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OPENSEQ.org
BH
Genes: A B A+B
Length: 503 290 756
Sequences: 176 13821 106
Seq/Len: 0.35 47.66 0.14
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.34
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We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.03 0.01
2 0.00 0.04 0.02
5 0.00 0.05 0.06
10 0.00 0.07 0.10
20 0.00 0.08 0.13
100 0.01 0.12 0.17
∞ 0.02 0.18 0.19
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
123_P 187_S 1.54 0.27 0.00
189_I 167_K 1.52 0.26 0.00
154_A 143_N 1.41 0.22 0.00
126_N 28_A 1.38 0.21 0.00
320_D 118_D 1.36 0.20 0.00
41_K 167_K 1.36 0.20 0.00
190_Y 67_T 1.35 0.20 0.00
123_P 35_M 1.32 0.18 0.00
126_N 268_L 1.31 0.18 0.00
242_S 34_V 1.30 0.18 0.00
479_V 263_D 1.28 0.17 0.00
127_P 268_L 1.28 0.17 0.00
190_Y 3_M 1.27 0.17 0.00
104_A 27_L 1.26 0.17 0.00
239_K 120_L 1.24 0.16 0.00
42_V 199_A 1.23 0.16 0.00
473_E 248_V 1.23 0.16 0.00
35_P 271_E 1.22 0.16 0.00
92_V 35_M 1.22 0.15 0.00
137_L 230_E 1.22 0.15 0.00
126_N 159_M 1.21 0.15 0.00
92_V 197_I 1.21 0.15 0.00
134_F 177_S 1.21 0.15 0.00
125_A 28_A 1.20 0.15 0.00
288_C 51_H 1.20 0.15 0.00
99_V 107_I 1.19 0.15 0.00
255_V 34_V 1.18 0.14 0.00
343_I 187_S 1.18 0.14 0.00
34_L 79_A 1.18 0.14 0.00
125_A 159_M 1.18 0.14 0.00
127_P 159_M 1.17 0.14 0.00
288_C 225_R 1.16 0.14 0.00
349_E 203_K 1.15 0.14 0.00
388_I 254_L 1.15 0.13 0.00
97_Q 189_N 1.14 0.13 0.00
225_V 58_I 1.14 0.13 0.00
127_P 28_A 1.14 0.13 0.00
89_V 195_E 1.13 0.13 0.00
385_G 166_S 1.11 0.12 0.00
246_K 84_V 1.11 0.12 0.00
123_P 28_A 1.10 0.12 0.00
56_F 51_H 1.10 0.12 0.00
100_K 51_H 1.09 0.12 0.00
113_S 81_Y 1.09 0.12 0.00
125_A 206_T 1.08 0.12 0.00
447_L 243_A 1.08 0.12 0.00
131_L 206_T 1.07 0.12 0.00
124_L 206_T 1.07 0.12 0.00
100_K 263_D 1.07 0.12 0.00
100_K 268_L 1.07 0.12 0.00
100_K 159_M 1.07 0.12 0.00
277_E 205_G 1.06 0.12 0.00
92_V 187_S 1.06 0.11 0.00
250_A 181_G 1.06 0.11 0.00
217_V 181_G 1.05 0.11 0.00
41_K 103_V 1.05 0.11 0.00
347_L 84_V 1.05 0.11 0.00
471_A 205_G 1.04 0.11 0.00
410_F 60_E 1.04 0.11 0.00
109_I 51_H 1.04 0.11 0.00
172_I 32_K 1.04 0.11 0.00
233_V 67_T 1.04 0.11 0.00
210_Q 118_D 1.04 0.11 0.00
457_S 278_E 1.04 0.11 0.00
94_T 264_E 1.03 0.11 0.00
410_F 34_V 1.03 0.11 0.00
408_V 51_H 1.03 0.11 0.00
144_I 198_I 1.02 0.11 0.00
246_K 174_N 1.02 0.11 0.00
399_L 124_F 1.02 0.11 0.00
273_Q 242_R 1.02 0.11 0.00
99_V 109_F 1.02 0.10 0.00
399_L 111_E 1.02 0.10 0.00
99_V 108_N 1.01 0.10 0.00
43_Q 104_I 1.01 0.10 0.00
125_A 51_H 1.01 0.10 0.00
484_R 203_K 1.01 0.10 0.00
56_F 58_I 1.01 0.10 0.00
217_V 85_K 1.01 0.10 0.00
339_I 122_F 1.01 0.10 0.00
126_N 206_T 1.01 0.10 0.00
42_V 143_N 1.01 0.10 0.00
382_T 81_Y 1.01 0.10 0.00
220_G 33_K 1.01 0.10 0.00
339_I 35_M 1.01 0.10 0.00
246_K 33_K 1.00 0.10 0.00
322_I 143_N 1.00 0.10 0.00
131_L 268_L 1.00 0.10 0.00
278_P 78_K 1.00 0.10 0.00
89_V 27_L 1.00 0.10 0.00
477_E 270_M 1.00 0.10 0.00
39_R 122_F 1.00 0.10 0.00
189_I 33_K 1.00 0.10 0.00
268_Y 26_A 0.99 0.10 0.00
346_E 118_D 0.99 0.10 0.00
100_K 166_S 0.99 0.10 0.00
36_E 271_E 0.99 0.10 0.00
203_K 267_E 0.99 0.10 0.00
443_C 254_L 0.99 0.10 0.00
131_L 28_A 0.98 0.10 0.00
362_V 256_I 0.98 0.10 0.00
243_K 250_D 0.98 0.10 0.00
399_L 8_I 0.98 0.10 0.00
123_P 120_L 0.98 0.10 0.00
464_I 167_K 0.97 0.10 0.00
322_I 167_K 0.97 0.10 0.00
203_K 207_Q 0.97 0.10 0.00
160_E 64_E 0.97 0.10 0.00
125_A 268_L 0.97 0.10 0.00
387_L 118_D 0.97 0.10 0.00
449_S 122_F 0.97 0.10 0.00
421_V 58_I 0.96 0.09 0.00
97_Q 143_N 0.95 0.09 0.00
339_I 253_L 0.95 0.09 0.00
193_N 248_V 0.95 0.09 0.00
399_L 116_Y 0.95 0.09 0.00
387_L 197_I 0.95 0.09 0.00
107_A 27_L 0.95 0.09 0.00
104_A 143_N 0.94 0.09 0.00
41_K 33_K 0.94 0.09 0.00
443_C 87_V 0.94 0.09 0.00
193_N 167_K 0.94 0.09 0.00
378_M 223_I 0.94 0.09 0.00
476_E 190_T 0.94 0.09 0.00
399_L 114_G 0.94 0.09 0.00
471_A 103_V 0.94 0.09 0.00
466_P 195_E 0.94 0.09 0.00
81_A 26_A 0.94 0.09 0.00
190_Y 167_K 0.93 0.09 0.00
399_L 24_V 0.93 0.09 0.00
229_M 174_N 0.93 0.09 0.00
278_P 79_A 0.93 0.09 0.00
41_K 65_A 0.93 0.09 0.00
131_L 159_M 0.93 0.09 0.00
400_V 146_Q 0.93 0.09 0.00
161_E 3_M 0.93 0.09 0.00
268_Y 56_N 0.92 0.09 0.00
287_A 174_N 0.92 0.09 0.00
402_E 177_S 0.92 0.09 0.00
100_K 28_A 0.92 0.09 0.00
478_A 103_V 0.92 0.09 0.00
220_G 103_V 0.92 0.09 0.00
263_E 120_L 0.92 0.09 0.00
399_L 108_N 0.92 0.09 0.00
308_M 232_D 0.92 0.09 0.00
353_K 192_R 0.91 0.09 0.00
244_I 256_I 0.91 0.09 0.00
124_L 268_L 0.91 0.09 0.00
43_Q 122_F 0.91 0.09 0.00
399_L 112_E 0.91 0.09 0.00
141_A 51_H 0.91 0.09 0.00
390_Q 263_D 0.91 0.09 0.00
36_E 207_Q 0.91 0.08 0.00
457_S 267_E 0.91 0.08 0.00
268_Y 235_A 0.90 0.08 0.00
390_Q 74_E 0.90 0.08 0.00
339_I 84_V 0.90 0.08 0.00
407_G 81_Y 0.90 0.08 0.00
62_A 89_S 0.89 0.08 0.00
288_C 226_M 0.89 0.08 0.00
456_W 205_G 0.89 0.08 0.00
102_V 113_E 0.89 0.08 0.00
159_V 190_T 0.89 0.08 0.00
42_V 27_L 0.89 0.08 0.00
135_R 174_N 0.89 0.08 0.00
109_I 159_M 0.89 0.08 0.00
246_K 167_K 0.89 0.08 0.00
377_L 146_Q 0.88 0.08 0.00
34_L 239_D 0.88 0.08 0.00
163_A 190_T 0.88 0.08 0.00
377_L 166_S 0.88 0.08 0.00
278_P 52_S 0.88 0.08 0.00
466_P 232_D 0.88 0.08 0.00
448_C 225_R 0.88 0.08 0.00
450_K 250_D 0.88 0.08 0.00
129_R 59_M 0.88 0.08 0.00
284_L 77_L 0.88 0.08 0.00
382_T 152_C 0.88 0.08 0.00
457_S 243_A 0.88 0.08 0.00
248_K 120_L 0.88 0.08 0.00
482_V 271_E 0.87 0.08 0.00
296_R 87_V 0.87 0.08 0.00
39_R 104_I 0.87 0.08 0.00
124_L 28_A 0.87 0.08 0.00
451_I 267_E 0.87 0.08 0.00
388_I 103_V 0.87 0.08 0.00
456_W 170_V 0.86 0.08 0.00
225_V 189_N 0.86 0.08 0.00
213_L 63_A 0.86 0.08 0.00
134_F 279_D 0.86 0.08 0.00
233_V 250_D 0.86 0.08 0.00
201_A 67_T 0.86 0.08 0.00
44_N 26_A 0.86 0.08 0.00
428_E 30_M 0.86 0.08 0.00
471_A 167_K 0.86 0.08 0.00
404_S 107_I 0.86 0.08 0.00
19_C 167_K 0.85 0.08 0.00
137_L 51_H 0.85 0.08 0.00
56_F 85_K 0.85 0.08 0.00
21_S 174_N 0.85 0.07 0.00
136_M 26_A 0.85 0.07 0.00
261_E 120_L 0.85 0.07 0.00
388_I 81_Y 0.85 0.07 0.00
403_A 58_I 0.85 0.07 0.00
348_D 81_Y 0.85 0.07 0.00
416_V 3_M 0.85 0.07 0.00
319_L 33_K 0.84 0.07 0.00
451_I 181_G 0.84 0.07 0.00
127_P 118_D 0.84 0.07 0.00
442_G 81_Y 0.84 0.07 0.00
39_R 167_K 0.84 0.07 0.00
479_V 51_H 0.84 0.07 0.00
232_G 212_V 0.84 0.07 0.00
33_H 167_K 0.84 0.07 0.00
288_C 268_L 0.84 0.07 0.00
31_L 271_E 0.84 0.07 0.00
125_A 252_K 0.84 0.07 0.00
430_E 220_R 0.84 0.07 0.00
398_F 177_S 0.84 0.07 0.00
273_Q 29_E 0.84 0.07 0.00
39_R 35_M 0.84 0.07 0.00
192_N 205_G 0.84 0.07 0.00
381_A 87_V 0.84 0.07 0.00
132_D 75_D 0.84 0.07 0.00
161_E 207_Q 0.84 0.07 0.00
100_K 279_D 0.83 0.07 0.00
92_V 75_D 0.83 0.07 0.00
408_V 225_R 0.83 0.07 0.00
468_G 122_F 0.83 0.07 0.00
39_R 187_S 0.83 0.07 0.00
261_E 26_A 0.83 0.07 0.00
332_A 203_K 0.83 0.07 0.00
405_P 230_E 0.83 0.07 0.00
347_L 35_M 0.83 0.07 0.00
362_V 119_D 0.83 0.07 0.00
438_R 174_N 0.83 0.07 0.00
438_R 118_D 0.82 0.07 0.00
124_L 159_M 0.82 0.07 0.00
203_K 74_E 0.82 0.07 0.00
105_V 190_T 0.82 0.07 0.00
245_V 202_N 0.82 0.07 0.00
94_T 27_L 0.82 0.07 0.00
246_K 3_M 0.82 0.07 0.00
36_E 253_L 0.82 0.07 0.00
443_C 28_A 0.82 0.07 0.00
242_S 115_A 0.82 0.07 0.00
399_L 20_T 0.82 0.07 0.00
399_L 104_I 0.82 0.07 0.00
476_E 272_F 0.82 0.07 0.00
388_I 189_N 0.82 0.07 0.00
343_I 122_F 0.82 0.07 0.00
124_L 120_L 0.82 0.07 0.00
399_L 105_T 0.82 0.07 0.00
479_V 49_I 0.81 0.07 0.00
110_P 229_I 0.81 0.07 0.00
210_Q 115_A 0.81 0.07 0.00
461_T 271_E 0.81 0.07 0.00
479_V 230_E 0.81 0.07 0.00
104_A 103_V 0.81 0.07 0.00
349_E 215_D 0.81 0.07 0.00
99_V 52_S 0.81 0.07 0.00
37_N 243_A 0.81 0.07 0.00
339_I 187_S 0.81 0.07 0.00
177_V 255_V 0.81 0.07 0.00
126_N 51_H 0.81 0.07 0.00
246_K 120_L 0.80 0.07 0.00
403_A 166_S 0.80 0.07 0.00
476_E 152_C 0.80 0.07 0.00
41_K 187_S 0.80 0.07 0.00
72_H 146_Q 0.80 0.07 0.00
42_V 79_A 0.80 0.07 0.00
41_K 26_A 0.80 0.07 0.00
255_V 6_C 0.80 0.07 0.00
382_T 271_E 0.80 0.07 0.00
55_Y 58_I 0.80 0.07 0.00
465_Q 192_R 0.80 0.07 0.00
468_G 167_K 0.80 0.07 0.00
202_A 85_K 0.80 0.07 0.00
388_I 268_L 0.80 0.07 0.00
221_I 146_Q 0.80 0.07 0.00
437_I 174_N 0.80 0.07 0.00
164_K 248_V 0.80 0.07 0.00
390_Q 195_E 0.80 0.07 0.00
127_P 51_H 0.80 0.07 0.00
94_T 204_L 0.79 0.07 0.00
273_Q 275_M 0.79 0.07 0.00
184_K 85_K 0.79 0.07 0.00
411_I 256_I 0.79 0.07 0.00
81_A 174_N 0.79 0.07 0.00
97_Q 190_T 0.79 0.07 0.00
112_M 118_D 0.79 0.07 0.00
288_C 174_N 0.79 0.07 0.00
460_E 190_T 0.79 0.07 0.00
197_R 197_I 0.79 0.07 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
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