May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
BxF
Genes: A B A+B
Length: 362 560 898
Sequences: 1858 1492 1049
Seq/Len: 5.13 2.66 1.17
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.64
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.00 0.00 0.00
5 0.01 0.00 0.05
10 0.01 0.00 0.21
20 0.02 0.00 0.84
100 0.03 0.01 1.14
∞ 0.07 0.03 1.36
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
212_F 99_M 1.30 0.66 0.00
308_V 84_E 1.25 0.62 0.00
58_N 151_I 1.22 0.59 0.00
221_S 445_P 1.22 0.58 0.00
187_R 151_I 1.20 0.57 0.00
334_M 313_G 1.20 0.57 0.00
244_R 87_I 1.19 0.56 0.00
218_L 396_V 1.18 0.55 0.00
31_D 331_D 1.17 0.54 0.00
187_R 122_F 1.16 0.53 0.00
64_Q 469_Q 1.12 0.49 0.00
271_Y 38_F 1.11 0.48 0.00
41_G 360_R 1.11 0.48 0.00
304_Y 227_Y 1.08 0.45 0.00
293_D 95_Y 1.08 0.45 0.00
219_R 351_T 1.08 0.45 0.00
308_V 535_S 1.07 0.44 0.00
120_M 295_T 1.05 0.42 0.00
200_L 199_V 1.05 0.42 0.00
20_A 151_I 1.04 0.42 0.00
13_T 153_S 1.04 0.41 0.00
227_D 232_V 1.03 0.41 0.00
16_K 408_A 1.03 0.41 0.00
265_I 199_V 1.03 0.41 0.00
322_K 199_V 1.03 0.40 0.00
221_S 19_R 1.03 0.40 0.00
341_V 174_T 1.02 0.40 0.00
126_I 32_V 1.02 0.39 0.00
214_Y 106_L 1.01 0.39 0.00
340_E 110_S 1.01 0.39 0.00
134_N 124_A 1.00 0.38 0.00
154_V 396_V 1.00 0.38 0.00
275_I 399_I 0.99 0.37 0.00
103_V 141_L 0.99 0.37 0.00
154_V 202_A 0.99 0.37 0.00
151_V 133_Y 0.99 0.36 0.00
306_N 227_Y 0.98 0.36 0.00
110_F 138_E 0.98 0.36 0.00
224_E 153_S 0.98 0.36 0.00
255_V 339_T 0.97 0.35 0.00
227_D 258_A 0.97 0.35 0.00
26_V 489_L 0.96 0.34 0.00
275_I 39_L 0.95 0.34 0.00
132_L 454_I 0.95 0.34 0.00
264_V 257_F 0.95 0.33 0.00
271_Y 54_A 0.95 0.33 0.00
275_I 203_V 0.95 0.33 0.00
12_P 521_I 0.94 0.33 0.00
92_A 194_G 0.94 0.33 0.00
349_N 68_I 0.94 0.32 0.00
26_V 206_L 0.94 0.32 0.00
100_I 327_K 0.93 0.32 0.00
127_N 30_I 0.93 0.32 0.00
179_A 358_V 0.93 0.32 0.00
343_G 99_M 0.92 0.31 0.00
317_A 90_P 0.92 0.31 0.00
242_I 184_G 0.92 0.31 0.00
327_N 265_K 0.92 0.31 0.00
75_I 179_V 0.92 0.31 0.00
221_S 408_A 0.92 0.30 0.00
12_P 287_N 0.92 0.30 0.00
241_R 458_I 0.92 0.30 0.00
110_F 125_T 0.91 0.30 0.00
123_L 188_T 0.91 0.30 0.00
350_N 358_V 0.91 0.30 0.00
326_V 329_Q 0.91 0.30 0.00
302_V 380_D 0.91 0.30 0.00
221_S 340_T 0.91 0.29 0.00
322_K 82_E 0.90 0.29 0.00
225_I 287_N 0.90 0.29 0.00
331_P 53_Y 0.90 0.29 0.00
212_F 176_S 0.90 0.29 0.00
115_T 463_V 0.90 0.29 0.00
49_M 87_I 0.90 0.29 0.00
108_M 194_G 0.90 0.29 0.00
271_Y 94_V 0.89 0.28 0.00
308_V 234_A 0.89 0.28 0.00
250_A 148_L 0.89 0.28 0.00
125_K 146_E 0.89 0.28 0.00
134_N 242_Q 0.89 0.28 0.00
156_T 194_G 0.89 0.28 0.00
125_K 75_N 0.89 0.28 0.00
287_V 275_S 0.88 0.28 0.00
80_M 469_Q 0.88 0.28 0.00
154_V 153_S 0.88 0.28 0.00
330_I 174_T 0.88 0.28 0.00
13_T 352_K 0.88 0.27 0.00
308_V 434_T 0.88 0.27 0.00
81_I 213_I 0.88 0.27 0.00
189_I 33_V 0.88 0.27 0.00
295_L 324_L 0.87 0.27 0.00
328_D 142_A 0.87 0.27 0.00
314_P 216_Q 0.87 0.27 0.00
337_A 467_F 0.87 0.27 0.00
204_V 307_E 0.87 0.26 0.00
338_V 545_L 0.86 0.26 0.00
349_N 9_Q 0.86 0.26 0.00
22_K 407_S 0.86 0.26 0.00
150_K 363_A 0.86 0.26 0.00
8_K 378_N 0.86 0.26 0.00
12_P 534_V 0.86 0.26 0.00
169_L 450_F 0.86 0.26 0.00
100_I 229_D 0.86 0.26 0.00
137_S 242_Q 0.86 0.26 0.00
276_R 344_L 0.85 0.26 0.00
308_V 198_I 0.85 0.26 0.00
13_T 379_G 0.85 0.26 0.00
31_D 159_A 0.85 0.26 0.00
221_S 237_K 0.85 0.26 0.00
219_R 438_R 0.85 0.25 0.00
102_G 23_I 0.85 0.25 0.00
347_N 348_I 0.85 0.25 0.00
119_I 147_T 0.85 0.25 0.00
99_M 414_V 0.85 0.25 0.00
110_F 256_P 0.85 0.25 0.00
12_P 30_I 0.85 0.25 0.00
275_I 290_V 0.84 0.25 0.00
327_N 451_I 0.84 0.25 0.00
205_L 207_T 0.84 0.25 0.00
219_R 71_K 0.84 0.25 0.00
14_S 89_V 0.84 0.25 0.00
123_L 55_V 0.84 0.24 0.00
32_A 134_Q 0.84 0.24 0.00
94_I 454_I 0.84 0.24 0.00
306_N 352_K 0.84 0.24 0.00
13_T 377_E 0.84 0.24 0.00
91_L 119_T 0.83 0.24 0.00
328_D 456_L 0.83 0.24 0.00
221_S 270_I 0.83 0.24 0.00
272_A 352_K 0.83 0.24 0.00
81_I 31_V 0.83 0.24 0.00
123_L 334_K 0.83 0.24 0.00
345_V 222_D 0.83 0.24 0.00
124_G 492_A 0.83 0.24 0.00
40_I 378_N 0.83 0.24 0.00
127_N 34_G 0.83 0.24 0.00
320_L 31_V 0.83 0.24 0.00
223_Q 142_A 0.83 0.24 0.00
219_R 75_N 0.83 0.24 0.00
35_I 14_Y 0.83 0.24 0.00
8_K 352_K 0.83 0.24 0.00
106_N 406_F 0.83 0.24 0.00
342_L 313_G 0.83 0.24 0.00
117_K 476_A 0.83 0.23 0.00
8_K 477_A 0.83 0.23 0.00
308_V 407_S 0.82 0.23 0.00
39_I 224_Q 0.82 0.23 0.00
335_F 317_N 0.82 0.23 0.00
193_A 467_F 0.82 0.23 0.00
180_Q 542_A 0.82 0.23 0.00
212_F 458_I 0.82 0.23 0.00
264_V 145_I 0.82 0.23 0.00
334_M 164_S 0.82 0.23 0.00
13_T 223_E 0.81 0.23 0.00
152_G 32_V 0.81 0.23 0.00
28_K 213_I 0.81 0.23 0.00
258_V 312_P 0.81 0.23 0.00
320_L 106_L 0.81 0.23 0.00
334_M 134_Q 0.81 0.23 0.00
330_I 475_V 0.81 0.22 0.00
221_S 432_V 0.81 0.22 0.00
104_L 192_I 0.81 0.22 0.00
48_M 287_N 0.81 0.22 0.00
258_V 113_G 0.81 0.22 0.00
293_D 69_V 0.81 0.22 0.00
16_K 255_A 0.81 0.22 0.00
223_Q 525_V 0.81 0.22 0.00
92_A 229_D 0.81 0.22 0.00
61_R 213_I 0.81 0.22 0.00
31_D 286_P 0.81 0.22 0.00
297_L 322_E 0.81 0.22 0.00
347_N 462_K 0.80 0.22 0.00
255_V 158_I 0.80 0.22 0.00
87_V 203_V 0.80 0.22 0.00
121_P 346_K 0.80 0.22 0.00
60_Y 463_V 0.80 0.22 0.00
67_I 57_V 0.80 0.22 0.00
134_N 276_K 0.80 0.22 0.00
96_L 493_E 0.80 0.22 0.00
125_K 189_R 0.80 0.22 0.00
151_V 345_S 0.80 0.22 0.00
96_L 226_A 0.80 0.22 0.00
15_K 414_V 0.80 0.22 0.00
259_A 174_T 0.80 0.21 0.00
308_V 209_E 0.80 0.21 0.00
14_S 470_K 0.80 0.21 0.00
231_Q 144_T 0.80 0.21 0.00
219_R 530_L 0.79 0.21 0.00
288_V 169_R 0.79 0.21 0.00
248_E 81_L 0.79 0.21 0.00
169_L 271_D 0.79 0.21 0.00
222_K 87_I 0.79 0.21 0.00
92_A 494_D 0.79 0.21 0.00
125_K 145_I 0.79 0.21 0.00
132_L 23_I 0.79 0.21 0.00
256_Q 549_I 0.79 0.21 0.00
275_I 333_Y 0.79 0.21 0.00
347_N 549_I 0.78 0.21 0.00
19_D 314_A 0.78 0.21 0.00
256_Q 78_P 0.78 0.21 0.00
83_S 549_I 0.78 0.21 0.00
301_Q 400_V 0.78 0.21 0.00
264_V 519_D 0.78 0.21 0.00
6_Q 37_V 0.78 0.21 0.00
134_N 237_K 0.78 0.21 0.00
238_V 394_A 0.78 0.21 0.00
128_P 33_V 0.78 0.21 0.00
7_E 68_I 0.78 0.21 0.00
92_A 420_P 0.78 0.20 0.00
59_L 33_V 0.78 0.20 0.00
264_V 169_R 0.78 0.20 0.00
95_V 390_K 0.78 0.20 0.00
249_A 307_E 0.78 0.20 0.00
221_S 213_I 0.78 0.20 0.00
348_T 549_I 0.78 0.20 0.00
313_N 128_E 0.78 0.20 0.00
97_S 152_R 0.78 0.20 0.00
40_I 460_Y 0.78 0.20 0.00
328_D 55_V 0.78 0.20 0.00
306_N 160_F 0.78 0.20 0.00
169_L 34_G 0.78 0.20 0.00
191_L 544_L 0.78 0.20 0.00
96_L 302_G 0.77 0.20 0.00
297_L 459_F 0.77 0.20 0.00
109_Q 14_Y 0.77 0.20 0.00
295_L 5_N 0.77 0.20 0.00
313_N 294_Q 0.77 0.20 0.00
204_V 108_K 0.77 0.20 0.00
232_M 463_V 0.77 0.20 0.00
341_V 392_E 0.77 0.20 0.00
244_R 58_E 0.77 0.20 0.00
319_E 536_D 0.77 0.20 0.00
17_I 194_G 0.77 0.20 0.00
105_G 303_R 0.77 0.20 0.00
33_A 552_D 0.77 0.20 0.00
299_I 342_N 0.77 0.20 0.00
107_I 276_K 0.77 0.20 0.00
103_V 416_V 0.77 0.20 0.00
249_A 293_E 0.77 0.20 0.00
84_I 303_R 0.77 0.20 0.00
308_V 76_N 0.77 0.20 0.00
111_G 538_G 0.76 0.20 0.00
221_S 196_K 0.76 0.20 0.00
301_Q 403_T 0.76 0.19 0.00
19_D 65_S 0.76 0.19 0.00
343_G 341_N 0.76 0.19 0.00
45_T 203_V 0.76 0.19 0.00
336_K 117_F 0.76 0.19 0.00
336_K 134_Q 0.76 0.19 0.00
22_K 424_E 0.76 0.19 0.00
311_Y 184_G 0.76 0.19 0.00
225_I 246_L 0.76 0.19 0.00
308_V 355_F 0.76 0.19 0.00
347_N 167_T 0.76 0.19 0.00
313_N 130_K 0.76 0.19 0.00
104_L 188_T 0.76 0.19 0.00
204_V 31_V 0.76 0.19 0.00
40_I 321_V 0.76 0.19 0.00
13_T 496_L 0.76 0.19 0.00
314_P 319_G 0.76 0.19 0.00
125_K 153_S 0.76 0.19 0.00
92_A 498_K 0.76 0.19 0.00
288_V 68_I 0.75 0.19 0.00
101_A 393_L 0.75 0.19 0.00
43_T 154_A 0.75 0.19 0.00
33_A 25_I 0.75 0.19 0.00
96_L 394_A 0.75 0.19 0.00
117_K 464_I 0.75 0.19 0.00
96_L 453_A 0.75 0.19 0.00
12_P 32_V 0.75 0.19 0.00
149_L 396_V 0.75 0.19 0.00
321_Y 528_E 0.75 0.19 0.00
210_V 538_G 0.75 0.19 0.00
292_V 122_F 0.75 0.19 0.00
125_K 350_N 0.75 0.18 0.00
121_P 174_T 0.75 0.18 0.00
103_V 481_M 0.75 0.18 0.00
97_S 326_N 0.75 0.18 0.00
265_I 219_V 0.75 0.18 0.00
12_P 27_A 0.75 0.18 0.00
235_D 24_V 0.75 0.18 0.00
329_L 77_I 0.75 0.18 0.00
98_I 145_I 0.75 0.18 0.00
321_Y 145_I 0.75 0.18 0.00
39_I 475_V 0.75 0.18 0.00
34_A 68_I 0.75 0.18 0.00
12_P 49_A 0.75 0.18 0.00
302_V 394_A 0.75 0.18 0.00
197_V 480_E 0.74 0.18 0.00
344_F 543_A 0.74 0.18 0.00
11_E 323_G 0.74 0.18 0.00
186_D 443_F 0.74 0.18 0.00
172_V 284_Y 0.74 0.18 0.00
282_E 552_D 0.74 0.18 0.00
307_N 552_D 0.74 0.18 0.00
204_V 391_E 0.74 0.18 0.00
74_R 327_K 0.74 0.18 0.00
301_Q 77_I 0.74 0.18 0.00
121_P 177_V 0.74 0.18 0.00
262_D 54_A 0.74 0.18 0.00
252_R 167_T 0.74 0.18 0.00
135_L 364_A 0.74 0.18 0.00
247_M 538_G 0.74 0.18 0.00
288_V 245_A 0.74 0.18 0.00
129_L 4_K 0.74 0.18 0.00
176_T 203_V 0.74 0.18 0.00
16_K 427_R 0.74 0.18 0.00
272_A 415_V 0.74 0.18 0.00
233_E 93_Q 0.74 0.18 0.00
264_V 470_K 0.74 0.18 0.00
145_I 67_A 0.74 0.18 0.00
278_D 389_T 0.74 0.18 0.00
8_K 325_D 0.74 0.18 0.00
76_I 173_P 0.74 0.18 0.00
304_Y 325_D 0.74 0.18 0.00
96_L 328_G 0.74 0.18 0.00
104_L 227_Y 0.73 0.18 0.00
50_S 199_V 0.73 0.18 0.00
32_A 406_F 0.73 0.18 0.00
243_R 133_Y 0.73 0.18 0.00
326_V 547_N 0.73 0.18 0.00
288_V 450_F 0.73 0.18 0.00
170_P 202_A 0.73 0.18 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 1.5076 seconds.