May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
D_E
Genes: A B A+B
Length: 207 228 433
Sequences: 232 109 85
Seq/Len: 1.12 0.48 0.2
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.96
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.20
2 0.00 0.00 0.20
5 0.01 0.00 0.20
10 0.01 0.00 0.20
20 0.01 0.00 0.20
100 0.01 0.00 0.20
∞ 0.04 0.00 0.20
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
67_A 156_G 1.80 0.49 0.00
45_I 167_N 1.62 0.39 0.00
39_A 30_F 1.50 0.32 0.00
67_A 52_M 1.48 0.31 0.00
10_G 24_P 1.40 0.27 0.00
194_A 90_L 1.39 0.27 0.00
68_D 13_E 1.37 0.26 0.00
96_Y 186_L 1.36 0.25 0.00
7_M 14_L 1.35 0.25 0.00
161_V 150_S 1.33 0.24 0.00
111_V 92_S 1.30 0.23 0.00
182_K 158_V 1.30 0.23 0.00
135_I 133_A 1.29 0.22 0.00
93_A 191_N 1.29 0.22 0.00
30_E 150_S 1.28 0.22 0.00
39_A 34_M 1.28 0.22 0.00
190_P 8_E 1.27 0.21 0.00
60_I 87_G 1.27 0.21 0.00
101_D 73_N 1.26 0.21 0.00
67_A 37_T 1.24 0.20 0.00
48_Q 101_R 1.23 0.20 0.00
28_L 115_I 1.23 0.20 0.00
16_K 210_A 1.22 0.19 0.00
101_D 150_S 1.22 0.19 0.00
135_I 157_G 1.21 0.19 0.00
157_I 179_N 1.21 0.19 0.00
28_L 152_S 1.20 0.19 0.00
101_D 41_A 1.20 0.19 0.00
47_R 190_S 1.20 0.18 0.00
35_F 72_G 1.20 0.18 0.00
79_M 65_V 1.19 0.18 0.00
162_L 204_G 1.19 0.18 0.00
198_D 109_A 1.18 0.18 0.00
161_V 190_S 1.17 0.17 0.00
86_L 160_M 1.16 0.17 0.00
116_I 156_G 1.16 0.17 0.00
107_K 190_S 1.16 0.17 0.00
62_G 20_R 1.16 0.17 0.00
79_M 186_L 1.16 0.17 0.00
161_V 46_S 1.15 0.17 0.00
198_D 52_M 1.15 0.17 0.00
136_G 149_V 1.15 0.17 0.00
165_G 22_V 1.15 0.17 0.00
27_N 15_A 1.15 0.17 0.00
189_R 114_G 1.15 0.17 0.00
67_A 71_V 1.14 0.17 0.00
201_F 31_G 1.14 0.17 0.00
85_Y 13_E 1.14 0.17 0.00
131_D 205_N 1.13 0.16 0.00
39_A 64_Y 1.12 0.16 0.00
24_R 32_I 1.12 0.16 0.00
149_D 62_Q 1.12 0.16 0.00
135_I 15_A 1.12 0.16 0.00
25_F 191_N 1.11 0.16 0.00
115_E 89_G 1.11 0.16 0.00
198_D 112_N 1.10 0.15 0.00
51_W 10_S 1.10 0.15 0.00
82_M 65_V 1.10 0.15 0.00
155_N 48_V 1.09 0.15 0.00
87_E 193_V 1.09 0.15 0.00
182_K 144_S 1.08 0.15 0.00
114_V 163_A 1.08 0.15 0.00
74_T 138_G 1.08 0.14 0.00
62_G 31_G 1.08 0.14 0.00
5_S 158_V 1.07 0.14 0.00
205_D 103_A 1.07 0.14 0.00
198_D 138_G 1.07 0.14 0.00
149_D 96_V 1.06 0.14 0.00
27_N 21_F 1.06 0.14 0.00
23_R 211_G 1.06 0.14 0.00
195_E 4_F 1.06 0.14 0.00
143_K 201_V 1.06 0.14 0.00
132_W 166_N 1.06 0.14 0.00
45_I 184_T 1.05 0.14 0.00
128_A 215_C 1.05 0.14 0.00
174_D 197_T 1.04 0.14 0.00
164_E 69_G 1.04 0.13 0.00
128_A 212_A 1.04 0.13 0.00
67_A 194_N 1.04 0.13 0.00
33_T 31_G 1.04 0.13 0.00
161_V 185_V 1.04 0.13 0.00
35_F 24_P 1.04 0.13 0.00
205_D 65_V 1.03 0.13 0.00
149_D 110_Y 1.03 0.13 0.00
124_V 89_G 1.03 0.13 0.00
179_L 22_V 1.03 0.13 0.00
175_P 31_G 1.03 0.13 0.00
2_M 167_N 1.03 0.13 0.00
88_S 117_V 1.03 0.13 0.00
35_F 162_I 1.03 0.13 0.00
135_I 193_V 1.03 0.13 0.00
41_A 141_T 1.03 0.13 0.00
24_R 138_G 1.02 0.13 0.00
204_S 201_V 1.02 0.13 0.00
27_N 47_T 1.02 0.13 0.00
186_N 209_N 1.02 0.13 0.00
182_K 120_N 1.02 0.13 0.00
33_T 18_R 1.02 0.13 0.00
12_V 36_T 1.02 0.13 0.00
53_D 188_G 1.01 0.13 0.00
91_M 62_Q 1.01 0.13 0.00
53_D 15_A 1.01 0.12 0.00
32_K 62_Q 1.01 0.12 0.00
126_Q 201_V 1.01 0.12 0.00
108_I 45_T 1.01 0.12 0.00
149_D 63_F 1.01 0.12 0.00
30_E 56_S 1.00 0.12 0.00
39_A 18_R 1.00 0.12 0.00
135_I 216_N 1.00 0.12 0.00
86_L 39_T 1.00 0.12 0.00
128_A 148_R 1.00 0.12 0.00
116_I 84_V 1.00 0.12 0.00
54_V 216_N 1.00 0.12 0.00
101_D 42_A 1.00 0.12 0.00
112_V 179_N 1.00 0.12 0.00
198_D 197_T 0.99 0.12 0.00
111_V 133_A 0.99 0.12 0.00
126_Q 101_R 0.99 0.12 0.00
70_D 39_T 0.99 0.12 0.00
66_N 39_T 0.99 0.12 0.00
46_L 169_G 0.99 0.12 0.00
196_L 31_G 0.99 0.12 0.00
130_K 51_N 0.99 0.12 0.00
147_R 36_T 0.98 0.12 0.00
143_K 101_R 0.98 0.12 0.00
13_I 84_V 0.97 0.12 0.00
178_P 22_V 0.97 0.12 0.00
89_I 163_A 0.97 0.12 0.00
16_K 209_N 0.97 0.12 0.00
135_I 74_G 0.97 0.12 0.00
20_I 51_N 0.97 0.12 0.00
20_I 75_T 0.97 0.12 0.00
136_G 24_P 0.97 0.12 0.00
69_Q 100_V 0.97 0.12 0.00
47_R 197_T 0.97 0.12 0.00
106_V 79_P 0.96 0.12 0.00
151_L 5_K 0.96 0.11 0.00
163_G 48_V 0.96 0.11 0.00
111_V 21_F 0.96 0.11 0.00
32_K 93_G 0.96 0.11 0.00
91_M 60_T 0.96 0.11 0.00
43_A 31_G 0.96 0.11 0.00
108_I 129_Q 0.96 0.11 0.00
91_M 41_A 0.96 0.11 0.00
96_Y 168_Q 0.96 0.11 0.00
177_T 66_Q 0.96 0.11 0.00
184_K 17_L 0.96 0.11 0.00
159_F 171_A 0.96 0.11 0.00
133_V 151_V 0.96 0.11 0.00
127_R 74_G 0.96 0.11 0.00
89_I 141_T 0.96 0.11 0.00
17_V 156_G 0.95 0.11 0.00
63_M 48_V 0.95 0.11 0.00
196_L 89_G 0.95 0.11 0.00
4_I 68_T 0.95 0.11 0.00
73_R 155_N 0.95 0.11 0.00
50_Y 100_V 0.95 0.11 0.00
130_K 60_T 0.95 0.11 0.00
205_D 123_S 0.95 0.11 0.00
73_R 117_V 0.95 0.11 0.00
105_T 106_G 0.95 0.11 0.00
181_A 31_G 0.95 0.11 0.00
194_A 32_I 0.95 0.11 0.00
29_V 38_W 0.95 0.11 0.00
182_K 33_V 0.95 0.11 0.00
125_M 117_V 0.94 0.11 0.00
20_I 179_N 0.94 0.11 0.00
93_A 101_R 0.94 0.11 0.00
87_E 183_G 0.94 0.11 0.00
84_R 33_V 0.94 0.11 0.00
45_I 74_G 0.93 0.11 0.00
199_F 35_S 0.93 0.11 0.00
158_V 207_G 0.93 0.11 0.00
94_R 169_G 0.93 0.11 0.00
24_R 183_G 0.93 0.11 0.00
65_V 194_N 0.93 0.11 0.00
189_R 155_N 0.93 0.11 0.00
92_R 178_G 0.93 0.11 0.00
99_G 130_S 0.93 0.11 0.00
195_E 41_A 0.92 0.10 0.00
125_M 46_S 0.92 0.10 0.00
147_R 143_E 0.92 0.10 0.00
179_L 48_V 0.92 0.10 0.00
23_R 13_E 0.92 0.10 0.00
59_V 31_G 0.92 0.10 0.00
143_K 160_M 0.92 0.10 0.00
10_G 105_D 0.92 0.10 0.00
96_Y 9_M 0.92 0.10 0.00
116_I 106_G 0.92 0.10 0.00
125_M 88_A 0.92 0.10 0.00
49_A 10_S 0.92 0.10 0.00
175_P 61_P 0.91 0.10 0.00
89_I 77_R 0.91 0.10 0.00
149_D 157_G 0.91 0.10 0.00
30_E 199_L 0.91 0.10 0.00
165_G 31_G 0.91 0.10 0.00
18_E 179_N 0.91 0.10 0.00
19_S 30_F 0.91 0.10 0.00
89_I 51_N 0.91 0.10 0.00
105_T 210_A 0.91 0.10 0.00
115_E 207_G 0.91 0.10 0.00
128_A 121_G 0.90 0.10 0.00
26_A 179_N 0.90 0.10 0.00
68_D 18_R 0.90 0.10 0.00
13_I 140_F 0.90 0.10 0.00
188_F 203_L 0.90 0.10 0.00
177_T 50_A 0.90 0.10 0.00
45_I 117_V 0.90 0.10 0.00
19_S 38_W 0.90 0.10 0.00
101_D 118_S 0.90 0.10 0.00
54_V 37_T 0.90 0.10 0.00
12_V 85_V 0.90 0.10 0.00
168_K 221_K 0.90 0.10 0.00
162_L 86_G 0.89 0.10 0.00
27_N 160_M 0.89 0.10 0.00
159_F 220_L 0.89 0.10 0.00
151_L 123_S 0.89 0.10 0.00
7_M 144_S 0.89 0.10 0.00
195_E 129_Q 0.89 0.10 0.00
205_D 105_D 0.89 0.10 0.00
27_N 70_S 0.89 0.10 0.00
148_D 150_S 0.89 0.10 0.00
101_D 108_T 0.89 0.10 0.00
153_G 146_A 0.89 0.10 0.00
45_I 97_T 0.89 0.10 0.00
123_V 103_A 0.89 0.10 0.00
33_T 61_P 0.88 0.10 0.00
49_A 31_G 0.88 0.10 0.00
13_I 71_V 0.88 0.10 0.00
100_P 39_T 0.88 0.10 0.00
114_V 140_F 0.88 0.10 0.00
15_K 25_G 0.88 0.10 0.00
97_K 21_F 0.88 0.10 0.00
96_Y 31_G 0.88 0.10 0.00
187_E 186_L 0.88 0.10 0.00
178_P 13_E 0.88 0.10 0.00
79_M 164_A 0.88 0.10 0.00
130_K 161_A 0.88 0.10 0.00
44_T 30_F 0.88 0.10 0.00
189_R 77_R 0.88 0.10 0.00
91_M 186_L 0.88 0.09 0.00
85_Y 92_S 0.88 0.09 0.00
164_E 158_V 0.88 0.09 0.00
181_A 89_G 0.88 0.09 0.00
142_N 97_T 0.87 0.09 0.00
116_I 147_G 0.87 0.09 0.00
105_T 130_S 0.87 0.09 0.00
79_M 17_L 0.87 0.09 0.00
178_P 18_R 0.87 0.09 0.00
74_T 156_G 0.87 0.09 0.00
46_L 101_R 0.87 0.09 0.00
66_N 213_L 0.87 0.09 0.00
205_D 124_P 0.87 0.09 0.00
87_E 49_S 0.87 0.09 0.00
67_A 135_M 0.87 0.09 0.00
114_V 42_A 0.87 0.09 0.00
86_L 93_G 0.87 0.09 0.00
105_T 209_N 0.86 0.09 0.00
44_T 38_W 0.86 0.09 0.00
130_K 190_S 0.86 0.09 0.00
149_D 198_Q 0.86 0.09 0.00
159_F 38_W 0.86 0.09 0.00
28_L 133_A 0.86 0.09 0.00
125_M 20_R 0.86 0.09 0.00
157_I 22_V 0.86 0.09 0.00
29_V 103_A 0.86 0.09 0.00
14_F 147_G 0.86 0.09 0.00
106_V 91_G 0.86 0.09 0.00
32_K 153_A 0.86 0.09 0.00
35_F 175_I 0.86 0.09 0.00
14_F 32_I 0.86 0.09 0.00
32_K 25_G 0.86 0.09 0.00
101_D 137_G 0.86 0.09 0.00
35_F 84_V 0.86 0.09 0.00
65_V 175_I 0.86 0.09 0.00
193_D 33_V 0.86 0.09 0.00
149_D 218_D 0.85 0.09 0.00
117_R 156_G 0.85 0.09 0.00
187_E 185_V 0.85 0.09 0.00
198_D 105_D 0.85 0.09 0.00
184_K 225_T 0.85 0.09 0.00
50_Y 109_A 0.85 0.09 0.00
180_T 50_A 0.85 0.09 0.00
40_A 131_G 0.85 0.09 0.00
4_I 126_N 0.85 0.09 0.00
59_V 18_R 0.85 0.09 0.00
15_K 144_S 0.85 0.09 0.00
85_Y 18_R 0.85 0.09 0.00
175_P 8_E 0.85 0.09 0.00
123_V 178_G 0.84 0.09 0.00
115_E 204_G 0.84 0.09 0.00
25_F 47_T 0.84 0.09 0.00
62_G 61_P 0.84 0.09 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.5017 seconds.