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OPENSEQ.org
cIp_2_40_cIV_C_40
Genes: A B A+B
Length: 239 274 504
Sequences: 528 2529 112
Seq/Len: 2.21 9.23 0.22
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.53
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.00
5 0.00 0.00 0.00
10 0.00 0.00 0.00
20 0.00 0.00 0.01
100 0.00 0.00 0.01
∞ 0.00 0.00 0.22
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
179_P 59_V 1.64 0.42 0.00
169_F 56_L 1.45 0.32 0.00
61_C 203_D 1.44 0.31 0.00
117_I 207_A 1.41 0.29 0.00
123_A 173_I 1.41 0.29 0.00
180_Q 272_W 1.31 0.24 0.00
61_C 122_P 1.29 0.23 0.00
66_G 237_K 1.25 0.22 0.00
165_L 151_L 1.25 0.22 0.00
153_F 86_G 1.25 0.22 0.00
106_A 233_I 1.24 0.21 0.00
175_P 78_E 1.23 0.21 0.00
66_G 20_F 1.23 0.21 0.00
166_I 170_K 1.23 0.21 0.00
175_P 124_K 1.22 0.21 0.00
61_C 211_Y 1.21 0.20 0.00
175_P 222_I 1.21 0.20 0.00
194_A 70_V 1.20 0.20 0.00
57_A 104_A 1.20 0.20 0.00
132_W 207_A 1.18 0.19 0.00
130_F 59_V 1.18 0.19 0.00
54_S 113_A 1.16 0.18 0.00
20_L 198_A 1.15 0.18 0.00
36_Q 222_I 1.13 0.17 0.00
187_E 33_V 1.13 0.17 0.00
179_P 140_H 1.12 0.17 0.00
18_A 196_H 1.12 0.17 0.00
11_D 189_L 1.11 0.17 0.00
59_E 198_A 1.11 0.17 0.00
35_Q 126_G 1.11 0.16 0.00
72_A 202_A 1.11 0.16 0.00
66_G 3_H 1.10 0.16 0.00
179_P 63_M 1.10 0.16 0.00
132_W 8_D 1.09 0.16 0.00
73_L 28_M 1.08 0.16 0.00
24_R 62_V 1.08 0.15 0.00
125_S 135_T 1.08 0.15 0.00
23_A 240_M 1.07 0.15 0.00
106_A 148_I 1.06 0.15 0.00
93_I 163_F 1.06 0.15 0.00
106_A 198_A 1.06 0.15 0.00
181_N 21_G 1.05 0.14 0.00
53_L 56_L 1.04 0.14 0.00
165_L 189_L 1.04 0.14 0.00
20_L 135_T 1.04 0.14 0.00
53_L 203_D 1.04 0.14 0.00
206_A 86_G 1.03 0.14 0.00
97_G 8_D 1.03 0.14 0.00
200_G 268_V 1.03 0.14 0.00
54_S 76_T 1.03 0.14 0.00
7_P 57_V 1.03 0.14 0.00
116_K 11_I 1.02 0.14 0.00
110_I 271_I 1.02 0.14 0.00
131_S 222_I 1.02 0.14 0.00
126_A 87_L 1.01 0.14 0.00
108_D 139_W 1.01 0.13 0.00
68_P 19_F 1.01 0.13 0.00
117_I 105_W 1.01 0.13 0.00
204_H 133_I 1.00 0.13 0.00
82_F 67_W 1.00 0.13 0.00
68_P 134_V 1.00 0.13 0.00
194_A 57_V 0.99 0.13 0.00
68_P 75_E 0.99 0.13 0.00
23_A 185_C 0.99 0.13 0.00
130_F 67_W 0.98 0.13 0.00
131_S 208_G 0.98 0.12 0.00
33_G 272_W 0.98 0.12 0.00
82_F 26_F 0.98 0.12 0.00
16_T 2_A 0.98 0.12 0.00
19_N 273_G 0.97 0.12 0.00
206_A 109_F 0.97 0.12 0.00
14_E 163_F 0.97 0.12 0.00
20_L 195_S 0.96 0.12 0.00
175_P 70_V 0.96 0.12 0.00
148_Q 189_L 0.96 0.12 0.00
97_G 271_I 0.96 0.12 0.00
51_G 35_W 0.96 0.12 0.00
44_W 8_D 0.96 0.12 0.00
231_P 155_A 0.95 0.12 0.00
29_K 144_I 0.95 0.12 0.00
80_F 16_I 0.95 0.12 0.00
227_P 155_A 0.95 0.12 0.00
130_F 28_M 0.95 0.12 0.00
69_Y 50_W 0.95 0.12 0.00
152_D 272_W 0.95 0.12 0.00
166_I 229_F 0.95 0.12 0.00
176_V 229_F 0.94 0.12 0.00
117_I 8_D 0.94 0.11 0.00
192_P 148_I 0.94 0.11 0.00
163_A 121_S 0.93 0.11 0.00
59_E 136_F 0.93 0.11 0.00
80_F 29_L 0.93 0.11 0.00
102_M 269_I 0.93 0.11 0.00
147_A 172_T 0.93 0.11 0.00
110_I 178_V 0.93 0.11 0.00
160_E 60_L 0.92 0.11 0.00
154_Y 131_E 0.92 0.11 0.00
187_E 143_L 0.91 0.11 0.00
17_P 115_Y 0.91 0.11 0.00
58_I 25_A 0.91 0.11 0.00
127_D 226_I 0.91 0.11 0.00
18_A 16_I 0.91 0.11 0.00
129_R 85_I 0.91 0.11 0.00
46_A 108_A 0.91 0.11 0.00
195_L 89_Y 0.91 0.11 0.00
158_T 52_F 0.90 0.10 0.00
138_L 187_T 0.90 0.10 0.00
107_E 49_P 0.90 0.10 0.00
189_L 113_A 0.90 0.10 0.00
34_R 123_I 0.90 0.10 0.00
102_M 92_I 0.90 0.10 0.00
143_N 15_S 0.89 0.10 0.00
25_A 19_F 0.89 0.10 0.00
58_I 132_G 0.89 0.10 0.00
131_S 105_W 0.89 0.10 0.00
41_P 87_L 0.89 0.10 0.00
119_P 105_W 0.89 0.10 0.00
29_K 3_H 0.89 0.10 0.00
132_W 105_W 0.89 0.10 0.00
126_A 187_T 0.89 0.10 0.00
166_I 20_F 0.89 0.10 0.00
97_G 92_I 0.88 0.10 0.00
60_Y 60_L 0.88 0.10 0.00
39_I 202_A 0.88 0.10 0.00
21_E 24_G 0.88 0.10 0.00
8_I 32_A 0.88 0.10 0.00
60_Y 178_V 0.88 0.10 0.00
142_T 58_G 0.87 0.10 0.00
48_E 8_D 0.87 0.10 0.00
7_P 223_I 0.87 0.10 0.00
163_A 180_V 0.87 0.10 0.00
124_L 222_I 0.86 0.10 0.00
206_A 273_G 0.86 0.10 0.00
121_P 33_V 0.86 0.10 0.00
41_P 250_A 0.86 0.10 0.00
169_F 139_W 0.86 0.10 0.00
163_A 113_A 0.86 0.10 0.00
93_I 64_F 0.85 0.10 0.00
91_A 52_F 0.85 0.09 0.00
117_I 92_I 0.85 0.09 0.00
16_T 173_I 0.85 0.09 0.00
165_L 71_V 0.85 0.09 0.00
12_S 85_I 0.85 0.09 0.00
55_R 67_W 0.85 0.09 0.00
80_F 179_A 0.85 0.09 0.00
97_G 105_W 0.85 0.09 0.00
106_A 20_F 0.85 0.09 0.00
11_D 20_F 0.85 0.09 0.00
180_Q 235_L 0.85 0.09 0.00
226_V 179_A 0.85 0.09 0.00
182_G 269_I 0.85 0.09 0.00
89_S 144_I 0.84 0.09 0.00
93_I 134_V 0.84 0.09 0.00
72_A 267_V 0.84 0.09 0.00
66_G 137_D 0.84 0.09 0.00
53_L 48_G 0.84 0.09 0.00
59_E 135_T 0.84 0.09 0.00
56_P 38_G 0.84 0.09 0.00
162_L 206_Y 0.84 0.09 0.00
89_S 204_T 0.84 0.09 0.00
61_C 166_E 0.84 0.09 0.00
36_Q 203_D 0.84 0.09 0.00
166_I 201_L 0.84 0.09 0.00
20_L 166_E 0.84 0.09 0.00
109_L 34_A 0.83 0.09 0.00
34_R 11_I 0.83 0.09 0.00
19_N 126_G 0.83 0.09 0.00
130_F 113_A 0.83 0.09 0.00
173_E 71_V 0.83 0.09 0.00
27_M 126_G 0.83 0.09 0.00
54_S 84_R 0.83 0.09 0.00
36_Q 151_L 0.83 0.09 0.00
100_T 179_A 0.83 0.09 0.00
53_L 22_A 0.83 0.09 0.00
150_G 58_G 0.82 0.09 0.00
26_Q 269_I 0.82 0.09 0.00
17_P 147_L 0.82 0.09 0.00
146_M 192_Y 0.82 0.09 0.00
175_P 118_G 0.82 0.09 0.00
177_P 177_I 0.82 0.09 0.00
23_A 62_V 0.82 0.09 0.00
19_N 272_W 0.82 0.09 0.00
28_T 74_G 0.82 0.09 0.00
82_F 23_I 0.82 0.09 0.00
114_K 184_V 0.82 0.09 0.00
40_I 211_Y 0.81 0.09 0.00
83_Q 52_F 0.81 0.09 0.00
61_C 36_M 0.81 0.09 0.00
147_A 165_L 0.81 0.09 0.00
89_S 50_W 0.81 0.09 0.00
16_T 72_N 0.81 0.09 0.00
40_I 26_F 0.81 0.09 0.00
80_F 155_A 0.81 0.09 0.00
93_I 114_L 0.81 0.09 0.00
220_R 155_A 0.80 0.08 0.00
122_H 19_F 0.80 0.08 0.00
122_H 204_T 0.80 0.08 0.00
68_P 168_D 0.80 0.08 0.00
213_R 268_V 0.80 0.08 0.00
8_I 239_Q 0.80 0.08 0.00
118_A 65_G 0.80 0.08 0.00
26_Q 111_K 0.80 0.08 0.00
112_V 207_A 0.80 0.08 0.00
54_S 268_V 0.80 0.08 0.00
60_Y 71_V 0.80 0.08 0.00
188_A 261_V 0.80 0.08 0.00
61_C 236_L 0.80 0.08 0.00
121_P 28_M 0.80 0.08 0.00
152_D 5_K 0.80 0.08 0.00
181_N 59_V 0.80 0.08 0.00
146_M 207_A 0.80 0.08 0.00
221_I 179_A 0.80 0.08 0.00
129_R 187_T 0.80 0.08 0.00
233_L 4_V 0.80 0.08 0.00
232_W 155_A 0.80 0.08 0.00
110_I 22_A 0.79 0.08 0.00
15_F 104_A 0.79 0.08 0.00
131_S 138_P 0.79 0.08 0.00
28_T 188_G 0.79 0.08 0.00
81_M 144_I 0.79 0.08 0.00
221_I 155_A 0.79 0.08 0.00
166_I 76_T 0.79 0.08 0.00
220_R 179_A 0.79 0.08 0.00
27_M 138_P 0.79 0.08 0.00
234_A 180_V 0.79 0.08 0.00
100_T 155_A 0.79 0.08 0.00
75_V 57_V 0.79 0.08 0.00
39_I 16_I 0.79 0.08 0.00
205_N 155_A 0.79 0.08 0.00
55_R 196_H 0.79 0.08 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
4025 0.22 cIp_2_40_cIV_C_40 Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
4018 0.37 cIp_2_4_cIV_C_4 Δgene:(1, ∞) A:(1E-04, 8) B:(1E-04, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
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