May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
PPOX_FCX
Genes: A B A+B
Length: 498 364 789
Sequences: 20549 2420 400
Seq/Len: 41.26 6.65 0.51
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.81
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.07 0.00 0.27
2 0.09 0.00 0.32
5 0.11 0.00 0.39
10 0.13 0.00 0.43
20 0.14 0.01 0.46
100 0.19 0.02 0.83
∞ 0.24 0.03 2.04
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
261_I 340_V 1.45 0.53 0.00
278_V 212_H 1.29 0.41 0.00
202_Q 284_K 1.21 0.34 0.00
361_P 242_L 1.16 0.32 0.00
295_H 115_A 1.16 0.32 0.00
179_L 116_A 1.16 0.32 0.00
42_V 88_Q 1.14 0.30 0.00
385_G 333_V 1.13 0.29 0.00
71_L 287_A 1.12 0.29 0.00
287_G 151_A 1.12 0.29 0.00
272_A 165_F 1.11 0.28 0.00
195_I 179_A 1.11 0.28 0.00
278_V 208_P 1.09 0.27 0.00
303_V 10_L 1.09 0.27 0.00
415_E 162_V 1.09 0.27 0.00
421_A 109_S 1.06 0.25 0.00
41_V 80_V 1.06 0.25 0.00
367_R 340_V 1.04 0.24 0.00
41_V 20_A 1.04 0.24 0.00
463_L 254_S 1.04 0.24 0.00
307_V 177_A 1.04 0.24 0.00
203_L 277_E 1.04 0.24 0.00
309_A 260_R 1.04 0.24 0.00
405_D 162_V 1.03 0.24 0.00
42_V 60_P 1.03 0.23 0.00
435_W 71_W 1.03 0.23 0.00
177_R 179_A 1.02 0.23 0.00
306_V 282_G 1.02 0.23 0.00
270_D 241_G 1.01 0.23 0.00
266_A 170_G 1.01 0.22 0.00
127_R 177_A 0.99 0.21 0.00
203_L 315_A 0.98 0.21 0.00
171_L 116_A 0.98 0.21 0.00
65_L 57_P 0.98 0.21 0.00
378_F 30_L 0.98 0.21 0.00
69_A 192_L 0.98 0.21 0.00
90_N 337_V 0.97 0.20 0.00
68_S 29_Y 0.97 0.20 0.00
52_A 296_D 0.96 0.20 0.00
146_L 88_Q 0.96 0.20 0.00
83_Y 333_V 0.96 0.20 0.00
307_V 247_G 0.96 0.20 0.00
307_V 245_R 0.96 0.20 0.00
173_A 340_V 0.95 0.20 0.00
70_R 282_G 0.95 0.20 0.00
56_R 333_V 0.95 0.19 0.00
282_A 240_R 0.95 0.19 0.00
111_R 159_V 0.95 0.19 0.00
383_E 172_L 0.95 0.19 0.00
375_S 140_A 0.94 0.19 0.00
51_V 213_C 0.94 0.19 0.00
489_L 337_V 0.94 0.19 0.00
278_V 112_D 0.93 0.18 0.00
309_A 65_E 0.93 0.18 0.00
47_S 249_P 0.92 0.18 0.00
464_H 181_P 0.92 0.18 0.00
363_E 191_V 0.92 0.18 0.00
64_L 159_V 0.91 0.18 0.00
167_V 57_P 0.91 0.18 0.00
456_A 172_L 0.91 0.17 0.00
226_A 246_L 0.91 0.17 0.00
377_T 303_E 0.91 0.17 0.00
488_A 252_G 0.91 0.17 0.00
300_E 241_G 0.90 0.17 0.00
59_G 128_L 0.90 0.17 0.00
155_A 179_A 0.90 0.17 0.00
108_L 252_G 0.90 0.17 0.00
478_C 198_L 0.90 0.17 0.00
328_A 345_G 0.90 0.17 0.00
42_V 338_R 0.90 0.17 0.00
43_G 16_G 0.89 0.17 0.00
43_G 196_H 0.89 0.17 0.00
43_G 266_W 0.89 0.17 0.00
45_G 16_G 0.89 0.17 0.00
45_G 196_H 0.89 0.17 0.00
45_G 266_W 0.89 0.17 0.00
404_Q 206_S 0.89 0.17 0.00
90_N 195_F 0.89 0.17 0.00
272_A 339_M 0.88 0.16 0.00
152_L 26_V 0.88 0.16 0.00
366_R 291_P 0.88 0.16 0.00
224_L 59_R 0.88 0.16 0.00
327_A 90_A 0.88 0.16 0.00
266_A 340_V 0.88 0.16 0.00
126_T 193_F 0.88 0.16 0.00
365_Q 128_L 0.88 0.16 0.00
61_D 170_G 0.88 0.16 0.00
41_V 306_L 0.88 0.16 0.00
476_N 138_S 0.88 0.16 0.00
204_S 82_S 0.88 0.16 0.00
431_R 284_K 0.88 0.16 0.00
253_F 267_V 0.87 0.16 0.00
42_V 177_A 0.87 0.16 0.00
375_S 10_L 0.87 0.16 0.00
260_L 330_P 0.87 0.16 0.00
220_R 153_S 0.87 0.16 0.00
185_Q 84_A 0.87 0.16 0.00
465_L 242_L 0.86 0.15 0.00
128_G 279_A 0.86 0.15 0.00
335_Y 320_L 0.86 0.15 0.00
140_F 179_A 0.86 0.15 0.00
98_A 165_F 0.86 0.15 0.00
342_H 139_T 0.86 0.15 0.00
44_G 121_G 0.86 0.15 0.00
156_G 245_R 0.86 0.15 0.00
156_G 211_T 0.85 0.15 0.00
226_A 181_P 0.85 0.15 0.00
295_H 119_A 0.85 0.15 0.00
317_K 246_L 0.85 0.15 0.00
285_D 184_D 0.85 0.15 0.00
169_E 118_K 0.85 0.15 0.00
271_A 165_F 0.85 0.15 0.00
259_V 101_L 0.85 0.15 0.00
451_A 244_Q 0.85 0.15 0.00
438_G 281_K 0.84 0.15 0.00
438_G 35_N 0.84 0.15 0.00
65_L 150_L 0.84 0.14 0.00
413_A 20_A 0.84 0.14 0.00
310_A 315_A 0.84 0.14 0.00
41_V 288_V 0.84 0.14 0.00
150_A 162_V 0.84 0.14 0.00
289_R 324_P 0.84 0.14 0.00
177_R 247_G 0.83 0.14 0.00
149_G 112_D 0.83 0.14 0.00
132_S 281_K 0.83 0.14 0.00
315_T 315_A 0.83 0.14 0.00
176_R 287_A 0.83 0.14 0.00
309_A 149_V 0.83 0.14 0.00
223_I 313_L 0.83 0.14 0.00
378_F 103_M 0.83 0.14 0.00
486_A 96_E 0.83 0.14 0.00
279_E 91_E 0.83 0.14 0.00
59_G 180_R 0.83 0.14 0.00
75_V 287_A 0.83 0.14 0.00
351_P 179_A 0.82 0.14 0.00
282_A 340_V 0.82 0.14 0.00
255_G 162_V 0.82 0.14 0.00
43_G 299_E 0.82 0.14 0.00
45_G 299_E 0.82 0.14 0.00
123_Y 29_Y 0.82 0.14 0.00
380_F 69_K 0.82 0.14 0.00
419_A 185_D 0.82 0.14 0.00
43_G 269_P 0.82 0.14 0.00
45_G 269_P 0.82 0.14 0.00
206_A 340_V 0.82 0.14 0.00
415_E 211_T 0.82 0.14 0.00
377_T 36_D 0.82 0.14 0.00
184_T 140_A 0.82 0.14 0.00
278_V 25_P 0.82 0.14 0.00
449_R 28_R 0.81 0.14 0.00
347_A 242_L 0.81 0.14 0.00
466_I 144_A 0.81 0.14 0.00
128_G 176_T 0.81 0.14 0.00
385_G 154_W 0.81 0.14 0.00
422_G 110_I 0.81 0.13 0.00
320_R 177_A 0.81 0.13 0.00
172_A 257_F 0.81 0.13 0.00
489_L 284_K 0.81 0.13 0.00
486_A 254_S 0.81 0.13 0.00
302_S 95_G 0.81 0.13 0.00
39_V 260_R 0.81 0.13 0.00
405_D 277_E 0.81 0.13 0.00
90_N 36_D 0.81 0.13 0.00
152_L 162_V 0.81 0.13 0.00
479_I 82_S 0.81 0.13 0.00
241_G 65_E 0.81 0.13 0.00
242_T 206_S 0.81 0.13 0.00
387_V 253_W 0.80 0.13 0.00
123_Y 179_A 0.80 0.13 0.00
482_A 166_F 0.80 0.13 0.00
281_L 341_R 0.80 0.13 0.00
479_I 330_P 0.80 0.13 0.00
230_Q 191_V 0.80 0.13 0.00
43_G 199_P 0.80 0.13 0.00
43_G 293_F 0.80 0.13 0.00
45_G 199_P 0.80 0.13 0.00
45_G 293_F 0.80 0.13 0.00
319_L 315_A 0.80 0.13 0.00
55_L 12_L 0.80 0.13 0.00
207_A 345_G 0.80 0.13 0.00
463_L 343_S 0.80 0.13 0.00
418_K 123_S 0.80 0.13 0.00
50_A 335_A 0.80 0.13 0.00
262_D 110_I 0.80 0.13 0.00
303_V 191_V 0.79 0.13 0.00
279_E 29_Y 0.79 0.13 0.00
104_A 192_L 0.79 0.13 0.00
115_A 267_V 0.79 0.13 0.00
243_A 176_T 0.79 0.13 0.00
41_V 200_E 0.79 0.13 0.00
207_A 314_E 0.79 0.13 0.00
166_G 345_G 0.79 0.13 0.00
148_L 245_R 0.79 0.13 0.00
389_Y 264_T 0.79 0.13 0.00
90_N 243_A 0.79 0.13 0.00
220_R 128_L 0.79 0.13 0.00
238_L 317_G 0.79 0.13 0.00
255_G 284_K 0.79 0.13 0.00
463_L 244_Q 0.79 0.13 0.00
163_A 64_A 0.79 0.13 0.00
206_A 59_R 0.79 0.13 0.00
61_D 338_R 0.79 0.13 0.00
268_L 315_A 0.79 0.13 0.00
489_L 181_P 0.78 0.12 0.00
135_A 159_V 0.78 0.12 0.00
307_V 248_L 0.78 0.12 0.00
379_P 284_K 0.78 0.12 0.00
159_F 167_E 0.78 0.12 0.00
42_V 160_R 0.78 0.12 0.00
104_A 282_G 0.78 0.12 0.00
90_N 303_E 0.78 0.12 0.00
152_L 281_K 0.78 0.12 0.00
105_A 338_R 0.78 0.12 0.00
68_S 335_A 0.78 0.12 0.00
249_A 267_V 0.78 0.12 0.00
262_D 10_L 0.78 0.12 0.00
389_Y 342_E 0.78 0.12 0.00
328_A 245_R 0.77 0.12 0.00
155_A 6_S 0.77 0.12 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 1.9916 seconds.