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OPENSEQ.org
cIp_4_80_cIV_2_80
Genes: A B A+B
Length: 463 227 616
Sequences: 1730 1804 96
Seq/Len: 3.74 7.95 0.16
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.50
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.01
2 0.00 0.00 0.02
5 0.01 0.00 0.03
10 0.01 0.00 0.05
20 0.02 0.00 0.06
100 0.02 0.00 0.09
∞ 0.07 0.00 0.14
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
255_L 23_F 1.82 0.44 0.00
309_D 154_I 1.69 0.37 0.00
370_E 160_L 1.67 0.36 0.00
359_D 168_L 1.60 0.32 0.00
279_T 34_I 1.58 0.32 0.00
175_G 99_S 1.48 0.27 0.00
367_K 167_T 1.48 0.27 0.00
347_C 170_L 1.44 0.25 0.00
222_M 93_P 1.39 0.23 0.00
144_M 181_Q 1.38 0.23 0.00
359_D 162_S 1.37 0.22 0.00
188_T 205_S 1.35 0.21 0.00
174_F 137_D 1.34 0.21 0.00
298_I 70_A 1.33 0.21 0.00
192_L 68_L 1.29 0.19 0.00
169_W 63_T 1.28 0.19 0.00
440_K 215_P 1.28 0.19 0.00
133_L 179_L 1.27 0.18 0.00
318_V 141_R 1.27 0.18 0.00
178_T 137_D 1.27 0.18 0.00
412_V 212_E 1.25 0.18 0.00
236_L 170_L 1.25 0.18 0.00
177_I 63_T 1.25 0.18 0.00
285_N 5_A 1.23 0.17 0.00
348_L 170_L 1.22 0.17 0.00
192_L 33_L 1.20 0.16 0.00
318_V 191_V 1.20 0.16 0.00
440_K 78_L 1.20 0.16 0.00
339_Q 148_A 1.20 0.16 0.00
435_L 144_L 1.18 0.15 0.00
167_A 100_I 1.17 0.15 0.00
227_I 55_I 1.17 0.15 0.00
373_T 16_I 1.17 0.15 0.00
187_V 117_I 1.16 0.15 0.00
320_V 210_V 1.15 0.15 0.00
257_E 181_Q 1.15 0.15 0.00
347_C 165_V 1.15 0.15 0.00
143_S 137_D 1.14 0.14 0.00
186_A 181_Q 1.14 0.14 0.00
461_V 160_L 1.14 0.14 0.00
225_A 184_F 1.14 0.14 0.00
128_T 192_Y 1.13 0.14 0.00
440_K 97_I 1.13 0.14 0.00
361_A 126_L 1.12 0.14 0.00
210_M 81_L 1.12 0.14 0.00
75_T 160_L 1.12 0.14 0.00
186_A 183_T 1.12 0.14 0.00
222_M 175_I 1.12 0.14 0.00
253_L 94_S 1.11 0.14 0.00
435_L 165_V 1.10 0.13 0.00
178_T 141_R 1.10 0.13 0.00
351_M 90_V 1.10 0.13 0.00
292_M 14_S 1.10 0.13 0.00
355_E 14_S 1.09 0.13 0.00
314_V 156_S 1.09 0.13 0.00
386_T 118_F 1.09 0.13 0.00
98_V 154_I 1.09 0.13 0.00
160_N 61_M 1.09 0.13 0.00
152_S 156_S 1.08 0.13 0.00
190_H 102_H 1.08 0.13 0.00
434_G 165_V 1.08 0.13 0.00
425_K 70_A 1.08 0.13 0.00
268_W 146_I 1.07 0.13 0.00
165_P 27_A 1.07 0.13 0.00
347_C 102_H 1.07 0.12 0.00
444_L 146_I 1.07 0.12 0.00
197_M 70_A 1.07 0.12 0.00
98_V 9_L 1.07 0.12 0.00
241_M 61_M 1.06 0.12 0.00
192_L 211_L 1.06 0.12 0.00
257_E 111_T 1.06 0.12 0.00
305_T 216_L 1.05 0.12 0.00
386_T 91_N 1.05 0.12 0.00
443_M 78_L 1.04 0.12 0.00
189_T 12_A 1.04 0.12 0.00
332_C 170_L 1.04 0.12 0.00
356_I 4_A 1.04 0.12 0.00
437_K 78_L 1.04 0.12 0.00
143_S 141_R 1.04 0.12 0.00
349_N 40_Y 1.03 0.12 0.00
441_G 41_A 1.03 0.12 0.00
425_K 175_I 1.03 0.12 0.00
234_Q 99_S 1.03 0.12 0.00
75_T 71_I 1.03 0.12 0.00
357_K 93_P 1.03 0.12 0.00
454_Q 160_L 1.03 0.12 0.00
227_I 153_M 1.03 0.12 0.00
436_D 172_T 1.02 0.12 0.00
163_P 50_L 1.02 0.11 0.00
106_V 51_T 1.02 0.11 0.00
126_Y 51_T 1.02 0.11 0.00
440_K 116_L 1.01 0.11 0.00
320_V 192_Y 1.01 0.11 0.00
451_I 133_L 1.01 0.11 0.00
168_Q 52_N 1.01 0.11 0.00
360_D 162_S 1.00 0.11 0.00
410_Y 3_H 1.00 0.11 0.00
415_G 168_L 1.00 0.11 0.00
257_E 183_T 1.00 0.11 0.00
257_E 185_T 1.00 0.11 0.00
80_I 89_E 1.00 0.11 0.00
449_A 184_F 1.00 0.11 0.00
461_V 150_I 1.00 0.11 0.00
160_N 43_F 0.99 0.11 0.00
322_S 199_I 0.99 0.11 0.00
200_F 160_L 0.99 0.11 0.00
225_A 179_L 0.99 0.11 0.00
377_S 181_Q 0.99 0.11 0.00
358_V 211_L 0.99 0.11 0.00
155_V 16_I 0.99 0.11 0.00
282_E 7_V 0.99 0.11 0.00
186_A 58_A 0.98 0.11 0.00
190_H 91_N 0.98 0.11 0.00
318_V 87_T 0.98 0.10 0.00
448_V 203_N 0.98 0.10 0.00
292_M 191_V 0.98 0.10 0.00
410_Y 25_D 0.98 0.10 0.00
320_V 199_I 0.97 0.10 0.00
227_I 133_L 0.97 0.10 0.00
188_T 23_F 0.97 0.10 0.00
299_Q 160_L 0.97 0.10 0.00
425_K 49_K 0.97 0.10 0.00
339_Q 203_N 0.97 0.10 0.00
371_M 71_I 0.97 0.10 0.00
108_K 59_Q 0.96 0.10 0.00
241_M 70_A 0.96 0.10 0.00
168_Q 126_L 0.96 0.10 0.00
264_N 41_A 0.96 0.10 0.00
220_A 179_L 0.96 0.10 0.00
356_I 154_I 0.96 0.10 0.00
415_G 193_Y 0.96 0.10 0.00
415_G 164_A 0.96 0.10 0.00
162_R 54_N 0.96 0.10 0.00
436_D 50_L 0.95 0.10 0.00
177_I 127_F 0.95 0.10 0.00
186_A 93_P 0.95 0.10 0.00
394_G 61_M 0.95 0.10 0.00
130_L 51_T 0.95 0.10 0.00
237_P 77_A 0.95 0.10 0.00
291_V 89_E 0.95 0.10 0.00
257_E 11_D 0.95 0.10 0.00
218_S 147_E 0.94 0.10 0.00
415_G 143_V 0.94 0.10 0.00
461_V 221_M 0.94 0.10 0.00
82_L 90_V 0.94 0.10 0.00
358_V 218_I 0.94 0.10 0.00
334_V 219_F 0.94 0.10 0.00
400_I 58_A 0.94 0.10 0.00
174_F 141_R 0.93 0.10 0.00
313_Q 217_K 0.93 0.10 0.00
186_A 111_T 0.93 0.10 0.00
272_T 167_T 0.93 0.10 0.00
450_I 89_E 0.93 0.10 0.00
252_S 94_S 0.93 0.09 0.00
268_W 205_S 0.93 0.09 0.00
268_W 187_T 0.93 0.09 0.00
456_I 102_H 0.93 0.09 0.00
423_K 109_E 0.93 0.09 0.00
284_L 210_V 0.92 0.09 0.00
163_P 67_I 0.92 0.09 0.00
385_Y 116_L 0.92 0.09 0.00
377_S 87_T 0.92 0.09 0.00
359_D 99_S 0.92 0.09 0.00
185_M 57_D 0.92 0.09 0.00
192_L 14_S 0.92 0.09 0.00
394_G 14_S 0.92 0.09 0.00
128_T 205_S 0.91 0.09 0.00
426_A 148_A 0.91 0.09 0.00
155_V 210_V 0.91 0.09 0.00
413_S 199_I 0.91 0.09 0.00
334_V 210_V 0.91 0.09 0.00
384_L 164_A 0.91 0.09 0.00
168_Q 142_V 0.91 0.09 0.00
253_L 93_P 0.91 0.09 0.00
75_T 114_G 0.91 0.09 0.00
257_E 121_Y 0.91 0.09 0.00
163_P 164_A 0.90 0.09 0.00
102_S 37_L 0.90 0.09 0.00
444_L 152_M 0.90 0.09 0.00
110_D 222_G 0.90 0.09 0.00
250_N 149_P 0.90 0.09 0.00
278_V 61_M 0.90 0.09 0.00
102_S 154_I 0.90 0.09 0.00
162_R 34_I 0.90 0.09 0.00
411_L 73_L 0.90 0.09 0.00
335_E 25_D 0.90 0.09 0.00
182_N 137_D 0.90 0.09 0.00
371_M 53_T 0.89 0.09 0.00
222_M 89_E 0.89 0.09 0.00
197_M 202_A 0.89 0.09 0.00
423_K 199_I 0.89 0.09 0.00
218_S 128_L 0.89 0.09 0.00
162_R 40_Y 0.89 0.09 0.00
239_G 144_L 0.89 0.09 0.00
453_T 31_I 0.89 0.09 0.00
185_M 41_A 0.89 0.09 0.00
453_T 181_Q 0.89 0.09 0.00
444_L 199_I 0.89 0.09 0.00
339_Q 54_N 0.89 0.09 0.00
440_K 146_I 0.89 0.09 0.00
351_M 175_I 0.89 0.09 0.00
295_G 154_I 0.89 0.09 0.00
268_W 100_I 0.89 0.09 0.00
150_A 49_K 0.89 0.09 0.00
152_S 24_H 0.88 0.09 0.00
451_I 150_I 0.88 0.09 0.00
384_L 59_Q 0.88 0.09 0.00
450_I 95_L 0.88 0.09 0.00
400_I 132_D 0.88 0.09 0.00
425_K 3_H 0.88 0.09 0.00
349_N 58_A 0.88 0.09 0.00
254_R 93_P 0.87 0.08 0.00
201_F 23_F 0.87 0.08 0.00
106_V 160_L 0.87 0.08 0.00
255_L 26_H 0.87 0.08 0.00
358_V 113_Y 0.87 0.08 0.00
320_V 126_L 0.87 0.08 0.00
161_I 63_T 0.87 0.08 0.00
291_V 48_T 0.87 0.08 0.00
160_N 52_N 0.87 0.08 0.00
453_T 183_T 0.87 0.08 0.00
189_T 144_L 0.87 0.08 0.00
257_E 93_P 0.87 0.08 0.00
257_E 89_E 0.87 0.08 0.00
173_L 184_F 0.87 0.08 0.00
182_N 133_L 0.87 0.08 0.00
377_S 91_N 0.87 0.08 0.00
291_V 86_M 0.87 0.08 0.00
334_V 51_T 0.87 0.08 0.00
437_K 140_N 0.86 0.08 0.00
253_L 113_Y 0.86 0.08 0.00
184_I 83_I 0.86 0.08 0.00
339_Q 153_M 0.86 0.08 0.00
222_M 23_F 0.86 0.08 0.00
415_G 99_S 0.86 0.08 0.00
154_A 73_L 0.86 0.08 0.00
184_I 179_L 0.86 0.08 0.00
162_R 23_F 0.86 0.08 0.00
110_D 150_I 0.86 0.08 0.00
225_A 45_A 0.86 0.08 0.00
174_F 212_E 0.86 0.08 0.00
309_D 97_I 0.86 0.08 0.00
75_T 40_Y 0.85 0.08 0.00
353_P 156_S 0.85 0.08 0.00
352_P 90_V 0.85 0.08 0.00
268_W 29_M 0.85 0.08 0.00
272_T 99_S 0.85 0.08 0.00
144_M 91_N 0.85 0.08 0.00
264_N 218_I 0.85 0.08 0.00
275_I 4_A 0.85 0.08 0.00
394_G 90_V 0.85 0.08 0.00
283_A 164_A 0.85 0.08 0.00
275_I 107_T 0.85 0.08 0.00
108_K 95_L 0.85 0.08 0.00
427_P 108_Y 0.85 0.08 0.00
128_T 76_I 0.85 0.08 0.00
188_T 144_L 0.84 0.08 0.00
309_D 83_I 0.84 0.08 0.00
315_E 164_A 0.84 0.08 0.00
373_T 70_A 0.84 0.08 0.00
449_A 187_T 0.84 0.08 0.00
309_D 28_L 0.84 0.08 0.00
186_A 121_Y 0.84 0.08 0.00
151_Y 162_S 0.84 0.08 0.00
243_D 122_M 0.84 0.08 0.00
186_A 188_R 0.84 0.08 0.00
425_K 52_N 0.84 0.08 0.00
163_P 70_A 0.84 0.08 0.00
126_Y 150_I 0.84 0.08 0.00
168_Q 150_I 0.84 0.08 0.00
82_L 34_I 0.84 0.08 0.00
128_T 140_N 0.84 0.08 0.00
453_T 185_T 0.84 0.08 0.00
155_V 99_S 0.84 0.08 0.00
433_A 119_N 0.83 0.08 0.00
413_S 152_M 0.83 0.08 0.00
312_D 116_L 0.83 0.08 0.00
159_L 206_F 0.83 0.08 0.00
153_L 140_N 0.83 0.08 0.00
415_G 110_Y 0.83 0.08 0.00
449_A 114_G 0.83 0.08 0.00
341_L 56_S 0.83 0.08 0.00
255_L 152_M 0.83 0.08 0.00
188_T 55_I 0.83 0.08 0.00
400_I 141_R 0.83 0.08 0.00
126_Y 130_P 0.83 0.08 0.00
389_Y 223_P 0.82 0.08 0.00
152_S 16_I 0.82 0.08 0.00
144_M 185_T 0.82 0.08 0.00
452_G 88_D 0.82 0.08 0.00
151_Y 46_L 0.82 0.08 0.00
109_C 203_N 0.82 0.07 0.00
298_I 53_T 0.82 0.07 0.00
150_A 58_A 0.82 0.07 0.00
245_Y 17_M 0.82 0.07 0.00
386_T 67_I 0.82 0.07 0.00
253_L 219_F 0.82 0.07 0.00
380_H 72_I 0.82 0.07 0.00
356_I 32_F 0.82 0.07 0.00
144_M 111_T 0.82 0.07 0.00
371_M 67_I 0.82 0.07 0.00
434_G 152_M 0.82 0.07 0.00
190_H 11_D 0.82 0.07 0.00
453_T 70_A 0.82 0.07 0.00
259_E 70_A 0.82 0.07 0.00
398_T 47_T 0.82 0.07 0.00
234_Q 193_Y 0.82 0.07 0.00
268_W 141_R 0.82 0.07 0.00
305_T 44_L 0.82 0.07 0.00
255_L 129_E 0.81 0.07 0.00
255_L 70_A 0.81 0.07 0.00
365_P 64_V 0.81 0.07 0.00
387_E 105_Y 0.81 0.07 0.00
98_V 25_D 0.81 0.07 0.00
344_I 141_R 0.81 0.07 0.00
182_N 186_A 0.81 0.07 0.00
186_A 89_E 0.81 0.07 0.00
310_V 64_V 0.81 0.07 0.00
80_I 14_S 0.81 0.07 0.00
268_W 31_I 0.81 0.07 0.00
359_D 124_P 0.81 0.07 0.00
102_S 30_I 0.81 0.07 0.00
317_D 36_F 0.81 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
4507 1 cIp_4_80_cIV_2_60 Δgene:(1, ∞) A:(1E-80, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
4506 0.43 cIp_4_80_cIV_2_60 Δgene:(1, ∞) A:(1E-80, 8) B:(1E-60, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
4505 0.16 cIp_4_80_cIV_2_80 Δgene:(1, ∞) A:(1E-80, 8) B:(1E-80, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
4294 1.04 cIp_4_40_cIV_2_40 Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
4293 1.46 cIp_4_4_cIV_2_4 Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
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