May 4, 2021 - We are working on upgrading the webserver, some pages may not work.
OPENSEQ.org
AtmxF
Genes: A B A+B
Length: 339 560 857
Sequences: 1350 1492 994
Seq/Len: 3.98 2.66 1.16
MirrorTree (Pazo et al. 2001) 0.84
Download Alignment
We filter this alignment to remove positions that have > 75% gaps before running GREMLIN.

[Show Jackhmmer results] - Maybe useful in deciding what regions to trim.
Δgene Ratio of paralogs Joined
A B Seq/Len
1 0.00 0.00 0.00
2 0.01 0.00 0.00
5 0.01 0.00 0.07
10 0.01 0.00 0.28
20 0.02 0.00 0.76
100 0.03 0.01 1.11
∞ 0.07 0.03 1.33
Paired alignment generation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
Sequence A E-value:
Iterations:
Sequence B E-value:
Iterations:
Δgene MSA
Figure 1: The effect of Δgene on ratio of paralogs in the genome for each gene, and the number of sequences in the resulting joined alignment. Figure 2: Distribution of Δgene across all genomes. Figure 3: Current parameters. You can use the form to adjust the parameters and resubmit the job!
GREMLIN results (Scaled_score > 1):
Figure 4: The darker and larger the blue dots, the higher strength in coevolution. 		Inter Residue pairs sorted by strength in coevolution signal:
i j Scaled Score Prob I_Prob
335_Q 461_K 1.42 0.75 0.02
202_A 168_E 1.31 0.66 0.01
211_K 127_E 1.29 0.65 0.01
130_I 420_P 1.23 0.59 0.01
97_T 356_A 1.22 0.58 0.01
37_L 160_F 1.22 0.58 0.01
81_T 545_L 1.21 0.57 0.01
306_F 482_Q 1.21 0.57 0.01
146_V 362_S 1.20 0.56 0.01
202_A 482_Q 1.17 0.54 0.01
191_Q 272_F 1.15 0.52 0.01
197_A 470_K 1.15 0.51 0.01
122_F 107_I 1.14 0.51 0.01
151_T 165_V 1.14 0.51 0.01
207_S 319_G 1.14 0.51 0.01
31_G 476_A 1.14 0.51 0.01
75_D 228_E 1.13 0.50 0.01
88_L 76_N 1.12 0.49 0.01
200_Y 216_Q 1.11 0.48 0.01
248_T 549_I 1.11 0.48 0.01
133_I 367_I 1.11 0.48 0.01
134_V 358_V 1.11 0.47 0.01
293_S 158_I 1.10 0.47 0.01
324_L 458_I 1.09 0.46 0.01
303_F 308_I 1.08 0.45 0.01
138_L 282_E 1.08 0.45 0.01
301_V 68_I 1.08 0.45 0.01
95_I 241_D 1.08 0.45 0.01
296_R 456_L 1.07 0.44 0.01
315_P 412_D 1.07 0.44 0.01
269_T 139_G 1.07 0.44 0.01
61_V 246_L 1.07 0.44 0.01
317_L 308_I 1.05 0.42 0.01
133_I 43_R 1.05 0.42 0.01
220_I 203_V 1.04 0.41 0.01
268_A 206_L 1.04 0.41 0.01
133_I 55_V 1.03 0.41 0.01
83_I 511_G 1.02 0.40 0.01
211_K 85_N 1.02 0.40 0.01
30_V 125_T 1.02 0.39 0.01
76_L 158_I 1.02 0.39 0.01
67_S 239_K 1.01 0.39 0.01
312_P 410_R 1.01 0.39 0.01
328_S 304_K 1.01 0.38 0.01
81_T 81_L 1.00 0.38 0.01
101_I 338_V 1.00 0.38 0.01
327_L 151_I 0.99 0.36 0.01
62_L 27_A 0.99 0.36 0.01
68_I 287_N 0.99 0.36 0.01
202_A 15_Q 0.99 0.36 0.01
319_L 118_D 0.98 0.36 0.01
241_S 432_V 0.98 0.36 0.01
81_T 289_I 0.98 0.36 0.01
267_T 294_Q 0.98 0.36 0.01
315_P 410_R 0.98 0.36 0.01
124_V 132_K 0.98 0.35 0.01
108_G 140_E 0.98 0.35 0.01
194_I 317_N 0.97 0.35 0.01
134_V 168_E 0.96 0.34 0.01
88_L 187_L 0.96 0.34 0.01
252_I 157_H 0.96 0.34 0.01
46_S 174_T 0.96 0.34 0.00
330_G 479_E 0.96 0.34 0.00
234_F 250_I 0.96 0.34 0.00
132_V 164_S 0.95 0.33 0.00
142_N 314_A 0.95 0.33 0.00
252_I 107_I 0.95 0.33 0.00
127_N 195_I 0.94 0.33 0.00
78_T 358_V 0.94 0.32 0.00
241_S 10_I 0.94 0.32 0.00
88_L 243_E 0.94 0.32 0.00
272_I 302_G 0.94 0.32 0.00
233_S 479_E 0.93 0.32 0.00
247_Y 18_T 0.93 0.32 0.00
38_A 396_V 0.93 0.32 0.00
154_S 118_D 0.93 0.32 0.00
51_F 231_L 0.93 0.31 0.00
248_T 415_V 0.93 0.31 0.00
275_R 518_E 0.93 0.31 0.00
307_I 201_A 0.93 0.31 0.00
60_S 194_G 0.93 0.31 0.00
248_T 51_N 0.93 0.31 0.00
315_P 135_R 0.93 0.31 0.00
330_G 358_V 0.93 0.31 0.00
320_G 453_A 0.92 0.31 0.00
315_P 405_N 0.92 0.31 0.00
89_F 138_E 0.92 0.31 0.00
40_I 68_I 0.92 0.31 0.00
274_T 340_T 0.92 0.30 0.00
86_I 173_P 0.92 0.30 0.00
317_L 237_K 0.92 0.30 0.00
312_P 135_R 0.92 0.30 0.00
287_T 210_N 0.91 0.30 0.00
229_F 460_Y 0.91 0.30 0.00
268_A 450_F 0.91 0.30 0.00
65_L 126_N 0.91 0.30 0.00
296_R 51_N 0.91 0.30 0.00
287_T 145_I 0.91 0.29 0.00
56_S 196_K 0.91 0.29 0.00
72_K 529_K 0.90 0.29 0.00
165_M 530_L 0.90 0.29 0.00
267_T 110_S 0.90 0.29 0.00
296_R 549_I 0.90 0.29 0.00
154_S 132_K 0.90 0.29 0.00
265_T 132_K 0.90 0.29 0.00
146_V 277_Q 0.90 0.29 0.00
67_S 203_V 0.90 0.29 0.00
66_I 418_N 0.90 0.29 0.00
184_Q 378_N 0.90 0.29 0.00
215_V 375_V 0.90 0.29 0.00
96_A 129_Q 0.90 0.29 0.00
302_G 24_V 0.90 0.29 0.00
35_C 244_K 0.89 0.28 0.00
313_G 410_R 0.89 0.28 0.00
157_Q 117_F 0.89 0.28 0.00
309_A 123_G 0.89 0.28 0.00
185_T 31_V 0.89 0.28 0.00
116_I 187_L 0.89 0.28 0.00
139_V 163_D 0.89 0.28 0.00
270_A 131_V 0.89 0.28 0.00
307_I 272_F 0.89 0.28 0.00
43_P 199_V 0.89 0.28 0.00
278_K 213_I 0.88 0.28 0.00
314_L 314_A 0.88 0.27 0.00
209_F 60_V 0.88 0.27 0.00
231_I 163_D 0.87 0.27 0.00
300_I 416_V 0.87 0.27 0.00
247_Y 363_A 0.87 0.27 0.00
29_I 451_I 0.87 0.26 0.00
215_V 336_N 0.87 0.26 0.00
202_A 141_L 0.87 0.26 0.00
106_Q 151_I 0.86 0.26 0.00
271_I 532_G 0.86 0.26 0.00
247_Y 310_G 0.86 0.26 0.00
142_N 466_P 0.86 0.26 0.00
187_R 261_M 0.86 0.26 0.00
36_I 456_L 0.86 0.26 0.00
154_S 293_E 0.86 0.26 0.00
252_I 293_E 0.86 0.26 0.00
82_L 225_E 0.86 0.26 0.00
41_I 117_F 0.86 0.26 0.00
315_P 411_G 0.86 0.26 0.00
133_I 467_F 0.86 0.26 0.00
270_A 58_E 0.86 0.26 0.00
95_I 312_P 0.86 0.26 0.00
251_T 330_I 0.86 0.26 0.00
209_F 254_L 0.86 0.26 0.00
185_T 200_S 0.86 0.26 0.00
31_G 68_I 0.85 0.26 0.00
112_V 466_P 0.85 0.26 0.00
92_S 203_V 0.85 0.26 0.00
153_V 127_E 0.85 0.26 0.00
231_I 530_L 0.85 0.26 0.00
252_I 246_L 0.85 0.25 0.00
239_A 81_L 0.85 0.25 0.00
100_M 356_A 0.85 0.25 0.00
230_L 177_V 0.85 0.25 0.00
85_I 32_V 0.85 0.25 0.00
272_I 547_N 0.85 0.25 0.00
244_A 171_I 0.85 0.25 0.00
202_A 514_D 0.85 0.25 0.00
66_I 179_V 0.85 0.25 0.00
319_L 135_R 0.85 0.25 0.00
143_F 30_I 0.85 0.25 0.00
319_L 113_G 0.85 0.25 0.00
248_T 63_S 0.85 0.25 0.00
264_I 340_T 0.84 0.25 0.00
136_C 151_I 0.84 0.25 0.00
216_A 140_E 0.84 0.24 0.00
324_L 34_G 0.84 0.24 0.00
150_S 151_I 0.84 0.24 0.00
28_T 463_V 0.84 0.24 0.00
324_L 390_K 0.84 0.24 0.00
296_R 253_N 0.84 0.24 0.00
216_A 136_A 0.83 0.24 0.00
34_V 353_K 0.83 0.24 0.00
296_R 392_E 0.83 0.24 0.00
134_V 123_G 0.83 0.24 0.00
75_D 376_D 0.83 0.24 0.00
215_V 351_T 0.83 0.24 0.00
182_D 81_L 0.83 0.24 0.00
260_I 87_I 0.83 0.24 0.00
303_F 250_I 0.83 0.24 0.00
216_A 113_G 0.83 0.24 0.00
237_D 333_Y 0.83 0.24 0.00
234_F 33_V 0.83 0.24 0.00
295_Y 361_T 0.83 0.24 0.00
211_K 137_I 0.83 0.24 0.00
325_V 195_I 0.83 0.24 0.00
189_R 249_K 0.83 0.24 0.00
252_I 325_D 0.83 0.24 0.00
265_T 122_F 0.83 0.23 0.00
148_K 134_Q 0.83 0.23 0.00
192_E 406_F 0.82 0.23 0.00
183_E 22_R 0.82 0.23 0.00
265_T 66_A 0.82 0.23 0.00
264_I 436_Y 0.82 0.23 0.00
35_C 68_I 0.82 0.23 0.00
60_S 288_P 0.82 0.23 0.00
331_Y 137_I 0.82 0.23 0.00
333_T 330_I 0.82 0.23 0.00
185_T 169_R 0.82 0.23 0.00
312_P 368_D 0.82 0.23 0.00
215_V 477_A 0.82 0.23 0.00
26_S 314_A 0.82 0.23 0.00
26_S 159_A 0.82 0.23 0.00
272_I 61_S 0.82 0.23 0.00
202_A 243_E 0.82 0.23 0.00
101_I 159_A 0.82 0.23 0.00
153_V 126_N 0.82 0.23 0.00
139_V 390_K 0.82 0.23 0.00
215_V 396_V 0.81 0.23 0.00
101_I 178_V 0.81 0.22 0.00
252_I 67_A 0.81 0.22 0.00
81_T 323_G 0.81 0.22 0.00
252_I 517_N 0.81 0.22 0.00
293_S 337_Q 0.81 0.22 0.00
304_V 544_L 0.81 0.22 0.00
130_I 201_A 0.81 0.22 0.00
64_I 262_D 0.81 0.22 0.00
317_L 27_A 0.81 0.22 0.00
31_G 477_A 0.81 0.22 0.00
303_F 119_T 0.81 0.22 0.00
63_I 299_E 0.80 0.22 0.00
100_M 125_T 0.80 0.22 0.00
105_G 138_E 0.80 0.22 0.00
218_I 136_A 0.80 0.22 0.00
271_I 455_L 0.80 0.22 0.00
250_L 140_E 0.80 0.22 0.00
143_F 548_L 0.80 0.22 0.00
75_D 232_V 0.80 0.22 0.00
312_P 411_G 0.80 0.22 0.00
154_S 452_A 0.80 0.22 0.00
63_I 30_I 0.80 0.22 0.00
274_T 526_L 0.80 0.22 0.00
222_I 39_L 0.80 0.22 0.00
24_A 35_F 0.80 0.22 0.00
239_A 481_M 0.80 0.21 0.00
39_I 216_Q 0.80 0.21 0.00
215_V 482_Q 0.80 0.21 0.00
37_L 115_E 0.80 0.21 0.00
266_S 284_Y 0.80 0.21 0.00
139_V 15_Q 0.80 0.21 0.00
150_S 158_I 0.80 0.21 0.00
225_I 109_D 0.80 0.21 0.00
271_I 402_N 0.80 0.21 0.00
127_N 179_V 0.80 0.21 0.00
260_I 230_D 0.80 0.21 0.00
319_L 139_G 0.80 0.21 0.00
171_A 547_N 0.80 0.21 0.00
328_S 458_I 0.79 0.21 0.00
124_V 114_F 0.79 0.21 0.00
113_S 466_P 0.79 0.21 0.00
329_L 456_L 0.79 0.21 0.00
139_V 63_S 0.79 0.21 0.00
322_M 471_M 0.79 0.21 0.00
60_S 149_E 0.79 0.21 0.00
250_L 166_F 0.79 0.21 0.00
274_T 270_I 0.79 0.21 0.00
65_L 182_R 0.79 0.21 0.00
324_L 428_V 0.79 0.21 0.00
236_H 93_Q 0.79 0.21 0.00
65_L 133_Y 0.79 0.21 0.00
65_L 453_A 0.79 0.21 0.00
302_G 20_K 0.79 0.21 0.00
249_I 396_V 0.79 0.21 0.00
95_I 237_K 0.79 0.21 0.00
314_L 346_K 0.79 0.21 0.00
109_P 76_N 0.79 0.21 0.00
27_L 477_A 0.79 0.21 0.00
52_F 171_I 0.79 0.21 0.00
239_A 307_E 0.78 0.21 0.00
50_D 222_D 0.78 0.21 0.00
302_G 88_L 0.78 0.21 0.00
325_V 488_V 0.78 0.20 0.00
296_R 38_F 0.78 0.20 0.00
235_Q 273_D 0.78 0.20 0.00
134_V 193_D 0.78 0.20 0.00
95_I 297_N 0.78 0.20 0.00
53_L 246_L 0.78 0.20 0.00
241_S 173_P 0.78 0.20 0.00
198_N 192_I 0.78 0.20 0.00
211_K 366_T 0.78 0.20 0.00
291_L 145_I 0.78 0.20 0.00
247_Y 143_R 0.78 0.20 0.00
312_P 405_N 0.78 0.20 0.00
246_T 203_V 0.78 0.20 0.00
231_I 298_E 0.77 0.20 0.00
323_A 244_K 0.77 0.20 0.00
130_I 95_Y 0.77 0.20 0.00
140_L 177_V 0.77 0.20 0.00
217_G 343_E 0.77 0.20 0.00
310_L 73_E 0.77 0.20 0.00
49_L 188_T 0.77 0.20 0.00
140_L 227_Y 0.77 0.20 0.00
305_L 553_S 0.77 0.20 0.00
60_S 231_L 0.77 0.20 0.00
165_M 258_A 0.77 0.20 0.00
270_A 132_K 0.77 0.20 0.00
78_T 414_V 0.77 0.20 0.00
202_A 495_A 0.77 0.20 0.00
270_A 159_A 0.77 0.20 0.00
331_Y 84_E 0.77 0.20 0.00
37_L 355_F 0.77 0.20 0.00
141_I 313_G 0.77 0.20 0.00
323_A 275_S 0.77 0.20 0.00
141_I 55_V 0.77 0.20 0.00
30_V 129_Q 0.77 0.20 0.00
154_S 526_L 0.77 0.20 0.00
26_S 117_F 0.77 0.20 0.00
233_S 96_R 0.77 0.20 0.00
269_T 302_G 0.77 0.20 0.00
34_V 20_K 0.77 0.20 0.00
165_M 109_D 0.77 0.20 0.00
309_A 205_K 0.77 0.20 0.00
39_I 117_F 0.77 0.20 0.00
56_S 541_I 0.77 0.20 0.00
103_S 454_I 0.77 0.20 0.00
274_T 527_L 0.76 0.19 0.00
96_A 218_G 0.76 0.19 0.00
100_M 220_P 0.76 0.19 0.00
266_S 420_P 0.76 0.19 0.00
233_S 151_I 0.76 0.19 0.00
38_A 519_D 0.76 0.19 0.00
49_L 190_K 0.76 0.19 0.00
26_S 239_K 0.76 0.19 0.00
89_F 126_N 0.76 0.19 0.00
323_A 83_S 0.76 0.19 0.00
97_T 155_V 0.76 0.19 0.00
27_L 31_V 0.76 0.19 0.00
322_M 137_I 0.76 0.19 0.00
328_S 460_Y 0.76 0.19 0.00
251_T 62_P 0.76 0.19 0.00
309_A 533_L 0.76 0.19 0.00
99_R 158_I 0.76 0.19 0.00
221_T 132_K 0.76 0.19 0.00
231_I 250_I 0.76 0.19 0.00
198_N 167_T 0.76 0.19 0.00
60_S 190_K 0.76 0.19 0.00
54_A 97_Q 0.76 0.19 0.00
325_V 93_Q 0.76 0.19 0.00
324_L 199_V 0.76 0.19 0.00
325_V 390_K 0.76 0.19 0.00
49_L 191_Q 0.76 0.19 0.00
139_V 520_S 0.76 0.19 0.00
307_I 8_H 0.76 0.19 0.00
41_I 458_I 0.75 0.19 0.00
51_F 246_L 0.75 0.19 0.00
282_N 192_I 0.75 0.19 0.00
184_Q 332_T 0.75 0.19 0.00
32_F 316_S 0.75 0.19 0.00
262_G 242_Q 0.75 0.19 0.00
334_K 329_Q 0.75 0.19 0.00
118_A 350_N 0.75 0.19 0.00
215_V 296_L 0.75 0.19 0.00
278_K 212_K 0.75 0.19 0.00
237_D 327_K 0.75 0.19 0.00
323_A 290_V 0.75 0.18 0.00
311_V 211_V 0.75 0.18 0.00
192_E 92_D 0.75 0.18 0.00
274_T 543_A 0.75 0.18 0.00
324_L 68_I 0.75 0.18 0.00
312_P 412_D 0.75 0.18 0.00
Figure 5: The i (protein A) and j (protein B) are positions as given in the query sequences.

Scaled Score = raw_score/average(raw_scores)
Prob = P(contact | scaled_score, seq/len)
I_Prob = P(contact | scaled_score, seq/len, top_inter_score)
Page generated in 1.3119 seconds.