May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
VipA_B
Genes: A B A+B
Length: 168 492 644
Sequences: 640 558 475
Seq/Len: 3.81 1.13 0.74
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.92
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.01 0.07 0.72
2 0.02 0.08 0.72
5 0.02 0.08 0.72
10 0.03 0.09 0.72
20 0.04 0.10 0.72
100 0.06 0.11 0.72
∞ 0.11 0.16 0.72
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
110_V 83_I 4.83 1.00 1.00
36_V 114_V 2.29 0.97 0.95
41_K 118_H 2.12 0.95 0.91
104_D 258_S 1.96 0.91 0.85
80_K 82_E 1.91 0.90 0.83
34_T 286_T 1.90 0.90 0.83
37_V 139_L 1.74 0.83 0.72
7_V 107_D 1.70 0.81 0.70
36_V 102_F 1.58 0.74 0.59
78_K 82_E 1.55 0.72 0.57
33_K 115_E 1.51 0.69 0.53
106_V 80_M 1.50 0.68 0.51
75_A 86_N 1.50 0.68 0.51
98_L 133_E 1.49 0.68 0.50
49_L 117_L 1.48 0.67 0.49
24_A 371_P 1.47 0.66 0.48
40_F 233_A 1.45 0.65 0.47
49_L 119_V 1.36 0.57 0.37
42_G 332_T 1.35 0.56 0.36
14_N 148_Y 1.35 0.56 0.36
69_S 116_I 1.32 0.54 0.34
66_M 213_K 1.31 0.52 0.32
73_I 92_M 1.30 0.52 0.32
47_T 123_E 1.28 0.50 0.30
117_I 393_M 1.27 0.49 0.29
49_L 127_D 1.27 0.49 0.29
66_M 265_V 1.24 0.47 0.26
32_L 148_Y 1.24 0.47 0.26
144_L 242_R 1.23 0.46 0.25
80_K 78_A 1.23 0.46 0.25
58_D 415_E 1.22 0.45 0.25
59_K 133_E 1.21 0.44 0.24
59_K 66_D 1.20 0.44 0.23
51_E 59_P 1.20 0.43 0.23
155_A 43_V 1.19 0.43 0.22
34_T 158_A 1.19 0.42 0.22
106_V 89_F 1.18 0.42 0.21
43_H 88_Q 1.18 0.41 0.21
37_V 163_Y 1.17 0.41 0.21
32_L 46_F 1.17 0.41 0.20
41_K 147_G 1.16 0.40 0.20
49_L 123_E 1.16 0.40 0.20
19_P 383_Y 1.14 0.38 0.18
110_V 237_G 1.14 0.38 0.18
106_V 70_V 1.13 0.38 0.18
60_N 209_I 1.13 0.38 0.18
79_N 315_F 1.12 0.37 0.17
49_L 35_G 1.12 0.37 0.17
78_K 77_S 1.12 0.37 0.17
37_V 119_V 1.11 0.36 0.17
34_T 282_A 1.11 0.36 0.17
117_I 266_S 1.11 0.36 0.16
66_M 283_T 1.10 0.36 0.16
18_I 482_E 1.10 0.35 0.16
53_A 315_F 1.09 0.34 0.15
134_P 49_N 1.09 0.34 0.15
57_V 262_A 1.08 0.34 0.15
57_V 72_L 1.08 0.34 0.15
106_V 91_A 1.08 0.34 0.15
40_F 49_N 1.07 0.33 0.14
55_V 119_V 1.06 0.32 0.14
111_P 410_I 1.06 0.32 0.14
111_P 36_Y 1.06 0.32 0.14
23_D 345_I 1.06 0.32 0.13
73_I 94_S 1.06 0.32 0.13
73_I 89_F 1.05 0.32 0.13
83_D 261_Y 1.05 0.32 0.13
22_G 203_F 1.04 0.31 0.13
21_T 405_L 1.04 0.31 0.13
135_A 303_S 1.04 0.31 0.12
117_I 420_E 1.04 0.31 0.12
140_L 488_R 1.04 0.31 0.12
99_A 331_I 1.04 0.31 0.12
36_V 233_A 1.03 0.30 0.12
37_V 187_A 1.03 0.30 0.12
40_F 284_R 1.03 0.30 0.12
35_L 337_F 1.02 0.29 0.11
92_E 405_L 1.01 0.28 0.11
15_I 390_P 1.00 0.28 0.11
108_S 440_D 1.00 0.28 0.11
11_E 334_R 1.00 0.28 0.10
66_M 143_V 1.00 0.28 0.10
106_V 425_S 0.99 0.28 0.10
60_N 136_Q 0.99 0.28 0.10
148_E 332_T 0.99 0.27 0.10
106_V 86_N 0.99 0.27 0.10
146_S 66_D 0.99 0.27 0.10
140_L 72_L 0.98 0.27 0.10
98_L 287_D 0.98 0.27 0.10
37_V 231_E 0.98 0.27 0.10
64_A 193_V 0.98 0.27 0.10
38_G 365_Q 0.97 0.26 0.09
102_A 198_F 0.97 0.26 0.09
16_K 333_D 0.97 0.26 0.09
36_V 278_A 0.97 0.26 0.09
119_L 385_L 0.97 0.26 0.09
26_A 193_V 0.97 0.26 0.09
106_V 272_Y 0.96 0.26 0.09
35_L 135_A 0.96 0.25 0.09
47_T 182_G 0.96 0.25 0.09
119_L 352_G 0.95 0.25 0.09
50_E 219_P 0.95 0.25 0.09
51_E 167_P 0.95 0.24 0.08
154_L 340_A 0.95 0.24 0.08
114_K 160_I 0.95 0.24 0.08
140_L 190_I 0.94 0.24 0.08
140_L 87_S 0.94 0.24 0.08
146_S 254_N 0.94 0.24 0.08
97_S 82_E 0.94 0.24 0.08
71_L 490_D 0.94 0.24 0.08
16_K 182_G 0.94 0.24 0.08
21_T 183_A 0.93 0.23 0.08
125_A 219_P 0.93 0.23 0.08
126_L 259_F 0.92 0.23 0.07
80_K 178_M 0.92 0.23 0.07
57_V 143_V 0.91 0.22 0.07
45_E 76_I 0.91 0.22 0.07
106_V 361_A 0.91 0.22 0.07
19_P 476_Y 0.91 0.22 0.07
27_E 429_Q 0.91 0.22 0.07
36_V 468_L 0.91 0.22 0.07
46_Q 84_L 0.91 0.22 0.07
68_E 237_G 0.91 0.22 0.07
57_V 103_V 0.91 0.22 0.07
143_L 174_L 0.91 0.22 0.07
35_L 143_V 0.90 0.22 0.07
51_E 22_E 0.90 0.22 0.07
95_F 447_L 0.90 0.22 0.07
58_D 279_F 0.90 0.22 0.07
36_V 395_I 0.90 0.22 0.07
21_T 404_V 0.90 0.21 0.07
90_P 453_E 0.90 0.21 0.07
53_A 65_V 0.90 0.21 0.07
10_K 474_F 0.90 0.21 0.07
17_Y 430_Y 0.90 0.21 0.07
36_V 99_L 0.90 0.21 0.07
141_Q 292_Y 0.90 0.21 0.07
41_K 439_A 0.89 0.21 0.06
108_S 160_I 0.89 0.21 0.06
69_S 459_G 0.89 0.21 0.06
109_Q 452_I 0.89 0.21 0.06
97_S 160_I 0.89 0.21 0.06
58_D 395_I 0.89 0.21 0.06
107_A 340_A 0.88 0.21 0.06
24_A 427_I 0.88 0.21 0.06
17_Y 215_T 0.88 0.21 0.06
32_L 387_T 0.88 0.21 0.06
131_G 128_F 0.88 0.20 0.06
83_D 366_K 0.88 0.20 0.06
102_A 235_Y 0.88 0.20 0.06
9_P 108_F 0.88 0.20 0.06
132_N 385_L 0.88 0.20 0.06
130_L 181_L 0.88 0.20 0.06
107_A 364_I 0.87 0.20 0.06
110_V 415_E 0.87 0.20 0.06
53_A 308_E 0.87 0.20 0.06
145_N 25_A 0.87 0.20 0.06
106_V 54_Q 0.86 0.20 0.06
132_N 473_H 0.86 0.20 0.06
66_M 11_R 0.86 0.19 0.06
41_K 288_S 0.86 0.19 0.06
63_E 405_L 0.86 0.19 0.05
19_P 302_Q 0.86 0.19 0.05
71_L 475_K 0.86 0.19 0.05
146_S 54_Q 0.86 0.19 0.05
33_K 335_K 0.86 0.19 0.05
70_E 129_E 0.86 0.19 0.05
66_M 242_R 0.86 0.19 0.05
131_G 388_Q 0.85 0.19 0.05
144_L 303_S 0.85 0.19 0.05
40_F 197_F 0.85 0.19 0.05
95_F 460_N 0.85 0.19 0.05
106_V 185_A 0.85 0.19 0.05
11_E 209_I 0.85 0.19 0.05
20_A 302_Q 0.85 0.19 0.05
127_K 363_S 0.84 0.18 0.05
117_I 242_R 0.84 0.18 0.05
146_S 72_L 0.84 0.18 0.05
110_V 95_A 0.84 0.18 0.05
49_L 163_Y 0.84 0.18 0.05
152_K 202_S 0.84 0.18 0.05
67_R 46_F 0.84 0.18 0.05
44_A 459_G 0.84 0.18 0.05
46_Q 18_S 0.84 0.18 0.05
143_L 315_F 0.84 0.18 0.05
135_A 27_T 0.84 0.18 0.05
96_K 74_K 0.83 0.18 0.05
40_F 346_A 0.83 0.18 0.05
132_N 476_Y 0.83 0.18 0.05
122_A 448_R 0.83 0.18 0.05
84_D 458_E 0.83 0.18 0.05
55_V 164_A 0.83 0.18 0.05
42_G 123_E 0.83 0.18 0.05
30_L 155_P 0.83 0.18 0.05
146_S 453_E 0.83 0.18 0.05
153_L 172_M 0.82 0.17 0.05
26_A 187_A 0.82 0.17 0.05
87_A 367_P 0.82 0.17 0.04
56_T 128_F 0.82 0.17 0.04
54_T 317_S 0.82 0.17 0.04
137_R 46_F 0.82 0.17 0.04
145_N 233_A 0.82 0.17 0.04
53_A 160_I 0.82 0.17 0.04
63_E 95_A 0.82 0.17 0.04
155_A 366_K 0.82 0.17 0.04
148_E 278_A 0.82 0.17 0.04
71_L 299_I 0.82 0.17 0.04
109_Q 233_A 0.82 0.17 0.04
107_A 39_A 0.81 0.17 0.04
79_N 52_G 0.81 0.17 0.04
140_L 172_M 0.81 0.17 0.04
55_V 278_A 0.81 0.17 0.04
46_Q 117_L 0.81 0.17 0.04
75_A 251_P 0.81 0.17 0.04
8_A 350_R 0.81 0.17 0.04
117_I 119_V 0.81 0.17 0.04
66_M 285_L 0.81 0.17 0.04
117_I 483_L 0.81 0.17 0.04
104_D 370_F 0.81 0.17 0.04
109_Q 19_L 0.81 0.17 0.04
116_L 98_G 0.81 0.17 0.04
132_N 474_F 0.80 0.17 0.04
132_N 489_L 0.80 0.16 0.04
9_P 209_I 0.80 0.16 0.04
125_A 179_G 0.80 0.16 0.04
33_K 281_F 0.80 0.16 0.04
42_G 381_T 0.80 0.16 0.04
140_L 94_S 0.80 0.16 0.04
73_I 91_A 0.80 0.16 0.04
97_S 366_K 0.80 0.16 0.04
40_F 99_L 0.80 0.16 0.04
34_T 157_G 0.80 0.16 0.04
53_A 441_V 0.80 0.16 0.04
158_N 368_K 0.80 0.16 0.04
71_L 447_L 0.79 0.16 0.04
49_L 253_E 0.79 0.16 0.04
49_L 161_G 0.79 0.16 0.04
13_I 169_T 0.79 0.16 0.04
136_F 359_F 0.79 0.16 0.04
37_V 312_V 0.79 0.16 0.04
89_L 208_N 0.79 0.16 0.04
8_A 468_L 0.79 0.16 0.04
161_S 90_Q 0.79 0.16 0.04
19_P 413_W 0.79 0.16 0.04
42_G 373_T 0.79 0.16 0.04
44_A 185_A 0.79 0.16 0.04
75_A 182_G 0.79 0.16 0.04
11_E 108_F 0.79 0.16 0.04
33_K 162_N 0.79 0.16 0.04
148_E 13_Q 0.79 0.16 0.04
101_F 96_W 0.79 0.16 0.04
51_E 23_I 0.79 0.16 0.04
96_K 83_I 0.79 0.16 0.04
141_Q 489_L 0.78 0.16 0.04
75_A 240_A 0.78 0.16 0.04
91_V 254_N 0.78 0.16 0.04
130_L 138_G 0.78 0.16 0.04
44_A 178_M 0.78 0.15 0.04
116_L 72_L 0.78 0.15 0.04
5_G 134_T 0.78 0.15 0.04
32_L 315_F 0.78 0.15 0.04
143_L 43_V 0.78 0.15 0.04
98_L 100_K 0.78 0.15 0.04
138_E 191_S 0.78 0.15 0.04
15_I 250_D 0.78 0.15 0.04
95_F 98_G 0.78 0.15 0.04
11_E 145_S 0.78 0.15 0.04
57_V 366_K 0.78 0.15 0.04
51_E 195_P 0.78 0.15 0.04
10_K 154_E 0.78 0.15 0.04
87_A 103_V 0.78 0.15 0.04
74_T 146_A 0.78 0.15 0.04
104_D 322_Q 0.78 0.15 0.04
146_S 190_I 0.78 0.15 0.04
13_I 261_Y 0.78 0.15 0.04
136_F 393_M 0.77 0.15 0.04
133_I 357_A 0.77 0.15 0.04
64_A 239_T 0.77 0.15 0.04
39_D 315_F 0.77 0.15 0.04
63_E 456_D 0.77 0.15 0.04
113_L 58_E 0.77 0.15 0.04
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
14060 0.77 VipAVipB coevolution analysis try 2 Δgene:(1, 20) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: HHblits (2015_06) 1.00 Done
4275 0.79 vipA_VipB Δgene:(0, 5) A:(1E-02, 8) B:(1E-02, 8) msa: HHblits (2015_06) 1.00 Done
4273 0.74 VipA_B Δgene:(1, 5) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 1.00 Done - Shared
0055 0.42 vipAB Δgene:(0, 20) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) (2013_03) Killed
Page generated in 0.6089 seconds.