May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
AfullxBfull
Genes: A B A+B
Length: 724 362 1044
Sequences: 1460 1858 1345
Seq/Len: 2.02 5.13 1.29
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.88
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.83
2 0.00 0.00 0.93
5 0.01 0.01 0.96
10 0.01 0.01 1.09
20 0.02 0.02 1.16
100 0.03 0.03 1.24
∞ 0.07 0.07 1.33
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
233_S 13_T 1.42 0.78 0.03
40_I 311_Y 1.31 0.70 0.02
140_L 235_D 1.21 0.61 0.02
154_S 309_V 1.19 0.59 0.02
215_V 14_S 1.19 0.59 0.02
242_D 273_V 1.15 0.55 0.01
129_V 224_E 1.14 0.54 0.01
136_C 13_T 1.12 0.52 0.01
720_I 39_I 1.09 0.49 0.01
235_Q 143_E 1.09 0.49 0.01
151_T 5_D 1.09 0.49 0.01
150_S 275_I 1.06 0.46 0.01
247_Y 43_T 1.06 0.46 0.01
132_V 219_R 1.05 0.45 0.01
562_I 90_I 1.05 0.45 0.01
448_L 16_K 1.04 0.44 0.01
549_I 231_Q 1.03 0.43 0.01
485_F 343_G 1.02 0.42 0.01
407_N 259_A 1.02 0.42 0.01
202_A 129_L 1.02 0.42 0.01
137_I 216_K 1.01 0.41 0.01
215_V 341_V 1.01 0.41 0.01
234_F 232_M 0.99 0.39 0.01
223_I 38_L 0.99 0.39 0.01
51_F 264_V 0.98 0.39 0.01
134_V 156_T 0.98 0.39 0.01
141_I 246_Q 0.98 0.38 0.01
144_M 19_D 0.98 0.38 0.01
326_F 149_L 0.97 0.38 0.01
667_A 308_V 0.97 0.38 0.01
718_G 202_I 0.97 0.37 0.01
202_A 247_M 0.97 0.37 0.01
242_D 248_E 0.96 0.36 0.01
74_T 335_F 0.96 0.36 0.01
336_V 219_R 0.96 0.36 0.01
187_R 14_S 0.96 0.36 0.01
59_L 135_L 0.95 0.36 0.01
446_F 205_L 0.95 0.35 0.01
81_T 227_D 0.95 0.35 0.01
130_I 208_F 0.94 0.35 0.01
225_I 225_I 0.94 0.35 0.01
264_I 5_D 0.94 0.35 0.01
95_I 180_Q 0.94 0.34 0.01
551_E 201_I 0.94 0.34 0.01
211_K 335_F 0.94 0.34 0.01
37_L 264_V 0.93 0.34 0.01
529_L 283_Q 0.93 0.34 0.01
268_A 84_I 0.93 0.33 0.01
393_L 261_A 0.92 0.33 0.01
337_K 219_R 0.92 0.33 0.01
585_S 124_G 0.92 0.33 0.01
82_L 32_A 0.92 0.33 0.01
680_C 94_I 0.91 0.32 0.01
679_L 12_P 0.91 0.32 0.01
285_E 200_L 0.90 0.31 0.01
498_D 273_V 0.90 0.31 0.01
211_K 30_Q 0.90 0.31 0.01
262_G 155_F 0.90 0.31 0.01
406_E 259_A 0.89 0.30 0.01
311_V 103_V 0.89 0.30 0.01
650_L 180_Q 0.88 0.30 0.01
341_I 152_G 0.88 0.29 0.01
416_M 110_F 0.88 0.29 0.01
678_I 229_Y 0.88 0.29 0.01
226_I 306_N 0.88 0.29 0.01
242_D 330_I 0.87 0.29 0.01
580_L 227_D 0.87 0.29 0.01
486_N 247_M 0.87 0.28 0.01
324_L 59_L 0.87 0.28 0.01
710_E 243_R 0.87 0.28 0.01
193_V 246_Q 0.87 0.28 0.01
262_G 209_L 0.87 0.28 0.01
623_D 12_P 0.87 0.28 0.01
187_R 90_I 0.86 0.28 0.01
153_V 185_R 0.86 0.28 0.01
233_S 265_I 0.86 0.28 0.01
528_E 264_V 0.86 0.28 0.01
624_I 247_M 0.86 0.28 0.01
351_P 145_I 0.86 0.28 0.01
413_I 319_E 0.86 0.28 0.01
133_I 10_E 0.86 0.28 0.01
708_I 123_L 0.86 0.27 0.01
54_A 12_P 0.85 0.27 0.01
323_A 114_F 0.85 0.27 0.01
525_H 5_D 0.85 0.27 0.01
182_D 196_I 0.85 0.27 0.01
456_A 238_V 0.85 0.27 0.01
687_K 293_D 0.85 0.27 0.01
402_I 254_M 0.85 0.27 0.01
215_V 99_M 0.85 0.27 0.01
525_H 137_S 0.85 0.27 0.01
122_F 320_L 0.85 0.27 0.01
540_D 100_I 0.85 0.27 0.01
265_T 239_K 0.84 0.27 0.01
527_S 33_A 0.84 0.27 0.01
31_G 127_N 0.84 0.27 0.01
421_A 235_D 0.84 0.26 0.01
259_Q 143_E 0.84 0.26 0.01
260_I 238_V 0.84 0.26 0.01
399_Y 345_V 0.84 0.26 0.01
559_V 31_D 0.84 0.26 0.01
294_E 80_M 0.84 0.26 0.01
218_I 92_A 0.84 0.26 0.01
654_Q 126_I 0.84 0.26 0.01
433_I 265_I 0.84 0.26 0.01
83_I 136_F 0.84 0.26 0.01
342_D 45_T 0.84 0.26 0.01
146_V 235_D 0.83 0.26 0.01
237_D 90_I 0.83 0.26 0.01
161_T 277_Y 0.83 0.26 0.01
650_L 174_L 0.83 0.26 0.01
133_I 247_M 0.83 0.26 0.01
39_I 210_V 0.83 0.25 0.01
302_G 265_I 0.83 0.25 0.01
407_N 299_I 0.83 0.25 0.01
124_V 46_L 0.83 0.25 0.01
54_A 202_I 0.83 0.25 0.01
530_L 264_V 0.83 0.25 0.01
127_N 8_K 0.83 0.25 0.01
506_I 255_V 0.82 0.25 0.01
308_F 328_D 0.82 0.25 0.01
148_K 262_D 0.82 0.25 0.01
504_G 287_V 0.82 0.25 0.01
136_C 239_K 0.82 0.25 0.01
220_I 136_F 0.82 0.25 0.01
214_A 131_G 0.82 0.25 0.01
29_I 41_G 0.82 0.25 0.01
529_L 154_V 0.82 0.25 0.01
218_I 145_I 0.82 0.25 0.01
237_D 89_I 0.82 0.25 0.01
317_L 273_V 0.82 0.25 0.01
31_G 219_R 0.82 0.25 0.01
296_R 129_L 0.82 0.25 0.01
703_L 224_E 0.82 0.24 0.01
133_I 93_P 0.82 0.24 0.01
282_N 117_K 0.82 0.24 0.01
219_I 235_D 0.81 0.24 0.01
622_L 126_I 0.81 0.24 0.01
184_Q 226_K 0.81 0.24 0.01
510_P 42_V 0.81 0.24 0.01
568_D 221_S 0.81 0.24 0.01
496_L 91_L 0.81 0.24 0.01
559_V 327_N 0.81 0.24 0.01
81_T 123_L 0.81 0.24 0.01
481_K 141_I 0.81 0.24 0.01
507_V 299_I 0.81 0.24 0.01
568_D 224_E 0.81 0.24 0.01
51_F 84_I 0.81 0.24 0.01
714_F 17_I 0.81 0.24 0.01
272_I 12_P 0.81 0.24 0.01
140_L 127_N 0.81 0.24 0.01
683_P 230_K 0.81 0.24 0.01
95_I 78_A 0.81 0.24 0.01
339_G 308_V 0.80 0.23 0.01
260_I 3_G 0.80 0.23 0.01
247_Y 104_L 0.80 0.23 0.01
223_I 114_F 0.80 0.23 0.01
601_E 313_N 0.80 0.23 0.01
243_A 126_I 0.80 0.23 0.01
191_Q 108_M 0.80 0.23 0.01
187_R 193_A 0.80 0.23 0.01
468_S 259_A 0.80 0.23 0.01
336_V 205_L 0.80 0.23 0.01
342_D 152_G 0.80 0.23 0.01
400_G 266_T 0.80 0.23 0.01
33_L 35_I 0.80 0.23 0.01
222_I 204_V 0.80 0.23 0.01
271_I 145_I 0.80 0.23 0.01
82_L 49_M 0.80 0.23 0.01
454_A 8_K 0.80 0.23 0.01
573_H 287_V 0.80 0.23 0.01
238_M 123_L 0.79 0.23 0.01
618_D 125_K 0.79 0.23 0.01
655_T 158_A 0.79 0.23 0.01
336_V 280_G 0.79 0.23 0.01
203_M 277_Y 0.79 0.23 0.01
540_D 203_A 0.79 0.23 0.01
144_M 92_A 0.79 0.23 0.01
219_I 264_V 0.79 0.22 0.01
551_E 154_V 0.79 0.22 0.01
304_V 31_D 0.79 0.22 0.01
238_M 85_F 0.79 0.22 0.01
471_I 225_I 0.79 0.22 0.01
535_V 68_G 0.79 0.22 0.01
266_S 239_K 0.79 0.22 0.01
392_I 12_P 0.79 0.22 0.01
218_I 36_V 0.79 0.22 0.01
649_P 330_I 0.79 0.22 0.01
311_V 142_V 0.78 0.22 0.01
714_F 123_L 0.78 0.22 0.01
60_S 152_G 0.78 0.22 0.01
193_V 33_A 0.78 0.22 0.01
218_I 162_L 0.78 0.22 0.01
262_G 224_E 0.78 0.22 0.01
79_F 10_E 0.78 0.22 0.01
180_L 198_A 0.78 0.22 0.01
574_I 79_I 0.78 0.22 0.01
554_L 243_R 0.78 0.22 0.00
506_I 263_V 0.78 0.22 0.00
61_V 94_I 0.78 0.22 0.00
151_T 11_E 0.78 0.22 0.00
310_L 91_L 0.78 0.22 0.00
565_I 42_V 0.78 0.22 0.00
54_A 208_F 0.78 0.22 0.00
239_A 240_G 0.77 0.21 0.00
34_V 242_I 0.77 0.21 0.00
189_R 108_M 0.77 0.21 0.00
251_T 263_V 0.77 0.21 0.00
207_S 246_Q 0.77 0.21 0.00
441_P 253_R 0.77 0.21 0.00
200_Y 249_A 0.77 0.21 0.00
335_Q 84_I 0.77 0.21 0.00
307_I 188_A 0.77 0.21 0.00
153_V 237_Q 0.77 0.21 0.00
578_D 16_K 0.77 0.21 0.00
605_A 93_P 0.77 0.21 0.00
600_I 239_K 0.77 0.21 0.00
37_L 20_A 0.77 0.21 0.00
451_V 20_A 0.77 0.21 0.00
176_L 275_I 0.77 0.21 0.00
330_G 319_E 0.76 0.21 0.00
512_S 42_V 0.76 0.21 0.00
330_G 330_I 0.76 0.21 0.00
193_V 262_D 0.76 0.20 0.00
295_Y 216_K 0.76 0.20 0.00
215_V 139_K 0.76 0.20 0.00
497_K 212_F 0.76 0.20 0.00
387_I 12_P 0.76 0.20 0.00
130_I 26_V 0.76 0.20 0.00
317_L 145_I 0.76 0.20 0.00
552_G 39_I 0.76 0.20 0.00
525_H 153_I 0.75 0.20 0.00
650_L 177_M 0.75 0.20 0.00
235_Q 10_E 0.75 0.20 0.00
134_V 26_V 0.75 0.20 0.00
67_S 4_E 0.75 0.20 0.00
271_I 27_P 0.75 0.20 0.00
624_I 348_T 0.75 0.20 0.00
85_I 169_L 0.75 0.20 0.00
377_L 105_G 0.75 0.20 0.00
302_G 225_I 0.75 0.20 0.00
140_L 92_A 0.75 0.20 0.00
95_I 189_I 0.75 0.20 0.00
578_D 331_P 0.75 0.20 0.00
431_I 114_F 0.75 0.20 0.00
92_S 157_I 0.75 0.20 0.00
442_N 35_I 0.75 0.20 0.00
679_L 28_K 0.74 0.20 0.00
95_I 179_A 0.74 0.20 0.00
178_A 130_K 0.74 0.19 0.00
269_T 311_Y 0.74 0.19 0.00
603_V 330_I 0.74 0.19 0.00
116_I 292_V 0.74 0.19 0.00
703_L 221_S 0.74 0.19 0.00
479_A 307_N 0.74 0.19 0.00
96_A 28_K 0.74 0.19 0.00
85_I 140_K 0.74 0.19 0.00
68_I 219_R 0.74 0.19 0.00
60_S 349_N 0.74 0.19 0.00
560_S 161_V 0.74 0.19 0.00
227_G 169_L 0.74 0.19 0.00
234_F 45_T 0.74 0.19 0.00
124_V 36_V 0.74 0.19 0.00
251_T 241_R 0.74 0.19 0.00
86_I 143_E 0.74 0.19 0.00
37_L 331_P 0.74 0.19 0.00
26_S 266_T 0.74 0.19 0.00
41_I 210_V 0.74 0.19 0.00
521_L 307_N 0.74 0.19 0.00
144_M 66_F 0.74 0.19 0.00
298_L 315_P 0.74 0.19 0.00
305_L 72_D 0.74 0.19 0.00
627_L 242_I 0.74 0.19 0.00
203_M 331_P 0.74 0.19 0.00
218_I 84_I 0.74 0.19 0.00
714_F 36_V 0.74 0.19 0.00
217_G 170_P 0.74 0.19 0.00
565_I 221_S 0.74 0.19 0.00
59_L 259_A 0.73 0.19 0.00
142_N 127_N 0.73 0.19 0.00
322_M 219_R 0.73 0.19 0.00
51_F 202_I 0.73 0.19 0.00
65_L 262_D 0.73 0.19 0.00
484_A 114_F 0.73 0.19 0.00
68_I 235_D 0.73 0.19 0.00
703_L 348_T 0.73 0.19 0.00
73_P 161_V 0.73 0.19 0.00
165_M 238_V 0.73 0.19 0.00
242_D 124_G 0.73 0.19 0.00
51_F 258_V 0.73 0.19 0.00
585_S 133_K 0.73 0.19 0.00
598_M 125_K 0.73 0.19 0.00
324_L 155_F 0.73 0.19 0.00
299_L 216_K 0.73 0.19 0.00
517_H 289_A 0.73 0.19 0.00
557_A 93_P 0.73 0.19 0.00
407_N 255_V 0.73 0.19 0.00
146_V 165_F 0.73 0.19 0.00
284_A 309_V 0.73 0.19 0.00
151_T 31_D 0.73 0.19 0.00
171_A 139_K 0.73 0.19 0.00
365_T 96_L 0.73 0.18 0.00
402_I 343_G 0.73 0.18 0.00
218_I 115_T 0.73 0.18 0.00
464_L 317_A 0.73 0.18 0.00
140_L 162_L 0.73 0.18 0.00
141_I 110_F 0.73 0.18 0.00
551_E 221_S 0.72 0.18 0.00
310_L 8_K 0.72 0.18 0.00
291_L 311_Y 0.72 0.18 0.00
325_V 56_I 0.72 0.18 0.00
622_L 169_L 0.72 0.18 0.00
498_D 120_M 0.72 0.18 0.00
585_S 52_M 0.72 0.18 0.00
25_K 126_I 0.72 0.18 0.00
581_T 221_S 0.72 0.18 0.00
650_L 271_Y 0.72 0.18 0.00
544_N 201_I 0.72 0.18 0.00
139_V 227_D 0.72 0.18 0.00
225_I 26_V 0.72 0.18 0.00
234_F 89_I 0.72 0.18 0.00
421_A 109_Q 0.72 0.18 0.00
121_E 144_S 0.72 0.18 0.00
134_V 7_E 0.72 0.18 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 0.5735 seconds.