.89 0.26 0.03
303_F 72_I 0.89 0.25 0.03
21_G 444_I 0.88 0.25 0.03
112_T 282_E 0.88 0.25 0.03
150_L 100_E 0.88 0.25 0.03
236_A 374_R 0.88 0.25 0.02
27_S 497_T 0.88 0.24 0.02
316_I 541_I 0.87 0.24 0.02
174_C 401_G 0.87 0.24 0.02
108_I 541_I 0.87 0.24 0.02
224_D 113_I 0.87 0.24 0.02
169_G 507_G 0.87 0.24 0.02
192_I 220_L 0.87 0.24 0.02
282_I 366_T 0.87 0.24 0.02
208_L 486_N 0.86 0.24 0.02
21_G 443_G 0.86 0.24 0.02
344_M 353_F 0.86 0.24 0.02
248_W 210_M 0.86 0.24 0.02
59_I 612_Y 0.85 0.23 0.02
117_E 525_Q 0.85 0.23 0.02
18_F 590_V 0.85 0.23 0.02
55_G 303_T 0.85 0.23 0.02
374_G 217_L 0.84 0.23 0.02
376_V 598_A 0.84 0.23 0.02
226_Q 447_A 0.84 0.22 0.02
334_I 221_P 0.84 0.22 0.02
18_F 297_D 0.84 0.22 0.02
193_A 30_F 0.84 0.22 0.02
22_V 31_V 0.83 0.22 0.02
355_P 295_I 0.83 0.22 0.02
299_V 675_E 0.83 0.22 0.02
121_V 79_A 0.83 0.22 0.02
82_I 388_A 0.83 0.22 0.02
123_L 41_G 0.83 0.22 0.02
297_I 277_L 0.83 0.22 0.02
330_Y 49_D 0.83 0.22 0.02
344_M 523_I 0.83 0.22 0.02
257_I 73_Y 0.83 0.21 0.02
273_Y 217_L 0.83 0.21 0.02
125_M 272_V 0.83 0.21 0.02
284_S 364_V 0.83 0.21 0.02
320_N 520_D 0.82 0.21 0.02
305_L 390_T 0.82 0.21 0.02
192_I 549_K 0.82 0.21 0.02
47_Q 309_S 0.82 0.21 0.02
344_M 510_G 0.82 0.21 0.02
75_L 421_D 0.82 0.21 0.02
233_W 87_N 0.82 0.21 0.02
324_S 67_V 0.82 0.21 0.02
342_I 325_L 0.82 0.21 0.02
49_I 277_L 0.82 0.21 0.02
124_I 205_V 0.82 0.21 0.02
320_N 307_T 0.82 0.21 0.02
226_Q 639_N 0.82 0.21 0.02
61_V 28_A 0.82 0.21 0.02
86_I 237_N 0.82 0.21 0.02
375_I 657_V 0.82 0.21 0.02
163_I 548_M 0.82 0.21 0.02
22_V 28_A 0.81 0.20 0.02
287_G 598_A 0.81 0.20 0.02
249_Q 663_Y 0.81 0.20 0.02
28_V 676_I 0.81 0.20 0.02
252_Q 58_Q 0.81 0.20 0.02
167_D 376_N 0.81 0.20 0.02
56_A 254_P 0.81 0.20 0.02
133_K 91_Y 0.81 0.20 0.02
327_C 650_N 0.81 0.20 0.02
16_L 417_T 0.81 0.20 0.02
304_F 279_Y 0.81 0.20 0.02
34_A 606_Q 0.81 0.20 0.02
296_A 643_V 0.81 0.20 0.02
364_S 656_S 0.80 0.20 0.02
203_I 34_T 0.80 0.20 0.02
316_I 223_V 0.80 0.20 0.02
58_A 223_V 0.80 0.20 0.02
351_V 295_I 0.80 0.19 0.02
363_G 602_T 0.80 0.19 0.02
325_F 681_M 0.79 0.19 0.02
104_S 464_G 0.79 0.19 0.02
17_I 649_D 0.79 0.19 0.02
378_N 658_V 0.79 0.19 0.02
121_V 199_Y 0.79 0.19 0.02
193_A 243_L 0.79 0.19 0.02
179_L 28_A 0.79 0.19 0.02
290_F 459_T 0.79 0.19 0.02
203_I 648_A 0.79 0.19 0.02
354_I 656_S 0.79 0.19 0.02
348_I 36_I 0.79 0.19 0.02
249_Q 481_F 0.79 0.19 0.02
17_I 199_Y 0.79 0.19 0.02
226_Q 394_A 0.79 0.19 0.02
346_I 680_V 0.78 0.19 0.02
259_S 525_Q 0.78 0.19 0.02
72_K 51_Y 0.78 0.19 0.02
163_I 595_R 0.78 0.19 0.02
352_T 295_I 0.78 0.18 0.02
194_I 409_Q 0.78 0.18 0.02
292_F 38_V 0.78 0.18 0.02
233_W 677_G 0.78 0.18 0.02
281_F 523_I 0.78 0.18 0.02
334_I 483_T 0.78 0.18 0.02
163_I 553_V 0.78 0.18 0.02
310_V 541_I 0.78 0.18 0.02
283_F 676_I 0.78 0.18 0.02
82_I 603_A 0.78 0.18 0.02
230_V 528_T 0.78 0.18 0.01
88_L 36_I 0.78 0.18 0.01
171_A 419_F 0.78 0.18 0.01
194_I 443_G 0.78 0.18 0.01
168_A 661_W 0.77 0.18 0.01
163_I 522_A 0.77 0.18 0.01
146_I 448_L 0.77 0.18 0.01
342_I 32_I 0.77 0.18 0.01
67_L 311_G 0.77 0.18 0.01
285_I 497_T 0.77 0.18 0.01
274_V 320_T 0.77 0.18 0.01
276_E 525_Q 0.77 0.18 0.01
153_A 209_E 0.77 0.18 0.01
253_A 530_T 0.77 0.18 0.01
227_I 670_Y 0.77 0.18 0.01
154_G 311_G 0.76 0.18 0.01
108_I 26_F 0.76 0.18 0.01
354_I 79_A 0.76 0.18 0.01
83_L 364_V 0.76 0.18 0.01
71_E 593_G 0.76 0.18 0.01
61_V 364_V 0.76 0.18 0.01
365_S 83_N 0.76 0.18 0.01
163_I 351_R 0.76 0.18 0.01
166_Q 421_D 0.76 0.18 0.01
333_L 376_N 0.76 0.17 0.01
361_Y 233_Y 0.76 0.17 0.01
359_V 89_I 0.76 0.17 0.01
366_T 367_M 0.76 0.17 0.01
78_F 79_A 0.76 0.17 0.01
186_G 594_F 0.76 0.17 0.01
161_G 614_P 0.76 0.17 0.01
82_I 54_Q 0.76 0.17 0.01
336_I 612_Y 0.76 0.17 0.01
54_L 499_I 0.76 0.17 0.01
366_T 658_V 0.76 0.17 0.01
196_A 312_K 0.76 0.17 0.01
175_M 116_D 0.76 0.17 0.01
166_Q 517_F 0.76 0.17 0.01
384_T 51_Y 0.75 0.17 0.01
203_I 614_P 0.75 0.17 0.01
338_T 407_G 0.75 0.17 0.01
325_F 280_Q 0.75 0.17 0.01
166_Q 44_Q 0.75 0.17 0.01
32_Y 640_T 0.75 0.17 0.01
104_S 639_N 0.75 0.17 0.01
125_M 600_K 0.75 0.17 0.01
82_I 595_R 0.75 0.17 0.01
23_F 414_N 0.75 0.17 0.01
338_T 367_M 0.75 0.17 0.01
194_I 80_I 0.75 0.17 0.01
302_F 321_I 0.75 0.17 0.01
174_C 614_P 0.75 0.17 0.01
286_I 320_T 0.74 0.17 0.01
344_M 660_P 0.74 0.17 0.01
293_I 79_A 0.74 0.17 0.01
323_A 48_G 0.74 0.17 0.01
188_N 277_L 0.74 0.17 0.01
375_I 24_I 0.74 0.17 0.01
287_G 599_T 0.74 0.17 0.01
175_M 31_V 0.74 0.17 0.01
68_E 509_K 0.74 0.17 0.01
354_I 27_L 0.74 0.17 0.01
22_V 590_V 0.74 0.17 0.01
278_T 59_E 0.74 0.17 0.01
279_T 220_L 0.74 0.17 0.01
44_D 270_D 0.74 0.17 0.01
73_L 283_S 0.74 0.16 0.01
146_I 46_V 0.74 0.16 0.01
337_H 48_G 0.74 0.16 0.01
369_T 488_F 0.74 0.16 0.01
146_I 657_V 0.74 0.16 0.01
283_F 40_L 0.74 0.16 0.01
375_I 335_K 0.74 0.16 0.01
272_V 379_Y 0.74 0.16 0.01
344_M 531_P 0.74 0.16 0.01
346_I 40_L 0.74 0.16 0.01
16_L 640_T 0.73 0.16 0.01
324_S 462_A 0.73 0.16 0.01
47_Q 357_M 0.73 0.16 0.01
67_L 488_F 0.73 0.16 0.01
161_G 254_P 0.73 0.16 0.01
236_A 371_Q 0.73 0.16 0.01
188_N 73_Y 0.73 0.16 0.01
379_A 24_I 0.73 0.16 0.01
297_I 584_S 0.73 0.16 0.01
329_G 296_T 0.73 0.16 0.01
306_I 361_N 0.73 0.16 0.01
236_A 457_F 0.73 0.16 0.01
45_W 435_S 0.73 0.16 0.01
375_I 399_V 0.73 0.16 0.01
237_S 51_Y 0.73 0.16 0.01
33_A 329_V 0.73 0.16 0.01
53_L 354_V 0.73 0.16 0.01
225_Y 88_A 0.73 0.16 0.01
89_K 408_L 0.73 0.16 0.01
270_L 523_I 0.73 0.16 0.01
347_G 523_I 0.73 0.16 0.01
283_F 213_V 0.73 0.16 0.01
90_I 19_P 0.73 0.16 0.01
104_S 295_I 0.73 0.16 0.01
297_I 445_Q 0.73 0.16 0.01
83_L 25_L 0.73 0.16 0.01
87_I 380_K 0.72 0.16 0.01
325_F 517_F 0.72 0.16 0.01
311_V 91_Y 0.72 0.16 0.01
128_A 649_D 0.72 0.16 0.01
226_Q 641_T 0.72 0.16 0.01
278_T 201_K 0.72 0.15 0.01
367_L 517_F 0.72 0.15 0.01
185_S 535_A 0.72 0.15 0.01
66_D 446_T 0.72 0.15 0.01
93_E 364_V 0.72 0.15 0.01
79_I 588_E 0.72 0.15 0.01
348_I 643_V 0.72 0.15 0.01
338_T 117_T 0.72 0.15 0.01
87_I 618_T 0.72 0.15 0.01
365_S 407_G 0.72 0.15 0.01
337_H 659_V 0.72 0.15 0.01
223_Q 453_N 0.72 0.15 0.01
306_I 296_T 0.72 0.15 0.01
355_P 642_L 0.72 0.15 0.01
196_A 556_V 0.72 0.15 0.01
230_V 396_G 0.72 0.15 0.01
201_L 443_G 0.72 0.15 0.01
86_I 353_F 0.72 0.15 0.01
154_G 603_A 0.72 0.15 0.01
225_Y 273_G 0.71 0.15 0.01
119_M 586_Y 0.71 0.15 0.01
326_F 593_G 0.71 0.15 0.01
125_M 502_P 0.71 0.15 0.01
183_F 24_I 0.71 0.15 0.01
372_G 522_A 0.71 0.15 0.01
118_F 200_I 0.71 0.15 0.01
358_F 17_S 0.71 0.15 0.01
375_I 113_I 0.71 0.15 0.01
69_Q 681_M 0.71 0.15 0.01
382_Q 641_T 0.71 0.15 0.01
86_I 49_D 0.71 0.15 0.01
299_V 319_L 0.71 0.15 0.01
253_A 92_T 0.71 0.15 0.01
323_A 593_G 0.71 0.15 0.01
340_Q 393_Y 0.71 0.15 0.01
106_F 248_S 0.71 0.15 0.01
354_I 615_A 0.71 0.15 0.01
90_I 416_N 0.71 0.15 0.01
117_E 523_I 0.71 0.15 0.01
194_I 31_V 0.71 0.15 0.01
198_S 105_I 0.71 0.15 0.01
23_F 553_V 0.71 0.15 0.01
108_I 255_S 0.71 0.15 0.01
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.4516 seconds.