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OPENSEQ.org
cIp_4_40_cIV_C_40
Genes: A B A+B
Length: 412 274 667
Sequences: 1283 2529 313
Seq/Len: 3.11 9.23 0.47
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.69
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.01
2 0.00 0.00 0.02
5 0.00 0.00 0.03
10 0.00 0.00 0.05
20 0.01 0.00 0.08
100 0.01 0.00 0.12
∞ 0.03 0.00 0.46
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
361_V 267_V 1.81 0.75 0.02
242_G 207_A 1.44 0.50 0.01
286_E 135_T 1.41 0.47 0.01
102_I 143_L 1.40 0.47 0.01
208_L 183_G 1.30 0.40 0.01
239_M 9_Y 1.26 0.37 0.01
174_F 159_A 1.25 0.36 0.01
403_L 239_Q 1.24 0.35 0.01
194_W 209_A 1.23 0.34 0.00
309_R 24_G 1.23 0.34 0.00
132_M 148_I 1.22 0.34 0.00
279_C 272_W 1.20 0.32 0.00
323_D 148_I 1.19 0.31 0.00
97_A 141_L 1.17 0.31 0.00
384_I 271_I 1.16 0.30 0.00
225_V 156_V 1.16 0.30 0.00
270_N 232_L 1.16 0.30 0.00
113_R 101_F 1.16 0.30 0.00
240_V 105_W 1.16 0.29 0.00
326_S 71_V 1.14 0.29 0.00
132_M 158_W 1.13 0.28 0.00
262_D 174_N 1.12 0.28 0.00
144_L 118_G 1.12 0.27 0.00
286_E 223_I 1.11 0.27 0.00
219_L 105_W 1.11 0.27 0.00
398_A 242_Q 1.10 0.26 0.00
29_I 63_M 1.10 0.26 0.00
48_L 169_R 1.10 0.26 0.00
29_I 165_L 1.09 0.26 0.00
129_N 105_W 1.09 0.26 0.00
296_Q 114_L 1.08 0.25 0.00
133_G 201_L 1.08 0.25 0.00
210_T 211_Y 1.07 0.24 0.00
136_T 183_G 1.07 0.24 0.00
294_A 155_A 1.07 0.24 0.00
29_I 20_F 1.06 0.24 0.00
52_I 189_L 1.06 0.24 0.00
335_T 156_V 1.06 0.24 0.00
347_A 269_I 1.06 0.24 0.00
313_T 233_I 1.03 0.23 0.00
104_R 135_T 1.03 0.22 0.00
53_V 99_V 1.02 0.22 0.00
279_C 57_V 1.02 0.22 0.00
27_F 92_I 1.02 0.22 0.00
145_T 223_I 1.01 0.21 0.00
98_W 109_F 1.01 0.21 0.00
286_E 144_I 1.00 0.21 0.00
139_M 211_Y 1.00 0.21 0.00
71_M 199_F 1.00 0.21 0.00
99_C 235_L 0.99 0.20 0.00
226_T 173_I 0.99 0.20 0.00
265_I 61_Y 0.99 0.20 0.00
144_L 271_I 0.98 0.20 0.00
402_T 115_Y 0.98 0.20 0.00
222_I 150_L 0.98 0.20 0.00
393_L 139_W 0.98 0.20 0.00
129_N 86_G 0.98 0.20 0.00
306_V 26_F 0.97 0.19 0.00
318_A 211_Y 0.96 0.19 0.00
294_A 179_A 0.96 0.19 0.00
296_Q 242_Q 0.96 0.19 0.00
238_V 166_E 0.96 0.19 0.00
245_L 19_F 0.96 0.19 0.00
194_W 131_E 0.96 0.19 0.00
401_A 16_I 0.96 0.19 0.00
392_M 246_V 0.96 0.19 0.00
279_C 243_K 0.95 0.18 0.00
281_M 11_I 0.95 0.18 0.00
165_C 113_A 0.95 0.18 0.00
295_V 127_V 0.95 0.18 0.00
53_V 92_I 0.95 0.18 0.00
135_T 89_Y 0.94 0.18 0.00
374_R 196_H 0.94 0.18 0.00
390_G 155_A 0.93 0.18 0.00
362_A 25_A 0.93 0.17 0.00
133_G 115_Y 0.93 0.17 0.00
53_V 191_A 0.93 0.17 0.00
316_R 135_T 0.93 0.17 0.00
48_L 207_A 0.92 0.17 0.00
402_T 29_L 0.92 0.17 0.00
327_L 88_Q 0.92 0.17 0.00
374_R 78_E 0.92 0.17 0.00
251_R 140_H 0.92 0.17 0.00
292_Q 19_F 0.92 0.17 0.00
174_F 84_R 0.92 0.17 0.00
55_R 175_G 0.91 0.17 0.00
134_V 166_E 0.91 0.17 0.00
402_T 39_I 0.91 0.17 0.00
314_P 228_L 0.91 0.17 0.00
288_C 141_L 0.91 0.16 0.00
291_M 56_L 0.90 0.16 0.00
295_V 170_K 0.90 0.16 0.00
275_D 180_V 0.90 0.16 0.00
79_N 199_F 0.90 0.16 0.00
136_T 112_N 0.90 0.16 0.00
189_D 51_M 0.90 0.16 0.00
29_I 47_E 0.90 0.16 0.00
112_R 167_G 0.90 0.16 0.00
238_V 207_A 0.90 0.16 0.00
374_R 238_G 0.89 0.16 0.00
394_A 158_W 0.89 0.16 0.00
364_G 238_G 0.89 0.16 0.00
295_V 71_V 0.89 0.16 0.00
323_D 213_A 0.89 0.16 0.00
102_I 166_E 0.89 0.16 0.00
371_A 269_I 0.89 0.16 0.00
205_L 87_L 0.89 0.16 0.00
400_I 103_V 0.89 0.16 0.00
374_R 113_A 0.88 0.15 0.00
245_L 11_I 0.88 0.15 0.00
240_V 204_T 0.88 0.15 0.00
396_V 139_W 0.88 0.15 0.00
281_M 200_G 0.88 0.15 0.00
390_G 198_A 0.88 0.15 0.00
306_V 19_F 0.88 0.15 0.00
135_T 132_G 0.88 0.15 0.00
183_L 9_Y 0.88 0.15 0.00
351_A 7_H 0.88 0.15 0.00
99_C 159_A 0.88 0.15 0.00
289_K 267_V 0.87 0.15 0.00
139_M 244_Q 0.87 0.15 0.00
137_G 154_V 0.87 0.15 0.00
124_I 77_G 0.87 0.15 0.00
53_V 126_G 0.87 0.15 0.00
401_A 179_A 0.87 0.15 0.00
274_Y 148_I 0.87 0.15 0.00
104_R 56_L 0.87 0.15 0.00
94_Q 114_L 0.87 0.15 0.00
169_L 207_A 0.87 0.15 0.00
298_L 127_V 0.87 0.15 0.00
208_L 47_E 0.86 0.15 0.00
160_F 10_Q 0.86 0.15 0.00
129_N 267_V 0.86 0.15 0.00
66_G 17_W 0.86 0.15 0.00
388_S 180_V 0.86 0.15 0.00
53_V 33_V 0.86 0.14 0.00
367_K 52_F 0.86 0.14 0.00
246_A 237_K 0.86 0.14 0.00
265_I 163_F 0.85 0.14 0.00
110_I 78_E 0.85 0.14 0.00
110_I 169_R 0.85 0.14 0.00
38_A 212_M 0.85 0.14 0.00
247_W 73_E 0.85 0.14 0.00
298_L 52_F 0.85 0.14 0.00
335_T 219_A 0.85 0.14 0.00
361_V 264_F 0.85 0.14 0.00
127_I 70_V 0.85 0.14 0.00
46_L 266_F 0.85 0.14 0.00
99_C 143_L 0.85 0.14 0.00
342_A 181_I 0.85 0.14 0.00
188_L 19_F 0.85 0.14 0.00
74_R 199_F 0.84 0.14 0.00
335_T 159_A 0.84 0.14 0.00
84_D 257_F 0.84 0.14 0.00
367_K 138_P 0.84 0.14 0.00
133_G 183_G 0.84 0.14 0.00
247_W 253_W 0.84 0.14 0.00
410_V 269_I 0.84 0.14 0.00
371_A 114_L 0.84 0.14 0.00
281_M 126_G 0.84 0.14 0.00
372_K 108_A 0.84 0.14 0.00
66_G 137_D 0.84 0.14 0.00
106_T 179_A 0.84 0.14 0.00
312_L 177_I 0.84 0.14 0.00
387_M 204_T 0.83 0.14 0.00
147_P 52_F 0.83 0.14 0.00
232_D 38_G 0.83 0.14 0.00
145_T 130_P 0.83 0.14 0.00
159_I 8_D 0.83 0.14 0.00
393_L 174_N 0.83 0.14 0.00
169_L 185_C 0.83 0.14 0.00
308_A 92_I 0.83 0.13 0.00
29_I 232_L 0.83 0.13 0.00
231_L 229_F 0.83 0.13 0.00
169_L 38_G 0.83 0.13 0.00
222_I 19_F 0.82 0.13 0.00
267_V 144_I 0.82 0.13 0.00
333_L 183_G 0.82 0.13 0.00
345_V 271_I 0.82 0.13 0.00
229_D 204_T 0.82 0.13 0.00
338_F 211_Y 0.82 0.13 0.00
172_A 109_F 0.82 0.13 0.00
117_I 239_Q 0.82 0.13 0.00
231_L 156_V 0.82 0.13 0.00
294_A 189_L 0.82 0.13 0.00
99_C 119_P 0.82 0.13 0.00
403_L 183_G 0.82 0.13 0.00
199_P 238_G 0.82 0.13 0.00
29_I 30_T 0.82 0.13 0.00
306_V 70_V 0.82 0.13 0.00
135_T 118_G 0.82 0.13 0.00
211_E 172_T 0.82 0.13 0.00
54_E 181_I 0.82 0.13 0.00
309_R 37_K 0.82 0.13 0.00
265_I 192_Y 0.82 0.13 0.00
48_L 143_L 0.81 0.13 0.00
112_R 123_I 0.81 0.13 0.00
335_T 205_V 0.81 0.13 0.00
389_R 64_F 0.81 0.13 0.00
110_I 54_I 0.81 0.13 0.00
109_V 235_L 0.81 0.13 0.00
109_V 211_Y 0.81 0.13 0.00
264_Q 19_F 0.81 0.13 0.00
106_T 155_A 0.81 0.13 0.00
183_L 57_V 0.81 0.13 0.00
341_P 126_G 0.81 0.13 0.00
215_F 81_P 0.81 0.13 0.00
262_D 185_C 0.81 0.13 0.00
281_M 184_V 0.81 0.13 0.00
372_K 209_A 0.81 0.13 0.00
298_L 184_V 0.81 0.13 0.00
120_L 65_G 0.81 0.13 0.00
302_P 184_V 0.81 0.13 0.00
262_D 166_E 0.81 0.13 0.00
335_T 63_M 0.80 0.13 0.00
309_R 134_V 0.80 0.13 0.00
317_R 19_F 0.80 0.13 0.00
136_T 62_V 0.80 0.12 0.00
256_E 76_T 0.80 0.12 0.00
397_P 205_V 0.80 0.12 0.00
338_F 173_I 0.80 0.12 0.00
403_L 75_E 0.80 0.12 0.00
262_D 34_A 0.80 0.12 0.00
144_L 89_Y 0.80 0.12 0.00
48_L 173_I 0.80 0.12 0.00
163_R 109_F 0.80 0.12 0.00
110_I 184_V 0.80 0.12 0.00
114_A 209_A 0.79 0.12 0.00
200_K 196_H 0.79 0.12 0.00
323_D 205_V 0.79 0.12 0.00
172_A 54_I 0.79 0.12 0.00
120_L 113_A 0.79 0.12 0.00
402_T 96_M 0.79 0.12 0.00
202_V 243_K 0.79 0.12 0.00
295_V 202_A 0.79 0.12 0.00
138_A 54_I 0.79 0.12 0.00
361_V 13_P 0.79 0.12 0.00
221_D 166_E 0.79 0.12 0.00
83_L 10_Q 0.79 0.12 0.00
113_R 249_E 0.79 0.12 0.00
361_V 243_K 0.79 0.12 0.00
384_I 76_T 0.79 0.12 0.00
53_V 168_D 0.79 0.12 0.00
80_L 268_V 0.79 0.12 0.00
375_A 71_V 0.79 0.12 0.00
167_A 132_G 0.79 0.12 0.00
157_L 77_G 0.78 0.12 0.00
398_A 183_G 0.78 0.12 0.00
240_V 81_P 0.78 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
ID Seq/Len Name Options I_Prob Status
4000 0.41 cIp_4_20_cIV_C_60 Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-60, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.05 Done - Shared
3999 0.53 cIp_4_20_cIV_C_20 Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-20, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
3998 0.52 cIp_4_10_cIV_C_40 Δgene:(1, ∞) A:(1E-10, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.00 Done - Shared
3997 0.48 cIp_4_20_cIV_C_40 Δgene:(1, ∞) A:(1E-20, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.12 Done - Shared
3996 0.47 cIp_4_40_cIV_C_40 Δgene:(1, ∞) A:(1E-40, 8) B:(1E-40, 8) msa: Jackhmmer (2015_06) 0.02 Done - Shared
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