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OPENSEQ.org
cIp_4_80_cIV_2_60
Genes: A B A+B
Length: 463 227 617
Sequences: 1730 2686 263
Seq/Len: 3.74 11.83 0.43
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.44
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.01
2 0.00 0.00 0.02
5 0.01 0.00 0.03
10 0.01 0.00 0.05
20 0.02 0.00 0.07
100 0.02 0.00 0.11
∞ 0.07 0.00 0.38
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
318_V 191_V 1.52 0.53 0.00
347_C 165_V 1.38 0.43 0.00
188_T 205_S 1.36 0.41 0.00
98_V 154_I 1.33 0.40 0.00
133_L 179_L 1.29 0.36 0.00
185_M 153_M 1.24 0.33 0.00
192_L 213_L 1.24 0.33 0.00
309_D 154_I 1.23 0.32 0.00
453_T 181_Q 1.22 0.32 0.00
265_N 36_F 1.21 0.31 0.00
435_L 203_N 1.20 0.31 0.00
153_L 63_T 1.19 0.30 0.00
449_A 58_A 1.19 0.30 0.00
430_A 192_Y 1.17 0.29 0.00
227_I 170_L 1.16 0.28 0.00
440_K 146_I 1.16 0.28 0.00
227_I 55_I 1.15 0.28 0.00
236_L 170_L 1.14 0.27 0.00
360_D 180_N 1.13 0.26 0.00
451_I 133_L 1.12 0.26 0.00
304_K 138_V 1.11 0.25 0.00
351_M 28_L 1.10 0.25 0.00
106_V 30_I 1.09 0.24 0.00
444_L 12_A 1.09 0.24 0.00
105_M 156_S 1.07 0.23 0.00
444_L 146_I 1.07 0.23 0.00
124_I 134_R 1.07 0.23 0.00
283_A 164_A 1.06 0.23 0.00
422_C 105_Y 1.05 0.22 0.00
334_V 51_T 1.05 0.22 0.00
254_R 188_R 1.05 0.22 0.00
248_S 150_I 1.04 0.21 0.00
400_I 141_R 1.03 0.21 0.00
386_T 67_I 1.03 0.21 0.00
105_M 144_L 1.02 0.21 0.00
299_Q 52_N 1.02 0.21 0.00
90_A 32_F 1.02 0.20 0.00
136_F 134_R 1.02 0.20 0.00
445_A 179_L 1.01 0.20 0.00
106_V 206_F 1.01 0.20 0.00
151_Y 12_A 1.01 0.20 0.00
389_Y 206_F 1.01 0.20 0.00
320_V 210_V 1.00 0.20 0.00
127_K 112_D 1.00 0.20 0.00
222_M 96_T 1.00 0.19 0.00
132_A 134_R 0.99 0.19 0.00
292_M 14_S 0.99 0.19 0.00
339_Q 148_A 0.99 0.19 0.00
134_P 28_L 0.99 0.19 0.00
155_V 20_L 0.99 0.19 0.00
177_I 63_T 0.99 0.19 0.00
268_W 41_A 0.99 0.19 0.00
451_I 89_E 0.99 0.19 0.00
190_H 91_N 0.99 0.19 0.00
155_V 16_I 0.98 0.19 0.00
98_V 99_S 0.98 0.19 0.00
178_T 141_R 0.98 0.19 0.00
282_E 7_V 0.98 0.19 0.00
315_E 64_V 0.97 0.18 0.00
160_N 52_N 0.96 0.18 0.00
370_E 160_L 0.96 0.18 0.00
252_S 181_Q 0.96 0.18 0.00
205_E 105_Y 0.96 0.18 0.00
326_C 93_P 0.95 0.17 0.00
453_T 89_E 0.95 0.17 0.00
109_C 203_N 0.95 0.17 0.00
347_C 138_V 0.95 0.17 0.00
188_T 55_I 0.95 0.17 0.00
351_M 175_I 0.95 0.17 0.00
356_I 165_V 0.94 0.17 0.00
161_I 140_N 0.94 0.17 0.00
416_S 8_G 0.94 0.17 0.00
75_T 160_L 0.93 0.17 0.00
444_L 199_I 0.93 0.17 0.00
386_T 118_F 0.93 0.17 0.00
188_T 58_A 0.93 0.17 0.00
412_V 144_L 0.92 0.16 0.00
172_V 219_F 0.92 0.16 0.00
323_R 63_T 0.92 0.16 0.00
220_A 74_V 0.92 0.16 0.00
347_C 34_I 0.92 0.16 0.00
304_K 165_V 0.91 0.16 0.00
170_I 135_L 0.91 0.16 0.00
279_T 51_T 0.91 0.16 0.00
182_N 89_E 0.91 0.16 0.00
339_Q 210_V 0.91 0.16 0.00
268_W 205_S 0.91 0.15 0.00
354_G 79_P 0.90 0.15 0.00
437_K 138_V 0.90 0.15 0.00
314_V 40_Y 0.90 0.15 0.00
281_E 67_I 0.90 0.15 0.00
180_L 153_M 0.90 0.15 0.00
298_I 36_F 0.90 0.15 0.00
344_I 120_S 0.90 0.15 0.00
256_D 68_L 0.90 0.15 0.00
356_I 154_I 0.90 0.15 0.00
233_H 213_L 0.90 0.15 0.00
433_A 157_Q 0.89 0.15 0.00
127_K 206_F 0.89 0.15 0.00
160_N 183_T 0.89 0.15 0.00
80_I 192_Y 0.89 0.15 0.00
216_R 178_R 0.89 0.15 0.00
389_Y 17_M 0.89 0.15 0.00
134_P 9_L 0.89 0.15 0.00
255_L 116_L 0.88 0.15 0.00
360_D 17_M 0.88 0.15 0.00
286_Y 36_F 0.88 0.15 0.00
101_L 95_L 0.88 0.14 0.00
304_K 210_V 0.88 0.14 0.00
443_M 165_V 0.88 0.14 0.00
225_A 61_M 0.88 0.14 0.00
216_R 197_S 0.88 0.14 0.00
296_S 95_L 0.88 0.14 0.00
439_S 33_L 0.87 0.14 0.00
155_V 17_M 0.87 0.14 0.00
304_K 95_L 0.87 0.14 0.00
258_L 53_T 0.87 0.14 0.00
339_Q 82_R 0.87 0.14 0.00
150_A 183_T 0.87 0.14 0.00
213_F 178_R 0.87 0.14 0.00
167_A 56_S 0.87 0.14 0.00
211_F 127_F 0.87 0.14 0.00
211_F 109_E 0.86 0.14 0.00
130_L 150_I 0.86 0.14 0.00
133_L 9_L 0.86 0.14 0.00
454_Q 185_T 0.86 0.14 0.00
101_L 216_L 0.86 0.14 0.00
182_N 141_R 0.86 0.14 0.00
108_K 59_Q 0.86 0.14 0.00
257_E 149_P 0.86 0.14 0.00
452_G 83_I 0.86 0.14 0.00
146_C 152_M 0.86 0.14 0.00
268_W 137_D 0.86 0.14 0.00
143_S 141_R 0.86 0.14 0.00
285_N 5_A 0.86 0.14 0.00
374_S 35_C 0.85 0.14 0.00
243_D 197_S 0.85 0.14 0.00
440_K 97_I 0.85 0.14 0.00
132_A 206_F 0.85 0.14 0.00
177_I 219_F 0.85 0.14 0.00
279_T 99_S 0.85 0.14 0.00
349_N 40_Y 0.85 0.14 0.00
261_L 58_A 0.84 0.13 0.00
377_S 181_Q 0.84 0.13 0.00
222_M 142_V 0.84 0.13 0.00
134_P 108_Y 0.84 0.13 0.00
168_Q 163_W 0.84 0.13 0.00
192_L 68_L 0.84 0.13 0.00
239_G 85_Y 0.84 0.13 0.00
147_N 105_Y 0.84 0.13 0.00
150_A 193_Y 0.84 0.13 0.00
272_T 91_N 0.84 0.13 0.00
124_I 17_M 0.84 0.13 0.00
233_H 186_A 0.83 0.13 0.00
282_E 34_I 0.83 0.13 0.00
389_Y 75_L 0.83 0.13 0.00
291_V 181_Q 0.83 0.13 0.00
225_A 9_L 0.83 0.13 0.00
443_M 61_M 0.83 0.13 0.00
359_D 168_L 0.83 0.13 0.00
413_S 151_R 0.82 0.13 0.00
186_A 93_P 0.82 0.13 0.00
174_F 137_D 0.82 0.13 0.00
128_T 192_Y 0.82 0.13 0.00
315_E 168_L 0.82 0.13 0.00
154_A 73_L 0.82 0.12 0.00
305_T 23_F 0.82 0.12 0.00
258_L 80_S 0.82 0.12 0.00
178_T 137_D 0.82 0.12 0.00
281_E 36_F 0.82 0.12 0.00
305_T 14_S 0.82 0.12 0.00
144_M 91_N 0.82 0.12 0.00
416_S 156_S 0.82 0.12 0.00
359_D 219_F 0.82 0.12 0.00
211_F 27_A 0.82 0.12 0.00
268_W 31_I 0.82 0.12 0.00
255_L 23_F 0.82 0.12 0.00
257_E 111_T 0.81 0.12 0.00
257_E 91_N 0.81 0.12 0.00
430_A 184_F 0.81 0.12 0.00
178_T 212_E 0.81 0.12 0.00
272_T 102_H 0.81 0.12 0.00
360_D 105_Y 0.81 0.12 0.00
78_K 203_N 0.81 0.12 0.00
243_D 178_R 0.81 0.12 0.00
278_V 99_S 0.81 0.12 0.00
334_V 46_L 0.81 0.12 0.00
132_A 141_R 0.81 0.12 0.00
144_M 87_T 0.81 0.12 0.00
189_T 97_I 0.81 0.12 0.00
184_I 61_M 0.81 0.12 0.00
440_K 115_G 0.80 0.12 0.00
258_L 118_F 0.80 0.12 0.00
160_N 23_F 0.80 0.12 0.00
186_A 58_A 0.80 0.12 0.00
106_V 182_T 0.80 0.12 0.00
272_T 184_F 0.80 0.12 0.00
210_M 81_L 0.80 0.12 0.00
348_L 88_D 0.80 0.12 0.00
128_T 17_M 0.80 0.12 0.00
418_R 137_D 0.80 0.12 0.00
155_V 99_S 0.80 0.12 0.00
155_V 15_P 0.79 0.12 0.00
168_Q 79_P 0.79 0.12 0.00
415_G 143_V 0.79 0.12 0.00
106_V 168_L 0.79 0.12 0.00
418_R 186_A 0.79 0.12 0.00
349_N 58_A 0.79 0.12 0.00
295_G 168_L 0.79 0.12 0.00
322_S 52_N 0.79 0.12 0.00
136_F 178_R 0.79 0.12 0.00
174_F 100_I 0.79 0.12 0.00
298_I 70_A 0.79 0.12 0.00
190_H 183_T 0.79 0.12 0.00
425_K 175_I 0.79 0.12 0.00
252_S 94_S 0.79 0.12 0.00
426_A 148_A 0.79 0.12 0.00
367_K 22_T 0.79 0.12 0.00
133_L 162_S 0.79 0.12 0.00
314_V 156_S 0.79 0.11 0.00
126_Y 14_S 0.78 0.11 0.00
291_V 95_L 0.78 0.11 0.00
163_P 154_I 0.78 0.11 0.00
157_K 116_L 0.78 0.11 0.00
429_F 53_T 0.78 0.11 0.00
277_V 9_L 0.78 0.11 0.00
75_T 40_Y 0.78 0.11 0.00
413_S 140_N 0.78 0.11 0.00
353_P 156_S 0.78 0.11 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
4507 1 cIp_4_80_cIV_2_60 Δgene:(1, ∞) A:(1E-80, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
4506 0.43 cIp_4_80_cIV_2_60 Δgene:(1, ∞) A:(1E-80, 8) B:(1E-60, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
4505 0.16 cIp_4_80_cIV_2_80 Δgene:(1, ∞) A:(1E-80, 8) B:(1E-80, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
4294 1.04 cIp_4_40_cIV_2_40 Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
4293 1.46 cIp_4_4_cIV_2_4 Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
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